Dopo aver compiuto gli studi di medicina alla Università di Leida, si trasferisce dapprima a Parigi e quindi a Vienna.
Tra il 1755 ed il 1759 Jacquin fu inviato da Francesco I nelle Indie Occidentali ed in America centrale, per raccogliere piante per le collezioni del castello di Schönbrunn.
Nel 1762 viene nominato Professore di Mineralogia a Schemnitz (ora Banská Štiavnica in Slovacchia).
Nel 1768 ottiene l'incarico di Professore di Botanica e Chimica alla Università di Vienna, nonché di Direttore dell'Orto botanico. Alla sua morte gli succede il figlio, Joseph Franz von Jacquin.
Alla sua memoria sono dedicati i generi Jacquinia (Theophrastaceae) e Jacquiniella (Orchidaceae).
Opere
Selectarum Stirpium Americanarum (1763), http://www.botanicus.org/title/b12074652 Observationum botanicarum iconibus ab auctore delineatis illustratarum (vol. 1 1764, vol. 2 1767, vol. 3 1768, vol. 4 1771) Flora Austriaca (1773–1778), http://www.botanicus.org/title/b12003402 Icones plantarum rariorum (1781–1793). http://www.botanicus.org/title/b11927124 Hortus botanicus Vindobonensis (1770-1776) con illustrazioni di Franz Anton von Scheidel Plantarum Rariorum Horti Caesarei Schoenbrunnensis (1797-1798)
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