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La sesta stagione della serie televisiva X-Files è andata in onda negli Stati Uniti su FOX dall'8 novembre 1998 al 16 maggio 1999.
In Italia è stata trasmessa dal 21 marzo 1999 al 2 aprile 2000. Nella sua prima trasmissione italiana non è stato seguito l'ordine cronologico originale degli episodi: il 18º è stato accorpato alla stagione successiva.
nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 The Beginning Il principio 8 novembre 1998 21 marzo 1999 2 Drive La corsa 15 novembre 1998 11 aprile 1999 3 Triangle Triangolo 22 novembre 1998 18 aprile 1999 4 Dreamland Area 51 I 29 novembre 1998 30 maggio 1999 5 Dreamland II Area 51 II 6 dicembre 1998 6 How The Ghosts Stole Christmas Fantasmi 13 dicembre 1998 13 giugno 1999 7 Terms of Endearment Ecografie 3 gennaio 1999 6 giugno 1999 8 The Rain King Il re della pioggia 10 gennaio 1999 9 S.R. 819 S.R. 819 17 gennaio 1999 13 giugno 1999 10 Tithonus Vita eterna 24 gennaio 1999 20 giugno 1999 11 Two Fathers Due padri 7 febbraio 1999 5 marzo 2000 12 One Son Un figlio 14 febbraio 1999 13 Agua Mala Agua mala 21 febbraio 1999 12 marzo 2000 14 Monday Lunedì 28 febbraio 1999 15 Arcadia Arcadia 7 marzo 1999 20 giugno 1999 16 Alpha Alpha 28 marzo 1999 19 marzo 2000 17 Trevor Trevor 11 aprile 1999 18 Milagro Milagro 18 aprile 1999 16 aprile 2000 19 The Unnatural L'innaturale 25 aprile 1999 26 marzo 2000 20 Three of a Kind Tris 2 maggio 1999 21 Field Trip Allucinazioni 9 maggio 1999 2 aprile 2000 22 Biogenesis Biogenesi 16 maggio 1999
Il principio Titolo originale: The Beginning Diretto da: Kim Manners Scritto da: Chris Carter Trama In Arizona un uomo muore dopo che dal suo petto esce una strana creatura, che uccide anche un suo collega. Mulder è convocato da una commissione interna per validare i fatti narrati nel lungometraggio cinematografico X-Files - Il film, nonché per mostrare come intende recuperare i dati andati persi nell'incendio del suo ufficio. La commissione non gli crede ma consegna gli X-Files agli agenti Jeffrey Spender e Diana Fowley. Il Consorzio, per provare a catturare la creatura, si avvale dell'aiuto di Gibson, il bambino capace di leggere la mente. Scully e Mulder accorrono in Arizona, ma il caso è rilevato da Spender e Fowley. Mulder si introduce in una centrale nucleare dove sembra si nasconda il mostro. Questo uccide un membro del Consorzio ma risparmia Gibson. L'intromissione nel caso costa a Mulder e a Scully il definitivo sollevamento dagli X-Files.
Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), James Pickens, Jr. (Alvin Kersh), William B. Davis (L'Uomo che fuma), Chris Owens (Jeffrey Spender), Mimi Rogers (Diana Fowley), Jeff Gulka (Gibson Praise), Don S. Williams (Primo Anziano), George Murdock (Secondo Anziano), Wayne Alexander (G. Arnold), Wendie Malick (Vicedirettore Maslin), Arthur Taxier (Vicedirettore Bart), Scott Eberlein (Uomo coi capelli neri). Note: Il dipendente pigro della centrale nucleare (che viene chiamato Homer nella versione italiana) è un chiaro omaggio a Homer Simpson. Nello stesso periodo, un episodio dei Simpson coinvolgeva gli agenti Mulder e Scully (Springfield Files)
La corsa Titolo originale: Drive Diretto da: Rob Bowman Scritto da: Vince Gilligan Trama Mentre Mulder viene intrappolato in una macchina da un signore apparentemente squilibrato, Scully cerca di determinare se l'uomo sia affetto da una malattia mortale e di capire se Mulder possa diventare la prossima vittima di un virus creato dal governo.
Altri interpreti: Bryan Cranston (Patrick Crump), Janine Venable (Vicky Crump), Junior Brown (Virgil Nokes), Michael O'Neill (Capitano di pattuglia), James Pickens, Jr. (Alvin Kersh).
