La gara in linea maschile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2006 si disputò il 15 luglio 2006 su un percorso totale di 133,2 km, con arrivo ad Valkenburg, nei Paesi Bassi. La vittoria fu appannaggio del francese Etienne Pieret, che terminò la gara in 3h20'14", precedendo l'italiano Thomas Bertolini e l'olandese Ronan Van Zandbeek.
Al traguardo 38 ciclisti portarono a termine la competizione.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Étienne PieretFrancia3h20'14"2 Thomas BertoliniItalias.t.3 Ronan Van ZandbeekPaesi Bassis.t.4 Niki ØstergaardDanimarcas.t.5 Martijn KeizerPaesi Bassis.t.6 Adriano MaloriItaliaa 2"7 Tony GallopinFranciaa 9"8 Robin ChaigneauPaesi Bassia 22"9 Evaldas ŠiškevičiusLituanias.t.10 Boy Van PoppelPaesi Bassia 33"
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Categoria:Campionati europei di ciclismo su strada 2006