Professore ordinario di letteratura italiana presso l'Università Ca' Foscari di Venezia, è stato uno tra i più accreditati studiosi contemporanei di Dante, Boccaccio, Ruzante, Goldoni e della commedia rinascimentale, in specie veneta (esemplare l'edizione critica de La Venexiana).
Dotato di forte personalità, di indomita tempra intellettuale, di non comune rigore scientifico, per i suoi vastissimi interessi letterari è stato definito da Vittore Branca, suo maestro, l'ultimo degli italianisti.
Carriera Giorgio Padoan nacque a Venezia, da Giovanni e Antonietta Bressa, ultimo di tre fratelli, in un periodo di crisi economica per la sua famiglia. Suo padre, che era stato capitano degli Arditi nella prima guerra mondiale, decise di arruolarsi nel 1936 come volontario nella guerra di Etiopia. Congedato, fu assunto come impiegato presso l'Adriatica di Navigazione. La famiglia trascorse la seconda guerra mondiale a Venezia, tra mille difficoltà.
Fin dall'infanzia rivelò una grande propensione per gli studi e una passione per i romanzi di Emilio Salgari, i cui albi originali collezionò gelosamente fino ad ottenere la collezione completa delle prime edizioni. Il padre, vedendone le capacità, decise di farlo studiare e lo iscrisse al Liceo classico Marco Polo. Per ben tre anni consecutivi vinse la borsa di studio che l'Adriatica di Navigazione riservava all'allievo più brillante, figlio di un dipendente. Il premio comprendeva un viaggio a bordo di una nave della compagnia di navigazione. Visitò così la Grecia, la Turchia e l'Egitto. Questo fatto incise poi nella sua passione per i viaggi e i soggiorni all'estero.
Dopo aver sostenuto l'esame di maturità classica, si iscrisse alla facoltà di Lettere e Filosofia all'Università di Padova. La tubercolosi, i cui primi sintomi si erano già manifestati in maniera subdola in terza liceo, ma non erano stati riconosciuti in quanto tali, lo costrinse al ricovero in un sanatorio sulla riva del lago di Garda, dove trascorse circa un anno. Descrisse questa esperienza in un racconto incompiuto e inedito: Giorni d'estate, giorni d'inverno. In seguito alla malattia venne esonerato dal servizio militare. Guarito, ripresi gli studi, dapprima fu affascinato dalla storia del cinema (in particolare dal Neorealismo e da Sergej Michajlovič Ėjzenštejn). Allievo inizialmente di Diego Valeri, decise in seguito di laurearsi con un brillante professore da poco arrivato all'Università di Padova, Vittore Branca, ottenendo nel 1957 il massimo dei voti, la lode e la dignità di pubblicazione, discutendo la tesi Il commento del Boccaccio a Dante (relatore Vittore Branca, correlatori Gianfranco Folena e Diego Valeri). L'anno dopo, a 25 anni, ottenne una borsa di studio del governo francese per il perfezionamento degli studi a Parigi. Frequentò alla Sorbonne i corsi del prof. Paul Renucci, di cui ammirava le brillanti intuizioni su Dante e sulla cultura medievale italiana ed europea, e il Collège de France dove seguì le lezioni dei prof. André Pézard (grandissimo conoscitore della cultura antica e medievale, di cui divenne amico) e del prof. Pierre Courcelle.
