Nel 2009, Joe Quesada decise di chiudere la prima stagione dell'universo Ultimate, che lui stesso aveva inaugurato nel 2000. Dopo dieci anni di pubblicazione quindi tutte le testate vennero chiuse, alcune definitivamente (come Ultimate Fantastic Four e Ultimate X-Men), altre solo per ricominciare con una nuova numerazione (Ultimate Spider-Man e Ultimates).

Gli autori della serie su Spider-Man sono il precedente autore Brian Bendis e il disegnatore del terzo Annual, David Lafuente, a cui si aggiunge Sara Pichelli.

Nel settembre del 2011 la serie di Ultimate Spider-Man con protagonista Peter Parker termina con la sua morte per mano di Goblin. In seguito a questa svolta, la testata (che riceve un leggero cambiamento di intitolatura) vedrà come nuovo protagonista il personaggio di Miles Morales,

Le seguenti saghe seguono l'intestazione italiana con tra parentesi la numerazione americana.

Il Nuovo Mondo secondo Peter Parker (1-6) Data: agosto 2009-gennaio 2010 Autori: Brian Michael Bendis (testi), David Lafuente (disegni)

Sei mesi dopo gli eventi di Ultimatum la città di New York è ritornata a nuova vita, e la distruzione portata dall'onda sembra essere soltanto un lontano incubo.

Tutto è cambiato. Peter Parker, ovvero l'eroe mascherato Spider-Man, ha perso il lavoro presso il Daily Bugle e si è dovuto accontentare di un lavoro da commesso in un fast food di un centro commerciale. La cosa non lo fa per niente impazzire, però la sua vita ora possiede alcuni risvolti estremamente positivi: la gente e le forze dell'ordine, dopo l'articolo di pubblica ammenda da parte di J.J.Jameson, lo additano ad eroe nazionale. Inoltre è fidanzato con Gwen Stacy che vive in casa con lui e sua zia (infatti Mary Jane e Peter si sono lasciati e non se ne conoscono ufficialmente le cause).

La solita routine viene interrotta una sera quando sulla porta di casa Parker fa la sua comparsa Johnny Storm alias la Torcia Umana dei Fantastici Quattro. Esausto il ragazzo chiede se può passare la notte da lui, non avendo altro posto dove andare, e senza neanche riuscire a ricevere una risposta crolla svenuto.

Quella stessa notte Kingpin ritorna a New York essendo riuscito ad evitare ancora una volta il lungo braccio della legge. Ritiratosi nel suo grattacielo a riflettere si ritrova faccia a faccia con un misterioso assalitore che con una raffica a raggi lo scaraventa sulla strada uccidendolo: Mysterio è tornato.

Personalmente soddisfatto del suo operato, Mysterio fa subito un proclamo via internet rivendicando la morte del "grassone" ma che la cittadinanza non deve assolutamente pensare di ringraziarlo; perché dopo gli infausti eventi dell'attacco di Magneto, spiega il criminale, ha elevato il suo pensiero e se prima voleva solo una fetta della criminalità e dei traffici di New York, ora la vuole tutta. Mysterio proclama un'anarchia globale, un mondo senza valori e certezze in cui se qualcuno vuole qualcosa se lo deve prendere, proprio come lui ha intenzione di fare. Ovviamente lanciando il guanto di sfida a chi non la pensa come lui.

Il giorno dopo alla Midtown High School, durante la pausa pranzo, Kitty Pryde è nuovamente bersagliata dai comportamenti razzisti di Flash Thompson contro cui si schiera solo "Kong", l'ex di Kitty. La ragazza ha inoltre uno screzio con Mary Jane accusandola di essere stata a filmare l'accaduto senza intervenire.

Nel frattempo Peter e Gwen si godono un privato pic-nic sul tetto della scuola, quando un'esplosione proveniente dai quartieri vicini impone a Peter di intervenire.

La causa è una rapina attuata da una coppia di ladre, madre e figlia, che si fanno chiamare Bombshell, dotate di apparenti poteri mutanti che si attivano quando le due sono vicine. Rischiando più volte di essere ustionato dai loro raggi termici, alla fine Peter riesce a sconfiggerle consegnandole alla polizia.

