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La seconda stagione della serie televisiva Bones è stata trasmessa in prima visione negli Stati Uniti d'America da Fox dal 30 agosto 2006 al 16 maggio 2007.
In Italia è stata trasmessa in anteprima assoluta da Rete 4 in due parti: (episodi 1-4) dal 27 agosto al 10 settembre del 2007, (episodi 5-22) dall'8 marzo al 21 giugno del 2008.
nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia 1 The Titan on the Tracks Scambio di identità 30 agosto 2006 27 agosto 2007 2 Mother and Child in the Bay Due scheletri nell'acqua 6 settembre 2006 3 The Boy in the Shroud La rosa di Romeo e Giulietta 13 settembre 2006 10 settembre 2007 4 The Blonde in the Game Il gioco del serial killer 20 settembre 2006 5 The Truth in the Lye Un marito perfetto 27 settembre 2006 8 marzo 2008 6 The Girl in Suite 2103 Immunità diplomatica 4 ottobre 2006 7 The Girl with the Curl Piccole miss 1º novembre 2006 15 marzo 2008 8 The Woman in the Sand La donna nel deserto 8 novembre 2006 9 Aliens in a Spaceship Sepolti vivi 15 novembre 2006 29 marzo 2008 10 The Headless Witch in the Woods Il mistero del bosco 29 novembre 2006 5 aprile 2008 11 Judas on a Pole Il doppio volto della Fede 13 dicembre 2006 12 aprile 2008 12 The Man in the Cell Gli enigmi 31 gennaio 2007 19 aprile 2008 13 The Girl in the Gator Pausa di primavera 7 febbraio 2007 26 aprile 2008 14 The Man in the Mansion Manomissione di prove 14 febbraio 2007 3 maggio 2008 15 The Bodies in the Book Delitto per delitto 14 marzo 2007 10 maggio 2008 16 The Boneless Bride in the River La sposa nel fiume 21 marzo 2007 17 maggio 2008 17 Priest in the Churchyard Devozione cieca 28 marzo 2007 24 maggio 2008 18 The Killer in the Concrete Sotto tortura 4 aprile 2007 31 maggio 2008 19 Spaceman in a Crater Mal di spazio 2 maggio 2007 7 giugno 2008 20 The Glowing Bones in the Old Stone House Ossa luminescenti 9 maggio 2007 14 giugno 2008 21 Stargazer in a Puddle Solo per amore 16 maggio 2007 21 giugno 2008
Scambio di identità Titolo originale: The Titan on the Tracks Diretto da: Tony Wharmby Scritto da: Hart Hanson Trama Bones e Booth si precipitano sul luogo di un deragliamento ferroviario, in cui ha perso la vita un senatore; sembra che un noto cestista si sia suicidato lanciandosi con l'auto sopra i binari. Sul posto è già arrivato il nuovo capo del Jeffersonian, Camille Saroyan, che stenta ad avere un rapporto costruttivo con i membri del laboratorio. Le indagini portano però al riconoscimento del cadavere ritrovato nell'auto, che è stato manipolato per assomigliare al noto giocatore di basket; il corpo appartiene invece ad un tossicodipendente. Resta quindi l'interrogativo di dove sia effettivamente l'uomo, che ha inscenato la sua morte. Grazie all'aiuto di sua moglie, si scopre che l'atleta era anche un grosso investitore di borsa che collaborava con un investigatore privato. Da qui partono alcune ricerche e grazie ad uno stratagemma, Booth otterrà una confessione: l'investigatore e l'atleta avevano collaborato per inscenare la scomparsa di quest'ultimo, sperando di ottenere forti somme di denaro dovute alla speculazione dei titoli in borsa; ma la morte del senatore nel deragliamento del treno, ha portato l'investigatore a disfarsi del suo socio temendo di essere scoperto, gettandolo dall'auto. Ora resterà paralizzato per tutta la vita su un letto d'ospedale, mentre per l'ex investigatore si aprono le porte del carcere.
