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La terza stagione della serie televisiva Le nuove avventure di Flipper è andata in onda negli Stati Uniti d'America dal 5 settembre 1998 al 27 febbraio 1999 sull'emittente PAX Network.
n°Titolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 A Fine Romance Fuoco nella baia 5 settembre 1998 2 The Mayday Kid Il bambino del mayday 12 settembre 1998 3 Swimming With Sharks Politicanti e ambientalisti 19 settembre 1998 4 U-Boat Il relitto della discordia 26 settembre 1998 5 Sea Demons I mostri marini 3 ottobre 1998 6 Missing Scomparsa 10 ottobre 1998 7 The Outsiders Giovani ribelli 17 ottobre 1998 8 Splashdown Caccia al microchip 24 ottobre 1998 9 Big Fish, Little Fish Il rimorchiatore 7 novembre 1998 10 Thanksgiving Il giorno del Ringraziamento 21 novembre 1998 11 Silent Night Natale in famiglia 12 dicembre 1998 12 Storm Island L'isola di Storm 2 gennaio 1999 13 Lost and Found Padri e figli 9 gennaio 1999 14 The Challenge La gara 23 gennaio 1999 15 Fallen Hero La fine di un mito 30 gennaio 1999 16 Predator Caccia allo squalo 20 febbraio 1999 17 Stars & Stripes La verità viene sempre a galla 27 febbraio 1999
Fuoco nella baia Titolo originale: A Fine Romance Diretto da: Donald Crombie Scritto da: Shane Brennan Trama Maya, Jennifer e Dean si sono trasferiti. Tom ha un nuovo collega, Mark, e sta per sposare Alex, che ora dirige il centro di ricerca. Chris, uno dei figli di Alex, cerca di impedire il matrimonio.
Il bambino del mayday Titolo originale: The Mayday Kid Diretto da: Donald Crombie Scritto da: Christopher Lee Trama Dopo aver ricevuto false richieste di soccorso, Tom inizia a pensare sia uno scherzo di Chris. Una mamma e il suo bambino sono invece effettivamente in pericolo in mare e Chris cerca di salvarli da solo, prima dell'arrivo di Tom e Flipper.
Politicanti e ambientalisti Titolo originale: Swimming With Sharks Diretto da: Brendan Maher Scritto da: Deborah Parsons Trama Allo scoppio di un disastro ambientale, si scopre essere causato dalla politica.
Il relitto della discordia Titolo originale: U-Boat Diretto da: Gregory Nottage Scritto da: Everett DeRoche Trama Alex e Holly trovano un sottomarino durante un'immersione, che si rivela essere un vecchio sottomarino da guerra tedesco.
I mostri marini Titolo originale: Sea Demons Diretto da: Brendan Maher Scritto da: Annie Fox Trama Chris e sua sorella Jackie escono in mare alla ricerca di mostri marini, finendo per fare amicizia con un uomo che vive da solo su un'isola.
Scomparsa Titolo originale: Missing Diretto da: Gregory Nottage Scritto da: Graham Hartley Trama Un'amica di Holly si immerge con Cap e Alex e finisce dispersa.
Giovani ribelli Titolo originale: The Outsiders Diretto da: Donald Crombie Scritto da: Anne Brooksbank Trama Chris cerca di fare amicizia con un gruppo di teppisti e finisce nei guai.
Caccia al microchip Titolo originale: Splashdown Diretto da: Brendan Maher Scritto da: Everett DeRoche e Shane Brennan Trama Un satellite cinese si schianta a Bal Harbor e Cap deve nascondere un microchip che vi era contenuto.
Il rimorchiatore Titolo originale: Big Fish, Little Fish Diretto da: Donald Crombie Scritto da: Susan MacGillicuddy Trama Cap deve trasferirsi a casa di Tom finché la sua barca non viene riparata.
Il giorno del Ringraziamento Titolo originale: Thanksgiving Diretto da: Colin Budds Scritto da: Max Dann Trama La nonna di Chris e Jackie viene a trovare i nipoti, ed esaspera Tom continuando a paragonarlo a Jack, il defunto marito di Alex.
Natale in famiglia Titolo originale: Silent Night Diretto da: Donald Crombie Scritto da: Susan MacGillicuddy Trama Courtney, la nipote di Tom, arriva per trascorrere il Natale con lui. Nel frattempo, si innamora di un ragazzo scappato di casa e i due assistono una delfina che sta per partorire.
L'isola di Storm Titolo originale: Storm Island Diretto da: Gregory Nottage Scritto da: Shane Brennan Trama Tom e la sua famiglia sono in vacanza su un'isola, ma la situazione precipita quando Alex rischia la vita.
Padri e figli Titolo originale: Lost and Found Diretto da: Mark DeFriest Scritto da: Elizabeth Coleman Trama Chris aiuta un padre a riunirsi con suo figlio.
La gara Titolo originale: The Challenge Diretto da: Colin Budds Scritto da: Greg Millin e Yuki Asano Trama Un amico di Mark arriva in città e stravolge la sua vita.
La fine di un mito Titolo originale: Fallen Hero Diretto da: Mark DeFriest Scritto da: Shane Brennan Trama l'eroina di Jackie arriva a Bal Harbor e lei è molto felice di incontrarla, ma le cose non stanno come sembrano.
Caccia allo squalo Titolo originale: Predator Diretto da: Donald Crombie Scritto da: Philip Dalkin Trama Alex affronta uno squalo per salvare la vita di qualcuno.
La verità viene sempre a galla Titolo originale: Stars & Stripes Diretto da: Colin Budds Scritto da: Everett DeRoche Trama Una donna cerca la verità sulla morte di suo padre, svelando un segreto che la marina aveva cercato di tenere nascosto per molto tempo.