モンゴル祖語（モンゴルそご、）は、現存するモンゴル諸語から歴史比較言語学的手法により再構される祖語である。
時代区分 モンゴル祖語（）の時代区分は、モンゴル諸語の歴史的発展段階および現存する文献資料との対応に基づき、以下のように定義される。
モンゴル祖語 モンゴル祖語は、現存する全てのモンゴル諸語および歴史的に在証されたモンゴル系言語の共通の祖先である。その絶対年代は、チンギス・ハーンとその継承者によるモンゴル系諸部族の地理的拡散（13世紀以降）の直前、すなわち言語的な統一が保たれていた時期に求められる。歴史的・政治的な統一（言語的ボトルネック）の結果、それ以前に存在した方言差は消失し、均質な祖語が形成されたと考えられる。このため、現代の諸言語間の差異は、過去800年足らずの系統分岐の結果であるとされる。
側モンゴル語（Para-Mongolic） モンゴル祖語の形成以前の段階から分岐した、モンゴル祖語の姉妹系統は側モンゴル語（）と呼ばれる。代表的な言語には、遼の契丹語や北魏の拓跋語（鮮卑語の一種）がある。これらはモンゴル帝国の勃興前には勢力を誇っていたが、後に絶滅したか、あるいはモンゴル帝国の拡大に伴ってモンゴル祖語へと吸収・置換されていったと考えられている。
先モンゴル祖語（Pre-Proto-Mongolic） モンゴル祖語へと至る、さらに古い段階の総称である。
晩期先モンゴル祖語（Late Pre-Proto-Mongolic） モンゴル祖語の直前の段階を指し、絶対年代としてはモンゴル帝国の勃興に先立つ数世紀（概ね12世紀頃まで）に相当する。ニコラス・ポッペはこの段階を古期モンゴル語（または古代モンゴル語、）と呼んで定義している。
モンゴル文語（特に先古典期文語）は、その保守的な綴字体系の中に、モンゴル祖語よりもさらに古い晩期先モンゴル祖語の音韻的特徴（例：母音連続の非融合や、特定の母音結合の保持など）を一部留めているとされる。また、内的再構に加えて、テュルク諸語やツングース諸語との間に見られる極めて古い層の借用語の検討を通じて、その姿が推測されている。
共通モンゴル語（Common Mongolic） 研究上の便宜的な概念として、モンゴル祖語そのもの（系統的な残存）と、その分岐直後に諸言語間で共有された地域的な改新（地域的特徴）を包括して共通モンゴル語と呼ぶ場合がある。これは、モンゴル諸語が遺伝的に極めて近く、かつ地理的にも隣接して発展したため、一次的な保持と二次的な接触による一致を厳密に区別することが困難な場合があるためである。
母音体系
母音目録 モンゴル祖語には、伝統的な再構において7母音が認められている。一方で、内的再建および比較の観点から、さらに古い段階（先モンゴル祖語）には「後舌のi」である *ï を含む8母音が存在したとする説がある。
基本母音 祖語の母音体系は、一般に以下の7母音として記述される。
+ モンゴル祖語の母音体系 舌の位置 女性母音 男性母音 中性母音 非円唇 円唇 非円唇 円唇 非円唇 高舌 (*i) *ü (*ï ) *u *i 非高舌 *e *ö *a *o
*i は中性母音であり、モンゴル祖語の段階では母音調和に関与しない。Janhunen(2003a: 5)
[] 内は舌根調和としての解釈の結果、再構される音価である。
8母音体系と *ï の存在 モンゴル祖語の母音体系における最大の論点の一つは、前舌の *i に対する後舌の調和形式 *ï の存在である。
共通モンゴル語段階では、*i は男性語・女性語の両方と共起可能な中性母音であったとされる。
しかし、中期モンゴル語やモゴール語、あるいはウイグル式モンゴル文字の綴りにおいて、*i を含む語が後続母音や先行子音（軟口蓋音 *k, *g に対する口蓋垂音 *q, *γ）によって男性語・女性語の区別を示すことから、ユハ・ヤンフネンなどは、さらに古い段階では *ï（後舌・非円唇・高母音）が存在し、それが後に *i へ合流したと考えている。 +先モンゴル祖語の母音調和前舌母音後舌母音非円唇高舌母音*i*ï円唇高舌母音*ü*u円唇非高舌母音*ö*o非円唇母音*e [ä ~ e]*a