Altri interpreti: Marlon John (Pompiere), Jeremy Luke (Eddie Bean), Allison Dunbar (Brianna Lynch), Timothy Landfield (l'investigatore Dan Burroghs), Alex Hyde-White (l'investigatore Dietrich Hobbs), Jonell Kennedy (dottoressa Yolanda Lawrence), Sam Witwer (Michael Downs), Ann Cusack (Dianne Hochman), Ray Wise (Rick Turco), Christine Estabrook (Lisa Supek). Ascolti USA: telespettatori Ascolti Italia: telespettatori - share 6,33%
Due scheletri nell'acqua Titolo originale: Mother and Child in the Bay Diretto da: Jesús Salvador Treviño Scritto da: Stephen Nathan Trama Nella baia del Delaware viene ritrovato il cadavere di una donna incinta scomparsa l'anno prima; ancora una volta le indagini vengono focalizzate sull'ex marito della vittima, ripetuto fedifrago e scagionato per mancanza di prove all'origine del fatto. Solo Bones sembra determinata a non puntare il dito contro l'uomo. Ma la scomparsa di quest'ultimo avvicina la curiosità di Booth alla nuova compagna dell'uomo, che, prima indicando di averlo conosciuto solo dopo la scomparsa della moglie, si scopre però averlo avvicinato già diverso tempo prima. Si teme un coinvolgimento della donna nell'omicidio della prima moglie quindi, ma le analisi dello staff e della dottoressa Saroyan, il cui rapporto con Bones stenta a decollare, sui resti della donna e del feto ritrovati, fanno giungere a ben altre conclusioni. Il feto ritrovato infatti è il corpicino di un neonato già nato e poi morto; grazie all'analisi del DNA e alla ricostruzione olografica di Angela, si può risalire alla vera madre: si tratta di un'amica della defunta, che in preda ad una crisi dovuta alla depressione, ha ucciso involontariamente il proprio figlio appena nato. Grazie alle sue abilità di veterinaria poi, ha avvicinato l'amica e, dopo averla uccisa, le ha prelevato il bambino ormai pronto a venir alla luce, scambiandolo con il proprio. Nel frattempo il padre biologico è stato ritrovato e, dopo aver ammesso di essere scappato solo per timore del giudizio di tutti quanti, ha potuto riabbracciare il proprio figlio ed essere scagionato da ogni accusa.
Altri interpreti: Ty Panitz (Parker), Tangie Ambrose (Faith Davis), Shane Johnson (Kyle Richardson), Sean McGowan (Drew), Kirsten Potter (Mary Corbis), Kate Norby (Karen Tyler), Jessica Capshaw (Rebecca Stinson), Jessica Wright (Tina Holmes), Jeff Austin (Michael Jules), Caryn West (Patricia Campbell), Bruce French (Dennis Campbell), Adam Lieberman (l'agente Sanders dell'FBI). Ascolti USA: telespettatori Ascolti Italia: telespettatori - share 7,48%
La rosa di Romeo e Giulietta Titolo originale: The Boy in the Shroud Diretto da: Sanford Bookstaver Scritto da: Gary Glasberg Trama Il ribaltamento di un camion della nettezza urbana consente di ritrovare il cadavere decomposto di un adolescente che era scomparso qualche tempo prima. Questi è avvolto in un lenzuolo e tiene tra le mani una rosa. Angela riesce a ricostruire i tratti del volto, permettendo il riconoscimento nel database nazionale. Assieme al ragazzo è scomparsa anche una sua coetanea e conoscente che diventa la principale sospettata. Le indagini si spostano sulla famiglia della ragazza che viveva in affidamento. Quando quest'ultima viene ritrovata, tenta di addossarsi la colpa dell'omicidio, ma le prove sulla scena del delitto non collimano con la versione data dalla sospettata. Il detective scopre che la ragazza stava tentando di proteggere il fratello addossandosi la colpa; il ragazzino, per paura di restare solo senza la sorella, ha provocato la morte dell'adolescente spingendolo da una finestra dopo averlo colpito a quindici metri di altezza. La sensibilità di Bones verso il caso, anche lei proviene da una famiglia che l'ha adottata, la porta a comunicare con il nuovo capo stabilendo un punto d'incontro che le porterà a collaborare in futuro.
