Joseph Eggleston Johnston (Farmville, Virginia, 1807. február 3. – Washington, D.C., 1891. március 21.) az Amerikai Egyesült Államok hadseregének tábornoka volt. Kiemelkedő előmenetelt mutatott a mexikói–amerikai háborúban, a szeminol háborúkban és a legmagasabb rangú tisztek egyike volt, aki a Konföderáció oldalára állt az amerikai polgárháborúban. Albert Sidney Johnstonnal a másik konföderációs tábornaggyal csak névrokonságban állt.
Johnston civil mérnöki képesítést szerzett az Egyesült Államok West Point hadiakadémiáján. Floridában, Texas-ban és Kansas-ben teljesített katonai szolgálatot. A Mexikói–amerikai háborúban 1860-ban dandártábornoki rangot ért el és ő lett az Egyesült Államok hadseregének főszállásmestere. Mikor szűkebb hazája, Virginia állam elszakadt, Johnston leszerelt és ő lett az Egyesült Államok hadseregét elhagyó legmagasabb rangú tiszt, aki belépett a konföderációs hadseregbe. Csalódására azonban csak negyedik lett a CSA tábornagyainak rangsorában.
Johnston polgárháborús katonai tevékenységét szüntelenül akadályozta Jefferson Davis elnökkel való konfrontációja, aki gyakran kritizálta agresszivitáshiányáért; így a győzelem legtöbb hadjáratában kicsúszott a kezei közül. Az 1861-es, Manassas mellett kivívott nagy konföderációs győzelemnél ő volt a hadsereg parancsnoka, de a helyzetfelismerést és a vezetési kiválóságot általában beosztottjának, P. G. T. Beauregardnak szokták tulajdonítani. 1862-ben felismerve, hogy a konföderációs fővárost, Richmondot a York-félsziget felől támadás érheti, visszavonta csapatait Manassas alól és a James-félszigeti hadjáratban a George B. McClellan vezérőrnagy vezette uniós túlerőt sikeresen akadályozva újracsoportosította erőit Richmond alatt.
A Seven Pines-i ütközetben megpróbált ellentámadásba lendülni, de súlyos sebesülést szenvedett és át kellett adnia a parancsnokságot. Utóda egykori West Point-i kadéttársa, Robert E. Lee tábornagy lett. 1863-ban a Nyugati adminisztratív körzet parancsnokaként kritikák kereszttüzébe került Vicksburg elvesztése miatt. 1864-ben William Tecumseh Sherman vezérőrnagy csapatai ellen küzdött az Atlanta hadjáratban, de Georgia állam északnyugati részébe, Atlanta külvárosáig való visszavonulása miatt Davis leváltotta beosztásából. A háború végén Karolinák hadjárata idején újra parancsnokságot kapott egy kisebb erő fölött, melynek élén Bennett Place-nél 1865. április 26-án letette a fegyvert Sherman előtt. Két nagy ellenfele, Ulysses S. Grant és Sherman igen magasra értékelte háborús teljesítményét, mely által elnyerte barátságukat.
A háború után Johnston vasútigazgató lett és biztosítással foglalkozott. Egy ciklus erejéig kongresszusi képviselő lett és Grover Cleveland elnök vasúti felügyelőbiztossá nevezte ki. Barátja, Sherman temetésén egyike volt a koporsóvivőknek. A zord időjárás következtében az idős, nyolcvanadik évén túllépett Johnston tüdőgyulladást kapott, melyben meghalt.
Ifjúsága Johnston a virginiai Farmville melletti Cherry Grove-ban épült Longwood House birtokon született. A később leégett, majd újraépült házban ma a Longwood University székel. Nagyapja, Peter Johnston Skóciából vándorolt ki 1726-ban az Újvilágba. Joseph Peter Johnston bíró és Valentine Wood hetedik fiaként született. Édesanyja Patrick Henry unokahuga volt. Középső nevét Joseph Eggleston őrnagy után nyerte, akivel apja együtt szolgált az Amerikai függetlenségi háborúban Light-Horse Harry Lee parancsnoksága alatt. Bátyja, Charles Clement Johnston kongresszusi képviselő és unokaöccse, John Warfield Johnston szenátor mindketten Virginiát képviselték. 1811-ben a Johnston család Abdingtonba költözött, a tennessee-i határ közelébe, ahol Peter felépítette Panecillonak nevezett otthonát.
