Il distretto d'Oltre Mississippi, poi divenuto dipartimento dell'Oltre Mississippi, comprendeva quattro Stati: Louisiana, Arkansas, Missouri e Texas.
Bandiere di Stato e bandiere di compagnia nel dipartimento confederato dell'Oltre Mississippi Dei quattro Stati che componevano il dipartimento dell'Oltre Mississippi, allo scoppio della guerra, solo il Texas aveva una bandiera di Stato prevista dalla legge. Quella bandiera comunque, adottata nel 1839 come bandiera nazionale del Texas, era caduta in disuso nel periodo di sedici anni fra l'annessione del 1845 e la riaffermazione dell'indipendenza nel 1861. In effetti, così pochi neo immigrati si resero conto che lo Stato aveva avuto una bandiera, che i giornali ritennero necessario ristampare nel 1861 la relativa legislazione – e poi inizialmente per errore stamparono la legislazione del 1836. Dato che l'intervallo fra la secessione del Texas, la sua integrazione nella Confederazione e l'adozione della 1ª bandiera nazionale fu appena superiore ad un mese, furono approntate pochissime bandiere conformi alla bandiera di Stato del Texas del 1839. Invece le comunità che consegnavano le bandiere ai volontari in partenza usualmente preparavano delle variazioni della 1ª bandiera nazionale confederata in luogo della bandiera di Stato. Lo stesso accadeva in Arkansas e Louisiana.
L'Arkansas non adottò una bandiera di Stato. Ad una compagnia dell'Arkansas, le Yell Guards, fu consegnata una bandiera azzurra di seta. Mentre un lato recava un motto circondante le lettere iniziali della compagnia, l'altro portava una pianta di cotone al posto dello stemma, con un arco di quindici stelle e posto al di sopra del motto dello Stato, "Regnant Populi" (I popoli regnano). Questa bandiera fu catturata alla battaglia di Pea Ridge nel marzo 1862.
La Louisiana aveva adottato una bandiera di Stato ufficiale nel febbraio 1861, ma essa fu raramente usata da parte delle unità. Invece nella Louisiana rurale e settentrionale le comunità tornarono a utilizzare i colori della milizia della Louisiana prima della guerra, un campo azzurro recante lo stemma di Stato. Almeno a due compagnie del 3º fanteria della Louisiana, che all'inizio era il principale contributo dello Stato al Distretto d'Oltre Mississippi, furono assegnate tali bandiere. Quella della Iberville Guard (Compagnia A) portava il Pellicano che nutre i suoi piccoli al centro di una stella a cinque punte collocata, al centro del campo azzurro della bandiera; quella dei Pelican Rifles (Compagnia K) aveva lo stemma dipinto su un pannello incorniciato in stile rococò al centro del campo azzurro. Alla battaglia di Oak Hills (Wilson's Creek), il 10 agosto 1861, queste due compagnie furono distaccate per contrastare un'offensiva dell'Unione contro il fianco destro dei Confederati. Non vi sono prove se nel respingere questo assalto recassero in battaglia tali bandiere; si accenna solo alla bandiera reggimentale ed alla sua guardia, suggerendo che queste bandiere di compagnia, come avveniva perlopiù in tutta la Confederazione, fossero state ritirate quando le compagnie entravano a far parte di una struttura reggimentale.
Invece delle bandiere di Stato, le compagnie provenienti dagli Stati e Territori dell'Oltre Mississippi che entravano in servizio con la Confederazione, di solito ricevevano varianti della Bandiera Nazionale Confederata del 1° modello, la "Stars & Bars". Il numero delle stelle su queste bandiere raramenre rifletteva l'entrata dell'Arkansas nella Confederazione, avvenuta a maggio, quale nono Stato del nascente Paese: la maggior parte portava 11, 13, o 15 stelle, queste ultime nella speranza che tutti gli Stati del Sud si unissero sotto la Bandiera della Confederazione. Queste Bandiere Nazionali Confederate del 1° modello per le compagnie, spedite dalle comunità locali con le compagnie in partenza, erano invariabilmente decorate con slogan o invocazioni patriottiche. L'Appello alla Guerra Rivoluzionaria di Patrick Henry, Datemi la libertà o datemi la morte era abbreviato in "Vittoria o Morte" o "Libertà o Morte", e decorava molte Bandiere Nazionali Confederate del 1° modello, spesso in unione con il soprannome locale della compagnia, il tutto a discrezione di chi realizzava le bandiere. Anche i modelli delle stelle scelti per le bandiere di compagnia variavano considerevolmente, e mentre la maggior parte seguiva le prescrizioni del Congresso provvisorio confederato, molti produttori sceglievano arrangiamenti che essi trovavano più estetici: linee, archi o croci.
