Biografia La nascita e gli studi Giuseppe Guarino nacque dal notaio don Michele e da donna Angela Papia la mattina del 6 marzo 1827 in Montedoro, al tempo diocesi di Agrigento. Lo stesso giorno ricevette il battesimo, con il nome di Giuseppe Giovanni Guarino, amministrato dallo zio Pietro Guarino, parroco di Montedoro.
Nell'estate del 1838, col permesso della Curia vescovile di Agrigento, indossò l'abito ecclesiastico. Il 21 dicembre 1838 ricevette la tonsura e l'ostiariato da Ignazio Montemagno, vescovo di Agrigento, nella cappella del palazzo vescovile. Nel 1839 Giuseppe Guarino fece il suo ingresso nel seminario di Agrigento, ove fu ammesso con decreto del vicario capitolare. Nel 1846 Guarino iniziò a frequentare gli insegnamenti di teologia ed ebbe modo di seguire anche gli insegnamenti di diritto, canonico e civile, che successivamente avrà modo di approfondire nel corso del quinquennio collegiale. Trascorse gli anni del seminario come studente eccellente, senza mai ricevere censure, nonostante la rigidità della disciplina. Fu viceprefetto di camerata, prefetto degli studenti di teologia ed esaminatore degli studenti ammessi al suddiaconato. Durante gli anni di studio di filosofia ricevette gli ordini minori da mons. Lo Jacono vescovo di Agrigento, evitando di recarsi nella nuova diocesi di Caltanissetta, eretta dal Sommo Pontefice scorporando parte del territorio della diocesi di Agrigento (tra cui anche il comune di Montedoro). Nel 1848 iniziò la quaestio publice disputata in teologia, ma i moti rivoluzionari interruppero le disputazioni e il seminario venne sciolto. Il 23 settembre 1848 fu incardinato definitivamente nell'ordine, ricevendo l'ordinazione suddiaconale da mons. Stromillo vescovo di Caltanissetta, mettendosi al riparo da una eventuale leva forzata causata dai moti rivoluzionari. Compiuti i 22 anni, gli venne conferito il diaconato nell'ordinazione di SitientesÈ il sabato della IV settimana di Quaresima, così detto dalla prima parola dell'introito. del 1849 dal vescovo di Caltanissetta mons. Stromillo. In quegli anni conobbe il priore benedettino Giuseppe Benedetto Dusmet, con cui instaurò una profonda amicizia spirituale che durò tutta la vita. Con dispensa papale, concessa da Pio IX su richiesta del vescovo di Caltanissetta, fu ordinato sacerdote con 18 mesi di anticipo, il 22 settembre 1849 dal vescovo di Caltanissetta. Nel 1850 fu ammesso al Collegio dei santi Agostino e Tommaso, in Agrigento, al fine di perfezionare la formazione in morale e diritto, e qui completò il corso di studi articolato in un sessennio.
I primi incarichi Nel 1855 l'arcivescovo di Palermo mons. Planeta, giudice del Tribunale di Monarchia e Apostolica Legazia, su segnalazione del rettore del seminario di Agrigento mons. Giuseppe Oddo, chiamò Guarino a Palermo nominandolo segretario del Tribunale di Monarchia e Apostolica Legazia. Il 4 aprile 1857 venne nominato beneficiale e concorrendo ad un canonicato vacante, riservato ai beneficiali, ottenne il canonicato e prese possesso dello scanno il 6 agosto 1857. Nell'ottobre 1859, a sua insaputa, fu nominato con regio decreto Ufficiale capo del II carico degli Affari Ecclesiastici del Real Ministero e Segreteria di Stato, lasciò così l'Apostolica Legazia. Anche in questo nuovo ufficio il can. Guarino seppe farsi apprezzare e stimare da tutti, tanto che quando alla Real Casa di Borbone si sostituirono i Savoia, egli non fu allontanato dal Dicastero e continuò a difendere i diritti della Chiesa e, soprattutto, ad agire in difesa dei deboli e dei sofferenti. Tra il 1861 e il 1871 fu titolare della cattedra di diritto canonico presso la Regia Università di Palermo.