長母音の欠如 モンゴル祖語（共通モンゴル語）の段階では、弁別的な長母音は存在しなかったとするのが通説である。
現代諸語に見られる長母音の大部分は、祖語段階の母音間にあった喉音（*x）や接近音（*y）、あるいは一部の閉鎖音（*g, *b）が脱落し、隣接する母音が縮合して生じた二次的長母音（Secondary long vowels）である。
一部の単音節語や特定の語彙（例：*modu「木」、*tabu「五」）におけるダグール語やモングォル語の長母音に基づき、祖語段階に一次的長母音（Primary long vowels）を再構する説（服部四郎、ポッペ等）もあったが、これらは二次的な長音化によるものとする懐疑的な見方が根強い。
二重母音 モンゴル祖語および共通モンゴル語の二重母音は、単一の音節核をなす母音の連続であり、再建案や言語によって complex vowels などとも呼ばれる。これらは現代諸語において長母音化ないし単母音化を経験していることが多いが、モンゴル文語の綴りや一部の古語的特徴を残す言語（ダウール語など）にその痕跡を留めている。
共通モンゴル語の二重母音体系は、後続する母音の質によって大きく二つの系列（*-i 系列と *-u / -ü 系列）に分類される。
二重母音の多くは、元来は母音間に介在していた子音（主に喉音 *x や接近音 *y）が脱落し、隣接する母音が縮合することで生じた二次的なもの（二次的二重母音）であると考えられている。 *VXV > *VV *saxïn（良い） > *sayin > 現代ハルハ語 *saiŋ。
*-i 系列の二重母音 祖語段階では、*ai, *ei, *oi, *ui, *öi, *üi の存在が推定されている。これらは現代モンゴル語（ハルハ方言など）では二重母音として保存されるか、あるいは前舌長母音へと変化している。
*ai は現代語では二重母音 [ai] または前舌長母音 [ɛː] などとして現れる。 *dalai「海」 > 文語 dalai、ハルハ語 dalai。 *ei は多くの言語で長母音 [iː] または [eː] に単母音化している。 *kei「風・空気」 > ハルハ語 *xii、ダウール語 xei/kei。 *oi / *ui は現代語では二重母音 [ɔɪ] / [ʊɪ] もしくは円唇前舌長母音 [œː] / [yː] などになる。 *noï「森」 > ハルハ語 *oi。 *üi は保存される傾向にある。 *üile「仕事」 > モンゴル文語 üile、ハルハ語 üil。
*-u / -ü 系列の二重母音 祖語における *au, *eü は、中期モンゴル語の段階ですでに長母音化が始まっていたが、ダウール語やモゴール語、甘粛・青海諸語の一部では現在も二重母音としての発音を保存している。
*au は現代モンゴル語では長母音 [ʊʊ] に変化しているが、ダウール語では [au] が維持されている。 *axula「山」 > 文語 aγula、ハルハ語 ʊʊl、ダウール語 aul。 *eü は現代モンゴル語では長母音 [uu] に変化しているが、ダウール語では [eu] となる。 *exüde「門」 > モンゴル文語 *egüde、ハルハ語 *uud、ダウール語 eud。
表記上の特徴と制約 モンゴル文語では、語末の二重母音は -i または -yi と綴られる（例：dalai）。語中では、男性語の oi, ui と女性語の üi が視覚的に区別されない綴り（wāw + yōd）になることがあり、文脈や語彙知識による判別を要する。
二重母音も母音調和の制約を受けるため、同一語根内で男性母音系列と女性母音系列の要素が混在することはない。
