La storia dell'Uganda comprende la storia dell'attuale stato dell'Uganda e dei regni che lo hanno preceduto.
I regni dei Bantu e dei Bahima, a causa della mancanza di documentazione scritta, si considerano spesso appartenenti alla preistoria, la tramandazione scritta della storia inizia infatti intorno al XIX secolo, epoca a cui risalgono i regni di Buganda e Bunyoro.
Nel 1896 l'Uganda diviene un protettorato britannico e lo rimane fino al 1962, anno dell'indipendenza. I decenni successivi sono caratterizzati dalle dittature di Milton Obote (dal 1962 al 1971 e dal 1980 al 1985) e di Idi Amin (dal 1971 al 1979) e in seguito dalla, più moderata, presidenza di Yoweri Museveni (dal 1986).
Storia precoloniale Preistoria Numerosi ritrovamenti fossili nelle diverse regioni della East African Rift System fanno presumere che processi essenziali dell'evoluzione umana abbiano avuto luogo in queste regioni. Gli antropologi si riferiscono spesso all'area comprendente l'Uganda e i paesi confinanti definendola "culla dell'umanità".
Nel remoto passato l'Uganda era coperta da fitte foreste equatoriali abitate da tribù pigmee di cacciatori e raccoglitori che circa 2000 anni a.C. furono scacciate dall'arrivo dapprima di popolazioni di allevatori di lingua cuscitica provenienti da nord e in seguito da popolazioni di agricoltori Bantu. Intorno all'anno 100 vi fu una nuova immigrazione di popolazioni di allevatori nell'ovest dell'Uganda.
Si svilupparono delle società nelle quali l'elemento principale era la tribù. Dopo il IX secolo vi fu un processo di integrazione fra le popolazioni di coltivatori Bantu e quelle di allevatori Bahima.
L'epoca dei regni A partire dal X/XI secolo la dinastia Batembuzi costituì il regno di Kitara con capoluogo a Bigo Bya Mugenyi. Ai Batembuzi seguirono i Bachwezi giunti nel XIV secolo e ai quali si deve l'introduzione nella regione di alcune novità, la coltura del caffè, la lavorazione del ferro e la diffusione dei bovini della specie Ankole. Il regno di Kitara conobbe il suo massimo splendore tra il XIV e il XV secolo; in seguito declinò gradualmente fino a lasciare spazio al regno di Bunyoro, chiamato talvolta anche Bunyoro-Kitara.
Fondato nel XV secolo nella parte occidentale dell'Uganda (nell'area del Lago Alberto) da popolazioni di allevatori nilotiche, il regno di Bunyoro divenne il primo dei cinque grandi regni dell'Uganda. Il sovrano, che non aveva una residenza fissa, era detto Omukama. L'amministrazione del territorio avveniva tramite i capitribù.
A partire dal XVII secolo crebbe progressivamente l'influenza del vicino regno di Buganda. Nel XVIII secolo questo prese il sopravvento sul regno di Bunyoro e divenne il principale regno della regione.
I sovrani di Buganda, chiamati Kabaka, rafforzarono il loro regno tramite saccheggi e con la vendita dell'avorio ai commercianti arabi insediatisi sulle coste dell'attuale Kenya. Di minore influenza erano i regni di Ankole nella parte sud-occidentale del paese, di Busoga a sud-est e quello di Toro situato tra Ankole e Bunyoro, di cui era inizialmente una provincia e da cui si rese indipendente nel 1822.
Nel meno fertile settentrione del paese, in cui si erano insediate popolazioni nilotiche, la struttura sociale era composta da molteplici tribù spesso nomadi, senza organizzazioni più complesse che le raggruppassero. Nel regno di Buganda la proprietà terriera era accentrata nelle mani del sovrano (Kabaka); alla guida delle singole Saza (distretti) erano posti dei capitribù responsabili del mantenimento dell'ordine, delle riscossioni fiscali, dell'amministrazione della giustizia e della suddivisione dei terreni ai contadini. I capi facevano parte dell'aristocrazia (Bakungu) e potevano delegare alcuni compiti a membri dell'aristocrazia minore (Batongole).
