Il Molise è il risultato di profondi cambiamenti territoriali. Da prima noto come la parte montuosa della regione romana del "Sannio", insieme all'Abruzzo meridionale, popolato dai Sanniti, dopo la caduta dell'Impero il territorio si disgregò e i territori di Caserta e Benevento si compattarono nel Ducato di Benevento, lasciando a Bojano, Isernia e Campobasso il controllo di un perimetro circondato dal Matese, parte del Biferno, il Trigno e il Volturno, fino ai confini di San Severo in Puglia.
Il piccolo territorio oggi conosciuto è il profitto della fusione del Contado di Molise e la Contea di Loritello (XIII secolo), ma escludeva comunque ampie zone ora molisane come Agnone, Larino, Termoli e Venafro, nonché la costa e il tratto iniziale del Volturno; per un periodo storico perse la propria identità amministrativa (XIX secolo), ma non territoriale e culturale, e venne aggregato all'Abruzzo (1816). Nel 1963 venne ricostituita di nuovo come entità amministrativa, dopo la soppressione della regione Abruzzi e Molise, ma con un territorio diverso da quello del passato.
L'epoca preistorica Le prime testimonianze di vita umana in Molise si hanno sin dal Paleolitico, come dimostrano i ritrovamenti del sito archeologico di "Isernia La Pineta", la cui frequentazione è stata datata a anni dal presente, tra le più antiche testimonianze paleolitiche d'Italia. Il sito, oltre a resti faunistici e litici, ha restituito il fossile di un bambino vissuto anni dal presente, che si pensa appartenesse alla specie Homo heidelbergensis.
Sanniti
Storicamente, gran parte del territorio del Molise era abitato da popolazioni di stirpe sannitica. A partire dal III secolo a.C. la regione subì l'invasione dei Romani che si garantirono il controllo del territorio stabilendo una serie di insediamenti nei punti strategici più importanti, nei pressi di centri abitati già esistenti: è questo il caso di Aesernia, colonia di diritto latino fondata nel 263 a.C. L'influenza politica di Roma portò, nel giro di alcuni secoli, al completo assoggettamento del territorio e all'assimilazione dei suoi abitanti. : alla fine del I secolo a.C. la romanizzazione era pressoché completa.
Della fase precedente rimangono i resti, in varie località della regione, di insediamenti sannitici, abbandonati proprio in concomitanza della Guerra sociale: essi appartengono a numerose tipologie, dalle semplici cinte murarie a struttura poligonale al santuario d'altura e al santuario federale: sebbene molti studiosi (soprattutto di storia locale) abbiano provato ad associare a questi centri i nomi tramandati dagli autori antichi (in particolare Livio, Plinio e Strabone), l'assenza di ulteriori elementi relega questi tentativi a restare delle semplici ipotesi. Di origine romana sono le città di Aesernia, (Isernia), Bovianum (Bojano), Larinum (Larino), Terventum (Trivento) e Venafrum (Venafro): in questi centri si è sempre avuta continuità insediativa lungo tutto il medioevo e l'età moderna, come è evidente dall'impianto urbano e, soprattutto, dalla presenza di una sede vescovile.
Città romana è anche Saepinum (Sepino): l'abitato originario, tuttavia, fu abbandonato fra la tarda antichità e l'Alto Medioevo; il centro attuale è di origine medioevale ed è situato più a valle. Nella riorganizzazione dell'Italia da parte di Augusto gran parte del territorio andò a costituire (con l'eccezione della città di Venafrum, assegnato alla Regio I, e a Larinum, assegnato alla Regio II) la Regio IV. Alla caduta dell'Impero romano d'Occidente vennero meno le suddivisioni amministrative esistenti; il territorio molisano, al pari di gran parte dell'Italia centrale e meridionale, subì le pesanti devastazioni legate alla guerra greco-gotica. All'arrivo dei Longobardi divenne parte del Ducato di Benevento.
