__NOTOC__ La terza stagione della serie animata Teenage Mutant Ninja Turtles - Tartarughe Ninja è stata trasmessa in prima visione negli Stati Uniti d'America sul canale Nickelodeon dal 3 ottobre 2014.
In Italia, la serie venne trasmessa in prima visione assoluta dal 2 febbraio al 9 ottobre 2015 sul canale Nickelodeon. In chiaro, viene trasmessa dal 2016 sul canale Pop.
n°(serie)n°(stagione)Titolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 053 1 Within the Woods Nei boschi 3 ottobre 2014 2 febbraio 2015 054 2 A Foot Too Big Il Bigfoot 10 ottobre 2014 3 febbraio 2015 055 3 Buried Secrets Segreti Sepolti 17 ottobre 2014 4 febbraio 2015 056 4 The Croaking Il regno delle rane 7 novembre 2014 5 febbraio 2015 057 5 In Dreams I castori dei sogni 14 novembre 2014 6 febbraio 2015 058 6 Speed Demon Speed Demon 21 novembre 2014 7 febbraio 2015 059 7 Eyes of the Chimera Gli occhi della chimera 11 gennaio 2015 10 febbraio 2015 060 8 Vision Quest La ricerca dello spirito 18 gennaio 2015 11 febbraio 2015 061 9 Return to New York Ritorno a New York 25 gennaio 2015 3 agosto 2015 062 10 Serpent Hunt Caccia al serpente 1 febbraio 2015 10 agosto 2015 063 11 The Pig and the Rhino Il facocero e il rinoceronte 8 marzo 2015 17 agosto 2015 064 12 Battle for New York: Part 1 La battaglia di New York (prima parte) 15 marzo 2015 24 agosto 2015 065 13 Battle for New York: Part 2 La battaglia di New York (seconda parte) 31 agosto 2015 066 14 Casey Jones VS. the Underworld Casey Jones contro il crimine 22 marzo 2015 1 settembre 2015 067 15 The Noxious Avenger L'uomo spazzatura 26 marzo 2015 7 settembre 2015 068 16 Clash of the Mutanimals La battaglia dei Mutanimali 28 maggio 2015 8 settembre 2015 069 17 Meet Mondo Gecko Mondo geco 10 maggio 2015 14 settembre 2015 070 18 The Deadly Venom Il veleno letale 17 maggio 2015 15 settembre 2015 071 19 Turtles in Time Tra presente e passato 2 agosto 2015 21 settembre 2015 072 20 Tale of the Yokai La leggenda degli Yokai 9 agosto 2015 22 settembre 2015 073 21 Attack of the Mega Shredder! L’attacco del Mega Shredder! 16 agosto 2015 29 settembre 2015 074 22 The Creeping Doom L'incubo Creep 23 agosto 2015 30 settembre 2015 075 23 The Fourfold Trap Le quattro trappole 6 settembre 2015 7 ottobre 2015 076 24 Dinosaur Seen in Sewers! Un dinosauro nelle fogne 20 settembre 2015 8 ottobre 2015 077 25 Annihilation: Earth!: Part 1 Annientamento: Terra! (prima parte) 27 settembre 2015 9 ottobre 2015 078 26 Annihilation: Earth!: Part 2 Annientamento: Terra! (seconda parte)
Nei boschi Dopo essere stati sconfitti dai Kraang e da Shredder le tartarughe, April e Casey si dirigono a nord, nella vecchia casa di campagna degli O'Neill, per trovare un modo per sconfiggere i loro nemici. Tre mesi dopo Leonardo si risveglia dal coma in cui era finito a causa delle ferite inflittegli da Shredder, e Donatello crea una medicina a base di mutageno che possa aiutarlo. Il giorno dopo Raffaello accompagna Leonardo nei boschi per riprendere le forze, ma Leonardo è stanco e fortemente indebolito e, sentendosi privo delle abilità di cui tre mesi prima era dotato, prende la medicina di Donatello. Sentendosi ancora peggio la vomita, così Raffaello lo riaccompagna a casa. Quella sera tutta l'elettricità scompare e Raffaello esce per scoprire cosa sia successo. Appena uscito viene attaccato da un mostro di erba, il Creep, nato tramite la medicina di Donatello, che lo cattura. Poco dopo anche gli altri escono per scoprire cosa stia succedendo e Donatello e Michelangelo vengono catturati, così come April e Casey. Leonardo, nonostante il suo stato di debolezza, decide di uscire per salvare i suoi compagni, cercando di riacquisire le sue capacità di combattimento. Libera prima i suoi compagni e, con il loro aiuto, riesce a distruggere il mostro di erba; il gruppo quindi torna a casa, dove Donatello trasforma il Creep in concime e lo chiude in un barattolo. Ora che Leonardo si è ripreso le tartarughe si preparano per salvare la città.