Nel 1958-59 vinse la borsa di studio (primo classificato) per il perfezionamento degli studi a Padova e a Roma (dove seguì i corsi di Natalino Sapegno e frequentò Bruno Nardi) con i quali resterà in costanti rapporti di amicizia. Altri studiosi che contribuirono in maniera rilevante alla sua formazione di studioso, e con cui intrattenne rapporti di amicizia, furono Carlo Dionisotti, Giuseppe Billanovich e Augusto Campana. Percorse rapidamente tutte le tappe della carriera accademica: nel 1960 fu professore di ruolo di Materie Letterarie alla scuola media Giulio Cesare di Mestre (Venezia) e contemporaneamente assistente volontario presso la cattedra di Letteratura Italiana dell'Università di Padova. A partire dal 1961 fu chiamato da Vittore Branca a far parte della redazione della rivista Studi sul Boccaccio, a cui collaborò fino alla morte, come redattore e, dal 1963, come direttore. Nel 1962 si sposò con Lina Urban. Divenuto assistente straordinario e poi assistente di ruolo di Letteratura Italiana nella facoltà di Magistero a Padova nel 1963, lasciò l'insegnamento della scuola media per dedicarsi esclusivamente all'Università.
Nel 1964 conseguì la libera docenza in Letteratura Italiana. Professore incaricato di Lingua e Letteratura a Magistero (1964-1969) e di Filologia Dantesca a Lettere (1963-69), nel 1968 diede alle stampe l'edizione critica del De situ et forma aque et terreQuaestio de aqua et terra di Manlio Pastore Stocchi, in Enciclopedia Dantesca, Treccani, 1970. "Per un desiderio di maggiore aderenza del testo, G. Padoan ha adottato per la medesima edizione (1968) il titolo De situ et forma aquae et terrae". di Dante Alighieri e il commento ai canti I-VIII dell'Inferno. Lo stesso anno pubblicò il suo primo articolo su La Venexiana, celebre commedia cinquecentesca di autore anonimo, a cui, nel 1974 seguì una magistrale edizione: da allora ha conosciuto un revival, anche di rappresentazioni. Infatti, in seguito a una scommessa con Natalino Sapegno, si era impegnato non solo a studiarla, ma anche a trovarne l'autore: a questo primo articolo, seguirono a un anno di distanza, due lavori su Ruzante, inaugurando il periodo dei suoi studi sulla letteratura veneta e sul teatro, studi a cui si dedicherà per tutta la vita affiancandoli ai lavori su Dante e Boccaccio. Nel 1969 vinse il concorso di professore Aggregato di Italianistica e fu assunto presso la medesima facoltà di Lettere a Padova. Collaborò a varie voci dellEnciclopedia Dantesca. Il 1970 fu un anno importante per la sua carriera. All'inizio dell'anno divenne professore incaricato di Filologia dantesca a Padova e poco dopo vinse la cattedra di Letteratura Umanistica, venendo chiamato a ricoprirla all'Università di Venezia. Ma a distanza di pochi mesi, nel giugno dello stesso anno, fu chiamato a coprire la cattedra di Letteratura Italiana appena istituita presso la stessa Facoltà di Lettere all'Università di Ca' Foscari. Due mesi dopo nacque la figlia Laura.
Proprio in quel 1970, con l'istituzione della nuova facoltà di Lettere, Venezia diveniva Università (prima era Istituto Universitario). Entrò subito a far parte dell'organo direttivo della Facoltà di Lettere e Filosofia, così composto: Giorgio Padoan (Letteratura Italiana), Piero Treves (Storia Antica), Gaetano Cozzi (Storia Moderna), Alberto Limentani (Filologia Romanza) e Emanuele Severino (Filosofia Teoretica), tutti studiosi di primissimo piano nella cultura non solo italiana. Dal 1970 al 1976 fu membro del Consiglio di Amministrazione dell'Università di Venezia e dal 1970 al 1982 fu direttore dell'Istituto di Filologia Moderna, da lui fondato. Qui lui, intellettuale di sinistra, uomo dal carattere passionale e non facile, affrontò frontalmente i problemi, tralasciando spesso la diplomazia (si era allora nel pieno della contestazione studentesca), impegnandosi fino all'estremo e scontrandosi con colleghi, studenti e sindacato. Nel frattempo continuava a scrivere libri ed articoli: nel 1975 uscì la fortunata e più volte ristampata Introduzione a Dante, il suo libro dal successo più commerciale, una accuratissima e dettagliatissima biografia di Dante Alighieri. Nel 1976 fu nominato Direttore della Scuola di Perfezionamento di Filologia Neolatina (1976-1982).