Triangolo Titolo originale: Triangle Diretto da: Chris Carter Scritto da: Chris Carter Trama Mulder va alla ricerca di una nave scomparsa nel Triangolo delle Bermuda nel 1939 e che ora è misteriosamente riapparsa. Ma quando sale a bordo scopre che lui, l'equipaggio e i passeggeri, alcuni dei quali hanno qualcosa di stranamente familiare, sono ancora bloccati nel passato. Per non modificare il continuum spazio temporale e modificare quindi la storia, Mulder è costretto a mediare fra l'equipaggio e la divisione nazista che ha preso possesso della nave.
Altri interpreti: Gillian Anderson (Dana Scully/Donna dei servizi segreti), Mitch Pileggi (Walter Skinner/Ufficiale nazista), William B. Davis (L'Uomo che fuma/Ufficiale nazista), Chris Owens (Jeffrey Spender/Ufficiale nazista), Nicholas Lea (Alex Krycek/Soldato Nazista), Madison Mason (Capitano Yip Harburg), James Pickens, Jr. (Alvin Kersh/Membro dell'equipaggio giamaicano), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Arlene Pileggi (Assistente di Skinner), Laura Hughes (Assistente di Kersh/Cantante). Note: l'episodio è strutturato in lunghi piani sequenza. In questo episodio la scritta "The Truth Is Out There" (La verità è là fuori) al termine della sigla è sostituita dalla scritta in tedesco "Die Wahrheit Ist Irgendwo Da Draußen" dal medesimo significato. A parte David Duchovny e i membri dei Lone Gunmen, tutti i protagonisti ricorrenti della serie hanno un doppio ruolo in questa puntata.
Area 51 I Titolo originale: Dreamland* Diretto da: Kim Manners Scritto da: Vince Gilligan, John Shiban e Frank Spotnitz Trama Una soffiata anonima porta finalmente Mulder e Scully alla mecca degli ufologi, l'Area 51. Ma quando gli agenti sono testimoni di un volo di una navicella che ha l'aria di essere aliena, la mente di Mulder si ritrova scambiata, forse permanentemente, con quella di un agente dell'Area 51, Morris Fletcher. Ognuno dei due dovrà capire in che vita è finito e mentre Mulder cercherà di scoprire se esiste un modo per invertire il processo, Morris si godrà l'occasione di fuggire dalla propria quotidianità.
Altri interpreti: Michael McKean (Morris Fletcher), James Pickens, Jr. (Vicedirettore Alvin Kersh), Nora Dunn (JoAnne Fletcher), Dara Hollingsworth (Christine Fletcher), Tyler Binkley (Terry Fletcher), Michael Buchman Silver (Howard Grodin), John Mahon (Generale Wegman), Scott Allan Campbell (Jeff Smoodge), Julia Vera (Sig.ra Lana Chee), Christopher Stapleton (Capitano Robert McDonough), Eddie Jackson (Copilota), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Dean Haglund (Richard Langly), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers). Note: la storia continua nel successivo episodio Area 51 II.
Area 51 II Titolo originale: Dreamland II* Diretto da: Michael Watkins Scritto da: Vince Gilligan, John Shiban e Frank Spotnitz Trama Scully comincia a sospettare che lo strano comportamento del suo partner, poco compatibile con ciò che lei conosce del suo collega, nasconda più di quanto sembri, mentre Mulder combatte per tornare alla normalità della sua vita prima che sia troppo tardi.
Altri interpreti: Michael McKean (Morris Fletcher), James Pickens, Jr. (Vicedirettore Alvin Kersh), Nora Dunn (JoAnne Fletcher), Dara Hollingsworth (Christine Fletcher), Tyler Binkley (Terry Fletcher), Michael Buchman Silver (Howard Grodin), John Mahon (Generale Wegman), Scott Allan Campbell (Jeff Smoodge), Julia Vera (Sig.ra Lana Chee), Christopher Stapleton (Capitano Robert McDonough), Eddie Jackson (Copilota), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Dean Haglund (Richard Langly), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers). Note: questo episodio è il seguito di Area 51 I.
Fantasmi Titolo originale: How the Ghosts Stole Christmas Diretto da: Chris Carter Scritto da: Chris Carter Trama La sera della vigilia di Natale, Mulder convince Scully a lasciar da parte i festeggiamenti e a visitare una celebre casa maledetta. Si imbatteranno in una coppia di spettri malata d'amore che vive all'interno della casa, determinata a mostrare ai temerari visitatori quanto possano essere solitarie le feste natalizie.
