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La seconda stagione della serie animata Winx Club è stata trasmessa in Italia su Rai Due dal 19 aprile al 14 luglio 2005.

NºTitolo italianoPrima TV Italia 1 La Fenice d'Ombra 19 aprile 2005 2 Il ritorno delle Trix 21 aprile 2005 3 Missione di salvataggio 26 aprile 2005 4 La principessa Amentia 28 aprile 2005 5 Magico Bonding 3 maggio 2005 6 Il matrimonio di Brandon 5 maggio 2005 7 La pietra misteriosa 10 maggio 2005 8 Il guastafeste 12 maggio 2005 9 Il segreto del professor Avalon 17 maggio 2005 10 La cripta del Codice 19 maggio 2005 11 Corsa contro il tempo 24 maggio 2005 12 Unite per la vittoria 26 maggio 2005 13 La dama del ballo 31 maggio 2005 14 Battaglia sul pianeta Eraklyon 2 giugno 2005 15 Lo spettacolo continua 7 giugno 2005 16 Hallowinx! 9 giugno 2005 17 Gemellaggio con le streghe 14 giugno 2005 18 Nel Cuore di Torrenuvola 16 giugno 2005 19 La spia nell'ombra 21 giugno 2005 20 Il villaggio delle Pixies 23 giugno 2005 21 Il potere del Charmix 28 giugno 2005 22 Wildland: la grande trappola 30 giugno 2005 23 Il momento della verità 5 luglio 2005 24 Prigioniera di Darkar 7 luglio 2005 25 Faccia a faccia con il nemico 12 luglio 2005 26 Le ceneri della Fenice 14 luglio 2005

La Fenice d'Ombra Dopo la sconfitta delle Trix e dell'Armata Oscura, le Winx iniziano il secondo anno scolastico. Insieme alle altre studentesse si preparano per la festa di inaugurazione e ristrutturazione di Alfea, alla quale parteciperanno anche gli Specialisti. Mentre Stella cerca quale vestito mettere per l'occasione, Musa si occupa del concerto dell'evento, Tecna della posizione dei posti degli invitati e Flora dell'allestimento floreale, intanto Bloom trova una stanza segreta ad Alfea, l'Archivio Magico, in cui vive una Pixie di nome Concorda. Nel frattempo in un castello sotterraneo, una misteriosa ragazza di nome Aisha cerca di liberare sette Pixie dalla prigionia della Fenice d'Ombra, Lord Darkar, e lui, con i suoi poteri, la fa precipitare nel vuoto. Lei si salva, e casualmente arriva stremata ad Alfea e sviene sotto gli occhi delle Winx.

Il ritorno delle Trix Dopo la sconfitta delle Trix, Icy, Darcy e Stormy sono prigioniere nel Monastero di Roccaluce, una prigione rieducativa sorvegliata dai Cavalieri Templari che ha lo scopo di convertire al bene i malvagi lasciando che si aggirino per un magnifico parco e facendo ascoltare loro musiche rilassanti in modo da eliminare la carica negativa nei loro animi. Le uniche su cui questo meccanismo sembra non funzionare sono proprio le Trix, che anzi sono sempre più incattivite e nutrono sentimenti di vendetta verso le Winx, soprattutto Bloom. La situazione viene rotta dall'improvviso arrivo di Lord Darkar a Roccaluce il quale, in cerca di alleati, libera le tre streghe e, per renderle più potenti, dona loro dei gioielli che recano il potere oscuro del Gloomix.

Ad Alfea, intanto, le Winx sono preoccupate per le condizioni di Aisha, che continua ad avere incubi riguardanti le sue esperienze presso Lord Darkar. Quando si sveglia si rende conto che sono passati quattro giorni e rivela alle Winx di essere una fata e racconta a loro della missione per salvare le Pixie; ma è riuscita a portarne con sé solamente una, la dormigliona Piff, con cui ha instaurato un legame speciale. Le Winx offrono il loro appoggio per aiutarla.

Missione di salvataggio Le Winx decidono di partire con Aisha per salvare le Pixie, ma Faragonda permette solo a Bloom e Stella di andare perché i loro poteri sono molto più efficaci contro i mostri d'ombra. Le altre rimangono quindi ad Alfea a monitorare la missione grazie al computer di Tecna. Aisha, Bloom e Stella vengono accompagnate da Sky e Brandon, ma, arrivati presso l'ingresso del cammino sotterraneo che conduce alla fortezza di Darkar, vengono attaccati dai mostri d'ombra e Brandon e Stella precipitano in un abisso sotterraneo.

