__NOTOC__ La seconda stagione della serie animata Teenage Mutant Ninja Turtles - Tartarughe Ninja viene trasmessa in prima visione negli Stati Uniti d'America sul canale Nickelodeon dal 12 ottobre 2013.
In Italia è stata trasmessa in prima visione assoluta sul canale Nickelodeon dal 17 marzo al 1º novembre 2014 ed in chiaro, in prima tv dal 2014, sul canale Pop.
n°(serie)n°(stagione)Titolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 027 1 The Mutation Situation La mutazione continua 12 ottobre 2013 17 marzo 2014 028 2 Invasion of the Squirellanoids L'invasione degli scoiattoli mutanti 19 ottobre 2013 19 marzo 2014 029 3 Follow the Leader Obbedire agli ordini 2 novembre 2013 18 marzo 2014 030 4 Mutagen Man Unleashed Mutagen Man 9 novembre 2013 20 marzo 2014 031 5 Mickey Gets Shellacne La Tarta-Acne 16 novembre 2013 21 marzo 2014 032 6 Target: April O'Neil Obiettivo: April O'Neil 23 novembre 2013 24 marzo 2014 033 7 Slash and Destroy Una nuova tartaruga 30 novembre 2013 25 marzo 2014 034 8 The Good, the Bad and Casey Jones Il buono, il brutto e Casey Jones 2 febbraio 2014 26 marzo 2014 035 9 The Kraang Conspiracy La cospirazione dei Kraang 9 febbraio 2014 27 marzo 2014 036 10 Fungus Humungous Il fungo 16 febbraio 2014 28 marzo 2014 037 11 Metalhead Rewired Metalhead 2.0 23 febbraio 2014 31 marzo 2014 038 12 Of Rats and Men Uomini e topi 2 marzo 2014 1 aprile 2014 039 13 The Manhattan Project/Wormquake!: Part 1 L'attacco dei vermi spaziali (prima parte) 14 marzo 2014 20 ottobre 2014 040 14 The Manhattan Project/Wormquake!: Part 2 L'attacco dei vermi spaziali (seconda parte) 041 15 Mazes and Mutants Labirinti e mutanti 27 aprile 2014 21 ottobre 2014 042 16 The Lonely Mutation of Baxter Stockman La mutazione di Baxter Stockman 4 maggio 2014 22 ottobre 2014 043 17 Newtralized I nuovi nemici dei Kraang 11 maggio 2014 23 ottobre 2014 044 18 Pizza Face Pizza Face 18 maggio 2014 24 ottobre 2014 045 19 The Wrath of Tiger Claw La rabbia di Tiger Claw 8 giugno 2014 25 ottobre 2014 046 20 The Legend of the Kuro Kabuto La leggenda di Kuro Kabuto 15 giugno 2014 27 ottobre 2014 047 21 Plan 10 Piano 10 22 giugno 2014 28 ottobre 2014 048 22 Vengeance is Mine La vendetta 29 giugno 2014 29 ottobre 2014 049 23 A Chinatown Ghost Story Storia di un fantasma 12 settembre 2014 30 ottobre 2014 050 24 Into Dimension X! Nella Dimensione X 19 settembre 2014 31 ottobre 2014 051 25 The Invasion: Part 1 L'invasione (prima parte) 26 settembre 2014 1º novembre 2014 052 26 The Invasion: Part 2 L'invasione (seconda parte)
La mutazione continua Dopo la sconfitta dei Kraang e di Shredder, le tartarughe possono finalmente godersi un po' di libertà; questo però non vale per April, perché, dopo l'invasione, suo padre è diventato iperprotettivo e non la lascia uscire per nessun motivo convinto che gli alieni siano ancora una minaccia. Questa opinione è condivisa dal maestro Splinter, il quale crede che i suoi allievi siano diventati arroganti e presuntuosi.
I dubbi del signor O'Neil e di Splinter sono fondati: infatti nella sua base Shredder usa i resti di uno dei robot alieni per contattare i Kraang, i quali stanno preparando una nuova invasione. Dopo avere stretto un'alleanza con il nemico di Splinter gli alieni inviano sulla Terra un'astronave invisibile piena di mutageno.
Poco dopo la sfera di comunicazione delle tartarughe si attiva e Donatello scopre i progetti dell'astronave invisibile; aiutati da April e da suo padre (quest'ultimo ingannato dalla figlia, che gli ha raccontato che deve fare una ricerca scolastica) riescono a rintracciarla e l'assaltano ma, una volta dentro, uno dei Kraang si connette con un droide ultra potenziato, con il quale affronta le tartarughe.
