Biografia Honda ha iniziato a pattinare a sette anni, dedicandosi allo short track insieme a suo fratello maggiore Hiroshi. A nove è passato al pattinaggio artistico. Per dedicarsi al nuovo sport Honda si è trasferito a Sendai insieme a sua madre. Honda ha promesso alla sua famiglia che, se non avesse ottenuto risultati entro tre anni, avrebbe lasciato il pattinaggio. A 14 anni Honda è diventato il più giovane campione nazionale giapponese. Ha partecipato per la prima volta all'NHK Trophy quando ancora gareggiava nella categoria junior, e con sua grande sorpresa si è classificato quarto.
È stato uno dei primi pattinatori giapponesi ad atterrare il triplo axel. Prima dei Giochi olimpici del 1998 si è allentato negli Stati Uniti e in Canada. Nel 1998, sedicenne, è diventato il più giovane pattinatore giapponese a partecipare ai Giochi olimpici. Ha però partecipato alla gara da infortunato. Al successivo Campionato del mondo è diventato il primo pattinatore giapponese a completare un salto quadruplo. Nel 1999 ha vinto la prima edizione del Campionato dei Quattro continenti. Nella stagione 2003-04 si è piazzato al secondo e al terzo posto nelle sue gare del Grand Prix. Non ha partecipato alla finale a causa di un infortunio. È il primo pattinatore giapponese ad aver vinto una medaglia mondiale nella gara maschile dall'epoca di Minoru Sano. Nel 2005 si è ritirato dal Campionato del mondo a causa di un infortunio alla caviglia subito durante una caduta nel programma di qualificazione.
Fra i suoi allenatori vi sono stati Galina Zmievzkaya negli Stati Uniti e Dough Leigh in Canada. È stato il primo pattinatore giapponese a completare tre quadrupli nella stessa gara. Dopo aver lasciato le gare si è esibito in numerosi show e ha iniziato a lavorare come allenatore e come commentatore.
Risultati GP: Champions Series/Grand Prix
Internazionali Evento 94–95 95–96 96–97 97–98 98–99 99–00 00–01 01–02 02–03 03–04 04–05 05–06 Giochi olimpici invernali 15° 4° Campionati mondiali 13° 10° 11° 6° 10° 5° 3° 3° R Campionati dei Quattro continenti 1° 5° 2° 2° 1° R GP Finale 5° GP Lalique 3° GP NHK Trophy 4° 9° 6° 2° 6° 4° 1° 2° 7° 9° GP Skate America 6° 7° 2° 2° GP Skate Canada 9° 5° 3° 5° 1° 3° 7° 4° GP Sparkassen 5° Nebelhorn Trophy 1° Giochi asiatici invernali 1° Goodwill Games 6° Internazionali: Junior Campionati mondiali 2° Nazionali Campionati giapponesi 1° 1° 1° 1° 1° 1° 5° Campionati giapponesi junior5° 1° R = Ritirato
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