また *-i 系列の二重母音は、後続する音節の母音を前舌化させる ウムラウト化を引き起こす重要な要因となった。また、二重母音の直前の音節の母音がその影響を受けて変化する現象も観察される。
母音調和 現代ハルハ・モンゴル語などの母音調和は、かつてはチュルク諸語のような前舌対後舌の対立と見なされていたが、スヴァンテソンは1985年、音響音声学的分析に基づき、これが「咽頭化（pharyngealization）」、すなわち舌根後縮（RTR）の有無による対立であることを実証した。
しかし、スヴァンテソンは母音体系については伝統的な説を維持し、中世モンゴル語は硬口蓋調和（PVH）であったと仮定した。彼は、中世から現代にかけて以下のようなモンゴル語母音推移（Mongolic Vowel Shift: MVS）が起きたと論じた。このような母音四角形が回転するような連鎖推移を、母音回転（Vowel Rotation）とも呼ぶ。 +従来の母音調和体系前舌母音後舌母音円唇高舌母音*ü*u円唇非高舌母音*ö*o非円唇母音*e [ä ~ e]*a
咽頭化（RTR化）: 後舌母音 /*u, *o/ が咽頭化し、[ʊ, ɔ] へと変化した。 軟口蓋化（後舌化）: それによって生じた空隙に、前舌母音 /*y, *ø/ が移動して後舌化（または中母音化）し、現代の /u, o/ になった。
このように、したがって、モンゴル祖語には口蓋調和（）が存在したとするのが通説であったが、コ・ソンヨンを筆頭に、アンドリュー・ジョセフ、ジョン・ホイットマンらは、このスヴァンテソンの「母音推移」モデルそのものを否定する修正主義的解釈を提案した。彼らの説の核心は、モンゴル祖語の段階ですでに舌根調和（RTR調和）体系が存在しており、大規模な母音推移は存在しなかったという点にある。
+舌根調和として再解釈された母音調和体系前母音後母音高母音*i*ü [u]非後方舌根性(*ï [ɪ])*u [ʊ]後方舌根性低母音*e [ə]*ö [o]非後方舌根性*a*o [ɔ]後方舌根性
彼らがこのような舌根調和の古形説を支持する主な論拠は以下の通りである。
第一に、この仮説には比較言語学的経済性がある。現代のモンゴル諸語の大部分（ハルハ、チャハル、ブリヤート、ダグール等）はRTR調和を持っておらず、硬口蓋調和を持つのは西方のオイラート語（カルムィク語）に限られる。比較言語学の原則（Majority wins）に従えば、祖語にRTR調和を再建する方が、PVHから各言語で独立してRTRへ変化したと考えるより経済的である。
第二に、この仮説には音声学的自然性がある。舌根の動きは生理的に舌身の動き（前後移動）を伴うが、その逆は必ずしも真ではない。そのため、RTR調和からPVHへの変化（RTR特性の冗長化と前後の音韻化）は音声学的に自然であるが、PVHからRTRへの変化を支持する普遍的な原理は見当たらない。
これにより、『元朝秘史』等の漢字転写において、モンゴル語の /*ü/ が中国語の [u]（非円唇前舌の [y] ではなく）で写されている事実は、当時の /*ü/ が前舌寄りではなく、高母音の /u/（非RTR）であったことを示唆していると考えられる。
モンゴル語学の重鎮であるユハ・ヤンフネンとイアン・バレレは、この修正主義的な動向に対し、伝統的な PVH 説を再擁護する立場から6つの反論を提示した。ヤンフネンとバレレは、北東アジアにおいて舌根調和は東から西へと拡大した新しい革新であると主張し、これを北東アジア母音推移（Northeast Asian Vowel Shift）と称している。
TRHはPVHよりも知覚的に難しく、体系として不安定であるため、祖形である可能性は低い。 TRH体系は類型論的に稀で通時的に不安定であり、母音の合流（再構造化）を招きやすい。 現代モンゴル語の子音の「口蓋化」の分布は、かつて前舌母音が存在した（PVHであった）という文脈でしか説明できない。 19世紀末のラムステッドによる調査では、現代のハルハ語よりも母音が前舌・中舌寄りに記述されており、PVHからTRHへの移行が当時進行中であったことを示唆している。 モンゴル文字における軟口蓋音（k, g）と口蓋垂音（q, γ）の書き分けは、前舌対後舌の対立を前提としている。 チュルク語との借用語に見られる母音対応（チュルク語の前舌がモンゴル語の非RTRに対応）は、両者がかつてPVHを共有していたことを暗示している。