John C. Calhoun hadügyminiszterként 1825-ben beajánlotta Johnsont a West Point akadémiára, napokkal azelőtt, hogy alelnökké választották volna. Viszonylag sikeresen végezte tanulmányait és csak kevés fegyelmező büntetést róttak ki rá. 1829-ben diplomázott a 46 kadét közül 13-ként végezve, s így hadnagyi rangot kapott a 4. tüzérezrednél. Ő lett a West Point katonai akadémia első tisztje, aki a reguláris hadsereg kötelékében tábornoki rendfokozatot ért el, túlszárnyalva ezzel Robert E. Lee-t, aki másodikként végzett ugyanabban az évben.
Az Egyesült Államok hadseregében teljesített szolgálata Johnston 1837 márciusában leszerelt a hadseregből és mérnöki tanulmányokat folytatott. A második szeminol háború folyamán civil topográfiai mérnök volt William Pope McArthur hajóján. 1838. január 12-én a floridai Jupiterben a partraszállt tengerészeket támadás érte és Johnston azt állította, hogy ruháin nem kevesebb mint 30 golyó ütötte lyuk támadt, valamint egy lövés élete végéig látható sebet ejtett fejbőrén. Miután Floridában civilként több harcot látott, mint korábban tüzértisztként, Johnston elhatározta, hogy újra belép a hadseregbe. 1838 áprilisában Washingtonba utazott és július 7-én a topográfiai mérnökök főhadnagya lett; majd ugyanaznap címzetes századosi rangot kapott a Jupiter öbölnél lezajlott összecsapásért és az Everglades mocsarába vezetett felderítő expedícióért.
1845. július 10-én Johnston és Lydia Mulligan Sims McLane összeházasodott Baltimore-ban. Lydia Louis McLane lánya volt, aki a Baltimore & Ohio vasútvonal elnöke és jelentős delaware-i kongresszusi képviselő és szenátor volt, valamint londoni nagykövet és Andrew Jackson elnök kabinettagja. Nem született gyermekük.
Johnston lelkesen örült a Mexikói–amerikai háború háború kitörésének. Winfield Scott vezérőrnagy törzsében teljesített szolgálatot Veracruz ostrománál, s ő szólította fel megadásra a tartományi kormányzót Scott nevében. Az előőrssel együtt hatolt a szárazföld belsejébe David E. Twiggs dandártábornok erőivel és felderítés közben súlyos kartácssebet kapott a Cerro Gordói csata előtt. A Cerro Gordó-i ütközetben mutatott bátorságért címzetes alezredesi rangot kapott. A tábori kórházban való lábadozás után Pueblánál tudta utolérni a hadsereget. A Mexico City felé való előretörés közben a Regiment of Voltigeurs and Foot Riflemen nevű ezredének parancsnokhelyettese lett. Az egységet könnyűgyalogság és portyázók alkották. A Contreras-i és a Churubuscói csatában kitűnő előmenetelt mutatott, majd ismét megsebesült a Chapultepeci csatában. Utóbbi kettő ütközetért két előléptetést kapott, s a háború végére így az önkéntes hadsereg címzetes ezredeseként érte. A konfliktus végezte után békeidős századosi rangját kapta vissza. Winfield Scott vicces megjegyzése szerint „Johnston óriási katona, de pechjére majdnem minden csatában szokás szerint megsebesül.” Sebesülései ellenére Johnston legnagyobb fájdalma az unokaöccse, Preston Johnston eleste volt a háborúban. Mikor Robert E. Lee-től megtudta, hogy Prestont egy mexikói tüzérségi lövedék Contreras-nál megölte, mindketten könnyeztek és Johnstont egész életében kínozta a gyász.
