クエン酸-リンゴ酸シャトルとは、余ったアセチルCoAをミトコンドリアから細胞質へ輸送する回路。クエン酸-ピルビン酸シャトルとほぼ同機能と考えられる。

+場所基質生成物酵素ミトコンドリアアセチルCoA ＋ オキサロ酢酸クエン酸クエン酸シンターゼ輸送体ミトコンドリアから細胞質へクエン酸を輸送細胞質クエン酸アセチルCoA ＋ オキサロ酢酸ATPクエン酸シンターゼ()細胞質オキサロ酢酸 ＋ NADH リンゴ酸 ＋ NAD+リンゴ酸デヒドロゲナーゼ輸送体 細胞質からミトコンドリアへリンゴ酸を輸送ミトコンドリアリンゴ酸 ＋ NAD+オキサロ酢酸 ＋ NADHリンゴ酸デヒドロゲナーゼ