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La seconda stagione della serie televisiva Lost è stata trasmessa per la prima volta negli Stati Uniti dall'emittente ABC dal 21 settembre 2005 al 24 maggio 2006.

In Italia è stata trasmessa in prima visione dal canale satellitare Fox dal 18 settembre al 4 dicembre 2006 e in chiaro da Rai 2 dal 13 febbraio al 1º maggio 2007. In Svizzera è stata trasmessa dal 10 dicembre 2006 all'11 febbraio 2007 sulla RSI.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia1 Man of Science, Man of Faith Uomo di scienza, uomo di fede 21 settembre 2005 18 settembre 20062 Adrift Alla deriva 28 settembre 20053 Orientation Orientamento 5 ottobre 2005 25 settembre 20064 Everybody Hates Hugo Tutti odiano Hugo 12 ottobre 20055 …And Found Oggetti smarriti 19 ottobre 2005 2 ottobre 20066 Abandoned Abbandono 9 novembre 20057 The Other 48 Days Gli altri 48 giorni 16 novembre 2005 9 ottobre 20068 Collision Ritrovarsi 23 novembre 20059 What Kate Did Storia di Kate 30 novembre 2005 16 ottobre 200610 The 23rd Psalm Il salmo 23 11 gennaio 200611 The Hunting Party Linea di confine 18 gennaio 2006 23 ottobre 200612 Fire + Water Fuoco e acqua 25 gennaio 200613 The Long Con Il lupo 8 febbraio 2006 30 ottobre 200614 One of Them Uno degli altri 15 febbraio 200615 Maternity Leave Maternità 1º marzo 2006 6 novembre 200616 The Whole Truth Tutta la verità 22 marzo 200617 Lockdown Chiusura 29 marzo 2006 13 novembre 200618 Dave Dave 5 aprile 200619 S.O.S. S.O.S. 12 aprile 2006 20 novembre 200620 Two for the Road Due per la strada 3 maggio 200621 ? ? 10 maggio 2006 27 novembre 200622 Three Minutes Tre minuti 17 maggio 200623 Live Together, Die Alone. Presentato come episodio unico di durata doppia rispetto al normale. Si vive insieme, si muore soli 24 maggio 2006 4 dicembre 2006

Uomo di scienza, uomo di fede Titolo originale: Man of Science, Man of Faith Diretto da: Jack Bender Scritto da: Damon Lindelof Episodio dedicato a: Jack Trama Un uomo (interpretato da Henry Ian Cusick) che sta dormendo su una branda, viene svegliato dal suono di un allarme. Si alza in piedi e si avvia verso un microcomputer dall'aspetto vecchio, risalente probabilmente agli anni settanta. Inserisce velocemente un codice in esso e l'allarme smette di suonare, mentre un timer viene resettato a 108 minuti. Poi, inizia la sua giornata lavandosi, facendo ginnastica e colazione in quello che sembra un appartamento degli anni sessanta e accende un giradischi che riproduce il singolo di Mama Cass, Make Your Own Kind of Music, del 1969. Viene nuovamente allertato da un'esplosione. Prende perciò un fucile Simonov SKS da un'armeria e guarda attraverso una telecamera puntata su un tunnel verticale. In superficie, vi sono Jack Shephard e John Locke.

Jack, John, Kate e Hugo, intanto, discutono sul da farsi ora che la botola è stata fatta esplodere. Jack, convinto sia meglio per loro scendere solo all'alba del giorno seguente, torna alle grotte, dopo che Kate gli ha fatto notare come sul retro della botola vi sia la scritta Quarantena.

In un flashback, Jack riceve al pronto soccorso del suo ospedale una donna, Sarah, vittima di un terribile incidente stradale, che sarà poi la sua futura moglie.

Sull'isola, Shannon, insieme a Sayid, cerca Vincent, il labrador affidatole da Walt. Dopo essersi separati, Shannon, ora da sola, vede in un'allucinazione lo stesso Walt, sanguinante, che cerca di parlarle. Intanto Hugo, di ritorno dalla botola, parla con Jack dei numeri (4 8 15 16 23 42) scritti su un fianco della botola e di come essi, secondo lui, portino molta sfortuna. Jack non gli crede e Hugo, deluso dal suo comportamento, commenta la sua scarsa capacità di sostegno al paziente.

