第100回東京箱根間往復大学駅伝競走（だい100かいとうきょうはこねかんおうふくだいがくえきでんきょうそう）は、2024年（令和6年）1月2日から1月3日まで開催された100回目の東京箱根間往復大学駅伝競走（箱根駅伝）である。
今大会は100回目の記念大会として開催され、これにより通常回より参加校を3校増枠した23校により本大会を開催した。また、「箱根駅伝100回記念ロゴ」が制作された東京箱根間往復大学駅伝競走「箱根駅伝 100 回記念ロゴ」について（関東学生陸上競技連盟、関東陸学発2022の第68号）。
2023年10月実施の予選では、出場校数増加に伴い予選通過校数を3校増枠するとともに、関東以外の大学にも今大会に限り門戸を広げる第100回東京箱根間往復大学駅伝競走予選会 選考方法・参加資格について（関東学生陸上競技連盟、関東陸学発2022の第67号）。
一方で今大会では関東学生連合チームは編成されなかった。
大会前日の1月1日に能登半島地震が発生し、影響が心配されたが予定通り実施された。 実施日程 往路：2024年1月2日 8:00スタート 大手町（スタート） - 鶴見 - 戸塚 - 平塚 - 小田原 - 箱根町芦ノ湖駐車場入口（ゴール） 復路：2024年1月3日 8:00スタート往路優勝校のスタート時刻。 箱根町芦ノ湖駐車場入口（スタート） - 小田原 - 平塚 - 戸塚 - 鶴見 - 大手町（ゴール)
区間 総距離 217.1 km中継所中継所繰り上げ時間往路（107.5 km） （スタート）大手町・読売新聞ビル前大手町 8時00分 往路スタート第1区大手町 - 鶴見 21.3 km -鶴見中継所先頭通過から10分後第2区鶴見 - 戸塚 23.1 km戸塚中継所先頭通過から10分後第3区戸塚 - 平塚 21.4 km平塚中継所先頭通過から15分後第4区平塚 - 小田原 20.9 km小田原中継所先頭通過から15分後第5区小田原 - 箱根町 20.8 km -（往路ゴール／復路スタート）箱根町・芦ノ湖駐車場入口箱根町 8時00分 復路スタート()復路（109.6 km）第6区箱根町 - 小田原 20.8 km -小田原中継所先頭通過から20分後第7区小田原 - 平塚 21.3 km平塚中継所先頭通過から20分後第8区平塚 - 戸塚 21.4 km戸塚中継所先頭通過から20分後第9区戸塚 - 鶴見 23.1 km鶴見中継所先頭通過から20分後第10区鶴見 大手町 23.0 km - 大手町（ゴール）
参加大学 第99回大会の総合成績上位10校（シード校）と予選会通過校13校を合わせた全23校が参加する。なお、今大会では関東学生連合チームは編成されなかった。
予選会では、前回大会で予選敗退の大学のうち5校が本大会出場となった。東京農業大学は10年ぶり、日本大学は4年ぶり、神奈川大学・中央学院大学・駿河台大学は2年ぶりの出場となる。一方、前回本大会出場の2校が予選敗退となった。前回大会総合11位の東京国際大学（予選14位）は、予選13位の山梨学院大学との差が僅かに3秒及ばず、7年ぶりの予選敗退となった（第79回-第89回のインカレポイント制導入時期を除けば過去最少差）。前回大会総合20位の専修大学（予選18位）は4年ぶりの予選敗退となった。
