Biografia Figlio di Mario, ingegnere, ed Enrica, maestra, è il terzo di nove fratelli (tra cui anche il politico ed economista Romano, il fisico ed europarlamentare Vittorio, il matematico Giovanni, il fisico Franco e lo storico Paolo).
Si è laureato in Medicina e Chirurgia ed in Chimica presso l'Università di Bologna, dove ha poi insegnato, dal 1958, Patologia Generale. In seguito gli fu affidata la prima cattedra di Oncologia dell'ateneo.Direttore dal 1973 dell'Istituto di Cancerologia di Bologna, di cui fu fondatore, e del progetto Biologia cellulare del CnrÈ morto ieri a Bologna l'oncologo Giorgio Prodi, da Repubblica, pubblicò anche diversi libri riguardo alla medicina ed alla biologia, sviluppando anche, congiuntamente a Thomas Sebeok e Thure von Uexküll, un approccio semioticoApprezzato anche da Giuseppe Dossetti, La parola e il silenzio. Discorsi e scritti 1986-1995, ed. Paoline, 2005, p. 193 in riferimento ad un articolo che si rifaceva ai "geni invisibili della città" di Guglielmo Ferrero. Sul sottotitolo (i “geni invisibili” della città) dell'opera Potere, v. Giampiero Buonomo, Titolo V e "forme di governo": il caso Abruzzo (dopo la Calabria), in Diritto e Giustizia on-line: 25/9/2003. alla biologia negli anni Settanta e Ottanta.
Fece parte inoltre del Consiglio Superiore di Sanità della Commissione Oncologica del Ministero della Pubblica Istruzione e fu consulente del Ministero per la Ricerca Scientifica e Tecnologica.
A partire dal 1980, con Il neutrone borghese, ha pubblicato anche alcuni romanzi e racconti, tra cui Lazzaro, biografia romanzata (con riflessi autobiografici) di Lazzaro Spallanzani, per cui è risultato "supervincitore" del Premio Grinzane Cavour e finalista al Premio Bergamo. L'ultimo libro è stato Il cane di Pavlov, uscito nel 1987, l'anno stesso della sua morte di cancro, ma altri sono stati pubblicati postumi. Sono stati raccolti tutti nel volume L'opera narrativa, pubblicato nel 2009.
A Giorgio Prodi, l'Università di Bologna ha dedicato il Centro Interdipartimentale di Ricerche sul cancro nonché un'aula situata nel complesso di San Giovanni in Monte . Dal 1988, ogni anno, una conferenza della riunione annuale della Società Italiana di Cancerologia è dedicata a lui.
Pubblicazioni Scienza e potere, Il Mulino, Bologna, [s.d.] estr. da Il Mulino n. 222, 1972 La scienza, il potere, la critica, Il Mulino, Bologna, 1974 Oncologia sperimentale, Esculapio, Bologna, 1976 Le basi materiali della significazione, Bompiani, Milano, 1977 La biologia dei tumori, Casa editrice ambrosiana, Milano, 1977 Soggettività e comportamento, Giuliano Piazzi, prefazione di Giorgio Prodi, FrancoAngeli, 1978 Orizzonti della genetica, Editoriale L'Espresso, 1979 Il neutrone borghese, Bompiani, Milano, 1980 Patologia Generale, con Giovanni Favilli, CEA, 1982 La storia naturale della logica, Bompiani, Milano, 1982 L'uso estetico del linguaggio, Il Mulino, Bologna, 1983 Lazzaro: il romanzo di un naturalista del '700, Camunia, Brescia, 1985 Oncologia generale, Esculapio, Bologna, 1985 Gli artifici della ragione, disegni di Cesare Paolantonio, Edizioni del Sole 24 ore, Milano, 1987 Il cane di Pavlov, Camunia, Brescia, 1987 Alla radice del comportamento morale, Marietti, Milano, 1987 Teoria e metodo in biologia e medicina, CLUEB, Bologna, 1988 L'individuo e la sua firma. Biologia e cambiamento antropologico, Il Mulino, Bologna, 1989 Il profeta, Camunia, Brescia, 1992 L'opera narrativa, introduzione di Elvio Guagnini, Diabasis, Reggio Emilia, 2009 The Material Bases of Meaning, University of Tartu Press, Tartu, 2021.
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