La principessa Amentia Bloom, Aisha e Sky decidono di continuare la missione anche senza Stella e Brandon; Aisha è infatti sicura che il fiume in cui sono precipitati sia lo stesso tramite cui lei era riuscita a fuggire da Darkar. Nelle gallerie vengono nuovamente attaccati dai mostri d'ombra, senza che né Bloom né Aisha possano trasformarsi a causa delle esalazioni oscure del luogo, e sono costretti a fuggire.

Nel frattempo ad Alfea, Flora nota Riven sul balcone del loro dormitorio, e gli suggerisce di andare a cercare Musa. Questa, in apprensione per le sue amiche e scoraggiata dal fatto che Faragonda non l'abbia mandata insieme a loro, nonostante l'approccio un po' goffo di Riven, si butta fra le su braccia. Nel mentre, sconsolata, Flora passeggia per il parco insieme a Kiko.

Stella e Brandon, dopo aver rischiato di morire nelle rapide del fiume, finiscono su una spiaggia, dove vengono trovati da due abitanti del regno sotterraneo di Downland. Uno di loro, Sponsus, li porta a casa sua per guarire Stella che, essendo stata troppo a lungo lontana dalla luce del Sole, è allo stremo delle forze. In seguito insiste per presentarli alla fanciulla di cui è innamorato, che si rivela essere nientemeno che la principessa di Downland, Amentia. Questa però appare fin da subito capricciosa e sgarbata e, ignorando Sponsus, rivolge le sue attenzioni a Brandon, da cui rimane ammaliata. Stella è costretta a fuggire per tornare in superficie e recuperare le forze, mentre lui rimane intrappolato là sotto in preda ai vaneggiamenti di Amentia, decisa a sposarlo.

Una volta tornata alla luce del Sole, Stella recupera tutta la sua energia ed è di nuovo in grado di trasformarsi. Scendendo di nuovo nel sottosuolo, s'imbatte in Bloom, Aisha e Sky circondati dai mostri, e li salva con i suoi poteri di luce.

Magico Bonding Ad Alfea, Tecna e Musa ricevono la visita di Livy, la Pixie dei messaggi, che rivela loro tutta la storia di Darkar e di come lei e le altre Pixie abbiano conosciuto Aisha. Intanto, tornati in superficie per sfuggire a una frana, Stella, Aisha, Bloom e Sky si ritrovano impossibilitati a tornare sottoterra a causa di alcune rocce che bloccano loro la strada; riescono, però, a trovare il modo ed entrano nel castello di Lord Darkar, dove affrontano le Trix, uscendone sconfitti, ma un misterioso paladino alato li salva. Anche le Pixie sono libere, e Bloom e Stella stringono il Bonding, un magico legame, con due Pixie: Bloom lo ha con Lockette, Pixie delle Soglie, mentre Stella con Amore, Pixie dell'Amore.

Il matrimonio di Brandon Liberate le Pixie, queste ultime insieme a Stella, Aisha, Bloom e Sky arrivano a Downland per impedire le nozze di Brandon, ma vengono catturati. Amore, mentre vaga per le strade dopo essersi persa, incontra Sponsus, ragazzo al servizio della famiglia reale, ubriaco per essere stato rifiutato da Amentia: la Pixie incanta il mazzo di rose della principessa, facendo in modo che s'innamori di Sponsus, e così Brandon è salvo. Il gruppo, ora riunito, torna ad Alfea.

La pietra misteriosa Durante uno spettacolino allestito da Livy racconta degli avvenimenti successi di recente agli animali fatati che vivono ad Alfea.

Dopo che Bloom, Stella, Aisha, Sky, Brandon e le Pixie sono tornati ad Alfea, Flora, Musa e Tecna accolgono con felicità le loro amiche e stipulano il Bonding ciascuna con una piccola fatina: Tecna con Digit, Pixie della Nano-Tecnologia, Flora con Chatta, Pixie delle Chiacchiere, e Musa con Tune, Pixie delle Buone Maniere.

