Carriera Club Iniziò nel Barcellona B con cui debuttò nella seconda divisione spagnola. Nella stagione 1996-1997 passò al Córdoba dove registrò 15 presenze senza segnare nessun gol. Scese quindi di categoria e passò allo Yeclano, ma a dicembre ritornò ancora in seconda divisione nell'Alavés. Anche qui non giocò molto (10 partite) e segnò una rete. Disputò la stagione 1998-1999 con il Numancia dove trovò spazio e in 38 partite riuscì a realizzare 18 reti.
La stagione successiva tornò quindi all'Alavés e fece il suo esordio nella Liga. In quella stagione la sua squadra si qualificò per la Coppa UEFA 2000-2001, manifestazione nella quale Javi Moreno con 6 gol in 8 partite contribuì a portare i suoi alla finale persa 4-5 contro il Liverpool, nella quale segnò due gol in tre minuti.
Proprio grazie a queste prestazioni venne notato dal Milan, che lo ingaggiò nell'estate del 2001 per 30 miliardi di lire. Tuttavia la stagione a Milano non fu positiva per l'attaccante, che fu oggetto di contestazioni da parte della tifoseria rossonera come quella precedente e l'anno seguente ritornò in Spagna, all'Atlético Madrid. Anche con i Colchoneros i gol stentarono ad arrivare, perciò nel gennaio del 2004 decise di tentare l'avventura inglese con il Bolton. Dopo 8 partite senza gol con i Trotters, Moreno decise di ritornare in Spagna, stavolta al Real Saragozza.
Dal 2005 al 2008 gioca nel Córdoba, A fine agosto del 2008 passa a giocare nel piccolo club dell'isola di Ibiza: l'Eivissa-Ibiza (terza divisione spagnola). Ai primi di dicembre rescinde però il contratto, annunciando l'intenzione di ritirarsi in caso di mancanza di proposte. Dopo circa un anno di inattività, torna a giocare a calcio nel Lucena. A fine stagione, si ritira definitivamente.
Nazionale Javi Moreno ha giocato 5 partite nella nazionale spagnola segnando una rete. Ha debuttato in nazionale il 28 febbraio 2001 contro l'Inghilterra, mentre ha segnato l'unico gol con la maglia della Furie Rosse il 6 giugno dello stesso anno contro la Bosnia ed Erzegovina.
Allenatore Il 23 settembre 2016 viene nominato allenatore della squadra B dell'Agrupación Deportiva Alcorcón, militante in Tercera División (Spagna).
Statistiche Cronologia presenze e reti in nazionale
Palmarès Club
Real Saragozza: 2004
Individuale Capocannoniere della Coppa UEFA: 1 2000-2001 (6 gol)
Note
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Categoria:Calciatori della nazionale spagnola