Chemistry Development Kit, CDK, è una libreria Java open source per la chemioinformatica e la bioinformatica.Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. È disponibile per sistemi Windows, macOS, Linux e Unix. È distribuito sotto licenza GNU LGPL.
Storia Chemistry Development Kit fu creato nel 2000 da Christoph Steinbeck, Egon Willighagen e Dan Gezelter, gli sviluppatori di Jmol e JChemPaint in quel periodo, allo scopo di creare una base di codici comuni a questi due progetti. Da allora molte persone hanno contribuito al progetto, portando a un ricco insieme di funzionalità come descritto successivamente.
Libreria CDK stesso è una libreria, piuttosto che un programma per l'utilizzo finale. Tuttavia, è stato integrato in vari ambienti per renderne disponibile la sua funzionalità. CDK è attualmente utilizzato in diverse applicazioni, tra le quali CDK-Taverna, Bioclipse e Cinfony.
Funzionalità principali Chemioinformatica Edizione e generazione di molecole in 2D Generazione di geometrie 3D Ricerca strutturale (substruttura o struttura esatta) Calcolo dei descrittori QSARSteinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. Calcolo delle impronte binarie (fingerprint) Calcoli force field Supporto di molti formati dei file chimici Generatori di struttura
Bioinformatica Rivelazione dei siti attivi delle proteine Rivelazione dei ligandi simili
Generale Adattatore Python Adattatore Ruby Comunità degli utenti attivi
Note
Voci correlate Bioclipse - Programma basato su Eclipse/RCP per la chemioinformatica e la bioinformatica Jmol - Programma di visualizzazione delle molecole in 3D JOELib - Versione Java dei programmi OpenBabel e OELib (versione precedente) JChemPaint - Editor di molecole in 2D
Collegamenti esterni