È stato deputato dal 1996 al 2004 con FI, e nuovamente dal 2008 al 2013 col PdL. Ha ricoperto le cariche di ministro degli esteri nei governi Berlusconi II (2002-2004) e Berlusconi IV (2008-2011) e commissario europeo per la giustizia nella commissione Barroso I (2004-2008).
È stato presidente della Società Italiana per l'Organizzazione Internazionale (SIOI) dal 2012 e anche presidente del Consiglio di Stato nel 2022.
Biografia Studi e avvio di carriera Frattini ha frequentato il liceo classico "Giulio Cesare" di Roma e si è laureato alla facoltà di giurisprudenza nel 1979 presso l'Università "La Sapienza"Scheda sul sito del Ministero degli Esteri. È stato segretario della Federazione Giovanile Socialista Italiana (FGSI) e membro del Partito Socialista Italiano.
Dal 1984 è stato avvocato dello Stato, quindi magistrato del TAR Piemonte. Nel 1986 diviene consigliere di Stato e viene nominato consigliere giuridico del Ministero del tesoro.
Secondo Riccardo Barenghi, già direttore de il manifesto, avrebbe incominciato la sua attività politica, fra gli anni settanta ed ottanta, collaborando con il gruppo comunista extraparlamentare che faceva capo al giornale. Tale ricostruzione, tuttavia, è stata successivamente smentita dallo stesso quotidiano.
Nel 1990 e 1991 ha lavorato come consigliere giuridico del vicepresidente del Consiglio Claudio Martelli nel sesto governo Andreotti.
Ministro nel governo Dini Nel 1994 è nominato segretario generale della Presidenza del Consiglio dei ministri durante il primo governo Berlusconi. Con la fine del primo governo Berlusconi e la nascita del successivo governo Dini nel gennaio 1995, viene nominato ministro per la funzione pubblica e per gli affari regionali e lo resta fino al marzo 1996.
Deputato di Forza Italia
Nel 1996 si candida alle elezioni politiche con il Polo per le Libertà, nella lista di Forza Italia. Viene eletto al collegio di Bolzano-Laives.
Dal 1996 al 2001 è presidente del comitato parlamentare di vigilanza sui servizi segreti (COPACO) eletto con voto unanime di maggioranza e opposizione.
Dal novembre 1997 all'agosto 2000 è stato consigliere comunale a Roma.
Tra il 1999 e il 2011 lavora al CONI alla nuova stesura della Carta federale dell'economia italiana sport agenzia, insieme ai giuristi Andrea Manzella e Lamberto Cardia.
Nel 2001 si era candidato alla Camera, sia nel collegio uninominale di Bolzano, sostenuto dalla Casa delle Libertà e ottenendo anche l'appoggio di formazioni di destra estremaGian Antonio Stella, Bolzano, Frattini corre con la «destra più a destra», Corriere della Sera, 18 aprile 2001., dove ottenne il 42,0% dei voti e venne sconfitto dal rappresentante dell'Ulivo Gianclaudio Bressa, sia nel collegio proporzionale del Veneto 2, dove venne eletto, restando deputato dal maggio 2001 al novembre 2004, quando si dimette per incompatibilità.
Dal 2001 prende parte al governo Berlusconi II in qualità di ministro per la funzione pubblica.
Ministro degli affari esteri e partecipazione italiana alla Guerra in Iraq
Nel novembre 2002, dopo un interim di dieci mesi a seguito dei disaccordi tra Berlusconi e Renato Ruggiero, succede a quest'ultimo — per decisione del premier — nel ruolo di ministro degli affari esteri.
Durante la sua tenuta ministeriale, l'Italia appoggia l'invasione dell'Iraq da parte degli Stati Uniti guidati da George W. Bush, definendolo "intervento legittimo", pur in mancanza di mandato ONU. L'Italia non prese parte militarmente all'invasione dell'Iraq, ma fornì appoggio politico e logistico all'operazione, tanto da essere inserita dalla Casa Bianca nella lista dei membri della Coalition of the willing.
