Lo Zagreb Indoors 2006, noto anche come PBZ Zagreb Indoors per motivi di sponsorizzazione, è stato un torneo di tennis giocato sul cemento indoor. È stata la 3ª edizione dello Zagreb Indoors (la 1a dal 1997, quando il torneo si chiamava Croatian Indoors), che fa parte della categoria International Series nell'ambito dell'ATP Tour 2006. Si è giocato al Dom Sportova di Zagabria in Croazia, dal 29 gennaio al 5 febbraio 2006.
Campioni Singolare
Ivan Ljubičić ha battuto in finale Stefan Koubek per 6–3, 6–4.
Doppio
Jaroslav Levinský / Michal Mertiňák hanno battuto in finale Davide Sanguinetti / Andreas Seppi per 7–6(7), 6–1.
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