Biografia Studiò medicina presso le università di Gottinga, Heidelberg e Berlino e proseguì la sua formazione a Parigi. Dopo la laurea, lavorò come medico generico nella sua città natale di Elberfeld (1847), come medico termale a Ober Salzbrunn (1848-49) e come medico a Barmen (1849). Nel 1856 ottenne la sua abilitazione per ostetricia all'Università di Heidelberg.
A causa di un grave infortunio a due delle sue dita, si considerava inadatto alla chirurgia e all'ostetricia, e successivamente dopo la laurea in Biologia, spostò la sua attenzione dalla medicina alla zoologia. Nel 1863 fu nominato professore associato di zoologia e paleontologia e direttore dell'istituto zoologico di Heidelberg, dove nel 1866 ottenne una cattedra a pieni voti. Nel 1882 fu nominato direttore del Museo di storia naturale di Amburgo.
La specie erpetologica Pseudomoia pagenstecheri è chiamato in suo onore.The Eponym Dictionary of Reptiles by Bo Beolens, Michael Watkins, Michael Grayson
Opere principali Trematodenlarven und Trematoden: helminthologischer Beitrag, 1857. Untersuchungen über niedere Seetiere, 1858 (con Rudolf Leuckart);Internationale Monatsschrift für Anatomie und Physiologie, Volume 6 edited by Sir Edward Albert Schäfer tradotto in inglese e pubblicato come "Researches upon some of the lower marine animals" (1859).Article: Researches upon some of the lower marine animals Biodiversity Heritage Library Beiträge zur Anatomie der Milben (2 volumi, 1860–61) . Die ungeschlechtliche Vermehrung der Fliegenlarven, 1864. Die Trichinen; nach Versuchen im Auftrage des Grossherzoglich Badischen Handelsministeriums ausgeführt am Zoologischen Institute in Heidelberg, 1866 (con Christian Joseph Fuchs). Allgemeine Zoologie, oder Grundgesetze des thierischen Baus und Lebens (4 volumi, 1875–81).HathiTrust Digital Library published works
Note
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