Anni prima, Jack riesce a salvare Sarah, ma le comunica che probabilmente non riuscirà più ad avere il controllo delle gambe a causa di un grave danno alla spina dorsale. Christian lo critica per la sua scarsa abilità nel sostegno al paziente.

Jack, Kate, Locke e Hugo tornano alle grotte. Jack spiega ai sopravvissuti come non sia in realtà possibile rifugiarsi all'interno della botola che hanno aperto e racconta della morte del dottor Leslie Arzt, avvenuta nell'ultimo episodio della prima stagione. John dichiara di voler prendere alcuni cavi per calarsi al suo interno e torna indietro accompagnato da Kate.

Flashback: Jack incontra il fidanzato di Sarah, che ha deciso di lasciarla in seguito all'incidente. Sarah, triste, si è già rassegnata al fatto che non potrà più camminare, ma Jack le promette il contrario.

Alle grotte, Kate si cala nel tunnel con l'aiuto di Locke. La donna però, dopo essersi accorta della presenza di qualcosa di strano sul fondo del tunnel, scompare misteriosamente mentre un fascio di luce azzurra viene proiettato fuori dalla botola. Locke scende per cercarla.

Sempre nel passato, Jack una sera si allena facendo tour de stade. Stanco, perde l'equilibrio e cade, facendosi male ad una caviglia. Un uomo di nome Desmond Hume, che si allena nei paraggi, lo soccorre. Racconta a Jack che si sta allenando per partecipare ad una regata intorno al mondo, mentre Jack gli parla di come non sia riuscito a mantenere la promessa fatta a Sarah. Desmond lo consola e gli consiglia di dare alla donna sempre una speranza di farcela. Tornato in ospedale per iniziare il turno, Jack trova Sarah in condizioni decisamente migliori.

Decisosi a seguire Locke, anche Jack si cala nella botola ed esplora il bunker sottostante. All'improvviso però spunta fuori Locke, minacciato da un uomo armato di pistola, che si rivela essere proprio Desmond Hume.

Alla deriva Titolo originale: Adrift Diretto da: Stephen Williams Scritto da: Steven Maeda e Leonard Dick Episodio dedicato a: Michael Trama Dopo che una granata lanciata dagli Altri ha fatto esplodere la zattera sulla quale dovevano scappare e rapito Walt, Sawyer trascina Michael su un relitto e cerca di rianimarlo, dopo che questi era quasi affogato nel gridare al figlio che stava bene. Sull'isola, intanto, Locke si cala nella botola in cerca di Kate, scomparsa misteriosamente in seguito all'accensione di un faro azzurro; arrivato sul fondo, inizia a esplorare le gallerie di quello che sembra un bunker ma è fermato da Desmond, che puntandogli un Simonov SKS gli chiede: "Sei tu lui?".

Sulla zattera, Sawyer cerca di chiamare Jin per cercare di trovarlo. Michael dà la colpa a Sawyer di quello che è successo, e i due cominciano a litigare, ma sono attaccati da uno squalo attirato dalla spalla sanguinante di Sawyer, che decide di andarsene da quella che Michael chiama la "sua" zattera e, con molta fatica e con una spalla sanguinante, raggiunge a nuoto un altro relitto. Nel frattempo Locke risponde di sì, ma Desmond capisce che sta mentendo; lo costringe a legare Kate, a rinchiuderla in un magazzino di prodotti alimentari e a raccontargli chi sono, da dove vengono, come mai si trovano sull'isola e se qualcuno del loro gruppo di sopravvissuti si è ammalato. Locke risponde di no, sorpreso, e mentre lega Kate le passa di nascosto il suo coltello. A quanto pare, Desmond vive all'interno dell'appartamento da molto tempo. Poi scatta un allarme; Desmond porta Locke all'interno di quella che sembra essere una cupola geodetica sotterranea, lo costringe a inserire in un microcomputer i numeri di Hurley sotto dettatura e a premere il tasto EXECUTE: l'allarme cessa e il timer viene resettato a 108 minuti. Si sente la voce di Jack sceso nel bunker alla ricerca di Kate e Locke; Desmond riporta Locke nell'appartamento, mette il brano Make your own kind of music a tutto volume e accende il faro azzurro per spaventare Jack e costringerlo a spingersi dentro alla stanza del microcomputer. Kate intanto scappa attraverso un condotto di aerazione e che porta alla cupola geodetica; arrivata lì vede, attraverso una griglia, Jack e Desmond con due pistole puntate verso Locke.