Le diocesi molisane Tra il IV e il V secolo d.C., il cristianesimo si diffuse nei principali centri del Sannio Frentano e Pentro, ossia l'attuale regione, sono attestate le diocesi di "Terventum - Venafrum - Bovianum - Saepinum - Aeserniae - Larinum". Delle antiche chiese fondate in questi anni, per lo più mitrei o riutilizzazioni di templi, come nel caso del duomo di Trivento eretto sopra il sacello di Diana, oggi rimane molto poco a causa delle varie ricostruzioni dovute a terremoti e saccheggi del VI-VII secolo. Durante il governo lobgobardo ci fu un periodo di stabilità e le diocesi poterono ricostituirsi.
Ad esempio la diocesi di Larino, dal 668 è citata come unita a quella di Siponto (Manfredonia) e a quella di Bovino. Quando vi si insediarono i longobardi, la diocesi di Benevento fu elevata nel 969 a massima diocesi del sud Italia, con le suffraganee di Sant'Agata, Avellino, Quintodecimo, Ariano, Alife, Volturara, e le diocesi molisane, nei documenti è citata quella di Larino agli inizi, poi tutte e 7 quelle molisane.
Le diocesi molisane sino al XIII secolo furono suffraganee di quella di Benevento, è attestata anche la scomparsa diocesi di Guardialfiera: Diocesi di Trivento: ancora esistente, è considerata la più antica del Molise insieme a quella di Boiano, oggi Arcidiocesi di Campobasso-Boiano. Prima del VII secolo la diocesi dipendeva dal Vaticano, poi fu aggregata a Benevento, comprendeva tutto il territorio lungo il fiume Trigno, arrivando sino al sud del Sangro negli Abruzzi, comprese Alfedena e Castel di Sangro, rimaste nel territorio diocesano sino al 1977, quando passarono a Sulmona-Valva. La diocesi di Trivento nel XVI secolo si distaccò da Benevento col Concilio di Trento, tornando sotto la massisma amministrazione di Roma per volere di papa Sisto IV. Ha 98 parrocchie, comprendendo anche i comuni abruzzesi a nord del Trigno ed a sud del Sangro, come Celenza sul Trigno, Castelguidone, Rosello, Borrello. Diocesi di Boiano: antichissima, secondo alcuni ritrovamenti archeologici risalirebbe al VI secolo, ma è citata ufficialmente dall'XI secolo quando il conte Ugo I de Molisio fece ricostruire la Cattedrale. Quando nel 1973 fu unita a quella di Campobasso, divenne arcidiocesi. Ha 69 parrocchie, sue suffraganee sono le diocesi di Venafro-Isernia e Termoli-Larino. Diocesi di Larino: risalente al VII secolo, attualmente si è unita a quella del centro maggiore di Termoli, e comprende le parrocchie della fascia costiera molisana. Diocesi di Termoli: nata nel V secolo presso un sacrario cristiano eretto sopra il tempio dei Dioscuri, l'attuale Cattedrale di Santa Maria. Diocesi di Isernia: non si hanno notizie sulla fondazione, la Cattedrale doveva esistere già dal V secolo, ma a causa di invasioni e terremoti fu ricostruita varie volte, l'ultima volta dopo il terremoto disastroso del 1805. Citata ufficialmente dal XII secolo, nel 1182 passa sotto il controllo di Roma, poi sotto Capua. Negli anni '70 è divenuta un'unica diocesi con Venafro. Diocesi di Venafro: risalente al V secolo, dipendeva da Capua, la cattedrale di Santa Maria fu costruita fuori dalle mura dell'antico abitato, presso un tempio.
Altre diocesi molisane oggi soppresse erano quella di Limosano, la diocesi di Sepino, durata molto poco, dal V secolo al VII. Antica era la diocesi di Guardialfiera, tra le prime suffraganee a quella di Benevento, fu accorpata a quella di Termoli nel XIX secolo.
Dal 667 al 1045: i gastaldati longobardi
Sotto il dominio longobardo il territorio molisano era suddiviso fra sei gastaldati: quattro appartenenti al Ducato di Benevento (Boiano, Larino, Termoli, Trivento) e due al Principato di Capua (Isernia, Venafro); tale suddivisione amministrativa si è conservata nell'organizzazione ecclesiastica fino al 1976, quando con l'elevazione ad arcidiocesi metropolitana dell'arcidiocesi di Campobasso-Boiano le varie diocesi molisane hanno cessato di essere suffraganee dell'arcidiocesi di Capua (Isernia-Venafro) e dell'arcidiocesi di Benevento (Termoli-Larino).