しかし如上の批判は苦しいものであり、コ・ソンヨンは、バレレとヤンフネンの批判に対して詳細な再反論を行っている。
方向性の自然性への反論：知覚が難しく不安定な体系（TRH）から、より安定した体系（PVH）へと移行する方が、言語変化の論理（対立の最大化）に照らして合理的である。B&Jが主張する安定したPVHがなぜわざわざ不安定なTRHに変化したのかという動機は不明なままとなる。 文字体系（ウイグル文字）の借用は、必ずしもモンゴル語自体の音韻体系を反映しているわけではない。同様の文字を使う満洲語も、TRH体系を持ちながら異なる形で文字を運用している。 チュルク語との対応についても、チュルク祖語自体がかつてTRH体系であった可能性があり、チュルク語側が先行してPVHへ変化したと考えれば矛盾しない。
モンゴル語研究において、コ・ソンヨンらの舌根調和古形説は、従来の文献解釈に音声学的・類型論的な視点を持ち込むことで、伝統的解釈と対等な有力な代替案としての地位を確立している。この説は、単にモンゴル語の歴史を説明するだけでなく、朝鮮語史における14世紀母音推移説を無効化できること、契丹語の母音体系との対応を得られるなどにより、アルタイ諸語の全体の音韻史を再編するための強力な枠組みとして注目されている。
子音体系 子音目録 以下の15子音が再構される。弱音（）と強音（）の は確定の材料がないが、その名の通り、現代モンゴル諸語の音韻体系から、強音の方が VOT が長く、弱音の方が VOT が短かったと考えられている（*t/*d においた音声表記は実現の例）Janhunen (2017: 98)。 +モンゴル祖語の子音唇音歯茎音硬口蓋音軟口蓋音強音*t [t/tʰ/tʰ]*c (= *č)*k弱音*b*d [d/t/d]*j (= *ǰ)*g摩擦音*s*x (=*h)鼻音*m*n*ng流音*r, *l接近音*y
*k の異音の可能性 いくつかの言語では、後舌母音（*a, *o, *u）の直前で *k は摩擦音化している。
母音間の *g の脱落と二次的長母音の形成 母音間に介在する舌背音（一般に *g または *γ と表記される）が脱落し、隣接する母音が縮合して二次的長母音（Secondary long vowels）を形成するプロセスがある。現代の多くのモンゴル諸語（ハルハ語など）に見られる長母音の大部分はこの過程を経て生じたものであるが、同一の音韻環境にありながら、ある語では子音が脱落し、別の語では保持されるという二極化の要因をめぐって、複数の学説が対立してきた。
中期モンゴル語資料における表記の不一致 この問題は、13世紀から14世紀の資料間で見られる表記の齟齬に端を発している。ウイグル式モンゴル文字によるモンゴル文語（WM）や中期モンゴル語文献では、母音間の子音（例：deger-e「上に」、aγula「山」）が保守的に綴られる。一方で、同時期のパスパ文字や漢字転写資料では、これらの子音がすでに消失し、母音連続または長母音として記録されている例が極めて多い（例：パスパ文字 dēre、aula）。ウイグル式文字においてさえ、同一語内に VCV 連続と単母音の表記が混在する場合があり、中期モンゴル語段階ですでに子音脱落と母音縮合が進行していたことが示唆される。
脱落の条件をめぐる諸説 介在子音の脱落が「無条件的」なものではなく、特定の語において保持された理由について、以下の仮説が提唱されている。