Nel frattempo, Sawyer e Michael tornano sullo stesso relitto e raggiungono, dopo che quest'ultimo ha ucciso lo squalo con la pistola di Sawyer, uno dei due scafi della zattera. Trasportati dalla corrente, arrivano su una spiaggia dell'isola; Jin esce improvvisamente dalla giungla urlando con le mani legate, i due lo soccorrono e alla parola del coreano "Altri!" alzano lo sguardo e vedono alcune persone, armate, che si dirigono verso di loro.

Altri interpreti: Henry Ian Cusick (Desmond), Tamara Taylor (Sue), Saul Rubinek (avvocato).

Orientamento Titolo originale: Orientation Diretto da: Jack Bender Scritto da: Javier Grillo-Marxuach e Craig Wright Episodio dedicato a: Locke Trama Un uomo di colore alto, robusto ed armato attacca Michael, Jin e Sawyer ancora prima che essi possano reagire, tramortendoli, e con l'aiuto di altre persone li porta dentro una buca, dove li nascondono. Nel bunker, intanto, Jack e Desmond si affrontano. Locke in un flashback, si ricorda della prima volta in cui incontrò Helen, la sua futura fidanzata, a una seduta di un gruppo per cercare di diminuire la propria rabbia.

Kate continua a percorrere il condotto d'aerazione, e arriva all'armeria del bunker; lì prende un fucile, poi esce e colpisce la schiena di Desmond con il calcio dell'arma. L'uomo cade e dalla sua arma parte un colpo che colpisce in pieno il microcomputer. Desmond è disperato, perché crede che l'apparecchio e il codice che vi si inserisce siano la sola possibilità di salvare il mondo da una catastrofe ogni 108 minuti. Jack gli permette di riparare il computer, ma prima vuole che egli gli racconti la sua storia, e per quale motivo si trova nel bunker. Kate intanto parte per cercare Sayid, unico esperto nel campo di elettronica e telecomunicazioni tra i sopravvissuti. Desmond racconta che circa tre anni prima si trovava su un'imbarcazione nel corso di una regata, il giro del mondo in solitaria, quando è naufragato sull'isola in seguito ad una tempesta; trovato da un uomo di nome Kelvin venne trasportato nel bunker, dove cominciò insieme a quest'ultimo a premere il pulsante. Poi Kelvin è morto e Desmond è rimasto da solo.

Jack non crede all'uomo, e per convincerli Desmond consiglia loro di guardare un filmato presente nella libreria. Locke trova la custodia della pellicola, sulla quale è presente uno strano simbolo ottagonale con un cigno stilizzato al centro e la scritta Orientamento. I due preparano il proiettore e poi guardano il filmato, molto vecchio, danneggiato e nel quale alcune sequenze paiono essere state tagliate: uno scienziato dai tratti orientali, il dott. Marvin Candle, presenta il bunker agli spettatori. Si tratta della terza stazione del Progetto DHARMA (formato da un gruppo di ricercatori che sull'isola pare abbia stabilito un centro di ricerca su larga scala), nota come il Cigno, all'interno della quale due persone si alternano in un turno di 540 giorni, nel corso del quale dovranno passare le proprie giornate immettendo un codice (i numeri 4 8 15 16 23 42) ogni 108 minuti. Jack è arrabbiato, confuso e turbato dal fatto che abbia rincontrato Desmond e trova assurdo ciò che sta accadendo.

Intanto una donna viene fatta scendere nella stessa fossa in cui si trovano Michael, Jin e Sawyer. Si chiama Ana Lucia Cortez, e si trovava nella sezione di coda del volo Oceanic Airlines 815, che è precipitata nell'oceano; Sawyer le dice che ha deciso di attaccare l'uomo, appena egli verrà a trovarli, con la pistola che porta nascosta con sé.

In un flashback, Locke ricorda della sua storia con Helen e del conflitto con il padre, che dopo aver usufruito di un trapianto renale da parte del figlio lo ha abbandonato; Helen lo aiuta a superare il trauma, a patto che però John non vada più in cerca di suo padre e provi a dimenticarlo.