Curiosamente, dopo l'annuncio (dato il 30 luglio 2006), è stato per alcuni mesi rimpiazzato proprio da Blake Fleming, a sua volta rimpiazzato momentaneamente da Deantoni Parks e poi in via al momento definitiva da Thomas Pridgen.

Jon Theodore è stato il batterista in studio della band (oltre che dal vivo) per tutte le uscite fino ad Amputechture compreso.

In duo con il cantante dei Rage Against the Machine Zack De La Rocha, ha pubblicato il 22 luglio 2008 un EP con il nome di "One day as a lion", registrato per la Anti-records. I cinque brani dell'EP presentano sonorità semplici; percussioni, tastiera e il tipico cantato rap di De La Rocha.

Attualmente suona nei Queens of the Stone Age.

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Theodore, Jon