アクセント説 ボリス・ヴラディーミルツォフは、語内のアクセントの差異が分岐を引き起こしたと考えた。彼は、第2音節の母音に強勢がある場合にその直前の g が脱落し、常用語などで強勢が失われた場合には子音が保持されたと主張した。しかし、モンゴル諸語において語彙的なアクセントの対立が存在したという確実な証拠はなく、この説の説得力は低いとされる。 一次的長母音説 ポッペと服部四郎は、1959年にそれぞれ独立して、祖語段階における母音の長短の対立（一次的長母音）を仮定する説を提唱した。この説では、後続する母音が長母音である場合にその直前の子音が脱落し、短母音である場合には保持されたと説明される（例：*abaγa > abəɢ に対し、*baγaatur > baatər）。
ポッペや服部、野村正良らは、ダグール語やモングォル語、モゴール語などの周辺的な諸言語における対応から一次的長母音の存在を立証しようとした。これに対し、ゲルハルト・デルファーは、それらの長母音はすべて二次的な長音化によって説明可能であると強く批判した。現在でも、モンゴル祖語に音素としての長母音を認めることに対しては懐疑的な見方が一般的である。
音声学的解釈：閉鎖音と摩擦音の対立 服部四郎は、13世紀初頭のモンゴル語において、後に保存される音と脱落する音の間に音声的な差異があったと仮定した。
保存される音：口蓋垂または軟口蓋の有声閉鎖音 , 。 脱落した音：同部位で調音される、狭めの極めてゆるい弱い摩擦音 。
この仮説によれば、ウイグル式モンゴル文字が閉鎖音と摩擦音を書き分けない体系であったために両者が同一の字母で綴られた一方で、聴き取り難いほど弱かった摩擦音の は、外国語（パスパ文字や漢字）による写音資料ではゼロ子音として扱われた、と合理的に説明できる。
比較言語学的知見と借用語の役割 母音間に確かに子音が存在したことを裏付ける重要な根拠として、他言語との借用語の検討が挙げられる。特に古テュルク語からモンゴル語への借用語（例：テュルク語 qatïγ > モンゴル語 qataγu > ハルハ語 xatʊʊ「硬い」）や、モンゴル語からツングース諸語への借用語は、内的再構による *g の存在を客観的に裏付けている。また、中期モンゴル語において語幹末の g が母音接辞の前で消失する（例：cerig : ceri'üt）現象は、本来 *g と *x（または喉音）の交替が存在した可能性も示唆している。
語頭の子音 *p と *x モンゴル祖語およびモンゴル諸語の歴史音韻論において、語頭の子音 *p と *x は、言語の系統関係や時代区分を特定する上で極めて重要な指標となる。先モンゴル祖語（Pre-Proto-Mongolic）における無声唇破裂音 *p は、モンゴル祖語から中期モンゴル語の段階で咽頭摩擦音 *xへと弱化し、現代語の多くでは完全に消失した。
起源としての先モンゴル祖語の *p モンゴル祖語よりさらに古い段階である前モンゴル祖語には、語頭に無声唇破裂音 *p- が存在したと再構されている。
この *p- の存在は、ツングース諸語との比較（同系語における p- の保持）や、モンゴル諸語内部の内的再構、およびテュルク諸語からの古い借用語の検討に基づいている。
先モンゴル祖語の *p- は、モンゴル祖語の段階で両唇摩擦音 *ɸ- を経て、中期モンゴル語までには喉音（喉頭摩擦音）の *x- へと弱化した。
中期モンゴル語における *h- の保持 13世紀から14世紀の中期モンゴル語では、この音は独立した音素 *h として存在していた。
パスパ文字（ꡜ h）や漢字転写（「哈」「希」「忽」など）、アラビア文字による文献では、語頭の *h- は明瞭に記録されている。一方、ウイグル式モンゴル文字（モンゴル文語）では、語頭の *h は表記されず、母音で始まる語（ゼロ子音）と区別されない。
現代諸語における消失と保存 現代のモンゴル諸語において、中期モンゴル語の語頭 *x- の扱いは、言語群を分類する主要な特徴となっている。
