A PubMed szabad keresőmotor, mely elsősorban a MEDLINE hivatkozás- és ismertető-adatbázisban keres természettudományos és orvostudományi témájú források közt. A National Institutes of Health egyik intézete, a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár (NLM) tartja fenn a rendszert az Entrez részeként.
1971 és 1997 közt a MEDLINE-hoz elsősorban intézetek, például egyetemi könyvtárak útján lehetett hozzáférni. Az 1996 januárjában megjelent PubMed lehetővé tette a szabad otthoni MEDLINE-keresést. A PubMed 1997 júniusától működik nyilvánosan.
Tartalom A MEDLINE mellett a PubMed hozzáférést nyújt az alábbiakhoz: a nyomtatott Index Medicus régebbi hivatkozásai (1951-es és korábbi változatokhoz) egyes, az Index Medicusban és a MEDLINE-ban való megjelenés előtti folyóiratok (például a Science, BMJ és Annals of Surgery) hivatkozásai egy cikk rekordjainak korábbi bejegyzései a Medical Subject Headingsbe (MeSH) és a MEDLINE-ba való bekerülés előtt teljesen elérhető könyvek és más NLM-rekordok részhalmazai PMC-jegyzetek NCBI Bookshelf Számos PubMed-rekord tartalmazza a teljes szövegek hivatkozásait, ezek egy része nyilvánosan elérhető például a PubMed Centralben és helyi tükrözésekben, például az Europe PubMed Centralben.
A MEDLINE-ban indexelt és PubMeddel elérhető folyóiratok listája megtalálható az NLM katalógusában.
2023. november 30-án a PubMed több mint 38 millió hivatkozást és ismertetőt tartalmazott 1966-ig, szelektíven 1865-ig, nagyon szelektíven 1809-ig visszamenőleg. Ugyanekkor mintegy 25,3 millió rekordnak volt ismertetője, és 27,5 millióhoz van teljes szöveges változat, ebből 11,4 millió férhető hozzá ingyen. Az „1800:2100[dp]” lekérdezés minden olyan 1800. január 1. és 2100. december 31. közt kiadott eredményt felsorol. 2010 és 2019 közt átlagosan évente közel egymillió új rekord került az adatbázisba.
2016-ban az NLM megváltoztatta az indexelési rendszert, így a kiadók közvetlenül javíthatják az indexelt cikkek hibáit.
A PubMed néhány hamis folyóirat cikkét is indexelte. A MEDLINE és a PubMed folyóirat-kiválasztási szabályai kissé mások. A kritériumok és a PubMed Centralbe való indexelési eljárás gyengeségei lehetővé teszik hamis folyóiratok kerülését a PubMedbe. A National Library of Medicine válasza szerint az egyes cikkek bekerülhetnek a PMC-be a kutatástámogatók nyilvános elérési szabályai értelmében, és szigorú szabályok teszik lehetővé az NLM-adatbázisok integritását. Jellemzők Weblaptervezés Új PubMed-felület jelent meg 2009 októberében, és lehetővé tette a gyors, Google-szerű keresést („táviratos” keresés). Alapértelmezés szerint az eredmények dátum szerint vannak rendezve, de rendezhetők egyezéspontosság, kiadás, első és utolsó szerző, folyóirat és cím szerint is.
A PubMed weblap tervezése és doménje 2020 januárjában frissült, május 15-én alapértelmezett lett, frissített és új funkciókkal. Ezt számos, az oldalt gyakran használó kutató kritizálta. PubMed mobilokra A PubMed/MEDLINE elérhető kézi eszközökön is például az NLM PICO-jával (fókuszált klinikai kérdésekhez). Elérhető továbbá az egyszerűsített, mobilbarát PubMed Mobile is. Keresés Hagyományos keresés Egyszerű keresés végezhető a PubMeden a tárgy fontos aspektusainak bevitelével a keresőablakba.
A PubMed ezt lefordítja, és automatikusan hozzáad mezőneveket, megfelelő MeSH-fogalmakat, szinonimákat, Boole-operátorokat, és megfelelően ágyazza be a kapott fogalmakat, javítva a keresés megfogalmazását, különösen a szövegszavak és MeSH-fogalmak OR (vagy) operátorral való összekapcsolásával.
A PubMed-útmutatóban szereplő példák bemutatják ennek működését:
Ugyanígy:
Átfogó keresés A PubMeden való optimális kereséshez fontos a működéséhez alapvető MEDLINE és az abban lévő cikkek indexeléséhez szükséges MeSH működését. Ehhez összetett keresések, mezőnevek használata, a korlátok és más funkciók megfelelő használata kell, a referenciakönyvtárosok és keresésspecialisták segíthetik a keresést.
