I Dipartimenti erano gli Enti di base dell'Organizzazione Territoriale militare degli Stati Confederati d'America.
Furono costituiti i seguenti Dipartimenti (in ordine di data di costituzione): Dipartimento della Louisiana, noto anche come Armata della Louisiana, 22 febbraio 1861 – 17 aprile 1861 Dipartimento del Texas, 11 aprile 1861 - 20 agosto 1862 Dipartimento di Alexandria, noto anche come Fronte di Alexandria e Dipartimento del Potomac, 21 aprile 1861 – 20 giugno 1861 Dipartimento di Fredericksburg, noto anche come Fronte del Potomac, 22 aprile 1861 – 22 ottobre 1861 Dipartimento della Penisola, noto anche come Fronte di Hampton, Distretto di Yorktown ed Armata della Penisola, 21 maggio 1861 – 12 aprile 1862 Dipartimento N. 1, 27 maggio 1861 – 25 giugno 1862 Dipartimento N. 2, noto anche come Dipartimento Occidentale, 4 luglio 1861 – 25 luglio 1863 Dipartimento della Florida Centrale ed Orientale noto anche come Dipartimento della Florida, 21 agosto 1861 – 7 ottobre 1862 Dipartimento della Carolina del Sud, 21 agosto 1861 – 5 novembre 1861 Dipartimento dell'Alabama e Florida Occidentale, 14 ottobre 1861 – 29 giugno 1862 Dipartimento di Norfolk, 15 ottobre 1861 – 12 aprile 1862 Dipartimento di Henrico, 21 ottobre 1861 – 5 maggio 1864 Dipartimento della Virginia Settentrionale, 22 ottobre 1861 – 9 aprile 1865 Dipartimento della Georgia, 26 ottobre 1861 – 5 novembre 1861 Dipartimento del Tennessee Orientale, 21 marzo 1862 – 23 maggio 1864 Dipartimento dell'Oltre Mississippi, 26 maggio 1862 – 26 maggio 1865 Dipartimento del Mississippi Meridionale e Louisiana Orientale, Sottosezione del Dipartimento n. 2, 26 giugno 1862 – 2 luglio 1862 Dipartimento del Mississippi e Louisiana Orientale, 1º ottobre 1862 – 28 gennaio 1864 Dipartimento dell'Ovest, noto anche come Comando Geografico del Gen. Joseph Eggleston Johnston, 24 novembre 1862 – 23 dicembre 1863 Dipartimento di Richmond, 1º aprile 1863 – 2 aprile 1865 Dipartimento dell'Alabama, Mississippi e Louisiana Orientale, 28 gennaio 1864 – 4 maggio 1865 Dipartimento del Tennessee e Georgia, già denominato Dipartimento del Tennessee, 15 agosto 1864 – 26 aprile 1865
Per i seguenti Dipartimenti, a causa di discordanza delle fonti, sono in corso ulteriori approfondimenti. Dipartimento N. 8 Dipartimento della Virginia Meridionale e del Tennessee Orientale Dipartimento della Carolina del Nord Dipartimento della Carolina del Sud e Georgia, ??? - 7 ottobre 1862 Dipartimento della Carolina del Sud, Georgia e Florida, 7 ottobre 1862 - ??? Dipartimento del Territorio Indiano