Johnston mérnökként dolgozott a Texas és az Egyesült Államok által közösen folytatott határfelmérésen 1841-ben, majd ezután a Texas-i adminisztrációs körzet fő topográfiai mérnöke lett 1848-tól 1853-ig. 1850-es évtizedben jelét adta rang és megbecsülés iránti érzékenységének, mikor a hadügyminisztériumnak leveleket küldött. Azt szorgalmazta, hogy a háborúban szerzett ezredesi rangjában helyezzék vissza egy harci alakulathoz. Jefferson Davis hadügyminiszter, Johnston west pointi ismerőse, mint később, a polgárháború folyamán oly sokszor Johnston ellenszenvét kivívva elutasította ezt a gondolatot. Ennek ellenére Davis elég érdemesnek gondolta alezredesi rangra emelni Fort Leavenworthbe, az újonnan létrehozott 1. lovasezredbe helyezve. Parancsnoka 1855. március 1-jén Edwin V. Sumner ezredes lett. Ugyanebben az időben barátja, Robert E. Lee szintén alezredes lett az 5. lovasezredben Albert Sidney Johnston parancsnoksága alatt. Új beosztásában Johnston részt vett a sziú indiánok ellen a Wyoming Territory területén indított műveletben és a Kansas alkotmánya körül kitörő véres háborúskodás megfékezésében. Mentora és közeli barátja lett egyik fiatalabb beosztottjának George B. McClellan századosnak, aki a polgárháborúban egyik legfőbb ellenlábasa lett.
1856 őszén Johnstont áthelyezték az újoncok állomáshelyére, a Missouri állambeli Jefferson Barracksba. 1857-ben feltáró expedíciót vezetett a Kansas határának megvonása céljából. Ugyanebben az évben új hadügyminiszter, John B. Floyd váltotta fel Jefferson Davist. Floyd Joseph földije volt, szintén Abdingdonból származott, házasság révén rokoni kapcsolatban is állt vele, és Preston Johnston patronálója volt egykor. Floyd megváltoztatta Davis döntését Johnston címzetes rangjáról, így az a Cerro Gordó-i ütközetért ezredesi kinevezést kapott. A kivételező döntés a hadseregben ellenérzést keltett. 1859-ben James Buchanan elnök mexikói nagykövetnek nevezte ki Johnston sógorát, Robert McLane-t, akit Johnston elkísért Benito Juárez kormányával való találkozására Veracruzban. Johnston arra kapott megbízatást, hogy az ország katonai útvonalait vizsgálja meg az ellenségeskedés kiújulása esetére.
Thomas S. Jesup dandártábornok, az Egyesült Államok főszállásmestere 1860. június 10-én meghalt. Winfield Scott vezénylő tábornoknak kellett az utódját megtalálni, ám egy meghatározott személy kiválasztása helyett négy alternatívát ajánlott kinevezésre: Albert Sidney Johnstont, Joseph E. Johnstont, Robert E. Lee-t, és C. F. Smith-t. Jefferson Davis, a szenátus katonai bizottságának tagjaként Albert Sidney Johnstont favorizálta, Floyd hadügyminiszter azonban – talán nem meglepő módon – Joseph E. Johnstont választotta, akit 1860. június 28-án előléptették dandártábornokká. Johnston nem kedvelte a beosztását, mivel adminisztratív papírmunkát jelentett Washingtonban, nem pedig akkoriban jobban becsült harctéri feladatot. A hadsereget az országot megosztó ellentét nyomasztotta, Johnstont pedig az az erkölcsébe ütköző szecesszionista nyomás, hogy a déli országrész számára hasznos hadianyagokat juttasson. Míg ő maga ellenállt ennek a nyomásnak, addig Floydot ezzel harsányan vádolták, noha a bíróság később ártatlannak találta.
A polgárháborúban
A manassasi ütközet és a kezdeti nézeteltérések Davis elnökkel
Mikor szűkebb hazája, Virginia 1861-ben elszakadt az Egyesült Államoktól, Johnston lemondott dandártábornoki rangjáról és beosztásáról; ezzel a legmagasabb rangú katona lett, aki az elszakadás miatt kilépett a seregből. A virginiai milíciába vezérőrnagyi rangban lépett be, de 1861. május 4-én az állami konvención úgy döntöttek, hogy Virginiának csak egy vezérőrnagyra van szüksége és Robert E. Lee-re esett a választásuk. Johnstonnak dandártábornoki rangot és beosztást ajánlottak, melyet ő viszont elutasított és május 14-én inkább a Konföderációs hadsereg dandártábornoka lett. Johnston a fontos hadianyaggyárral és vasútvonallal rendelkező Harper's Ferry városának védelmét vette át Thomas J. Jackson ezredestől, akit később Stonewall Jacksonként vonult be a történelembe. Johnston júliusig megszervezte az Army of the Shenandoah-t, vagyis a Shenandoah(-völgyi) hadseregét.