シード校（10校）No.大学名前回順位出場回数(シード権)スポンサー1駒澤大学前年1位58年連続 58回目 (5年連続)ヒロセ電機2中央大学前年2位7年連続 97回目 (2年連続)大矢運送3青山学院大学 前年3位16年連続 29回目 (14年連続)妙高市4國學院大學前年4位8年連続 17回目 (5年連続)アサガミ5順天堂大学前年5位13年連続 65回目 (3年連続)印西市6早稲田大学前年6位48年連続 93回目 (2年ぶり) -7法政大学前年7位9年連続 84回目 (2年連続)きぬた歯科8創価大学前年8位5年連続 7回目 (4年連続)創友会9城西大学前年9位2年連続 18回目 (5年ぶり)新田ゼラチン10東洋大学前年10位22年連続 82回目 (18年連続)健康ミネラルむぎ茶予選会通過校（13校）No.大学名前回順位出場回数予選成績スポンサー11大東文化大学前年16位2年連続 52回目予選1位 アラプラス12明治大学前年12位6年連続 65回目予選2位 サトウのごはん13帝京大学前年13位17年連続 25回目予選3位 フランスベッド14日本体育大学前年17位76年連続 76回目予選4位 旭日電気工業15日本大学第96回 18位4年ぶり 90回目予選5位 辻・本郷 税理士法人16立教大学前年18位2年連続 29回目予選6位 -17神奈川大学第98回 12位2年ぶり 54回目予選7位 日総工産18国士舘大学前年19位8年連続 52回目予選8位染めQ19中央学院大学第98回 16位2年ぶり 23回目予選9位 -20東海大学前年15位11年連続 51回目予選10位 inゼリー21東京農業大学第90回 14位10年ぶり 70回目 予選11位 -22駿河台大学第98回 19位2年ぶり 2回目予選12位 飯能信用金庫23山梨学院大学前年14位4年連続 37回目予選13位 -
出場選手 区間エントリー選手No. / 大学名区間エントリー選手（No. / 選手名,学年,年齢） 1駒澤大学 往路1区13篠原 倖太朗2区2鈴木 芽吹3区3佐藤 圭汰4区16山川 拓馬5区5金子 伊吹復路6区6帰山 侑大7区11安原 太陽8区8赤星 雄斗9区9花尾 恭輔10区14庭瀬 俊輝補欠・交代選手7赤津 勇進12小牧 波亜斗1白鳥 哲汰10吉本 真啓15伊藤 蒼唯4小山 翔也 2中央大学 往路1区1溜池 一太2区2吉居 大和3区3中野 翔太4区12湯浅 仁5区5山﨑 草太復路6区6浦田 優斗7区14吉居 駿恭8区8阿部 陽樹9区13白川 陽大10区10柴田 大地補欠・交代選手11園木 大斗4伊東 夢翔9山平 怜生7本間 颯15吉中 祐太16佐藤 蓮 3青山学院大学 往路1区1荒巻 朋熙2区15黒田 朝日3区13太田 蒼生4区4佐藤 一世5区5若林 宏樹復路6区6野村 昭夢7区12山内 健登8区16塩出 翔太9区9倉本 玄太10区10宇田川 瞬矢補欠・交代選手11松並 昂勢7皆渡 星七3小原 響14白石 光星2平松 享祐8田中 悠登 4國學院大學 往路1区11伊地知 賢造2区2平林 清澄3区13青木 瑠郁4区4辻原 輝5区5上原 琉翔復路6区6後村 光星7区16田中 愛睦8区8鎌田 匠馬9区9吉田 蔵之介10区15高山 豪起補欠・交代選手1瀬尾 秀介12山本 歩夢3佐藤 快成14嘉数 純平10板垣 俊佑7野中 恒亨 5順天堂大学 往路1区1三浦 龍司2区2浅井 皓貴3区3海老澤 憲伸4区16吉岡 大翔5区5石井 一希復路6区6氷見 哲太7区11内田 征冶8区14森本 喜道9区12藤原 優希10区10斎藤 舜太補欠・交代選手7児玉 空琉9鬼澤 大樹13石岡 大侑8荒牧 琢登15古川 達也4村尾 雄己 6早稲田大学 往路1区1間瀬田 