La seconda stagione della serie televisiva Nikita è stata trasmessa in prima visione assoluta negli Stati Uniti d'America da The CW dal 23 settembre 2011 al 18 gennaio 2012.
In Italia la stagione è stata trasmessa in prima visione da Steel, canale a pagamento della piattaforma Mediaset Premium, dal 3 marzo al 4 agosto 2012, mentre in chiaro è trasmessa da Italia 1 dall'11 marzo 2013.
n°Titolo originaleTitolo italianoPrima TV USA Prima TV Italia 1 Game Change Operazione Game Change 23 settembre 2011 3 marzo 2012 2 Falling Ash Operazione Falling Ash 30 settembre 2011 10 marzo 2012 3 Knightfall La caduta del guerriero 7 ottobre 2011 17 marzo 2012 4 Partners Nel mirino 14 ottobre 2011 24 marzo 2012 5 Looking Glass Operazione Looking Glass 21 ottobre 2011 4 aprile 2012 6 343 Walnut Lane 343 Walnut Lane 28 ottobre 2011 7 aprile 2012 7 Clawback Recupero 4 novembre 2011 14 aprile 2012 8 London Calling London Calling 11 novembre 2011 21 aprile 2012 9 Fair Trade Scambio alla pari 18 novembre 2011 28 aprile 2012 10 Guardians Custodi 2 dicembre 2011 5 maggio 2012 11 Pale Fire Operazione Pale Fire 6 gennaio 2012 12 maggio 2012 12 Sanctuary Sotto attacco 13 gennaio 2012 19 maggio 2012 13 Clean Sweep Tabula rasa 3 febbraio 2012 26 maggio 2012 14 Rogue Disertori 10 febbraio 2012 2 giugno 2012 15 Origins Origini 17 febbraio 2012 9 giugno 2012 16 Doublecross Doppio gioco 16 marzo 2012 16 giugno 2012 17 Arising Rinascita 23 marzo 2012 23 giugno 2012 18 Power Potere 30 marzo 2012 30 giugno 2012 19 Wrath Furore 20 aprile 2012 7 luglio 2012 20 Shadow Walker Shadow Walker 27 aprile 2012 14 luglio 2012 21 Dead Drop Periferica uomo 4 maggio 2012 21 luglio 2012 22 Crossbow Operazione Crossbow 11 maggio 2012 28 luglio 2012 23 Homecoming Il ritorno 18 maggio 2012 4 agosto 2012
Operazione Game Change Titolo originale: Game Change Diretto da: Danny Cannon Scritto da: Craig Silverstein Trama Nikita si reca nella drogheria Harbor Meats e, attraverso una password scovata nella scatola nera di Percy, riesce a penetrare nella bisca clandestina allestita nei sotterranei per incontrare un misterioso uomo della mafia russa: quest'ultimo, insospettitosi dalla sua presenza la rinchiude allora in una cella per interrogarla ma Nikita riesce a liberarsi e a scappare in moto con i suoi soldi attraverso la parete fatta esplodere da Michael. Così, mentre i due complottano per abbattere sia la Divisione che il comitato di Supervisione anche se si trovano in disaccordo sul metodo da seguire (l'una vorrebbe restituire loro la scatola nera distrutta per non peggiorare lo status quo mentre l'altro vorrebbe continuare a sabotarli usando il contenuto della scatola nera per impedire loro di fare ulteriori danni), Alex viene inviata sul posto dalla Divisione travestita da poliziotta e scopre ben presto, dopo aver neutralizzato l'uomo e il suo bodyguard, grazie a un cellulare simile al suo che Nikita l'ha preceduta. Amanda, che è ora a capo della Divisione, rinnova allora ad Alex la proposta di aiutarla a recuperare la scatola nera in cambio del supporto dell'agenzia per eliminare il potente assassino di suo padre ora a capo della Zetrov: tuttavia le due donne entrano presto in contrasto con un nuovo agente di nome Sean Pierce, incaricato direttamente dalla Supervisione di controllare l'operato di Amanda all'interno dell'agenzia, il quale considera la benevola neutralità di Alex alla stregua di un doppiogioco del quale sarebbe meglio non fidarsi. Nel frattempo, dalla stanza del motel a nord di Queensbury (NY State) in cui si sono rifugiati, Nikita e Michael danno il via allOperazione Game Change: dalla scatola nera riescono infatti a capire che un'ingente somma di dollari destinati dal Congresso alla ricostruzione postbellica dell'Iraq sarebbe stata rubata otto anni prima a Bassora non da terroristi (come sostenuto attraverso canali ufficiali) ma bensì da una squadra d'assalto della Divisione guidata da Roan. Avendo successivamente incolpato il capitano Anthony Merrick, incaricato delle indagini dal Pentagono, di un omicidio in Iraq mai commesso nel momento in cuì scoprì una traccia reale che indicasse un depistaggio, Nikita e Michael vogliono salvarlo dalle grinfie della Divisione e riescono così a farlo evadere dal carcere militare in cui si trova allo scopo di risalire alle prove che egli nascose prima di essere arrestato. Alla Divisione intanto Amanda è sempre più sotto pressione e decide di usare per ritrovare l'evaso sia il suo vecchio capo Percy, che è stato rinchiuso dalla Supervisione per condotta sconsiderata in una cella speciale installata nei sotterranei e che medita vendetta contro di loro, che Alex dicendole all'insaputa di Sean che sono riusciti a risalire all'esatta posizione dei tre fuggiaschi analizzando quel cellulare trovato nella bisca. Mentre Nikita e Michael decidono allora di salvare il figlio di Merrick Justin, minacciato di morte da Percy in cambio del suo silenzio, il piano di Alex per incastrarli va a monte quando interviene una squadra d'assalto della Divisione che la seguiva: in una situazione di difficoltà