Sensibile e cagionevole di salute, alternò periodi di lavoro a lunghi soggiorni a Kalmar di cui il padre era divenuto vescovo. Dal 1815 fu cancelliere presso gli Affari Ecclesiastici. Di carattere piuttosto solitario e bohémien ante litteram, dedito all'alcool e all'oppio, incarnò il prototipo del poeta romantico.
La sua prima frammentaria produzione, che comprende poesie ispirate ad Ovidio e a Properzio, componimenti neoclassici, ballate e cantate alla maniera dei goticisti, presenta un tratto personale nello stile morbido e nell'insaziata sensualità.
Il contrasto tra sogno e realtà, il desiderio di liberarsi dalle passioni terrene per mezzo della purificazione e della morte, arricchiscono la sua poesia più matura e ne diventano il tema principale, accanto ad una fede serena ed a momenti di estatica religiosità, come nei sonetti e nelle elegie, e nelle poesie per Amanda.
L'unica raccolta che Stagnelius pubblicò è Gigli a Saron, del 1821-1822, altre uscirono postume con varie opere.
Poesie Afton psalm Amanda Carl Johan Christi Födelsenatt Den sälle, i hvars kyska bröst Dygdelära Dygden Endymion Grymt verklighetens ... Hymn Högtidssång Krigssång Människo-kärleken Natt-tankar Naturens son Näcken Näktergalen Resa, Amanda, jag skall Sjuklingens Aftonpsalm Suckarnas mystér Till dygden Till förruttnelsen Till Julia Till sånggudinnan Till Äran Trosbekännelse Vad suckar häcken? Vaggvisa Verldsförakt Vårsång Vällustens förakt Vän! I förödelsens stund Öfver H. K. H. Kronprinsens, Öfver slaget vid Salamanca. Öfver slaget vid Waterloo Öfver slaget vid Vittoria
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