La cronometro maschile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2016, ventiduesima edizione della prova, si disputò il 14 settembre 2016 su un percorso di 25,5 km con partenza da Josselin e arrivo a Plumelec, in Francia. La medaglia d'oro fu appannaggio del francese Alexys Brunel, il quale completò il percorso con il tempo di 35'58"76, alla media di 42,539 km/h; l'argento andò allo svizzero Marc Hirschi e bronzo al norvegese Iver Knotten.
Sul traguardo 54 ciclisti su 54 partenti portarono a termine la competizione.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Alexys BrunelFrancia35'58"762 Marc HirschiSvizzeraa 11"3 Iver KnottenNorvegias.t.4 Stefan BisseggerSvizzeraa 26"5 Andreas LeknessundNorvegiaa 33"6 Jarno MobachPaesi Bassia 37"7 Barnabás PeákUngheriaa 39"8 Jakub OtrubaRep. Cecaa 41"9 Felix GroßGermaniaa 44"10 Nik CemazarSloveniaa 46"
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Categoria:Campionati europei di ciclismo su strada 2016