A keresés a PubMed keresőablakában csak egyértelmű témákhoz, MeSH-fejléc nélküli új eljárásokhoz, gyógyszermárkákhoz és tulajdonnevekhez ajánlott. Ezenkívül hasznos lehet akkor is, ha nincs megfelelő fejléc, vagy a leírás részleges. A MeSH-t használó keresés pontosabb, és kevesebb irreleváns eredményt ad. Ezenkívül a szabad szöveges keresés se jellemző rá, ahol az írásmód, a szám és a rövidítések különbségei is figyelembe veendő. De az újabban az adatbázisba került, leírással még nem rendelkező cikkek nem találhatók meg így. Így a kimerítő kereséshez az irányított nyelvi fejlécek és a szabad szöveges terminusok vegyesen használandók. Folyóiratcikk-paraméterek Egy cikk indexelésekor számos cikkparamétert kivonnak és strukturált információként tárolnak. Ilyenek például a cikktípus (például „klinikai kísérlet”), a másodlagos azonosítók (MeSH-fogalmak), nyelv, ország, közlési történet (e- és nyomtatott közlés dátuma). Publikációtípus: klinikai lekérdezések/szisztematikus elemzések A publikációtípus-paraméter lehetővé teszi a publikáció típusa szerinti keresést, beleértve a különböző klinikaikutatás-típusokról szóló beszámolókat. Másodlagos azonosító 2005 júliusától a MEDLINE cikkindexelő folyamata az ismertetőből kivonja és egy másodlagosazonosító- (SI) mezőbe teszi az azonosítókat. Ez különböző molekulaszekvencia-, génexpresszió-, vegyület- vagy kísérletazonosítókat tároló adatbázisok hozzáférési számait tárolja. Klinikai kísérletekhez a PubMed kivonja a két legnagyobb kísérletleíró adatbázisban, a ClinicalTrials.gov-ban (NCT-azonosító) és az International Standard Randomized Controlled Trial Number Registerben (IRCTN) tárolt klinikaikísérlet-azonosítókat. További cikkek Egy különösen relevánsnak ítélt referencia megjelölhető, és a kapcsolódó cikkek azonosíthatók. Ha releváns, számos tanulmány kiválasztható, és az ezekhez kapcsolódó cikkek generálhatók a PubMeden vagy bármely más NCBI Entrez-adatbázison. A kapcsolódó cikkek ezután relevanciasorrendben vannak listázva. Ehhez a PubMed szósúlyozott algoritmussal a források címének, ismertetőjének és a MeSH-fejléc szavait hasonlítja össze. Ezt oly pontosnak ítélték, hogy egy tanulmány szerzői szerint teljes keresés helyett is használható. MeSH-hez rendelés A PubMed automatikusan összekapcsolja a publikációkat MeSH-fogalmakkal és -alfejlécekkel. Például a „bad breath” összekapcsolódik a „halitosis”, a „heart attack” a „myocardial infarction”, a „breast cancer” a „breast neoplasms” fogalmakkal. Ha érdemes, ezek automatikusan bővülnek, vagyis specifikusabb fogalmakat tartalmaznak. Például a „nursing” automatikusan kapcsolódik a „Nursing [MeSH]” és a „Nursing [Subheading]” fogalmakhoz. Ez az automatikus fogalom-hozzárendelés, és alapértelmezés szerint be van kapcsolva a szabadszöveges keresésben, de nem a pontos egyezésesben (vagyis ha a keresési lekérdezés körül „"” található). Ez a PubMed-kereséseket érzékenyebbé teszi, és elkerüli a hamis negatívokat az orvosi terminológia diverzitása mellett.
Az automatikus fogalom-hozzárendelés nem működik idézőjel (például „"kidney allograft"”), csillag (például „allograft*”) vagy mezőjelölők használata esetén (például „Cancer [ti]”). My NCBI Az ingyenes regisztrációjú My NCBI lehetővé teszi: keresések mentését eredmények szűrését e-mailen keresztül érkező automatikus frissítéseket PubMed-kereséssel szerzett hivatkozáslista mentését megjelenő formátum konfigurálását, keresőfogalmak kiemelését és sok más opciót. A My NCBI bármely internetes hozzáférésű számítógépről elérhető. Egy korábbi változatának a neve PubMed Cubby volt. LinkOut A LinkOut lehetőség teljes szövegű helyi folyóiratok hivatkozására és elérhetővé tételére. Mintegy 3200 hely (főleg felsőoktatási intézmények) vett benne részt 2010 márciusában az Aalborgi Egyetemtől a seattle-i ZymoGeneticsig. Ezen intézmények felhasználói a PubMed keresési eredményeiben láthatják intézményük logóját, ha a folyóirat ott található, és hozzáférhetnek a teljes szöveghez. A LinkOut az Outside Toollal együtt működik a 2019. nyári e major platform update coming in the Summer of 2019. PubMed Commons A PubMed 2016-tól lehetővé tette a szerzőknek indexelt cikkek kommentálását. Ez 2013-tól kísérleti módban volt, 2016-ban lett végleges. 2018 februárjában a PubMed Commons megszűnt, mivel „kevesen használták”. askMEDLINE Az askMEDLINE egy szabad szöveges természetes nyelvi eszköz a MEDLINE/PubMedhez, melyet az NLM fejlesztett, mobilra is alkalmas. PubMed-azonosító A PMID (PubMed identifier) minden PubMed-rekordhoz egyedileg 1-től kezdődően rendelt egész. Nem azonos a PMCID-vel (PubMed Central identifier), mely a szabadon hozzáférhető PubMed Central azonosítója.
