Era figlio dell'artista John Sebastian Miller (1715 - 1790 ca.). Miller, assieme al fratello James, produsse disegni tratti dagli schizzi fatti da Sydney Parkinson nel corso del primo viaggio di James Cook. Egli stesso accompagnò Joseph Banks in una spedizione in Islanda nel 1772.
La più importante opera di Miller sono i Cimelia Physica. Figures of rare and curious quadrupeds, birds, &c. together with several of the most elegant plants (1796), con testi scritti da George Shaw.
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