Il Bigfoot Durante un loro allenamento Donatello e Michelangelo trovano un Bigfoot, e, vedendolo spaventato, credono che qualcuno gli stia dando la caccia e decidono di portarlo nella loro casa. Una volta a casa il Bigfoot comincia a perseguitare Donatello poiché si è innamorato di lui. April gli fa una conciatura da donna per aiutarlo, ma Donatello respinge i suoi sentimenti. Sentendo una discussione tra Leonardo e Casey, che lo stanno prendendo in giro, il Bigfoot si allontana affranto. Donatello e Michelangelo lo inseguono, ma il Bigfoot, così come Donatello e Michelangelo, cadono nelle trappole di Mignolo, un cacciatore che ha sempre inseguito il Bigfoot. Grazie a un ingegnoso stratagemma di Michelangelo i due si liberano e sconfiggono Mignolo. Mentre il Bigfoot continua ad allontanarsi Donatello e Michelangelo tornano a casa.
Segreti sepolti Mentre le tartarughe April e Casey stanno pulendo la casa, Michelangelo trova un seminterrato e insieme decidono di andare a controllare; trovano una vecchia nave dei Kraang e saliti a bordo trovano una persona, che si rivela essere la signora O'Neill. Tornati al piano di sopra la signora O'Neill spiega che tanto tempo fa, quando il bisnonno di April abitava in quella casa, egli trovò proprio i Kraang, che cominciarono a fare alcuni test sulla famiglia. April e i suoi genitori si rifugiarono lì finché i Kraang non li ritrovarono. April e suo padre riuscirono a scappare, ma la signora O'Neill fu catturata, e gli alieni proseguirono test su di lei. Michelangelo tuttavia comincia ad avere dubbi sulla signora O'Neill dopo averla vista versare un po' di mutageno nei boschi, e cerca di avvertire agli altri di quello che è successo, ma come al solito loro non ci credono. Quella sera stessa Michelangelo attacca la madre di April, ma i ragazzi lo fermano subito credendolo pazzo. Donatello, nel frattempo, sta lavorando sulla nave dei Kraang, fa una terribile scoperta, venendo poco dopo raggiunto dalla signora O'Neill, che lo assorbe, fintasi Mickey e successivamente come Donnie assorbe Leonardo, che ancora indebolito non riesce a difendersi; Raph, dopo avere visto la scena, avverte, April e Casey di quello che sta succedendo. La madre di April, che in realtà è una sorta di mostro Kraang, assorbe Raph e Casey. Rimane in piedi soltanto April, ma grazie ai suoi poteri riesce a distruggerla e liberare gli altri. Donnie rivela le sue scoperte, la creatura affrontata era un esperimento fallito nel creare un essere spia con DNA umano e Kraang, April dispiaciuta di non aver trovato la madre è lo stesso felice di avere i suoi amici.
Il regno delle rane Michelangelo è stanco di essere sgridato dai suoi fratelli per i soliti errori che combina. Dopo l'ennesima litigata decide di scappare da casa e vivere nei boschi. Durante il suo viaggio incontra una rana di nome Napoleon Bonafrog, con il quale diventa subito amico. Bonafrog accompagna Michelangelo su un albero dove esiste un regno di rane mutate. Con il tempo Michelangelo e Napoleon diventano grandi amici: Bonafrog insegna tutto quello che ha imparato a Michelangelo e la tartaruga fa lo stesso con lui. Dopo avere saputo da Michelangelo della presenza in zona di umani si recano nella casa delle tartarughe, dove catturano tutti quanti. Michelangelo, una volta scoperto l'accaduto, chiede il motivo del gesto e le rane gli raccontano tutto: in principio c'era solo la foresta felice, abitata da loro, ma quando arrivarono gli umani tutto cambiò e loro, ora che sono mutate, possono vendicarsi. Michelangelo libera i suoi compagni e comincia a combattere contro le rane finché il loro mutageno provoca un incendio. Napoleon suggerisce di lasciare l'albero e i suoi simili lo seguono. Napoleon diventa il nuovo leader e le rane cominciano ad andarsene, mentre Michelangelo torna con la sua famiglia.