Altri interpreti: Ed Asner (Maurice), Lily Tomlin (Lyda).
Ecografie Titolo originale: Terms of Endearment Diretto da: Rob Bowman Scritto da: David Amann Trama Mentre una madre è accusata di aver ucciso il suo bambino non ancora nato, Mulder e Scully scoprono che il padre ha degli inquietanti segreti.
Altri interpreti: Bruce Campbell (Wayne Weinsider), Lisa Jane Persky (Laura Weinsider), Grace Phillips (Betsy Monroe), Chris Owens (Agente Jeffrey Spender), Michael Milhoan (Arky Stevens), Matthew Butcher (Paramedico).
Il re della pioggia Titolo originale: The King Rain Diretto da: Kim Manners Scritto da: Bell Jackson Trama In un piccolo paese afflitto dalla siccità, Mulder e Scully incontreranno un uomo che sostiene di essere in grado di controllare il tempo atmosferico. Eppure gli agenti scoprono una forza della natura ancora al lavoro, più potente del tempo ed altrettanto imprevedibile.
Altri interpreti: Clayton Rohner (Daryl Mootz), David Manis (Holman Hardt), Victoria Jackson (Sheila Fontaine), Dirk Blocker (Sindaco Gilmore), Francesca Ingrassia (Cindy Culpepper), Tom McFadden (Dottore).
S.R. 819 Titolo originale: S.R. 819 Diretto da: Daniel Sackheim Scritto da: John Shiban Trama Il vicedirettore Walter Skinner è avvelenato da una tossina sconosciuta. Mulder e Scully hanno 24 ore per salvarlo, ma per farlo devono determinare chi lo vuole morto e perché. Nel finale si scopre che la tossina risponde a comando, ed è controllata da Krycek per conto del Consorzio, che quindi ora controlla anche Skinner.
Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), Nicholas Lea (Alex Krycek), Kenneth Tigar (Dott. Plant), Jenny Gago (Dott.ssa Katrina Cabrera), John Towey (Dott. Kenneth Orgel), Raymond J. Barry (Senatore Richard Matheson), Arlene Pileggi (Assistente di Skinner).
Vita eterna Titolo originale: Tithonus Diretto da: Michael Watkins Scritto da: Vince Gilligan Trama Scully viene a sapere che a lei, ma non a Mulder, è stata data la possibilità di dimostrare il suo valore all'FBI e, in coppia con un nuovo partner, indaga su un fotografo di scene del crimine con una misteriosa abilità che gli permette di arrivare giusto in tempo per assistere agli ultimi momenti delle sue vittime.
Altri interpreti: Geoffrey Lewis (Alfred Fellig), Richard Ruccolo (Agente Peyton Ritter), James Pickens, Jr. (Vicedirettore Alvin Kersh), Matt Gallini (Assassino).
Due padri Titolo originale: Two fathers Diretto da: Kim Manners Scritto da: Chris Carter e Frank Spotnitz Trama Una troupe medica, che esegue degli esperimenti su una paziente a bordo di un treno, viene bruciata viva dai ribelli alieni. La paziente è Cassandra Spender, che viene risparmiata, in quanto è la prova vivente del successo della creazione dell'ibrido umano-alieno, da parte del Consorzio. L'Uomo che fuma racconta i fatti ad un interlocutore sconosciuto, dispiacendosi del fatto che il figlio, Jeffrey Spender, invece di servire il Consorzio, rischia di far venire tutto a galla, a causa delle indagini circa i fatti accaduti alla madre. Il Consorzio, di contro, cerca di adottare le solite misure evasive. A fine episodio si scopre che l'interlocutore misterioso è Diana Fowley, che giura fedeltà all'Uomo che fuma (che si scopre chiamarsi C.G.B. Spender ed essere stato marito di Cassandra) e al Consorzio.
Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), William B. Davis (L'Uomo che fuma), Nicholas Lea (Alex Krycek), Chris Owens (Jeffrey Spender), Mimi Rogers (Diana Fowley), Brian Thompson (Cacciatore di taglie alieno), Veronica Cartwright (Cassandra Spender), Don S. Williams (Primo Anziano), George Murdock (Secondo Anziano), Al Ruscio (Quarto Anziano), Frank Ertl (Quinto Anziano), Nick Tate (Eugene Openshaw). Note: la storia continua nel successivo episodio Un figlio.
Un figlio Titolo originale: One Son Diretto da: Rob Bowman Scritto da: Chris Carter e Frank Spotnitz Trama