ハルハ語、ブリヤート語、オイラト語、カルムィク語、モゴール語などでは、語頭の *x- は完全に消失し、語は母音から始まる。
一方、ダグール語や、甘粛・青海諸語（シラ・ユグル語、モングォル語、バオアン語、ドゥンシャン語など）では、この音が摩擦音として保持されている。
二次的な h- の発生 甘粛・青海諸語においては、本来語頭に *h- を持たなかった語（母音で始まる語）の前に、二次的に h-（またはそれに類する音）が付加される現象（語頭音添加）が観察される。
第2音節の頭子音がある種の音（*t, *č, *k, *q）である場合、語頭に二次的な h- が生じることがある。例えば、モンゴル祖語の *altan「黄金」は、モングォル語では χaldan、シラ・ユグル語では haltan となる。
この二次的な h- は、本来の *p- に由来する一次的な h- と現代語の段階では音声的に区別がつかなくなっているため、再構には中期モンゴル語やダグール語の資料との照合が不可欠である。 ラムステッド＝ペリオの法則（Ramstedt-Pelliot's Law）
アルタイ語仮説の文脈において、モンゴル語の語頭の消失した音（中期語の h-）がチュルク諸語やツングース諸語の p- に対応するという法則は、ラムステッド＝ペリオの法則（グスターフ・ラムステッドおよびポール・ペリオに因む）として知られている。この法則は、モンゴル諸語が辿った *p- > *ɸ- > *x- > Ø という一連の音変化を体系的に説明するものである。
借用語に現れる子音 口蓋化した歯擦音である *sh (= *š) は共通モンゴル語時代の借用語に見られる音素である。
モンゴル祖語には *ti, *di という音節が存在せず、*ci, *ji のみが音素配列論的に許されていたが、モンゴル祖語の崩壊からしばらくたった後モンゴル祖語（）時代に借用された単語には *ti, *di も見られる。
なお、/p, f, w/ といった音素はこれらの時代以降に個別の言語・方言で獲得されたものである。
アクセント アクセントと母音の弱化 モンゴル祖語においては、語彙的な対立をもたない語頭アクセントが存在したと推定されている。
祖語のアクセント体系 モンゴル祖語のアクセントは、母音の長短にかかわらず、常に初頭音節に置かれたと考えられている。このアクセントは、特定の語を区別する機能をもたない非弁別的なものであった。中期モンゴル語の段階でもこの特徴は維持されており、情報の重みが語の初頭に集中する体系であった。
現代諸語においては、アクセントの位置によって大きく二つのグループに分かれる。 北方語群（ハルハ語、ブリヤート語、ダウール語など）は、祖語の体系を継承し、語頭アクセントを保持している。 南方・周辺語群（甘粛・青海諸語、モゴール語）は、チュルク語族やイラン語群の影響を受け、語末アクセントへと移行したと考えられている。
母音の弱化と音素的対立の消失 初頭音節にアクセントが置かれる体系では、非初頭音節（第二音節以降）の短母音が弱化し、不明瞭に発音される傾向がある。
現代ハルハ語などの北方語群では、非初頭音節において長母音は音素的な対立を保つが、短母音は明瞭な音色を失い、先行する音節の母音の影響を受けた弱化母音（reduced vowels / schwa ）へと変質している。これらの弱化母音は持続時間が非常に短く、初頭音節の長母音に対して約34%程度の長さしかない。また、歯茎硬口蓋音や口蓋化子音の直後では、弱化母音は に近い音色を帯びる。
音素配列論
モンゴル祖語の音素配列は、厳格な母音調和と、音節構造および特定の位置における子音の分布制限によって特徴づけられる。
音節構造 モンゴル祖語の基本的な音節構造は *(C)V(C) であったと考えられている。すなわち、音節は単一の母音（*V）、または子音＋母音（*CV）、母音＋子音（*VC）、子音＋母音＋子音（*CVC）からなる。