La prima bandiera nazionale confederata nell'Oltre Mississippi Nella battaglia di Wilson's Creek (Oak Ridge) del 10 agosto 1861, secondo uno dei giornali tedeschi di Saint Louis, il Comando del Generale Franz Sigel catturò una "Bandiera secessionista". Nell'entusiasmo della cattura, gli Unionisti missouriani vittoriosi di Sigel sventolavano il loro trofeo, cosa che, secondo il resoconto del giornale, fece sì che le batterie unioniste del Missouri di Totten sparassero sulle forze di Sigel, arrestando la loro iniziativa. Sebbene i rapporti dei documenti ufficiali non annotino questo avvenimento, documenti recentemente scoperti indicano che le forze del generale McCulloch avevano ricevuto Bandiere Nazionali Confederate del 1° modello prima di unirsi alla Guardia dello Stato del Missouri nell'opporsi alla “invasione” del Missouri centrale da parte del generale Lyon.
Secondo documenti scoperti negli Archivi Nazionali dal vessillologo Greg Biggs, durante il terzo trimestre del 1861 (dal 1º luglio al 30 settembre), almeno sette "Bandiere Confederate" furono requisite e consegnate alle forze del generale Ben McCulloch. Tre di queste erano state consegnate ai tre reggimenti di fanteria della Brigata del generale Pearce dell'Arkansas, un'altra era del 1º Fucilieri a cavallo dell'Arkansas, due erano evidentemente per le forze indiane del generale Pike ed una fu data al Quartiermastro di McCulloch per la consegna ad una unità non nota. Nel successivo quarto trimestre due altre bandiere furono requisite dalle forze di McCulloch. Ambedue erano descritte come "Bandiere reggimentali"; una andò al 3º Cavalleria del Texas, mentre le altre furono date ad uno degli Ufficiali di McCulloch per un'unità non nota.
Le Bandiere Reggimentali documentate per essere state catturate nel teatro dell'Oltre Mississippi nei primi due anni di guerra sono rare. Diversamente dal teatro orientale, le bandiere catturate furono raramente consegnate al Dipartimento di Guerra degli Stati Uniti e, conformemente, la documentazione di cattura è spesso andata perduta. Alla battaglia di Elk Horn Tavern (Pea Ridge) due bandiere confederate furono prese dalle forze del generale McCulloch. Una era una bandiera azzurra presa da un Comando dell'Arkansas; l'altra era una Bandiera Nazionale Confederata del 1° modello con 12 stelle disposte a casaccio sul cantone ed il motto "JEFF. DAVIS" sulla barra centrale. Poiché la bandiera porta 12 stelle, è del tutto improbabile che fosse una delle bandiere consegnate alle forze di McCulloch nel 1861.
Sopravvive la Bandiera Nazionale del 1° modello della batteria Hart dell'Arkansas. Questa bandiera porta 11 stelle, 10 intorno ad una centrale più grande, con l'aggiunta di cannoni incrociati sulla barra centrale. È probabile che questa bandiera fosse catturata a Fort Hindman (Arkansas Post) nel gennaio 1863. Se così, potrebbe far parte di un'altra edizione governativa della Bandiera Nazionale del 1° modello nel Dipartimento dell'Oltre Mississippi.