純平2区2山口 智規3区11辻 文哉4区13石塚 陽士5区5工藤 慎作復路6区12栁本 匡哉7区15諸冨 湧8区8伊福 陽太9区9菖蒲 敦司10区10菅野 雄太補欠・交代選手3山﨑 一吹6北村 光4長屋 匡起14伊藤 大志7佐藤 航希16宮岡 凜太 7法政大学 往路1区16宮岡 幸大2区2松永 伶3区3野田 晶斗4区13小泉 樹5区5細迫 海気復路6区15武田 和馬7区7矢原 倖瑛8区8清水 郁杜9区11稲毛 崇斗10区12宗像 直輝補欠・交代選手9行天 陽虹10高須賀 大勢4安澤 駿空14髙橋 一颯6湯田 陽平兵1大島 史也 8創価大学 往路1区1桑田 大輔2区2スティーブン・ムチーニ3区3山森 龍暁4区4野沢 悠真5区5吉田 響復路6区6川上 翔太7区7石丸 惇那8区8小池 莉希9区9吉田 凌10区10上杉 祥大補欠・交代選手11小暮 栄輝12濱口 直人13竹田 康之助14山下 蓮15織橋 巧16齊藤 大空 9城西大学 往路1区1野村 颯斗2区15斎藤 将也3区14ヴィクター・キムタイ4区4山中 秀真5区5山本 唯翔復路6区6久保出 雄太7区12林 晃耀8区16小田 伊織9区9平林 樹10区10中田 侑希補欠・交代選手11山本 樹7小早川 凌真13淺井 晴大郎3中島 巨翔2磯西 健心8桜井 優我 10東洋大学 往路1区1九嶋 恵舜2区2梅崎 蓮3区15小林 亮太4区13松山 和希5区16緒方 澪那斗復路6区6西村 真周7区7熊﨑 貴哉8区14村上 太一9区9吉田 周10区10岸本 遼太郎補欠・交代選手11奥山 輝12佐藤 真優4薄根 大河8永吉 恭理3久保田 琉月5馬場 大翔 11大東文化大学 往路1区12西川 千青2区2久保田 徹3区3入濵 輝大4区13西代 雄豪5区5菊地 駿介復路6区6佐竹 勇樹7区11小田 恭平8区14ピーター・ワンジル9区9大谷 章紘10区10佐々木 真人補欠・交代選手7藤原 幹太1宮倉 騎士4赤星 龍舞8松本 雄大15照井 海翔16棟方 一楽 12明治大学 往路1区1大湊 柊翔2区2児玉 真輝3区3杉 彩文海4区15森下 翔太5区5吉川 響復路6区6堀 颯介7区13尾﨑 健斗8区8綾 一輝9区9鈴木 祐太10区14古井 康介補欠・交代選手11橋本 基紀12馬場 勇一郎7斎藤 拓海10溝上 稜斗4甲斐 涼介16山本 樹 13帝京大学 往路1区12西脇 翔太2区2山中 博生3区3柴戸 遼太4区4末次 海斗5区5尾崎 仁哉復路6区6大吉 優亮7区11小野 隆一朗8区8島田 晃希9区9小林 大晟10区10日高 拓夢補欠・交代選手7高島 大空1針谷 咲輝13岩本 拓真14福田 翔15大西 柊太朗16廣田 陸 14日本体育大学 往路1区1平島 龍斗2区2山口 廉3区11漆畑 徳輝4区4大森 椋太5区5三好 絋生復路6区6富永 椋太7区16田島 駿介8区15分須 尊紀9区9田中 慎梧10区14住原 聡太補欠・交代選手3山崎 丞12石川 龍芽13杉本 訓也10植松 孝太8浦上 和樹7𠮷田 黎大 15日本大学 往路1区1西村 翔太2区2シャドラック・キップケメイ3区13安藤 風羽4区4久保 昇陽5区5大橋 優復路6区6山口 月暉7区11下尾 悠真8区14鈴木 孔士9区15中澤 星音10区10大仲 竜平補欠・交代選手7山中 泰地12土井 拓実3冨田 悠晟8天野 啓太9片桐 禅太16山口 聡太 16立教大学 往路1区1林 虎大朗2区2國安 広人3区3馬場 賢人4区13中山 凜斗5区15山本 羅生復路6区6原田 