Ha in seguito autorizzato l'invio di un contingente militare e di polizia durante l'occupazione militare statunitense dell'Iraq, in quello da lui definito un "intervento di emergenza umanitaria". Un contingente italiano di circa uomini venne inviato in Iraq poco tempo dopo la fine ufficiale delle operazioni militari su larga scala (annuncio di Bush del 1º maggio 2003). Il 15 luglio 2003 incominciò la missione italiana denominata «Antica Babilonia» alle dipendenze delle forze britanniche nel sud del Paese nella regione di Dhi Qar. L'invio dei militari fu deciso dal voto unanime della maggioranza di governo di Silvio Berlusconi, cui si unirono i parlamentari dell'UDEUR, in contrasto col resto del centro-sinistra. L'Esercito e i Carabinieri i militari italiani furono schierati nel sud sciita con sede nella città di Nāṣiriyya, dove l'italiana Barbara Contini fu posta dalla CPA a capo dell'amministrazione civile incaricata della ricostruzione. Ciò non evitò che il 12 novembre 2003 i soldati italiani fossero oggetto di un attacco suicida a Nassiriya, nel quale 19 dei 23 morti furono italiani, militari e civili. Altri scontri nel settore italiano si verificarono nel corso dei combattimenti fra i miliziani sciiti dellEsercito del Mahdī e le truppe della coalizione (primavera-estate 2004), inclusa la battaglia dei ponti del 6 aprile 2004 a Nassiriya, in cui i bersaglieri italiani fecero una quindicina di morti.
Sempre durante la presenza militare italiana nel sud dell'Iraq, incominciò una lunga serie di rapimenti di stranieri incusi otto italiani, di cui due furono assassinati: la guardia di sicurezza privata Fabrizio Quattrocchi e il giornalista Enzo Baldoni, oltre all'agente del SISMI Nicola Calipari, ucciso da soldati statunitensi durante la liberazione di Giuliana Sgrena. Resta non chiaro se l'Italia pagò un riscatto per il rilascio degli altri sei ostaggi. L'uccisione di Quattrocchi viene comunicata in diretta TV a Porta a Porta, dove Frattini è ospite in studio, cosa che ha sollevato critiche per la mancanza di tatto nell'informare preventivamente la famiglia della vittima, di Luana Benini, L'Unità Frattini è stato in seguito criticato per aver definito Quattrocchi "morto da coraggioso, direi da eroe"Ettore Colombo, Vita.
Nell'autunno 2004 deve lasciare l'incarico alla Farnesina, che passa a Gianfranco Fini a seguito di un rimpasto di governo dovuto alla crisi di maggioranza del 2004 e al varo dell'esecutivo Berlusconi III. La partecipazione italiana all'occupazione post-bellica dell'Iraq rimase impopolare presso l'opinione pubblica italiana. All'inizio del 2006 il Governo Berlusconi III annuncia l'intenzione di ritirare dall'Iraq il contingente italiano entro il mese di novembre, calendario sostanzialmente rispettato dal successivo Governo Prodi II.
Legge Frattini sul conflitto d'interessi
È inoltre autore nella stessa legislatura della cosiddetta legge Frattini, ossia la Legge n. 215/2004, recante "Norme in materia di risoluzione dei conflitti di interessi", approvata dal Parlamento il 13 luglio 2004. Tale legge riceveva in seguito le dure critiche della Commissione di Venezia del Consiglio d'Europa sulla sua compatibilità con gli standard internazionali in materia di libertà di espressione e pluralismo dei mezzi di comunicazioneCommissione di Venezia, Considerazioni della Dott.ssa Sabrina Bono (Presidenza del Consiglio dei Ministri) sulla compatibilità della legge “Frattini” con gli standard del Consiglio d'Europa in materia di libertà di espressione e pluralismo dei media , 13 giugno 2005..
Commissario europeo alla Giustizia, Libertà e Sicurezza
Nel novembre 2004 subentra a Rocco Buttiglione come candidato Commissario europeo per l'Italia alla Commissione Barroso I. La candidatura di Buttiglione era stata bocciata dal Parlamento Europeo. La nomina a Commissario europeo per la Giustizia, la Libertà e la Sicurezza sollevò le perplessità dalla liberaldemocratica britannica Sarah Ludford, dovute ad accuse di appartenenza alla massoneria, sollevate da Buttiglione stesso verso Frattini e da questi smentite. Oltre alla delega alla giustizia e sicurezza, è designato anche come uno dei cinque vicepresidenti della Commissione europea.