一部の再建案では *CVVC 構造も認められるが、これらは基本的に、後に長母音化する二音節的な母音連続（*VCV の介在子音の脱落）に由来するものである。
語頭および語末において、二つ以上の子音が連続する子音連結は許容されなかった。語中における子音連続（*-CC-）は、音節境界をまたぐ形で最大二つまで存在しえた。現代モンゴル諸語（ハルハ・モンゴル語等）や青海・甘粛のモンゴル諸語に見られる複雑な子音連続は、非初頭音節の短母音の弱化や脱落によって生じた二次的なものである。
音節初頭の制約 語頭に立つことができる音素には強い制約があった。
流音 *r および *l、鼻音 *ng は語頭に立つことができなかった。ただし、共通モンゴル語段階では中国語（*luu「龍」）などの借用語を通じて語頭の *l が現れるようになる。
閉鎖音の対立にも制約がある。語頭では *t, *č, *k」と *b, *d, *ǰ, *g の対立が存在したが、唇音の強音（*p）は初期の段階で摩擦音化（*x）または脱落したため、固有語の語頭に *p は立たなかった。
音節末・語末の制約 音節末および語末に立つことができる子音は限られていた。
許容される子音は鼻音 *m, *n, *ng、流音 *r, *l、摩擦音 *s、および弱音系列の *b, *d, *g である。モンゴル祖語の段階では、音節末において歯茎鼻音 *n と軟口蓋鼻音 *ng は音韻的に対立していたと考えられている。しかし、後代の多くのモンゴル諸語（ダウール語、ブリヤート語、狭義のモンゴル語、ハムニガン・モンゴル語など）においては、この対立が中和された。
語末・音節末においては、閉鎖音・破擦音の強弱の対立は中和され、機能的には弱音系列（*b, *d, *g）として振る舞った。
同一音節内や単一語根内において、同一の子音が重なる（例：*-dd-）ことはなかった。重子音的配列が現れるのは、派生や屈折による形態素境界（例：*ab-ba「取った」）に限られていた。
特定の音の組み合わせ 子音と後続母音の組み合わせには、以下のような歴史的な変化を反映した制約がある。
まず、歯茎閉鎖音 *t, *d は、前舌高母音 *i の前では許容されず、破擦音 *č, *ǰ へと中和された。そのため、祖語段階に *ti, *di という配列は存在しなかった。モンゴル祖語には *ti, *di という音節が存在せず、*ci, *ji のみが音素配列論的に許されているが、一部の言語では他の言語で *ci, *ji に対応するはずの分節音が散発的にであるが *ti, *di の予測できる形で観察される。このことから、*ti *di > *ci *ji という変化を晩期前モンゴル祖語に想定することができるという説もある。
同様に、摩擦音 *s は *i（または中舌母音 *ï）の前で口蓋化し、*š となった。
同一の語（非複合語）内では、男性母音（*a, *o, *u, *ï）と女性母音（*e, *ö, *ü, *i）は共起しないという母音調和の制約を受ける。ただし、中性母音とされる *i は両方の系列と共起することが可能であった。 円唇狭母音 *u, *ü と円唇非狭母音 *o, *ö の後続音節における共起には制限があり（円唇調和）、祖語段階では体系的ではないものの、後の時代に強い制約として発達した。
子音連続 モンゴル祖語における子音連続（英: Consonant Clusters / Consonant Sequences）は、その分布や組み合わせにおいて厳格な制約を受けていた。基本的には語中（音節境界）における2子音の連続のみが許容されており、語頭や語末、あるいは音節内における子音連続は固有語の体系には存在しなかった。
借用語における例外 外部の言語（チュルク諸語、サンスクリット、ペルシア語、中国語など）からの借用語においては、本来の制約を逸脱する配列が見られることがある。
ペルシア語由来の *bars（虎）などは、語末に2子音が並ぶ数少ない例外である。