颯大7区16吉屋 佑晟8区14稲塚 大祐9区9安藤 圭佑10区11関口 絢太補欠・交代選手10中西 洸貴12忠内 侑士4後藤 謙昌8山口 史朗5岸本 健太郎7服部 凱杏 17神奈川大学 往路1区1巻田 理空2区12小林 篤貴3区3宇津野 篤4区16宮本 陽叶5区11大泉 真尋復路6区6大岩 歩夢7区7新妻 玲旺8区8高橋 銀河9区13佐々木 亮輔10区15酒井 健成補欠・交代選手5飯塚 厚2花井 創9三原 涼雅14中原 優人10石口 大地4尾方 馨斗 18国士舘大学 往路1区12山本 龍神2区2ピーター・カマウ3区16生駒 直幸4区14西田 大智5区5山本 雷我復路6区6勝部 愛大7区7瀬川 翔誠8区13生田目 惇9区9川勝 悠雅10区10鈴木 伸弥補欠・交代選手11中西 真大1水野 龍吾8富岡 晃世4松井 遼太15渡辺 大喜3横田 星那 19中央学院大学 往路1区1稲見 峻2区2吉田 礼志3区12伊藤 秀虎4区15黒岩 勇禅5区5柴田 大輝復路6区6小松 裕大朗7区13工藤 巧夢8区16黒谷 優9区9近田 陽路10区11飯塚 達也補欠・交代選手10前新城 羽信3前原 颯斗7堀田 晟礼14清水 猛4坂本 駿8市川 大世 20東海大学 往路1区1兵藤 ジュダ2区2花岡 寿哉3区13鈴木 天智4区4野島 健太5区5喜早 駿介復路6区11梶谷 優斗7区7石原 翔太郎8区8南坂 柚汰9区14竹割 真10区10ロホマン・シュモン補欠・交代選手6松尾 昂来12越 陽汰3佐伯 陽生9折口 雄紀15湯野川 創16永本 脩 21東京農業大学 往路1区11高槻 芳照2区2並木 寧音3区3長谷部 慎4区4原田 洋輔5区5吉村 颯斗復路6区6植月 俊太7区16前田 和摩8区14圓谷 吏生9区9深堀 優10区10栗本 航希補欠・交代選手1実井 智哉12松本 虎太郎13菅原 昇真8髙島 侑翔15吉村 智輝7田中 莉生 22駿河台大学 往路1区16スティーブン・レマイヤン2区11新山 舜心3区3古橋 希翁4区14東泉 大河5区5倉島 啓人復路6区6塩路 悠耀7区15藤井 空大8区8岡﨑 樹9区9長田 拓巳10区10久保 俊翔補欠・交代選手2早稲田 蓮12山内 亮威13坂本 滉斗4ムサンガ・ゴッドフリー7加藤 亮太1沖 勘太郎 23山梨学院大学 往路1区1北村 惇生2区2ブライアン・キピエゴ3区3髙木 翔瑛4区16和田 瑛登5区5弓削 征慶復路6区6髙田 尚暉7区13徳田 秋斗8区8新本 駿9区9平八重 充希10区10占部 大和補欠・交代選手11川原 正輝12大西 陸7横山 竜之介14ジェームス・ムトゥク15塚本 陸斗4島津 裕太 色付きは当日メンバー変更を表す。（／） 名前末尾の(括弧内の数字)は学年と年齢を表す。 外国籍の選手は名前(英字表記)の後に国籍を記載。 は駅伝主将、は副主将を表す。
概要 前年度大学駅伝三冠を達成し、今年度も出雲・全日本を制して史上初の2年連続三冠に挑む駒大を筆頭に、青学大・中大・國學院大の4校による優勝争いが展開されると予想されていた。
往路
1区 エントリー変更は駒大、國學院大、法大、大東大、帝京大、国士大、東農大、駿河台大。
スタート直後から駿河台大の1年生スティーブン・レマイヤンが先頭を引っ張り、最初の1kmを2分47秒、5kmを14分00秒で通過するハイペース。すると3kmを過ぎたあたりでレマイヤンと駒大・篠原倖太朗、青学大・荒巻朋熙、國學院大の主将・伊地知賢造が抜け出し、この4人の先頭集団が他の19校の大集団と新八ツ山橋の定点（7.8km）で22秒の差をつける。
