Lo Slovak Challenger 2006 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 2006. Il torneo si è giocato a Bratislava in Slovacchia dal 25 settembre al 1º ottobre 2006 su campi in cemento indoor.
Vincitori Singolare
Iván Navarro ha battuto in finale Teodor-Dacian Craciun con il punteggio di 6–2, 7–6(4)
Doppio
Flavio Cipolla / Marcel Granollers hanno battuto in finale David Marrero / Pablo Santos con il punteggio di 7–6(2), 6–4
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