Il Banja Luka Challenger 2006 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 2006. Il torneo si è giocato a Banja Luka in Bosnia ed Erzegovina dal 18 al 24 settembre 2006 su campi in terra rossa.
Vincitori Singolare
Marco Mirnegg ha battuto in finale Nicolas Devilder con il punteggio di 6–2, 6–4.
Doppio
Joseph Sirianni / Stefan Wauters hanno battuto in finale Ivan Dodig / Aleksandar Marić con il punteggio di 6–4, 3–6, [10–4].
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