Durante una giornata tempestosa, nel Lago di Roccaluce appare un monolite misterioso che Faragonda mostra alle Winx ordinando loro di distruggerlo, ma ognuna di loro fallisce. Dopo una prima giornata di prove, solo Bloom è ancora ostinata a distruggere il manufatto, ma usa un troppo alto dispendio di energie e sviene. Tuttavia, un uomo misterioso la soccorre e la riporta dalle sue amiche. Successivamente Faragonda presenta a tutte le studentesse lo sconosciuto, che non è altri che un nuovo insegnante di Alfea di nome Avalon, luminare della prestigiosa Accademia dei Malafoi, che insegnerà una nuova disciplina: Analisi Conoscitiva. Bloom, Stella e Aisha lo riconoscono come il guerriero alato che le aveva salvate durante la missione sotterranea. Si scopre anche che a far apparire il monolite era stata Faragonda e Avalon dà una piccola dimostrazione dell'utilità della propria materia distruggendolo. Le ragazze ne rimangono affascinate, soprattutto Bloom, che inizia ad avere degli incontri privati con il professore per potenziare la propria magia, suscitando la gelosia di Sky.

Il guastafeste È il giorno della riapertura di Fonterossa, distrutta dall'armata delle Trix qualche tempo prima, tutte le fate di Alfea, le streghe di Torrenuvola e gli abitanti di Magix sono invitati al grande evento. Le Winx vengono presentate a Helia, un nuovo Specialista amante della pittura e nipote di Saladin, del quale Flora s'innamora. Anche le Trix partecipano alla festa sotto mentite spoglie per cercare il pezzo di un antico codice, il Codex, di cui Darkar vuole impossessarsi. Per permettere alle streghe di avviare le ricerche, invia un mostro come diversivo, che viene sconfitto da fate e Specialisti.

Il segreto del professor Avalon Tecna e Digit sono molto incuriosite dal potere di Avalon e anche sospettose del fatto che nasconda le ali, quando invece le aveva mostrate durante il combattimento contro le Trix. Le due si convincono così, leggendo un libro, che in realtà si tratti di un mostro che si rivelerà, portando distruzione, all'allineamento dei tre pianeti sacri Orex, Fallat e Rot. Tecna si reca quindi con Timmy dalla preside Griffin, esperta di allineamenti dei pianeti, per sapere l'ora in cui i pianeti saranno sovrapposti e mette al corrente le altre Winx, tranne Bloom, che sta studiando il suo passato proprio con il professor Avalon. Arrivata l'ora dell'allineamento, le Winx attaccano il professore, ma quest'ultimo non si trasforma in un mostro e non accade nessuna distruzione. Le ragazze scoprono che Avalon usa le ali solo in momenti di pericolo proprio come fanno loro e vengono punite da Faragonda e Griselda per quello che hanno fatto.

La cripta del Codice Sky e Bloom litigano al telefono dopo una lezione privata di quest'ultima con il professor Avalon: Bloom è infatti entusiasta di tutte le cose che sta scoprendo grazie a lui e Sky è geloso. Il giorno dopo tuttavia Bloom decide di andare a Fonterossa insieme a Flora e Tecna per cercare di chiarirsi con il fidanzato, benché sia convinta che il suo comportamento sia infantile ed esagerato.

Allo stesso tempo anche le Trix, su ordine di Darkar, si dirigono a Fonterossa per rubare una volta per tutte il pezzo del Codex nascosto lì. Darcy evoca una sfera che lancia attacchi sulla scuola per distrarre la maggior parte degli Specialisti, ma grazie alle informazioni di Riven, che riconosce la magia della strega, Codatorta capisce che è opera delle Trix e manda le guardie anziane a sorvegliare il Codex. Bloom, Flora, Tecna e Sky cercano nel frattempo di ostacolare le tre streghe, ma il Gloomix le rende troppo forti e neanche l'intervento di Helia serve ad ostacolarle davvero. Giunte nei livelli più bassi di Fonterossa, le Trix neutralizzano le guardie ma vengono raggiunte dalle Winx, Timmy e Sky. Durante lo scontro però quest'ultimo rimane gravemente ferito e gli altri vengono fuori combattimento, a parte Timmy. Icy risolve l'enigma che serve a far aprire l'ingresso della cripta e le Trix si impossessano del Codex. Timmy, che avrebbe la possibilità di ostacolarle, le lascia invece andare via senza combattere rendendosi conto che sarebbe un sacrificio inutile. Tecna assiste alla scena terribilmente delusa dalla codardia del fidanzato, mentre Bloom, disperata perché non riesce a far rinvenire Sky, usa un potere finora rimasto nascosto e lo guarisce. I due si riappacificano.

Corsa contro il tempo