L'11 gennaio 1863 le tre Brigate dei Volontari dell'Arkansas e del Texas che occupavano le difese di Fort Hindman, furono costrette alla resa dalle forze dell'Unione che circondavano il forte. Diverse bandiere confederate furono catturate. La batteria di Hart dell'Arkansas era al tempo parte della Brigata del colonnello Robert R. Garland, che era composta dal 6º fanteria del Texas, dal 24° e 25º cavalleria smontati del Texas e dalla batteria di Hart dell'Arkansas, nonché da uno squadrone della cavalleria della Louisiana. Il 27 ottobre 1862 il Quartiermastro del 6º fanteria del Texas, in qualità di Quartiermastro della Brigata, aveva ricevuto ad Arkansas Post "quattro bandiere". Si ritiene che la bandiera sopravvissuta della batteria di Hart dell'Arkansas possa essere una di queste quattro. Peraltro la bandiera catturata al 6º fanteria del Texas a Fort Hindman ed un'altra nascosta da un membro del 17º cavalleria smontata del Texas della Brigata del colonnello Deshler erano di un tipo completamente differente.
La Prima Bandiera Nazionale Confederata e gli Alleati Indiani
Il 19 agosto 1861 il Fort Smith Times pubblicò un articolo che dettagliava l'incontro fra i Commissari confederati presso le Cinque Tribù Civilizzate ed il Consiglio degli indiani Seminole. Nel descrivere gli eventi, il reporter del Times notava che: «La Bandiera Confederata sventola sul nostro campo. Sul suo campo azzurro vi sono le undici stelle bianche, in un circolo, e all'interno di quel circolo i Commissari hanno messo quattro piccole stelle rosse, a formare le quattro estremità di una croce della Passione, per le quattro Nazioni, Choctaws, Chickasaws, Creeks, e Seminoles, a simboleggiare che queste tribù cristiane di uomini rossi sono circondate dalla nostra protezione, e sono con noi e parte di noi. Quando riterremo giusto trattare con i Cherokees, una quinta stella rossa formerà il centro della croce. [...]» Sebbene la Nazione Cherokee avesse rotto l'alleanza fra la tribù e la Confederazione, la quinta stella rossa fu infine aggiunta alla “croce della Passione”. Ed almeno due bandiere sopravvivono ad indicare che la bandiera utilizzata dai Commissari venne a rappresentare le tribù indiane che fecero alleanza con la Confederazione.
Una di queste bandiere è relativamente grande (circa 4 piedi per 6 piedi) con dodici stelle bianche che circondano una croce di cinque stelle rosse. Una seconda bandiera dello stesso modello di base, catturata a Locust Grove, Territorio Indiano, il 3 luglio 1862 ad una forza che consisteva nel 1º e 2º Fucilieri a Cavallo Cherokee, era circa della stessa misura ma portava undici stelle bianche che circondano le cinque rosse. Queste ultime erano disposte in croce di S. Andrea, con la stella centrale più grande delle altre. Questa Bandiera, in più, ha il soprannome dell'unità "CHEROKEE BRAVES" in lettere rosse al centro della barra bianca.
Mentre queste due bandiere indicano un tentativo di riconoscere gli alleati indiani della Confederazione nelle rappresentazioni della Bandiera Nazionale Confederata del 1° modello, non si deve credere che tutte le bandiere confederate con stelle rosse fossero portate da unità indiane confederate. In effetti anche la Bandiera Nazionale del 1° modello del 10º Cavalleria del Texas incorporava quattro stelle rosse, benché negli angoli del cantone, rappresentanti quattro delle Cinque Tribù Civilizzate, con dieci stelle bianche circondanti una stella più grande al centro che rappresentava il Texas. Perché la tribù dei Seminole fu esclusa da questa bandiera è un mistero.
Inoltre non tutte le unità provenienti dal o in servizio nel Territorio Indiano durante la guerra portarono bandiere con stelle rosse rappresentanti le tribù indiane. Una Bandiera Nazionale Confederata del 1° modello da 3 piedi per 5,5 piedi, catturata il 20 settembre 1862 nei pressi di Spring River, Missouri, dal 2º Reggimento Indiano Home Guard dell'esercito dell'Unione ad una forza che includeva il 1º Fucilieri a cavallo Cherokee, portava solo quindici stelle bianche, quattordici in circolo attorno ad una centrale delle stesse dimensioni.
La Seconda Bandiera Nazionale Confederata nell'Oltre Mississippi