Alla fine le tartarughe hanno la meglio, ma nella lotta Michelangelo fa cadere per errore i contenitori di mutageno su tutta la città; uno di essi precipita proprio sul signor O'Neil, il quale si trasforma in un gigantesco pipistrello. Le tartarughe lo attaccano credendolo un nemico, ma April li implora di non fargli del male; i quattro fratelli, confusi, vengono atterrati dal mutante, che fugge portando April con sé. Esaminando i resti del contenitore Leonardo capisce che il pipistrello era il signor O'Neil.
Nel tentativo di nascondere il loro errore al maestro le tartarughe con uno stratagemma gli chiedono come si cattura un animale selvatico; egli consiglia loro di attirarlo con il cibo e i quattro fratelli travestono Michelangelo da farfalla, per poi volare sulla città con ali finte per fargli fare da esca.
Intanto il mutante porta April su un grattacielo, per poi andare alla ricerca di cibo; cogliendo l'occasione le tartarughe lo attirano verso un vecchio magazzino e lo rinchiudono in una robusta gabbia di ferro, mentre Donatello salva April. La ragazza è distrutta per la perdita del padre e Michelangelo, nel tentativo di consolarla, le rivela per errore che sono stati loro a gettare il mutageno sulla città; April, furiosa, abbandona le tartarughe. Subito dopo il signor O'Neil riesce a liberarsi e fugge.
Una volta tornate al rifugio le tartarughe rivelano tutto al maestro Splinter, il quale dice loro di non rattristarsi per l'accaduto e gli affida una missione: ritrovare tutti i contenitori di mutageno sparsi per la città prima che ci siano altri mutanti in giro. Nella scena finale uno scoiattolo si avvicina a una pozza di mutageno accanto a un contenitore rotto e lo beve, mentre i suoi occhi si illuminano di bianco.
L'invasione degli scoiattoli mutanti Le tartarughe, al comando di Splinter, si mettono alla ricerca dei contenitori di mutageno; per rintracciarli Donatello inventa un prodigioso apparecchio che capta le zone ricche del malefico liquido. Subito il sensore si attiva e porta la squadra davanti a un cinema, dove trovano evidenti tracce di mutageno; entrati nell'edificio vedono un uomo terrorizzato da uno scoiattolo. Le tartarughe sono perplesse, ma poi scoprono che il mutante è lo scoiattolo, che ha sviluppato denti affilati e una lunga lingua; la creatura approfitta della loro distrazione per entrare nello stomaco dell'uomo, facendolo svenire, rivelandosi un parassita.
Le tartarughe portano l'uomo nel rifugio e spiegano al maestro la situazione, per poi usare un apparecchio costruito da Donatello (un sofisticato lettore a raggi ultravioletti) per scoprire le intenzioni dello scoiattolo. L'esito è incredibile: il roditore si sta infatti duplicando usando l'umano come ospite. Subito dopo l'uomo si risveglia e sputa due scoiattoli mutanti, per poi fuggire terrorizzato.
I due mutanti scappano per tutto il rifugio e le tartarughe cercano di catturarli, ma mentre Splinter (accorso per il rumore) riesce facilmente a prenderne uno, l'altro (vedendosi minacciato) sfrutta Raffaello come ospite, creando così un altro scoiattolo.
La situazione degenera rapidamente perché gli scoiattoli compiono una metamorfosi e si trasformano in enormi creature viola simili a uno xenomorfo. I tre mutanti fuggono attraverso le fognature e le tartarughe si gettano all'inseguimento; gli scoiattoli riescono però a dividerli e li sconfiggono uno dopo l'altro. Michelangelo però, seguendo le indicazioni del suo fumetto preferito (una parodia di Alien), raggruppa gli scoiattoli in una tubatura e apre l'acqua, facendoli morire annegati.
Il gruppo festeggia la vittoria ma Michelangelo li avverte che nel suo fumetto i mutanti torneranno, e quindi è probabile che gli scoiattoli si siano in qualche modo salvati; infatti nella scena finale un netturbino passeggia per le fogne e uno degli scoiattoli, sopravvissuto, lo attacca alle spalle per poterlo usare come ospite e duplicarsi.