I ruoli non erano ereditari e venivano riassegnati dal Kabaka, assistito dal Lukiko, un consiglio composto da aristocratici che, pur non avendo potere decisionale, rivestiva un importante ruolo consultivo. Il Kabaka era anche il comandante dell'esercito e della flotta, composta da diverse centinaia di imbarcazioni da guerra.
Epoca coloniale L'arrivo degli europei Intorno al 1840 si intensificarono i traffici commerciali con gli arabi che erano alla costante ricerca di avorio e di schiavi. Anche i regni minori come quello di Kitara (che aveva riconquistato l'autonomia dal Bunyoro) e quello di Karagwe nell'est del paese avevano relazioni commerciali con gli arabi. In alcune regioni, a quest'epoca, si era diffuso l'islam.
All'epoca del Kabaka Mutesa I, al potere dal 1856, l'Uganda raggiunse il massimo splendore. In quel periodo si ebbero i primi contatti con esploratori europei: nel 1862 il kabaka incontrò John Hanning Speke e James Augustus Grant, entrambi alla ricerca delle sorgenti del Nilo; nel 1875 arrivò Henry Morton Stanley. Tra il 1860 e il 1870 iniziò l'espansione dei Chedivè d'Egitto che, guidati da Isma'il Pasha ed Emin Pasha, tentarono di raggiungere il nord dell'Uganda e inviarono nel paese Samuel White Baker, governatore della provincia equatoriale. Baker tentò di annettere il regno di Bunyoro ma fu sconfitto dall'Omukama Kabalega e costretto al ritiro. Da quel momento i rapporti fra Inghilterra e Bunyoro rimasero improntati su una reciproca diffidenza.
Cristianesimo e islam Nel 1877 giunsero nel Buganda i primi missionari anglicani (Church Missionary Society), seguiti a distanza di due anni da quelli cattolici (Padri bianchi). I missionari arrivarono in seguito ad una lettera di Stanley pubblicata sul Daily Telegraph nel 1875Nel 1875 il Daily Telegraph pubblicò la celebre lettera di Stanley in cui sfidava il Cristianesimo a inviare missionari in Uganda ("challenging Christendom to send missionaries to Uganda;").
Stanley era giunto nell'area in un momento in cui il Kabaka Mutesa I stava cercando mezzi per affrontare la progressiva penetrazione dell'Islam proveniente da nord e da est. Nei decenni precedenti era infatti aumentata la diffusione dell'Islam introdotto dagli arabi durante il regno del Kabaka Ssuna II (1836-1856). Mutesa I, nonostante fosse in buoni rapporti con gli arabi e osservasse alcuni riti islamici, non era completamente convertito. Il sovrano fu impressionato dalle risposte offerte da Stanley alle sue domande in materia religiosa e contava sull'aiuto degli europei per contrastare l'antica rivalità con il regno di Bunyoro. Stanley approfittò quindi dell'arrivo di Ernest Linant de BellefondsFiglio del più celebre Louis Maurice Adolphe Linant de Bellefonds, noto anche come Linant Pasha, ingegnere capo del Canale di Suez, inviato dal generale Gordon, governatore generale del Sudan orientale, per verificare se l'Uganda fosse un territorio appetibile per un'annessione. Stanley consegnò a Bellefonds la sua lettera per il Daily Telegraph. Sfortunatamente Bellefonds venne ucciso nei pressi di Gondokoro durante il suo viaggio di ritorno verso Karthoum; i suoi resti furono ritrovati solo tempo dopo e la lettera giunse infine a destinazione con notevole ritardo.
L'arrivo dei missionari protestanti (giugno 1877) e successivamente di quelli cattolici (febbraio 1879) creò un certo disorientamento nella popolazione del Buganda. La competizione fra le due fazioni di missionari rifletteva di fatto la rivalità fra Francia e Inghilterra, entrambe volte ad ampliare la loro influenza in Africa. Il sospettoso Mutesa I inizialmente confinò i missionari nella capitale e a corte, dove iniziarono la loro opera di conversione e contestualmente iniziarono i contrasti ai quali Mutesa I assisteva attendendo invano che, oltre al verbo, venissero distribuite le tanto attese armi e munizioni.
Di questa situazione si avantaggiarono gli arabi che proseguirono l'opera di propagazione dell'Islam screditando, agli occhi di Mutesa I, le fazioni cristiane. I leader religiosi locali acquistarono potere e il sovrano perse la fiducia nell'opera dei missionari. Alla sua morte (1884) salì al trono Mwanga II. Nello stesso periodo (1884/1885) a Berlino, la Conferenza sul Congo, riconobbe le rivendicazioni britanniche sull'Uganda.