その後もハイペースで競り合う先頭集団からは12kmで荒巻と伊地知が脱落すると、レマイヤンと篠原の一騎打ちとなったが、六郷橋の登り手前で篠原がスパートし、レマイヤンを大きく引き離していく。最後までハイペースを刻んだ篠原は1区歴代2位となる1時間01分02秒の快走で区間賞を獲得、駒大がトップで鶴見中継所をタスキリレー。駒大の1区区間賞は第91回大会（2015年）の中村匠吾以来9年ぶり。
後ろではペースを上げた第2集団が16kmで伊地知、荒巻を続けて捉えると、19km過ぎで日大・西村翔太、城西大の主将・野村颯斗、東海大・兵藤ジュダ、創価大・桑田大輔の4人が抜け出す。そのままレマイヤンを捉えると、ラスト1kmで桑田がスパートし、トップ駒大と23秒差の2位でタスキリレー。1秒差で城西大、2秒差で日大と続いた。
序盤で先頭争いをしていたレマイヤンは32秒差の6位、同じく荒巻は35秒差の9位でタスキを渡したものの、伊地知は後半失速し1分33秒差の17位に沈んだ。また、優勝候補と目されていた中大も、2年連続の1区出走となった溜池一太がトップと1分49秒差の区間19位と沈み、苦しいスタートとなった。
2区 エントリー変更は青学大、城西大、神奈川大、駿河台大。
先頭でタスキを受けた駒大の主将・鈴木芽吹は5kmを14分07秒で入ると、その後も快調なペースで先頭をひた走る。2位争いは創価大の1年生スティーブン・ムチーニと、予選会トップの日大の1年生シャドラック・キップケメイが競り合い、その後方では4位の城西大・斎藤将也に9校の5位集団が迫る。
先頭を走る鈴木は終盤まで安定したペースを刻み、そのまま駒大が戸塚中継所をトップでタスキリレー。鈴木は2区歴代9位となる1時間06分20秒の好タイムをマークした（区間2位）。
2位争いは、10km過ぎでムチーニがキップケメイを引き離し始めるが、その後ろの4位グループから抜け出した青学大・黒田朝日が14kmでキップケメイを捉えると、権太坂（15.2km）から一気にスピードを上げ、20kmでムチーニをも捉え単独2位に浮上する。黒田は権太坂〜戸塚中継所間を他の選手よりも30秒以上早い22分30秒という驚異的なラップタイムで駆け抜け、青学大が22秒差の2位でタスキリレー。黒田は2区歴代4位となる1時間06分07秒のタイムを叩き出し、区間賞を獲得した。
後方では國學院大・平林清澄、早大・山口智規、東洋大・梅崎蓮がそれぞれ8人抜き。山口は渡辺康幸の持つ大学記録を29年ぶりに塗り替えた。その一方で、19位でタスキを受けた前回大会2区区間賞の中大・吉居大和は権太坂以降失速し区間15位に沈み、17位に浮上するに留まった。駿河台大は6位から19位、明大は8位から22位へと大きく順位を下げた。
区間賞の黒田をはじめ6人が1時間6分台をマークするハイレベルなレースとなった。
3区 エントリー変更は青学大、國學院大、早大、城西大、東洋大、日体大、日大、国士大、中央学大、東海大。
トップの駒大は前年11月25日の八王子ロングディスタンス10000mでU20日本記録（学生今季最高記録）を樹立した佐藤圭汰が、追いかける青学大は前々回においてこの区間で首位交代を果たした太田蒼生が当日変更でエントリー。5kmを13分57秒のハイペースで入った佐藤に対し、太田は更にそれを上回る13分51秒で突っ込み、戸塚中継所では22秒あった差をぐんぐん縮め7km過ぎで先頭を走る佐藤に追いつくと、その後は区間記録に迫るペースで激しく競り合う。その後ろではトップと1分19秒差の5位でタスキを受けた城西大のヴィクター・キムタイと、1分39秒差の9位でタスキを受けた國學院大・青木瑠郁が追い上げを見せる。