A casa Parker, la Torcia si è finalmente risvegliato e zia May è più che mai pronta a sentire la sua storia.

Il messaggio alla città di New York lanciato da Mysterio ha attirato l'attenzione del club di giornalismo della Midtown High school, soprattutto di Jessica Jones che sembra più che intenzionata a scrivere una storia su Spider-Man; in verità Mary Jane capisce quanto l'abilità della compagna possano essere un pericolo per l'identità segreta di Peter.

Intanto zia May e Johnny Storm parlano di ciò che è accaduto al ragazzo dopo Ultimatum, del suo senso di abbandono e dell'impossibilità da parte sua di tornare al Baxter Building, a causa dei ricordi legati al padre. La donna capisce perfettamente il suo stato d'animo dato che è la stessa cosa che le è accaduta quando è morto suo marito Ben. Il suo consiglio è di chiamare per prima cosa sua sorella Susan e parlarle, poi le cose verranno da sé.

Peter, nel frattempo, dopo una litigata con Mary Jane sul posto di lavoro si ritrova ad affrontare uno dei diabolici piani di Mysterio, il quale ha diffuso un elemento chimico nelle vie della città che provoca spaventose allucinazioni nei passanti, in modo da poter rapinare la camera blindata della Federal Reserve indisturbato. Il nemico si dimostra infido ed estremamente pericoloso, e solo al suono delle sirene della polizia si dilegua dichiarando ufficialmente aperte le ostilità tra lui e il tessiragnatele.

Tornato a casa Peter incontra Susan Storm che lo abbraccia assicurandogli tutto il suo aiuto nel caso gli servisse. Confuso da quella uscita della "Ragazza Invisibile", il ragazzo entra in casa, ritrovandosi un sorridente Johnny Storm che lo avvisa di essere il suo nuovo coinquilino.

Zia May spiega infatti al nipote la sua decisione di ospitare Johnny per permettergli di riprendere a vivere una vita normale: la Torcia avrebbe fatto la stessa vita dell'amico, andando a scuola con una doppia identità. Peter con qualche perplessità si ritrova alla fine se non entusiasta, rassicurato.

Il giorno dopo a scuola, Peter e Gwen incontrano una MJ alquanto scossa: la notte prima infatti mentre usciva dal lavoro, stava per essere rapita da un balordo e solo l'intervento di uno nuovo vigilante (che è la versione Ultimate di Shroud) le ha evitato il peggio. Ancora scioccata MJ crolla in lacrime dicendo a Peter che non avrebbe mai dovuto lasciarlo, che si sentiva uno schifo nei confronti di Gwen, che da sola non ce la faceva ad andare avanti. Peter e Gwen cercano di farle forza, dicendo che anche se non si sentivano da mesi loro la consideravano ancora amica.

La discussione viene interrotta da una concitata Jessica Jones, la quale dice che Hulk sta di nuovo portando il caos sul Ponte Queensborough e che vuole andare a vedere per farne uno scoop.

Peter allora, seccato che il gigante grigio non abbia altro posto dove andare a "spaccare" qualcosa, si dirige in fretta e furia per provare a risolvere il problema. Giunto sul posto, Peter cerca una via pacifica per mandare via Hulk, ma il gigante non sembra riconoscerlo e lo assale. Durante lo scontro Spidey si accorge però che il bruto è inconsistente, dato che alcune macerie lo hanno attraversato senza alcun problema. Prima che possa prendere alcuna decisione, alcune esplosioni travolgono il Ragno che cade svenuto e bruciacchiato al suolo.

Attraverso il fumo fa la sua comparsa un trionfante Mysterio.

Attimi di panico. Sul ponte Queensborough, Mysterio si erge vincitore tra le macerie, scrutando il corpo inerme di Spider-Man, che dal canto suo sta maledicendo se stesso, per la stupidità di essere caduto in quella trappola, e il criminale e la sua pazzia.

L'uomo si appresta a smascherare il ragazzo pubblicamente ma viene prontamente bloccato da Shroud che però dopo un breve scambio di colpi viene buttato giù dal ponte. L'Illusionista non ha il tempo di riprendere in mano la situazione che Peter gli è già addosso, più arrabbiato che mai. Riesce a stenderlo momentaneamente ma il nemico sembra inarrestabile e tramite raffiche elettriche piega nuovamente il Ragno.