Durante il suo termine come commissario europeo, è stato anche delegato dal Presidente del Consiglio al coordinamento degli interventi del governo per lo svolgimento delle Olimpiadi Invernali di Torino 2006. Nella dichiarazione dei redditi 2007 il suo imponibile italiano è risultato zero giacché il suo reddito di Commissario europeo era tassato a Bruxelles.
Nel febbraio 2006, durante la controversia sulle caricature di Maometto sullo Jyllands-Posten, ha difeso la libertà di parola dei media, pur esprimendo disaccordo sul contenuto delle vignette.Statement by Vice-President Franco Frattini on cartoons published by a Danish newspaper europa.eu
A novembre 2006, si è spinto a chiedere controlli più severi sui videogiochi violenti al fine di proteggere l'infanzia. Nel 2007 ha chiesto il divieto del videogioco horror Rule of Rose, criticando il metodo di classificazione europeo PEGI di rating dei videogiochi per sedicenni e più. Rapporti su GameSpot hanno dimostrato che stava cercando un divieto a livello europeo sui videogiochi violenti. Il 6 febbraio 2007 ("Safer Internet Day 2007") ha ricordato la necessità di proteggere i diritti dei bambini, evitando che questi possano avere accesso a materiale razzista, crudele o violento.Declaration on protecting children's rights by Vice President Frattini on Safer Internet Day 2007, European Commission website, undated..Retrieved on 30 July 2007.Gamespot, 18 January 2007, Euro game debate gathers steam
Nell'aprile 2007 ha chiesto che venissero conferiti maggiori poteri a Eurojust, incluso il potere di avviare procedimenti giudiziari presso un procuratore europeo.
Dopo l'attentato all'aeroporto internazionale di Glasgow del 2007, ha criticato la gestione dell'Islam da parte degli stati membri e ha chiesto un "Islam europeo".Goldirova, Rentata 06/07/07: Brussels questions EU capitals over approach to Islam EU Observer
Intervistato da Reuters, ha affermato di voler promuovere il monitoraggio online e la censura di "parole pericolose" come "bomba, uccisioni, genocidio o terrorismo".
Come commissario europeo si è fatto inoltre promotore d'un accordo “di facilitazione dei visti tra Comunità Europea e Federazione Russa” (2007/340/CE: Decisione del Consiglio, del 19 aprile 2007), che ha tuttavia provocato l'espulsione di innumerevoli cittadini europei domiciliati da lungo tempo in Russia sulla base di visti annuali, che per via dell'introduzione da parte dell'accordo d'un limite di permanenza sul territorio di massimo 90 giorni su 180 si videro costretti ad abbandonare il Paese, non potendo più risiedere in loco sulla base di visti annuali illimitati come invece avveniva in passato. L'articolo 5 della legge della Federazione Russa 25/7/2002 n.115, prevede infatti il limite di 90 giorni di permanenza solo a chi non è soggetto al regime di visti, ma l'accordo stilato da Frattini estende tale limite a tutti i cittadini dell'Unione.
Nel 2008 ha preso l'aspettativa dall'incarico di commissario europeo per candidarsi alle elezioni italiane, restando poi in aspettativa fino alla formazione del nuovo governo Berlusconi IV in modo da evitare che la nomina del suo successore a Bruxelles potesse essere definita dal dimissionario governo Prodi. Formato il nuovo governo ha dato formalmente le dimissioni da commissario, risultando in tal modo il secondo commissario europeo di nazionalità italiana a fare questa scelta di "priorità nazionale" sugli incarichi europei dopo Franco Maria Malfatti, Presidente della Commissione dimissionario nel 1972.
Lascia l'incarico nel maggio 2008 e il ruolo di commissario europeo per l'Italia è stato quindi assegnato ad Antonio Tajani, con delega ai Trasporti anziché alla Giustizia.
Deputato del PdL e ritorno alla Farnesina
Alle politiche del 2008 è stato candidato del Popolo della Libertà nel collegio del Friuli-Venezia Giulia ed eletto alla Camera dei deputati.
Dal 2008 al 2011 è tornato Ministro degli affari esteri nel Governo Berlusconi IV, come già tra 2002 e 2004.