Si laureò al Trinity College di Dublino. Era membro della Royal Society e ne fondò la "branca irlandese", la Dublin Philosophical Society, nel 1680. Tra l'altro sedette come membro del parlamento irlandese.
In corrispondenza con John Locke, formulò la questione filosofica nota come problema di Molyneux: ovvero se ad una persona nata cieca, si potesse per ipotesi ridonare dopo anni la vista, riuscirebbe a distinguere le forme con il nuovo senso acquisito?
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