Arcivescovo di Siracusa Nel 1868 l'arcidiocesi di Siracusa rimase vacante per la morte di mons. Angelo Robino; la sede vacante si protrasse anche per i tentativi del governo liberale di intervenire nella nomina dei vescovi, che era soggetta all'exequatur e alla pretesa di subentrare nel regio patronato ai precedenti monarchi, ossia di godere del diritto di presentazione dei vescovi. Dopo la frattura tra Chiesa e Stato con la presa di Porta Pia del 20 settembre 1870, la Santa Sede rifiutò di concordare le nomine dei vescovi e tra il 1871 e il 1872 procedette a nomine unilaterali per le diocesi siciliane, scegliendo per Siracusa Giuseppe Guarino, che risultò inviso al governo. La Procura Generale del Re di Palermo trasmise al ministro Guardasigilli la seguente nota: «Il Sacerdote Guarino versato nelle discipline canoniche e nella filosofia morale, è in fama di onesto e gode la stima del clero, che ha ben visto la promozione di lui alla dignità vescovile. Come prete mal vede l'ordine di cose stabilito in Italia dal 60 in qua; e sebbene riserbato non nasconde il desiderio che ha di vederlo distrutto. Per la qual cosa fu tenuto sempre d'occhio dall'Autorità politica, che qualche volta lo ha indiziato come complice di cospirazione contro il Governo, il che per altro non si è potuto mai giudiziariamente stabilire».Gaetano Zito, L'arcivescovo Guarino, la Santa Sede e le Chiese di Sicilia. Nomine vescovili tra regio patronato ed exequatur, in Il cardinale Giuseppe Guarino e il suo tempo. Chiesa, movimenti, istituzioni civili nella Sicilia di fine Ottocento, a cura di Cesare Megazzù e Giovan Giuseppe Mellusi, Atti del Convegno di studi, Messina 16-17 marzo 2012, Messina, 2013, p. 261, ISBN 978-88-87617-56-6
L'annuncio ufficiale fu dato il 3 dicembre 1871 all'arcivescovo di Palermo, da un prelato della Curia Pontificia. Mons. Guarino, apprese la notizia con particolare trepidazione, ritenendosi inadeguato al nuovo incarico, tentò di sottrarsi all'elezione, scrivendo di proprio pugno al Pontefice Pio IX, ma non vi riuscì. Venne consacrato nell'ordine episcopale il 17 marzo 1872 dall'arcivescovo di Palermo mons. Michelangelo Celesia (vescovi ordinanti mons. Ruggero Blundo vescovo di Cefalù, mons. Cirino vescovo di Derby). Il 21 marzo 1872 si insediò nell'arcidiocesi di Siracusa per procura al Ciantro del Capitolo della Cattedrale don Gaetano Bonanno, vicario capitolare, il quale si immise nel canonico possesso per "acceptationem mitrae archiepiscopalis in capite". Il nuovo arcivescovo arrivò in Siracusa il 17 aprile 1872, in treno.
Non ricevette mai l'exequatur, ma ebbe invece l'ingiunzione di lasciare il palazzo arcivescovile, da cui fu sfrattato con l'uso della forza, ma anche l'allontanamento coatto dalla diocesi e l'affidamento della diocesi a un vicario capitolare.
Arcivescovo di Messina e Archimandrita del SS. Salvatore Nel giugno del 1875 mons. Guarino apprese di esser stato designato alla successione di Luigi Natoli nella cattedra arcivescovile di Messina. Con bolla pontificia del 2 luglio 1875, Giuseppe Guarino venne nominato arcivescovo metropolita di Messina. Il 27 luglio prese canonico possesso dell'arcidiocesi per procura e il 3 agosto si insediò, giungendo in treno a Messina, salutato da una moltitudine festante. Venne accolto alla porta della cattedrale di Messina dal capitolo dei canonici e dal clero dell'arcidiocesi. Non essendo munito del regio exequatur non poté entrare in episcopio e soggiornò in seminario. Anche alla cancelleria e all'archivio diocesano furono posti i sigilli dall'autorità civile, che considerava la sede vacante.
L'opportunità di richiedere l'exequatur fu vagliata attentamente assieme alla Santa Sede, in particolare con li cardinale Antonio Maria Panebianco. Da un punto di vista di principio la Santa Sede non riconosceva il diritto di exequatur al governo e tanto meno la pretesa di patronato regio sulle diocesi della Sicilia. Di conseguenza i vescovi siciliani, impossibilitati a prendere possesso dei beni della mensa vescovile, non avrebbero potuto presentare al governo le bolle di nomina per ottenere lexequatur. Dall'altro lato le necessità pastorali, in particolare le nomine dei parroci e la sospensione di alcuni sacerdoti indegni che amministravano beni ecclesiastici derivanti dalla spoliazione di ordini religioni soppressi, rendevano urgente che i provvedimenti del vescovo trovassero attuazione e che i sacerdoti interessati non potessero resistervi con il sostegno dell'autorità civile. Nel dicembre del 1876 mons. Guarino fu autorizzato dalla Santa Sede a richiedere lexequatur, anche per sondare quale sarebbe stata la risposta del governo. La risposta del governo fu negativa, perché l'arcidiocesi di Messina era considerata di patronato regio, pertanto difettava la presentazione del re alla Santa Sede.