Altri interpreti: Scott Leavenworth (Carter), Kim Staunton (Suzanne Lawler), Tara Karsian (la figlia di Dianne), Dylan McLaughlin (Alex Morris), Tom Choi (agente dell'FBI), Brandon Smith (ragazzo numero 1), Pamala Tyson (Fran Duncan), Kathleen Gati (Mrs. Krane), Jon Sklaroff (Kevin Duncan), William Bumiller (Mr. Krane), Leah Pipes (Kelly Morris). Ascolti USA: telespettatori Ascolti Italia: telespettatori - share 5,52%
Il gioco del serial killer Titolo originale: The Blonde in the Game Diretto da: Bryan Spicer Scritto da: Noah Hawley Trama Una persona a spasso con il suo cane ritrova in mezzo ad un bosco il cadavere di una ragazza scomparsa; ad una prima analisi lo staff di Bones scopre che il modus operandi è lo stesso di una loro vecchia conoscenza, il serial killer Epps. Le indagini si complicano però quando si scopre che un osso del cadavere rinvenuto non fa parte dello stesso, ma appartiene ad una seconda vittima a cui Bones e Booth arrivano grazie ad una serie di indizi che il serial killer lascia, facendosi aiutare inconsapevolmente anche da sua moglie che recapita messaggi ad una casella postale. Nel secondo cadavere viene infatti ritrovato un medaglione appartenente ad una terza ragazza; Angela e Hodgins scoprono delle tracce di sostanze dovute alla disinfezione dall'antrace negli uffici postali e quindi collegano l'aiutante di Epps con un postino: questo permette a Bones e Booth di arrivare in tempo in un ufficio postale dismesso e salvare la ragazza; Bones, con un colpo di pistola, uccide il secondo serial killer (che altro non è che la persona col cane che ha rinvenuto il primo cadavere, sapendo da Epps dove si trovava) mentre sta per colpire Booth.
Altri interpreti: Christie Lynn Smith (Caroline Epps), Jim Jansen (Grant Hathaway), Gregory Scott Cummins (Henry Gerber), Tarah Paige (Helen Majors), Rodney Lane Holland (Gil Lappin), Dohn Norwood (Ranger), Irene Roseen (Suora Karen Dunne). Ascolti USA: telespettatori Ascolti Italia: telespettatori - share 5.61%
Un marito perfetto Titolo originale: The Truth in the Lye Diretto da: Stephen DePaul Scritto da: Scott Williams Trama Un elettricista di mezza età viene ritrovato liquefatto in una vasca da bagno piena di acidi posizionata in un cantiere. Lo staff del Jeffersonian, dopo un'attenta analisi, riesce a dare un volto al malcapitato, scoprendo che questi è poligamo e possiede due famiglie in due città differenti. Le due mogli diventano quindi le principali sospettate ma, dopo avere verificato la loro estraneità ai fatti, le indagini proseguono con l'analisi di un fermacapelli ritrovato nella vasca. Si tratta di un oggetto che appartiene ad una terza donna incinta della vittima, ma anch'essa si dichiara innocente. Una capsula dentaria ritrovata sul luogo dell'omicidio consente al detective di collegare il capocantiere all'omicidio dell'uomo, di cui era creditore di diverse migliaia di dollari; l'omicidio avvenne per un colpo alla testa, che a causa della fragilità ossea del malcapitato risultò fatale. L'insabbiamento del suicidio dentro la vasca però, è da attribuire anche alle donne che avevano scoperto il doppio gioco del marito e volevano fargliela pagare.
Altri interpreti: Bruce Nozick (Pete Valera), Keri Lynn Pratt (Chloe), Bridger Palmer (Ray Seever), Susan Santiago (Lila Turner), Nathan Dean (l'agente Charlie), Melinda McGraw (Gail Seever), Jessica Capshaw (Rebecca Stinson). Ascolti USA: telespettatori Ascolti Italia: telespettatori - share 4,55%
Immunità diplomatica Titolo originale: The Girl in Suite 2103 Diretto da: Karen Gaviola Scritto da: Christopher Ambrose Trama