improvvisa Nikita e Michael ricevono però aiuto da Birkhoff che prima stermina la squadra con l'ausilio di due droni radiocomandati all'avanguardia e poi impedisce la fuga ai due (che infatti si risvegliano intontiti e stupiti a casa sua quando lui spiega loro che è diventato molto ricco prosciugando i conti bancari della Divisione e che li ha ritrovati attraverso uno speciale localizzatore inserito nella scatola nera all'epoca in cui dovette decrittarla). La Divisione si trova spiazzata ed emergono in modo sempre più repentino incomprensioni e reciproci sospetti tra Amanda, Sean e Alex riguardo al fallimento della missione di recupero e decidono così di giocare l'ultima carta: trovare Justin prima di Nikita e Michael. Nikita da una parte e Alex con una squadra della Divisione dall'altra cercano allora di avvicinare il ragazzo durante una serata in un'esclusiva discoteca di Manhattan in cima a un palazzo, ma Alex arriva prima di Nikita nonostante il diversivo organizzato da Michael e Birkhoff (ovvero sintonizzarsi sulle frequenze satellitari dell'agenzia per impegnare tutte le risorse informatiche a loro disposizione nel tracciare il segnale e distrarre Amanda dal suo operato) e riesce a prenderlo in custodia: Nikita però lo salva in tempo e neutralizza rudemente Alex, invitandola però a riflettere sulle conseguenze delle sue azioni all'interno della Divisione. Per non compromettere l'unità di intenti e l'operato della Supervisione, uno dei suoi sei membri il generale Edward Adams (nome in codice criptato Ares), travolto dal peso delle responsabilità con la consegna delle prove di Merrick all'FBI, viene ritrovato morto suicida con addosso una nota nella quale ammette il suo pieno e diretto coinvolgimento mentre il capitano Merrick viene reintegrato a pieno titolo e si riappacifica con il figlio.
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Operazione Falling Ash Titolo originale: Falling Ash Diretto da: Eagle Egilsson Scritto da: Kalinda Vazquez Trama In un'assolata giornata al parco di Simsbury (Connecticut), un gelataio di nome Darren Lancaster riceve un pacco con dentro una pistola mentre è intento a servire la clientela al chiosco e poi una telefonata che lo fa cadere in stato di trance: gli viene così improvvisamente ordinato di assassinare il senatore Charles Irving nel corso di un comizio per la fondazione del quale è membro, ma il ragazzo prima di poterlo colpire viene ucciso dagli uomini della scorta sotto gli occhi del padre che era venuto a trovarlo. Nel frattempo, Nikita chiede supporto finanziario a Birkhoff per poter organizzare un viaggio a Lisbona allo scopo di incontrare un informatore ma quando Michael arriva e racconta loro quanto accaduto le priorità cambiano: infatti essi scoprono che il tentato omicidio è il risultato di un vecchio programma di addestramento della Supervisione basato sull'ipnosi di inconsapevoli persone destinate a diventare dei killer (il P9), che venne distrutto dalla Divisione quando venne ritenuto un insuccesso con un raid sull'Eustice Compound diretto da Michael che apparentemente non lasciò superstiti (nome in codice Operazione Falling Ash). Mentre alla Divisione Alex si dedica alla fisioterapia in seguito all scontro con Nikita e viene incaricata da Amanda di incontrare Percy per avere informazioni sulle questioni in sospeso riguardo al P9 (in cambio della consegna di un file riguardante Šemak e gli uomini più fidati del suo entourage), Nikita e Michael si recano alla struttura dell'edificio ridotto in cenere per neutralizzare i "dormienti" rimasti in vita e recuperare i documenti nascosti dall'ideatore del programma. Inaspettatamente essi incontrano l'ex custode Owen Elliott che spiega loro che fu lui durante l'incursione, su ordine di Percy, a salvare il dottor Joseph Mars da morte certa proprio per fargli creare nell'arco dei sei anni trascorsi e nel più assoluto segreto il regime al quale tutti i custodi delle scatole nere vennero sottoposti al fine di migliorare le loro prestazioni fisiche e mentali: per cui è vitale per lui ritrovarlo, farsi guarire dalla dipendenza e prendere i documenti contenuti nella cassaforte inserita nel pavimento dell'ufficio dato alle fiamme (ma come lui svaniti nel nulla). I 3 si presentano dunque alla serata di gala della fondazione nella quale presenzierà anche il senatore perché temono che possa essere nuovamente ucciso: mentre Nikita riesce a neutralizzare in tempo la giovane quanto ignara assassina appena riceve l'ordine via cellulare per poi rapirla e interrogarla, allo stesso tempo ritrova Alex la quale salva il senatore ma viene fermata e arrestata come presunta colpevole (per poi essere scarcerata da Sean). Rientrati nella lussuosa villa di Birkhoff, Nikita viene a sapere da Alicia che era stata in cura presso la clinica Vory nella quale il dottore sotto falso nome applicava alle persone affette da disturbi dovuti a dipendenze un programma basato su sensori montati su speciali cuffie destinate a stimolare le onde cerebrali in ipnosi e cambiare così i cicli di informazioni dell'organo.