Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 1998-1999 è stato l'ottavo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questo è il campionato organizzato dal Comitato Regionale Marche.
Squadre partecipanti SquadraCittà (provincia) Pol. Cagliese CalcioCagli (PU) A.S. Camerino CalcioCamerino (MC) A.S.C. Civitanovese SrlCivitanova Marche (MC) S.S. Fabriano CalcioFabriano (AN) Pol. ForsemproneseFossombrone (PU) U.S. MontegiorgeseMontegiorgio (AP) Pol. Montegranaro CalcioMontegranaro (AP) U.S. PergolesePergola (Italia) (PU) S.S. Potenza PicenaPotenza Picena (MC) S.S. Real MontecchioSant'Angelo in Lizzola (PU) U.S. RecanateseRecanati (MC) U.S. SangiorgesePorto San Giorgio (AP) A.C. SangiusteseMonte San Giusto (MC) S.S. SettempedaSan Severino Marche (MC) U.S. TruentinaCastel di Lama (AP) Vadese CalcioSant'Angelo in Vado (PU)
Aggiornamenti Anche nella stagione 1998-1999 l'Eccellenza marchigiana veniva composta da 16 società. Il Camerino era retrocesso dal C.N.D. mentre dalla Promozione erano state promosse tre squadre: la Pergolese che era al debutto, il Fabriano che ritornava per la prima volta dal 1993-94 e la Truentina Castel di Lama, immediatamente risalita.
Vinse il campionato la Civitanovese che ritornò nel C.N.D. dopo 2 stagioni. Il Real Montecchio confermò il secondo posto dell'anno precedente e come già accaduto nella stagione antecedente non riuscì a prevalere negli spareggi nazionali. In coda la situazione venne definita ben presto: retrocedettero il neopromosso Fabriano, la Settempeda e il Potenza Picena.
Classifica finale <div align="center"> Squadra 1. Civitanovese5830151323013+17 2. Real Montecchio5430141244727+20 3. Montegiorgese5130121533319+14 4. Montegranaro483013984536+9 5. Camerino4830121264331+12 6. Truentina Castel di Lama4430111182520+5 7. Cagliese 4230101284440+4 8. Vadese4230101283936+3 9. Sangiustese393091293633+3 10. Forsempronese363099122730-3 11. Sangiorgese3530811112628-2 12. Pergolese343061683134-3 13. Recanatese3430713103641-5 14. Potenza Picena273069153249-17 15. Settempeda2230410162946-17 16. Fabriano153036212161-40
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