先頭争いは18.1kmまで抜きつ抜かれつの競り合いが続いたものの、湘南大橋を渡り終えたところで太田が一気にスパートし、佐藤を引き離してそのまま青学大がトップでタスキリレー。太田は第98回大会で東国大・丹所健がマークした1時間00分55秒の日本人最高記録を1分08秒も更新し、日本人初の59分台となる59分47秒の驚異的なタイムを叩き出し区間賞を獲得した。駒大は4秒差の2位でタスキを渡し、佐藤もこれまでの日本人最高記録を更新する1時間00分13秒のタイムをマークした。2分39秒差の3位にはキムタイが区間3位の快走を見せた城西大が入った。
4位争いは中継所直前で青木と東洋大・小林亮太、日大・安藤風羽の三つ巴の争いとなり、最後は安藤がわずかに競り勝ちトップと3分24秒差の4位でタスキリレー。1秒差で東洋大、2秒差で國學院大と続いた。
2区を終え総合17位と苦戦する中大は、前回大会3区区間賞を獲得した中野翔太を2年連続で起用したものの、区間20位のブレーキとなりトップと7分57秒差の18位。早くも優勝争いからは脱落することとなった。
また、駒大は前回大会の4区から学生三大駅伝において23区間連続でのトップ通過が続いていたが、今大会の3区で途切れることとなった。
4区 エントリー変更は駒大、中大、順大、早大、法大、東洋大、大東大、明大、立大、神奈川大、国士大、中央学大、駿河台大、山梨学大。
雨が降りしきる中、先頭でタスキを受けた青学大・佐藤一世は快調なペースを刻み2位の駒大・山川拓馬を引き離していく。一方、追いかける山川は中盤あたりから腰を押さえる仕草を見せ苦しい走りとなり、二宮の定点（8.9km）でその差は41秒に広がる。後ろでは5位でタスキを受けた東洋大の主将・松山和希が國學院大の1年生・辻原輝を引き連れ、46秒前を行く3位の城西大・山中秀真を追いかける。
先頭を走る佐藤は4区歴代7位となる1時間01分10秒の快走で区間賞を獲得し、青学大が2年ぶりに小田原中継所をトップでタスキリレー。再逆転を狙う駒大は山川が区間6位と粘ったものの、青学大との差は1分26秒と大きく広がった。
3位争いは酒匂橋（15.2km）で山中が松山・辻原に4秒差まで詰められるが、その後引き離しトップと3分35秒差で城西大が3位を守ってタスキリレー。17秒差で東洋大、23秒差で國學院大と続いた。松山は区間2位（4区歴代10位）の快走。後方では18位でタスキを受けた中大の主将・湯浅仁が区間3位と意地を見せ、5人を抜いて総合13位に順位を押し上げた。一方、13位でタスキを受けた順大の1年生・吉岡大翔は区間8位と粘りの走りを見せ、2人を抜いて11位に浮上。また、ここまで4位と健闘していた日大は久保昇陽が区間最下位に沈み、8つ順位を落とし総合12位でタスキを渡した。 区間6位となった中央学大・黒岩勇禅は父との親子給水を果たした。
5区 エントリー変更は立大、神奈川大。
流れに乗る青学大は、前々回大会で区間3位と好走するも前回大会では直前の体調不良で出走が叶わなかった若林宏樹がエントリー。追いかける駒大は、前々回で区間4位と好走し今年度は副主将を務める金子伊吹がエントリー。両者ともに序盤は快調なペースを刻むも、上りに入ってから若林がその差を広げ大平台では1分33秒、小涌園では1分53秒差をつける。また、その後ろでは、3位でタスキを受けた城西大・山本唯翔が前回大会で自らが作った区間記録を更新するべく山を駆け上る。