I castori dei sogni L'episodio comincia con Donatello che, in città, scappa da un misterioso mostro come se fosse vittima di un incubo. Intanto le rimanenti tartarughe si allenano in giardino. Leonardo, lentamente, sembra riacquisire le sue abilità di combattimento, ma la debolezza continua a perseguitarlo, principalmente alla gamba. Così, alla fine, tutti decidono di riposarsi. Intanto April e Casey, dopo avere fatto la spesa, tornano a casa e trovano tutte le tartarughe nel sonno; provano a risvegliarle, non ci riescono. Infatti le tartarughe sono sotto l'influsso ipnotico di esseri malvagi conosciuti come “i castori dei sogni”, che bevono il sangue della gente durante il loro sonno. Poiché si erano stancate di bere il sangue umano hanno deciso di bere il sangue delle tartarughe. Mentre April rimane a casa per trovare un modo per salvare gli amici Casey ritorna al supermercato e dopo avere visto uno strano libro decide di prenderlo, pensando che esso possa svelare la cura per risvegliare le tartarughe. Viene però attaccato dal proprietario, il quale lo informa che quando era ancora giovane una volta ha sognato i castori dei sogni, così inventò un apparecchio che gli impedisce di dormire da oltre quarantaquattro anni. Casey e il proprietario stringono così un'alleanza per sconfiggere i castori dei sogni, e dopo avere eseguito un rituale i castori dei sogni vengono eliminati, così le tartarughe si risvegliano. Il proprietario torna così a dormire dopo quarantaquattro anni, venendo riaccompagnato al negozio da Casey e Donatello.
Speed Demon Mentre stanno facendo una gita nei boschi sul carro Donatello, April e Casey vengono attaccati da una macchina misteriosa; il gruppo allora decide di inventare un modo per sconfiggere questo nuovo nemico. Il giorno dopo Casey va su una vecchia macchina per sconfiggere il nemico (che Michelangelo chiama Speed Demon), ma fallisce nell'intento. Mentre il gruppo cerca di trovare un modo per sconfiggere Speed Demon una delle galline beve il mutageno, ottenendo un cervello molto grande. Quella sera stessa, aiutato dalla gallina, il gruppo riesce finalmente a sconfiggere Speed Demon, mentre Donatello e Casey diventano grandi amici per questa grande vittoria. Il gruppo, preso dalla vittoria, torna a casa.
Gli occhi della chimera Mentre April testa la nuova invenzione di Donatello (una macchina che fa credere alle persone di essere animali) diventa cieca. Subito dopo una grossa chimera mutante attacca la casa e rapisce Raffaello, Michelangelo, Donatello e Casey. Leonardo e April sono gli unici scampati all'attacco della chimera e sebbene April sia cieca si fa guidare da Leonardo - le cui debolezze continuano a tormentarlo - per salvare i loro compagni, che stanno per essere uccisi, venendo bruciati da una grossa cascata di mutageno. Leo, cerca di affrontare la sua debolezza guidando April verso il vulcano. Dopo tantissime difficoltà i due riescono ad arrivare in tempo per salvare i loro amici e sconfiggono la chimera, facendola cadere nel mutageno. April riaquisisce così la vista e una volta tutti sani e salvi tornano a casa.
La ricerca dello spirito Leonardo, nel tentativo di superare una volta per tutte la sua debolezza fisica e morale e per aiutare i suoi fratelli, li convince a restare nel bosco per qualche giorno, sopravvivendo nella natura. Le tartarughe si recano così nel bosco, cercando di sopravvivere a tutti i pericoli che potrebbero incontrare. Una notte, durante un falò, le tartarughe hanno una visione del maestro Splinter, il quale dice a loro di cercare lo spirito in sé stessi. Le tartarughe affrontano quattro sfide pericolose: Leonardo contro Shredder su un ponte pericolante, Raffaello contro Fishface in una caverna, Donatello contro Tiger Claw su una montagna e Michelangelo contro Razhor in una nebbia. Le prove hanno successo: Raf impara a controllarsi, Miki a concentrarsi, Donnie a non fare affidamento solo sulla sua intelligenza e Leo ritrova fiducia in se stesso, tornano così da April e da Casey, decisi più che mai a tornare e salvare New York per sconfiggere una volta per tutte i loro nemici.
Ritorno a New York