Una seconda richiesta di exequatur fu presentata e accolta il 27 luglio 1879. Nella richiesta mons. Guarino scriveva: «Oggi presenta le Bolle Pontificie, pregando l’Eccellenza Vostra di munirle del Regio Exequatur per gli effetti della temporalità. E poiché il sottoscritto conosce che dal Real Governo si ritiene questa sede di Regio Patronato, prega eziandio l'Eccellenza Vostra a prendere quei provvedimenti che lo mettano in grado, senza ulteriori ritardi e ostacoli, di potere esercitare il suo pastorale Ministero pel maggior bene delle anime», una formula in cui il regio patronato era nominato, senza che l'arcivescovo ne dovesse riconoscere la legittimità.
Da parte del governo la risposta positiva fu concessa, in apprezzamento della prudenza e della moderata intransigenza dell'arcivescovo, ma anche riconoscendo che aveva preso parte alle solenni esequie di Vittorio Emanuele II svoltesi in cattedrale e aveva acconsentito che un sacerdote leggesse un elogio funebre.
L'arcivescovo, difendeva strenuamente la libertà della Chiesa, senza accettare ingerenze, fondate su pretesi diritti ormai anacronistici, accampati da un governo che lavorava a laicizzare la società, lasciando campo libero alla massoneria. Era guidato dalla fedeltà e dalla devozione verso il papa; dall'aderenza al modello del vescovo tridentino, ma anche dall'impegno generoso per la diocesi, per il clero e per la sua formazione culturale e spirituale, per l'attenzione pastorale ai fedeli e per la loro preparazione dottrinale; per la promozione delle opere di carità.Gaetano Zito, L'arcivescovo Guarino, la Santa Sede e le Chiese di Sicilia. Nomine vescovili tra regio patronato ed exequatur, in Il cardinale Giuseppe Guarino e il suo tempo. Chiesa, movimenti, istituzioni civili nella Sicilia di fine Ottocento, a cura di Cesare Megazzù e Giovan Giuseppe Mellusi, Atti del Convegno di studi, Messina 16-17 marzo 2012, Messina, 2013, pp. 257-283, ISBN 978-88-87617-56-6
Il 10 aprile 1883 venne nominato Administrator, ad nutum Apostolicae Sedis della prelatura di Santa Lucia del Mela. Il 31 agosto 1883 con breve apostolico "Ex debito apostolicae servitutis" papa Leone XIII nominò l'arcivescovo di Messina Giuseppe Guarino archimandrita del SS. Salvatore, diocesi contigua a quella di Messina, rimasta da moltissimi anni vacante e retta dal vicario capitolare Agliati. L'Archimandritato del Santissimo Salvatore rimase integro nei suoi privilegi e nella sua giurisdizione (ad eccezione della parrocchia di Sant'Angelo di Brolo, che fu annessa alla diocesi di Patti), mantenne la sua Cattedrale e fu annesso aeque principaliter all'arcidiocesi di Messina: l'unione avvenne in persona episcopi e mons. Guarino resse le due diocesi che rimasero distinte, senza che l'una assorbisse l'altra. Il 6 agosto 1884 Giuseppe Guarino prese canonico possesso dell'archimandridato del SS. Salvatore.
Gli interventi nelle nomine vescovili Se nella serie di nomine di vescovi siciliani del 1871-1872 aveva avuto una grande influenza l'arcivescovo di Catania Giuseppe Benedetto Dusmet, dal 1879 al 1895 fu Guarino a svolgere un ruolo preponderante, prioritario anche rispetto a Michelangelo Celesia, arcivescovo di Palermo e cardinale. Tuttavia questi tre prelati erano spesso in accordo fra loro e soprattutto con Dusmet vi era una lunga amicizia, segnata da una piena sintonia negli indirizzi pastorali e nelle valutazioni sociale-culturali.