雨が強くなり寒さが襲う中、先頭の若林は最後までハイペースで押し切り、前回大会で山本がマークした1時間10分04秒の区間記録を32秒更新する1時間09分32秒（区間2位）の快走を見せ、2年ぶりに青学大が往路優勝のテープを切った。また青学大は、第96回大会（2020年）で自校が記録した5時間21分16秒の往路記録を3分以上更新し、史上初めて5時間20分を切る5時間18分13秒という圧巻の往路新記録を打ち立てた。金子は終盤引き離され、駒大が2分38秒差の2位でフィニッシュ。こちらも5時間20分51秒と往路記録を更新したものの、2年連続の大学駅伝三冠には黄色信号が灯った。
3位を走る山本はタスキを受けた時点で2分09秒あった2位・駒大との差を39秒まで縮め、自らの区間記録を50秒更新し、さらには第81回大会（2005年）でほぼ同じコースを走った順大・今井正人が記録した1時間09分12秒の記録同大会後に函嶺洞門にて走路変更が実施されているため、今井の記録は区間記録ではなく「参考記録」として扱われている。に迫る、1時間09分14秒の区間新記録を樹立して2年連続で区間賞を獲得した。城西大は過去最高の往路3位。4位は東洋大、5位には1年生・工藤慎作が区間6位の走りを見せた早大が入った。
一方、優勝候補の一角とされた國學院大は上原琉翔が区間17位と苦しみ、トップと8分54秒差の6位で往路を終えた。また、2023年4月に東海大から創価大に編入した後に全日本5区で区間賞を獲得し当初は2023年10月の出雲駅伝でも5区で区間賞を獲得していたが、大会後にチーム内の一部選手のドーピングが発覚したため、チーム成績・吉田を含めた全員の個人成績を無効とし、参考記録扱いとする決定が出された。、今大会でも区間賞候補と目され区間新記録の更新も期待されていた創価大・吉田響は苦手としていた寒さのため力が出し切れず、区間9位の走りで順位を総合8位から7位と1つだけ上げて、トップと9分55秒差でフィニッシュした。
予選会トップ通過の大東大は、2年連続の山上りとなった菊地駿介が区間4位の力走で14位から6人抜きの8位でフィニッシュ。続いて法大、順大、国士大の順番でゴールした。昨年準優勝の中大は3区までの失速がたたり総合13位。4区終了時点ではシード圏内の9位にいた東海大は、喜早駿介が区間22位の大ブレーキでシード圏内まで1分16秒差の16位まで順位を落とした。また、予選会2位通過の明大は2区以降波に乗れず最下位で往路を終えた。
シード権争いは7位・創価大から19位・日大まで13校が3分43秒の間にいる大混戦となった。また、青学大と10分以上の差がついた8位・大東大以下16校が復路一斉スタートとなった。この校数は、第70回大会（1994年）と並び史上最多タイである。
復路 6区 前日とは打って変わり、雨が止んでのスタート。復路は、駒大が7～9区に経験者を配置したのに対し、青学大は復路の走者全員が箱根初出走というオーダーとなった。
復路の幕開けとなる6区に、青学大は野村昭夢、駒大は帰山侑大がそれぞれエントリー。その青学大と駒大は芦ノ湖で2分38秒だった差が、芦之湯の定点で2分52秒、小涌園前の定点で3分18秒と差が開いていく。復路一斉スタートは歴代最多タイの16チームとなった。復路一斉スタートの集団は、法大・武田和馬と中大・浦田優斗が集団を引っ張り、7km付近で武田が抜け出した。
