Az Alphaproteobacteria a baktériumok Pseudomonadota (korábban Proteobacteria) törzsének osztálya. A Magnetococcales és a Mariprofundales bazális csoportok vagy az Alphaproteobacteria testvércsoportjai. Nagyon sokszínű, kevés közös jellemzővel, de közös őssel. A Pseudomonadota többi tagjához hasonlóan Gram-negatívak, de egyes endoparazita tagjaiban nincs peptidoglikán, így Gram-változó baktériumok. Jellemzők Sokszínű taxon néhány fototróf, C1-vegyületeket bontó (például Methylobacterium), növényszimbionta (például Rhizobium spp.), ízeltlábú-endoszimbionta (például Wolbachia) és sejtbeli patogén (például Rickettsia) nemzetséggel. Az osztály tagja a protomitokondrium is, melyet az eukarióták közös őse bekebelezett, az eukarióta sejtszervecske mitokondriumok kialakulását lehetővé téve (endoszimbionta-elmélet). Technológiai szempontból fontos faj a Rhizobium radiobacter (korábban Agrobacterium tumefaciens): gyakran használják idegen DNS növényi genomokba való átvitelére. Az aerob anoxigén fototróf baktériumok, például a Pelagibacter ubique széles körben megtalálható α-proteobaktériumok, és a nyílt tengeri mikrobaközösség akár 10%-át is alkothatják. Evolúció és genomika A rendek, különösen a Pelagibacterales filogenetikai helyzete vitatott, de sok rend helyzetében megegyezés van. Ennek oka a nagy géntartalom-különbség (például a P. ubique genom-áramvonalasítása) és sok rend nagy GC-tartalom-eltérése. A Pelagibacterales, a Rickettsiales és a Holosporales tartalmaznak AT-gazdag fajokat. Ennek oka feltehetően konvergens evolúció, így a csoportosítás lehet hibás. Egyes tanulmányok ezt vitatják.
Ezenkívül a riboszomális RNS GC-tartalma kevéssé függ a genométól. Egy példa erre a Holosporales Pelagibacterialesnél és Rickettsialesnél sokkal magasabb riboszomális GC-tartalma, bár magas genom-GC-tartalmú fajokkal közelebbi rokonságuk, mint az utóbbi két renddel.
Az Alphaproteobacteria 3 alosztálya a Magnetococcidae, a Rickettsidae és a Caulobacteridae. A sok magnetotaktikus baktériumot, de csak 1 leírt fajt, a Magnetococcus marinust tartalmazó Magnetococcidae bazális. A Rickettsidae tagjai az endoparazita Rickettsiales és a szabadon élő Pelagibacteriales, a Caulobacteridaeéi a Holosporales, a Rhodospirillales, a Sphingomonadales, a Rhodobacterales, a Caulobacterales, a Kiloniellales, a Kordiimonadales, a Parvularculales és a Sneathiellales.
Szekvenált genomok összehasonlító elemzése alapján sok állandósult indel (inzertáció-deléció) ismert az Alphaproteobacteriára vagy annak fő rendjeire (Rhizobiales, Rhodobacterales, Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales, Caulobacterales) és családjaira (Rickettsiaceae, Anaplasmataceae, Rhodospirillaceae, Acetobacteraceae, Bradyrhiozobiaceae, Brucellaceae, Bartonellaceae) utaló széles körben jelenlévő és ujjlenyomat-fehérjékben.
Ezek új lehetőségeket adnak e taxonok leírására és új fajok azonosítására vagy csoportokba helyezésére. Filogenetikai elemzések és sok más fehérje állandósult indelei alapján az Alphaproteobacteria később alakult ki a legtöbb más baktériumtörzsnél és -osztálynál a Betaproteobacteria és a Gammaproteobacteria kivételével.
Az Alphaproteobacteria-filogenetika folyamatosan frissül. Vitatott a Magnetococcidae Alphaproteobacteria-tagsága is: egyesek önálló osztályt (Etaproteobacteria) javasolnak a Magnetococcidae osztálynak. Egy 2018-as filogenomikai tanulmány a protomitokondriális kládot a Magnetococcidae és a többi α-proteobaktérium-taxon közé helyezi, eszerint a protomitokondriumok korán elkülönültek a többi α-proteobaktériumtól a Magnetococcidae kivételével. Ez alapján a protomitokondrium-ág nem feltétlenül volt a Rickettsidae közeli rokona.
Incertae sedis Az alábbi taxonokat az Alphaproteobacteriába sorolták, de egy vagy több köztes taxonómiai rangba nem: Alosztályhoz nem sorolt rendek Minwuiales Sun et al. 2018 Családba nem sorolt nemzetségek Candidatus Anoxipelagibacter Ruiz-Perez et al. 2021 Bilophococcus Moench 1988 Charonomicrobium Csotonyi et al. 2011 Candidatus Endolissoclinum Kwan et al. 2012 Candidatus Endowatersipora Anderson and Haygood 2007 Candidatus Halyseomicrobium Levantesi et al. 2004 Candidatus Halyseosphaera Kragelund et al. 2006 Candidatus Hodgkinia McCutcheon et al. 2009 Candidatus Lariskella Matsuura et al. 2012 Marinosulfonomonas Holmes et al. 1997 Candidatus Mesopelagibacter Ruiz-Perez et al. 2021 Methylosulfonomonas Holmes et al. 1997 Candidatus Monilibacter Kragelund et al. 2006 Nanobacterium Ciftcioglu et al. 1997 Oleomonas Kanamori et al. 2002 Candidatus Paraholospora Eschbach et al. 2009 Candidatus Phycosocius Tanabe et al. 2015 Candidatus Puniceispirillum Oh et al. 2010 Tetracoccus Blackall et al. 1997 Tuberoidobacter Nikitin 1983Tuberoidobacter, on: UniProt TaxonomyTuberoidobacter, on: NCBI Taxonomy Browser Nemzetséghez nem sorolt fajok Vibrio adaptatus Muir et al. 1990 Vibrio cyclosites Muir et al. 1990 Filogenetika A jelenleg elfogadott taxonómia forrása a List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) és teljes genomelemzés.A Holosporales és a Minwuiales nincs e fán. Az alosztálynevek forrása Ferla et al. (2013).
Természetes genetikai transzformáció Bár csak kevés tanulmány számolt be természetes genetikai transzformációról az Alphaproteobacteriában, e folyamat ismert a Rhizobium radiobacter, a Methylobacterium organophilum és a Bradyrhizobium japonicum fajokban. Ez ivaros folyamat, mely során az egyik baktériumtól egy másikig a közegen keresztül átkerül DNS, és a donorszekvencia a recipiens genomba homológ rekombinációval integrálódik. Megjegyzések
Hivatkozások
További információk
Bacterial (Prokaryotic) Phylogeny Webpage: Alpha Proteobacteria.
Kategória:A 20. században leírt osztályok Kategória:Baktériumosztályok