Obbedire agli ordini Shredder parte per il Giappone per risolvere una questione d'affari, lasciando Karai al commando, ma a condizione che fino al suo ritorno non avrà a che fare con i Kraang e le tartarughe. Karai disobbedisce agli ordini del padre e notando che le tartarughe stanno cercando i contenitori di mutageno decide di attirarle in una trappola in un magazzino abbandonato, lasciando un contenitore di mutageno. Leonardo capisce subito che è una trappola, ma Michelangelo lo prende, ancora prima che Leonardo possa parlare.
Le tartarughe si scontrano così con i soldati ninja che, in realtà, sono ninja robot creati dai Kraang. Le tartarughe sono costrette alla ritirata ma Leonardo viene catturato.
Al covo Splinter spiega ai suoi figli che Karai lo odia perché crede che Splinter abbia portato via sua madre. Successivamente Splinter ordina ai figli di salvare Leonardo.
Le tartarughe salvano Leonardo, ma vengono inseguite dai soldati ninja e da Karai. Mentre Raffaello, Donatello e Michelangelo si scontrano con i soldati ninja, Leonardo si scontra con Karai. Il loro scontro finisce a Chinatown, dove Leonardo sorprende Karai e le ordina di lasciare stare lui, i suoi fratelli e Splinter.
Successivamente Leonardo chiede spiegazioni a Splinter (poiché sa che lui non avrebbe mai fatto del male alla madre di Karai) che gli risponde che, in realtà, Karai è sua figlia Miwa.
Mutagen Man Il Polverizzatore, sentendo una discussione tra Donatello e Splinter (nel quale la tartaruga gli risponde che vuole tanto che April tornasse con loro), beve il mutageno e va alla ricerca di April.
Le tartarughe salgono in superficie e si dividono: mentre Michelangelo e Donatello si recano al parco (dove Donatello aveva spiato April mentre studiava con un nuovo ragazzo, Casey Jones), Leonardo e Raffaello si recano a casa della ragazza. Michelangelo e Donatello trovano poi il Polverizzatore (che Michelangelo chiama Mutagen Man) a Chinatown, dopo avere aggredito April e Casey. Con l'arrivo di Leonardo e Raffaello, Mutagen Man viene sconfitto grazie al termine degli effetti del mutageno, la fonte del suo potere.
Le tartarughe tornano così nelle fogne con il tarta-carro, ma Mutagen Man beve di nuovo il mutageno e ritorna alla ricerca di April, perché lui non lo fa per le tartarughe, ma per se stesso, volendo diventare amico della ragazza. Le tartarughe vanno al suo inseguimento e durante la lotta Leonardo ordina a Donatello di spegnere Mutagen Man. Donatello (sebbene così non potrà creare il mutageno per guarire il padre di April), fornisce a Mutagen Man un mutageno marcio, il quale si congela, spegnendosi.
Al covo Splinter, cercando di consolare Donatello, gli dice che l'allontanamento di April è stata una sua scelta e sceglierà lei quando tornare, avvisando il figlio di non perdere mai la speranza.
La Tarta-Acne A Michelangelo vengono brufoli giganti sulla faccia e sul resto del corpo. Donatello lo avverte che se continuerà, Michelangelo diventerà un enorme brufolo ed esploderà, ma esiste una cura, grazie a una centrifuga, e l'ultima volta che ne ha visto una è stata alla TCRI; perciò le tartarughe si recano lì.
Nel frattempo Karai, leader del Clan del Piede in l'assenza di Shredder, ordina a Dogpound e a Fishface di trovare Baxter Stockman e di riportarlo nel Clan del Piede, per potenziare i soldati ninja robot. Dogpound vorrebbe tornare al suo corpo precedente in quanto, con il suo nuovo corpo da cane, si sente deriso, e si rende conto che Stockman potrebbe farlo tornare umano.
Alla TCRI le tartarughe trovano Stockman, che ha in mano la centrifuga, e iniziano a seguirlo, ma arriva anche Dogpound, che rapisce lo scienziato. Al covo, mentre Leonardo, Raffaello e Donatello cercano di capire dove Dogpound abbia portato Stockman, Michelangelo esce dalle fogne e si imbatte in lui, Dogpound e il sopraggiunto Fishface nel laboratorio di Baxter. Michelangelo cerca di prendere la centrifuga, ma viene scoperto e inseguito da Dogpound; durante l'inseguimento Dogpound cade in una vasca di mutageno, venendo mutato una seconda volta, diventando Razhar.