Combatte nella divisione dei pesi gallo per l'organizzazione statunitense UFC nella quale è stato un contendente al titolo dei pesi gallo nel 2014 quando venne sconfitto dal campione in carica T.J. Dillashaw.
In passato è stato il primo campione dei pesi piuma Bellator dal 2009 al 2010 grazie alla vittoria nel torneo della prima stagione, e nel 2014 divenne anche campione dei pesi gallo Tachi Palace Fights.
Carriera nelle arti marziali miste Inizi L'infanzia di Joe Soto non fu facile a causa delle non buone condizioni economiche della famiglia. Prima di iniziare con le MMA professionistiche Soto fu un buon lottatore a livello scolastico, ed ottenne diversi successi a livello statale in California oltre che ricevere gli onori di NJCAA all-american sia nel 2006 che nel 2007.
Esordì nel 2006 e in due anni e mezzo collezionò quattro vittorie consecutive finalizzando tutti gli avversari.
Bellator e Tachi Palace Fights Nel 2009 fu tra i primissimi atleti a venire ingaggiato dalla promozione Bellator, la quale negli anni a seguire si confermò come una delle organizzazioni di MMA più prestigiose al mondo: prese parte proprio al torneo dei pesi piuma della prima stagione ed esordì nei quarti di finale con l'evento Bellator I.
Il torneo avrebbe premiato il primo campione dei pesi piuma Bellator, e Soto riuscì nell'impresa di diventare campione sconfiggendo in sequenza Ben Greer, l'ex campione EliteXC Wilson Reis ed in finale l'esperto Yahir Reyes.
Subito dopo esordì anche in Tachi Palace Fights con la sua ottava vittoria in carriera, e nel 2010 combatté un incontro in Bellator non valido per il titolo contro l'ex UFC Diego Saraiva, vincendo per KO tecnico.
Soto cadde per la prima volta con la prima difesa della propria cintura di campione Bellator, quando venne messo KO dal lottatore olimpico Joe Warren.
Nel 2011 Soto rese nota la sua intenzione di scendere nella divisione dei pesi gallo, e la Bellator promise che avrebbe inserito Soto nel successivo torneo dei pesi gallo se l'atleta fosse riuscito a vincere il titolo dei pesi piuma Tachi Palace Fights contro Eddie Yagin: Soto a sorpresa venne sconfitto per sottomissione durante il primo round e di conseguenza venne anche licenziato dalla Bellator.
Successivamente passa ai pesi gallo e tra il 2011 ed il 2014 infila sei vittorie consecutive vincendo anche il titolo Tachi Palace Fights.
Ultimate Fighting Championship Nell'agosto del 2014 Soto firmò per la più importante organizzazione di MMA al mondo, ovvero l'UFC.
L'esordio con l'evento UFC 177 avrebbe dovuto essere contro Anthony Birchak, ma il main event della serata che prevedeva la sfida per il titolo dei pesi gallo UFC tra il campione T.J. Dillashaw e Renan Barão subì il forfait di quest'ultimo, e così venne scelto proprio Soto come sfidante per il titolo: l'atleta californiano riuscì ad arrivare fino alla quinta ed ultima ripresa del match ma alla fine cadde per KO.
A maggio del 2015 ritorna a combattere nell'ottagono, venendo sconfitto per KO al primo round dallo sfavorito Anthony Birchak. Mentre a gennaio del 2016, sostituisce l'infortunato Russell Doane, per affrontare il giapponese Michinori Tanaka. Soto venne sconfitto per decisione non unanime.
Il 18 giugno affrontò Chris Beal. Nei primi due round si trovò in netta difficoltà negli scambi in piedi contro il suo avversario; alla terza ripresa sfruttò la stanchezza di Beal per portarlo al tappeto e finalizzarlo con uno strangolamento da dietro.
A novembre del 2016 sostituisce Guido Cannetti, per affrontare Marco Beltran. Soto vinse l'incontro per sottomissione alla prima ripresa, applicando una chiave articolare al tallone.