Ancora una volta Mysterio abbassa la guardia e viene colpito alla schiena da un ritornato Shroud, che gli manda in pezzi l'attrezzatura rivelando per la prima volta il volto del criminale. In uno scatto d'ira per essere stato smascherato, Mysterio dà il via ad una nuova serie di esplosioni, per poi fuggire attraverso il fumo e la confusione.

Passato il pericolo, il Ragno trova un frammento dell'attrezzatura di Mysterio e decide di mandarla ad analizzare presso la polizia avvalendosi della collaborazione del capitano Frank, sua vecchia conoscenza.

Tornato a casa stravolto, Peter incontra Gwen Stacy che gli annuncia scherzosamente della completa "pazzia" di zia May: la donna ha deciso di ospitare Robert "Bobby" Drake, che altri non è se non l'ex X-Man Uomo Ghiaccio.

Il ragazzo è stato cacciato di casa da sua madre per via della sua natura mutante e non avendo posto dove andare, decise di recarsi a casa di Kitty Pryde, unica amica di cui sapesse il domicilio, per avere almeno un posto per la notte. Kitty non avrebbe avuto alcun problema ad ospitarlo ma la madre la pensava in maniera differente e non solo per via che fossero ragazzo e ragazza (il che potrebbe creare diversi problemi di convivenza) ma anche per altri motivi più gravi: la madre della ragazza stava già lottando con tutte le sue forze affinché sua figlia potesse avere una vita normale, non ce l'avrebbe fatta a sostenere una duplice battaglia.

Così per un'idea di Kitty si giunse alla conclusione di chiedere aiuto ai Parker che in questo campo avevano di sicuro più esperienza.

Zia May spiega al nipote che esattamente come lui fa quello che fa perché sente che deve farlo, allo stesso modo lei sente il dovere di aiutare come può coloro che non hanno le stesse possibilità di Peter di avere una vita normale. Compresolo Peter acconsente la decisione della zia, accogliendo Bobby in casa propria.

Il ragazzo però riscontra subito delle difficoltà nel piano della zia, soprattutto nel poter dare ai due ospiti una identità nuova, che soddisfi l'autorità scolastica; presto fatto: i due saranno presentati come i cugini di Peter, Johnny Parker (per l'occasione con i capelli tinti di nero scuro) e Bobby Parker (con i capelli rasati 2.0) che non possono presentare documenti e certificati vari dato che sono andati persi durante la catastrofe di Ultimatum.

Le cose sembrano andare per il verso giusto quando nella scuola fa irruzione un androide. Mysterio ne è il mandante infatti durante il loro ultimo scontro del sangue del ragno era rimasto addosso all'uomo che lo ha adoperato come fonte di informazioni per scoprire la vera identità di Spider-Man; l'"Ammazza-ragno" è programmato per seguire la "scia" del possessore del DNA prestabilito riprendendo in contemporanea la scena.

La macchina viene neutralizzata dall'intervento congiunto di Peter, Johnny e Shroud il quale si rivela essere Kitty Pryde.

Anche Mysterio viene raggiunto contemporaneamente dalle forze dell'ordine, ma come suo solito fa esplodere la sua base per cancellare tutte le tracce del suo passaggio.

Crossroad (7-8) Data: febbraio 2010-marzo 2010 Autori: Brian Michael Bendis (testi), Takeshi Miyazawa (disegni)

Una sera zia May ordina a Peter, Johnny e Bobby di uscire e fare il proprio dovere; i tre stupiti che la donna li inviasse spontaneamente in missione le chiedono cosa avrebbero dovuto fare. Nel loro quartiere aveva appena fatto ritorno un ragazzo che era appena uscito da un coma durato sei mesi. Le malelingue dicevano che fosse stato a causa della droga ma la madre sconfessa la cosa in una chiacchierata intima con May, spiegandole il suo timore che suo figlio potesse essere un mutante e che la causa del suo coma fosse la comparsa del suo potere.

Per tal motivo May decise di far intervenire i tre ragazzi, per aiutare il neo-mutante ad accettare la sua condizione.