A PMID vagy PMCID publikációhoz rendelése nem mutat semmit a tartalom típusáról vagy minőségéről. PMID-ek rendelhetők szerkesztőhöz írt levélhez, szerkesztői véleményhez, op-ed-hasábhoz és bármi máshoz, amit a szerkesztő a folyóiratba kíván tenni a referált tanulmányok mellett. Ezenkívül nem bizonyítják, hogy nincs visszavonva a tanulmány hamisítás, inkompetencia vagy hibás viselkedés miatt. A javításokról szóló beszámolókhoz is rendelhető PMID.
A PubMed-keresőablakba írt szám alapértelmezés szerint PMID-ként van kezelve. Így bármely hivatkozás elérhető annak felhasználásával.
Alternatív felületek bélyegkép|A MEDLINE egy PubMeddel elérhető adatbázis. Számos cég kínál MEDLINE-elérést platformjukon keresztül. A National Library of Medicine számos magáncégnek ad MEDLINE-információt, például az Embase-nek, az Ovidnak, a Dialognak, az EBSCO-nak, a Knowledge Findernek és sok más kereskedelmi, nem kereskedelmi és akadémiai szolgáltatónak. 2008 októberéig több mint 500 licencet adtak ki, ebből több mint 200-at az Amerikai Egyesült Államokon kívüli szolgáltatónak. A MEDLINE-adatok licencei ingyen elérhetők, így az NLM gyakorlatilag ingyen teret ad számos alternatív felületnek és harmadik féltől származó kiegészítésnek, így ez egyike a kevés nagy, karbantartott adatbázisnak e lehetőséggel.
Lu 28 telepítést és regisztrációt nem igénylő webalapú ingyenes PubMed-változatból álló mintát ellenőrzött, ezeket 4 kategóriába sorolta: keresési eredményeket rangsoroló, például: eTBLAST, MedlineRanker, MiSearch; téma, szerző, folyóirat stb. szerint csoportosító, például: Anne O'Tate, ClusterMed; szemantikát, nézetet javító, például: EBIMed, MedEvi; jobb keresőfelület és felhasználói élmény, például: askMEDLINE, BabelMeSH és PubCrawler.
Mivel ezen és más alternatívák nagy része az NLM/PUBMED licence alatt kiadott PubMed/MEDLINE-adaton alapul, a PubMed-származékok fogalmat használják egyesek. A mintegy 90 GB eredeti PubMed-adathalmaz tárolásának igénye nélkül írhatók PubMed-alkalmazások az eutils-API-val Eric Sayers, PhD The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More-ját követve. Több PMID bemenetet használó hivatkozásformátum-generátor használja az eutils-API-t.Példák: Citation Generator – Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator – Ultrasound of the Week , PMID2cite és Cite this for me . PubMed-adatbányászat A PubMedben lévő adatok bányászatának alternatívái programozási környezetet használnak, például Matlabet, Pythont vagy R-t. Ekkor a PubMed-lekérdezések kódsorok, a válasz közvetlenül a környezetben van feldolgozva. A kód használható szisztematikus lekérdezésre eltérő kulcsszavakkal, például betegség, év, szervek szerint.reyesaldasoro/PubMed-Data-Mining-And-Visualisation a GitHubon
A PubMeden elérhető adatok helyben tükrözhetők nem hivatalos eszközzel, például MEDOC-kal.MrMimic/MEDOC a GitHubon
Több millió PubMed-rekord kiegészít számos szabad hozzáférésről szóló nyílt adathalmazt, például az Unpaywallt. Az adatelemző eszközöket, például az Unpaywall Journalst a könyvtárak nagy csomagok lemondására használja – a nyílt archívumok, például a PubMed Central által nyílt hozzáférésre kínált anyagokra való előfizetések elkerülhetők.
Jegyzetek
Fordítás
További információk
PubMed search tags & field qualifiers
Kategória:Bioinformatika Kategória:Biológiai adatbázisok