Protettorato britannico In Uganda la crescente messa in discussione del potere del Kabaka, sia da parte dei leader locali sia da parte delle rivendicazioni di maggiore "democraticità" e minore autoritarismo portarono il nuovo sovrano a prendere alcune misure drastiche: imprigionamento e assassinio di un vescovo (James Hannington) e svariate esecuzioni di missionari e di convertiti. Nel 1888 Mwanga II fu deposto con l'aiuto congiunto di cristiani e musulmani, questi ultimi, pochi mesi dopo, scacciarono i cristiani da Kampala. Il sovrano in carica, Kiweewa, al rifiuto di farsi circoncidere venne deposto e al suo posto salì al trono il fratello Kalema. I cattolici ripiegarono a sud, nell'attuale città di Masaka mentre i protestanti si arroccarono a nord.
Vi furono alcuni vani tentativi di rovesciare il regime islamico, i cattolici furono raggiunti dal deposto Mwanga, un nuovo (ottobre 1889) tentativo congiunto cattolico-protestante di reinstarurare il sovrano riportò sul trono Mwanga II ma i musulmani, sfruttando la rivalità fra i regni, si allearono con il Bunyoro e un mese dopo rovesciarono nuovamente Mwanga II, reinsediarono Kalema e costrinsero i cristiani e Mwanga II all'esilio sull'isola di Bulingugwe nel lago Vittoria.
Nello stesso periodo si trovava nella regione Carl Peters, inviato dell'Impero tedesco che ebbe dei colloqui e delle negoziazioni con Mwanga II, non riuscì tuttavia a raggiungere la firma di un trattato (e al suo inviato), d'altronde il 1º luglio 1890 il trattato di Helgoland-Zanzibar sancì un'ulteriore spartizione dei territori della regione, da una parte venne creata l'Africa Orientale Tedesca (attuali Tanzania, Ruanda e Burundi) dall'altra Uganda e Kenya furono assegnati in modo definitivo alla sfera d'influenza britannica.
Nel 1890, dopo aver firmato un trattato con Frederick Lugard in cui accettava la protezione della Imperial British East Africa Company (IBEAC), Mwanga II tornò sul trono, non più come sovrano potente e incontrastato ma ormai in balìa delle rivalità religiose ma soprattutto politiche degli stranieri presenti nel paese. Nel regno si crearono due fazioni: i Wafaransa (i convertiti al cattolicesimo) e i Wangereza (convertiti al protestantesimo), gli indigeni non si resero conto di essere strumenti in mano alle lotte imperialiste fra le potenze coloniali. Nel 1892 scoppiò un nuovo conflitto fra i francesi (cattolici) e i sostenitori degli inglesi. I francesi furono battuti per via dell'intervento armato di Lugard.
Nel 1893 giunse in Uganda l'inviato britannico Sir Gerald Portal che stabilì la sua sede a Entebbe (che divenne poi capitale del paese) e nel 1894 dichiarò il Buganda protettorato britannico firmando con il sovrano Mwanga II un nuovo trattato che trasferiva di fatto l'amministrazione del paese all'Inghilterra. Tramite questo nuovo trattato Mwanga II si impegnava a offrire a Portal supporto militare per la progettata sottomissione dei regni di Toro, Ankole, Busoga e Bunyoro. I britannici sconfissero il Bunyoro e il Toro e occuparono i territori degli Acholi nel settentrione del paese, Busoga e Ankole firmarono invece dei trattati che riconoscevano la sovranità britannica sui loro regni.
Del 1896 è la proclamazione del protettorato britannico sull'intero paese (fatta da Henry Edward Colville). Nel 1897 Mwanga II abbandonò il trono, si alleò con Kabalega, sovrano del Bunyoro e insieme guidarono una rivolta contro i britannici, furono battuti nell'aprile del 1900 e inviati entrambi in esilio sulle Seychelles. Nel frattempo Lugard insediò sul trono del Buganda il figlio di Mwanga II, Daudi Chwa II che aveva solo un anno, la guida del paese fu affidata a tre reggenti nominati dai britannici.