Risultati nelle arti marziali miste Risultato Record Avversario Metodo Evento Data Round Tempo Città NoteSconfitta18-7 Iuri AlcântaraKO tecnico (calci al corpo e pugni)UFC Fight Night: Machida vs. Anders3 febbraio 201811:06 Belém, BrasileSconfitta18-6 Brett JohnsSottomissione (calf slicer)The Ultimate Fighter: A New World Champion Finale1 dicembre 201710:30 Las Vegas, Stati UnitiVittoria18-5 Rani YahyaDecisione (unanime)UFC Fight Night: Belfort vs. Gastelum11 marzo 201735:00 Fortaleza, BrasileVittoria17-5 Marco BeltranSottomissione (heel hook)The Ultimate Fighter Latin America 3 Finale5 novembre 201611:37 Città del Messico, MessicoVittoria16-5 Chris BealSottomissione (rear-naked choke)UFC Fight Night: MacDonald vs. Thompson18 giugno 201633:39 Ottawa, CanadaSconfitta15-5 Michinori TanakaDecisione (non unanime)UFC 195: Lawler vs. Condit2 gennaio 201635:00 Las Vegas, Stati UnitiSconfitta15-4 Anthony BirchakKO (pugni)UFC Fight Night: Boetsch vs. Henderson6 giugno 201511:37 New Orleans, Stati UnitiSconfitta15-3 T.J. DillashawKO (calcio alla testa e pugni)UFC 177: Dillashaw vs. Soto30 agosto 201452:20 Sacramento, Stati UnitiPer il titolo dei Pesi Gallo UFCVittoria15–2 Terrion WareSottomissione (north-south choke)TPF 20: Night of Champions7 agosto 201432:48 Lemoore, Stati UnitiVittoria14–2 Jeremiah LabianoKO Tecnico (stop medico)TPF 18: Martinez vs. Culley6 febbraio 201434:16 Lemoore, Stati UnitiVince il titolo dei Pesi Gallo TPFVittoria13–2 Cory Vom BaurSottomissione (ghigliottina)TPF 17: Fall Brawl14 novembre 201314:36 Lemoore, Stati UnitiVittoria12–2 Chad GeorgeSottomissione (ghigliottina)TPF 13: Unfinished Business10 maggio 201222:01 Lemoore, Stati UnitiVittoria11–2 Chris DavidSottomissione (rear naked choke)TWC 13: Impact27 gennaio 201224:28 Porterville, Stati UnitiVittoria10–2 Romeo McCoveyDecisione (unanime)Norcal Fight Fest15 ottobre 201135:00 Blue Lake, Stati UnitiSconfitta9-2 Eddie YaginSottomissione (ghigliottina)TPF 10: Let the Chips Fall5 agosto 201112:00 Lemoore, Stati UnitiPer il titolo dei Pesi Piuma TPFSconfitta9-1 Joe WarrenKO (ginocchiata e pugni)Bellator XXVII2 settembre 201020:33 San Antonio, Stati UnitiPerde il titolo dei Pesi Piuma BellatorVittoria9–0 Diego SaraivaKO Tecnico (stop medico)Bellator XIX20 maggio 201015:00 Grand Prairie, Stati UnitiVittoria8–0 Mike ChristensenSottomissione (gogoplata)TPF 1: Most Wanted8 ottobre 200912:06 Lemoore, Stati UnitiVittoria7-0 Yahir ReyesSottomissione (rear naked choke)Bellator X5 giugno 200924:11 Ontario, Stati UnitiVince torneo e titolo dei Pesi Piuma BellatorVittoria6-0 Wilson ReisDecisione (unanime)Bellator VI8 maggio 200935:00 Robstown, Stati UnitiTorneo dei Pesi Piuma Bellator I, SemifinaleVittoria5-0 Ben GreerKO Tecnico (pugni)Bellator I3 aprile 200913:40 Hollywood, FL, Stati UnitiTorneo dei Pesi Piuma Bellator I, Quarti di finaleVittoria4–0 Anthony LunaSottomissione (kimura)GC 86: Day of the Dead2 novembre 200810:33 Miami, Stati UnitiVittoria3–0 Brandon JinniesKO Tecnico (pugni)Palace FC 10: Explosive26 settembre 200810:59 Lemoore, Stati UnitiVittoria2–0 Darren Crisp Jr.Sottomissione (kneebar)Palace FC 9: The Return18 luglio 200811:08 Lemoore, Stati UnitiVittoria1–0 Jared WilliamsKO Tecnico (pugni)GC 53: Hell Storm16 luglio 200613:26 Porterville, Stati Uniti
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