Il gastaldato di Bojano, intorno al 667, venne concesso dal Re longobardo Grimoaldo al condottiero bulgaro Alzeco , che divenne il primo gastaldo di un'area pressoché disabitata. Comunità bulgare (o meglio proto-bulgare) erano presenti oltre che a Boiano anche a Sepino, Isernia, Castropignano, e nella zona dell'agro dell'attuale Campobasso, come evidenziato dal ritrovamento di tombe umane di un tipo steppico-nomade, caratterizzate dalla presenza di sepolture equine, databili alla seconda metà dell'VIII secolo. Nella sua Historia Langobardorum Paolo Diacono scrive che i discendenti di questi Proto-bulgari parlavano ancora il loro idioma originario insieme al latino. Secondo uno studio di Francesco D'Ovidio, queste comunità sarebbero riuscite a integrarsi nel territorio e a conservare, nei secoli, alcuni elementi della propria cultura originale.
L'abbazia di San Vincenzo al Volturno
Importantissima presenza nel Molise del primo Medioevo, è la Badia di San Vincenzo, le cui vicende dalla fondazione sino al XII secolo sono narrate dal monaco Giovanni nel Chronicon Vulturnense. La cronaca fu scritta, in concomitanza di altre cronache di monasteri benedettini attigui, quali Montecassino, Farfa, Casauria ecc, per riordinare i cartularia sui possedimenti del monastero, ma anche per celebrare la grandezza dell'abbazia stessa, in un momento di difficoltà per la storia dell'ordine, durante la presenza normanna.
L'abbazia fu fondata nell'alto Molise, lungo il Volturno nella zona dei castelli di Castel San Vincenzo, Rocchetta a Volturno e Cerro al Volturno, dai monaci Paldone, Tasone e Tatone, provenienti dall'abbazia di Farfa, che con l'abate Tommaso di Moriana fondarono il cenobio nuovo. Si è supposto che la fondazione fosse stata patrocinata dal ducato di Benevento nella persona di Gisulfo II. La prima abbazia fu ampliata nell'VIII secolo quando giunsero i Franchi, nel 774 l'abate Autperto è di stirpe franca, tuttavia la lotta coi longobardi continua, come ricorda l'esempio di Potone, che rifiuta di giurare fedeltà a Carlo Magno.
San Vincenzo al Volturno raggiunse la massima espansione nel IX secolo, sotto Giosuè, Talarico ed Epifanio abati, l'abbazia divenne una vera e propria cittadella fortificata, l'abbazia più potente del sud Italia, con 350 monaci e centinaia di acri di terreni in proprietà, prima della fondazione di San Clemente a Casauria in Abruzzo (872), San Vincenzo possedeva con Montecassino e Farfa terreni dalla piana delle Cinque Miglia (Castel di Sangro) ad Alfedena, sino alla Marsica, la costa frentana del Vasto, gran parte delle chiese nella Contea di Bojano, nell'agro di Isernia, fino a Caserta. Nell'848 un terremoto danneggia l'abbazia, successivamente avvengono invasioni saracene e ungare da parte dell'Adriatico, l'abbazia viene incendiata.
Trent'anni dopo l'incendio, i monaci da Capua decidono di tornare sul sito e di rifondare l'abbazia, ma gran parte dei castelli che erano stati fondati si ribellano, i signorotti messi a rappresentare l'autorità monastica, si ribellano e si proclamano conti, sicché successivamente con l'arrivo dei Normanni, avviene un nuovo ridimensionamento territoriale delle amministrazioni di San Vincenzo.
Tracce di presenza longobarda in Molise Lo storico molisano Franco Valente ha compiuto varie ricerche nella regione, analizzando le tracce di presenza longobarda in Molise. A parte fibule, opere d'arte per le chiese e sculture, la presenza longobarda e franca nel Molise è ravvisabile nel toponimo di alcuni comuni, e soprattutto nella presenza di specifici castelli.