野村は傾斜が緩やかになる終盤もペースを落とさず、区間2位（6区歴代10位）の好走を見せた。一方、帰山は区間12位と振るわず、トップ青学大との差は4分17秒に広がり、2連覇及び2年連続三冠が厳しくなった。
法大は武田が区間賞（6区歴代5位）を獲得する快走で時差スタートの創価大、早大、國學院大をかわして5番目にタスキリレー、総合順位も7位に浮上。創価大も川上翔太が6区の1年生歴代最高タイム（区間3位）をマークして5位に順位を上げた。芦ノ湖を5位でスタートした早大は区間20位のブレーキで8位に転落し、シード権争いに巻き込まれてしまった。浦田が区間5位の走りを見せた中大がシード圏内の10位に入り、往路16位からポジションを上げた11位・東海大との差は1分27秒となった。
7区 トップの青学大は4年生で初めての箱根路となった山内健登、2位駒大は2年連続の7区となる安原太陽、中大は吉居駿恭、東海大はエースの石原翔太郎、東農大は予選会日本人選手トップの1年生・前田和摩が起用された。スタートしてから吉居は前のランナーを次々と抜いていく。11.8km地点・二宮では、トップ青学大と2位駒大の差は小田原中継所から少し詰まった。平塚中継所まで2.9kmの大磯では、駒大は青学大と4分33秒差と再び差が開いた。山内は終盤苦しい表情を見せるも2位駒大との差を4分44秒に広げ、青学大が平塚中継所をトップでタスキリレー、3位城西大との差も5分36秒に広がった。また、大東大が7位に浮上し、9年ぶりのシード権獲得に大きく近づいた。中大は10位をキープし、9位の早大とは2秒差に近づいた。11位には帝京大が浮上したが中大とは2分02秒と差が広がった。東海大は、石原が故障明けの影響で区間15位に沈み13位に後退した。順大は6区、7区と振るわず10位中大と5分以上離されシード権争いから脱落した。東農大は、前田が故障明けの影響で区間13位と不発、20位と順位は1つ上げるのみにとどまった。
区間賞は5人抜きの快走を見せ、1時間02分27秒と区間歴代3位の好タイムを記録した吉居が獲得。15km地点では前日2区を走った兄・大和から給水を受けた。また、区間4位の安原は弟の海晴（駒大・1年生）から給水を受けた。
8区 トップで通過した青学大は駅伝デビュー戦の塩出翔太、追う駒大は前回大会も8区を走った赤星雄斗がそれぞれエントリー。
前回この区間で4位と好走した赤星だったが、茅ヶ崎の定点で4分52秒、遊行寺坂で5分21秒と塩出に差を広げられる展開になる。塩出はそのまま流れに乗り、1時間04分00秒（8区歴代3位）のタイムで区間賞を獲得。対する赤星も差を広げられたものの、塩出から49秒差の区間4位でタスキを繋いだ。國學院大、法大が1つずつ順位を上げ、それぞれ5位、6位となった。帝京大は2つ、東海大は3つ順位を上げそれぞれ9位、10位となり、シード圏内に入る。
ここまで往路での遅れを挽回して10位に位置していた中大は、過去2年5区で好走した阿部陽樹が直前での体調不良の影響で区間22位、7位の大東大はピーター・ワンジルが区間最下位とそれぞれ大ブレーキとなり、11位大東大・12位中大とシード圏外に後退した。
なお戸塚中継所では、山梨学大がわずか9秒間に合わず繰り上げスタートとなった。
9区 2位駒大と5分33秒差をつけ独走態勢となった青学大は、最初で最後の箱根路となった倉本玄太も区間賞を獲得。駒大との差は6分23秒と大差をつけ、優勝争いは決着した。