Nel 1977 uscì Il pio Enea, l'empio Ulisse. Si tratta di una raccolta di saggi danteschi fondamentali, per lo più risalenti agli anni Sessanta, dedicata a Bruno Nardi. Fu il suo libro più "ideologico". In esso si occupava della paternità dell'''Epistola a Cangrande, dove, pur partendo dalle premesse del suo maestro Nardi, se ne distaccava, affermando, in aperto contrasto con lui, l'autenticità anche della seconda parte della Lettera. E partendo dalle premesse del Nardi, sviluppate con originalità, ne difendeva (all'interno dell'ambiente dei filologi danteschi dell'epoca, un ambiente certamente non ben disposto), la tesi che riguardava il modo in cui l'autore aveva presentato l'eccezionale viaggio descritto nel suo poema: Dante avrebbe cioè voluto rappresentare la sua esperienza come realmente avvenuta e non come finzione letteraria. La Commedia sarebbe di conseguenza per Dante profeta il terzo grande libro della storia dell'umanità, a fianco della Bibbia e dell'Eneide. E in questa chiave veniva esaminato il legame tra l'Eneide e la Divina Commedia. Se l'interpretazione "profetica" della Divina Commedia è rimasta tutto sommato minoritaria e non ha avuto molti seguaci, il confronto con il capolavoro virgiliano, continua ad essere uno strumento privilegiato di accesso all'opera dantesca in particolare per il dantismo anglo-americano. Inoltre si avvalse in maniera sistematica dei commenti antichi della Commedia. Questa pratica, attualmente comune nella miglior saggistica dantesca, era all'epoca assai poco utilizzata, con l'eccezione di Natalino Sapegno. Inoltre Giorgio Padoan è da annoverare anche tra i dantisti che più hanno favorito e promosso la ripresa d'interesse per i commenti danteschi antichi, molti dei quali all'epoca ancora manoscritti o leggibili in condizioni filologicamente non accettabili.
L'anno successivo, nel 1978 esce Il Boccaccio, le Muse, il Parnaso e l'Arno. Il volume, dedicato al suo maestro Vittore Branca, raccoglie il frutto della sua ventennale attività di studioso di Boccaccio, esaminando l'orizzonte sociale e culturale dell'autore del Decameron in un'analisi tesa a disincrostare gli stereotipi divulgati dall'autore stesso. Nello stesso anno, esce il volume Momenti del Rinascimento Veneto, dedicato a Carlo Dionisotti, in cui raccoglie i lavori usciti dal 1967 al 1976, nel pieno ciclone del movimento del Sessantotto, sul teatro rinascimentale, (La Venexiana, Ruzante, La Mandragola, la Catinia) a cui vengono aggiunti due saggi sul pittore Tiziano Vecellio.
Nel 1981, a Venezia, fondò il Centro di Studi Veneti (di cui è stato direttore fino al 1999), che, nel 1983 divenne interuniversitario, perché alla sede veneziana si associò quella padovana; seguirono le adesioni di Verona, Trento, Udine, Trieste. Il Centro venne ospitato, fuori dell'Università, presso Istituto Veneto di Scienze Lettere ed Arti, con sede in Palazzo Loredan in campo S.Stefano. Inoltre, per suo interessamento, sorse, all'interno del Centro di Studi Veneti, l'ADREV, l'Archivio sulla Documentazione e la Ricerca sull'Emigrazione Veneta, che promuove e coordina tuttora tutti i progetti di ricerca e le iniziative culturali vicine al tema dell'emigrazione veneta, nonché una serie di iniziative editoriali a carattere divulgativo. In quello stesso 1981, con una broncopolmonite e subdole coliche renali, ebbe inizio un lungo periodo di malattia: ricoverato in ospedale, gli vennero diagnosticate insufficienza renale e pressione alta e gli venne consigliato di svolgere una vita più tranquilla.