『邪宗門』（じゃしゅうもん）は、高橋和巳の長編小説。『朝日ジャーナル』の1965年（昭和40年）1月3日号から、1966年（昭和41年）5月29日号にかけて連載され、大幅な加筆修正を施した上で、1966年（昭和41年）10月と11月に、河出書房新社より上下巻で刊行された。文庫版は当初は新潮文庫、のちに講談社文庫、朝日文庫、河出文庫より刊行されている。
新興宗教団体「ひのもと救霊会」の、弾圧と滅亡の歴史を描いた小説である。明治中期に悟りを開いた下層農民の行徳まさを開祖とする教団が、二代目教主の行徳仁二郎によって教勢を拡大してのち、戦時下の弾圧を受け、最後には敗戦後、三代目教主の千葉潔に率いられた信徒たちが〈世なおし〉のために武装蜂起し、決定的な破滅に至るまでの、教団史の消長が描かれる。
分量は高橋の作品中、最も長い2,000枚に及び、時間の流れは1931年（昭和6年）から1946年（昭和21年）まで、主要登場人物は30人、空間は戦前日本の勢力圏全域である樺太・満洲国・カロリン群島にまで広がる、規模雄大な作品である。
あらすじ 第一部
序章から第一部までの年代は、1931年（昭和6年）晩秋から、翌1932年（昭和7年）5月16日まで。
1931年（昭和6年）晩秋、母の骨壺を抱えた14歳の少年、千葉潔が「ひのもと救霊会」本部のある神部駅に降り立った。東北地方で発生した大飢饉の中、自らの母親の死肉を食らって生き延びた彼は、骨を神部盆地の救霊会の墓に埋めてほしい、との母の遺言のため、飢餓に苦しむ生地を離れてやってきたのだった。飢えた千葉潔は教団本部へ辿り着く前に、川べりの草むらの中で倒れるが、古参信徒の堀江駒に発見され、連れて帰られる。
既に同年の春、ひのもと救霊会は二代目教主の行徳仁二郎をはじめとする幹部や地区司祭ら9人が逮捕され、神殿を破壊されるという弾圧を受けていた（第一次弾圧）。当主の真輔もこの弾圧により不在となっている堀江家で、千葉潔は駒、その義娘の菊乃、駒の孫の民江、教主の次女の行徳阿貴らに囲まれ、暗い過去に凍りついた心を、次第にほぐし始める。
教団では第一次弾圧後も、九州地区司祭の小窪徳忠が「皇国救世軍」として分離独立する事態となり、組織は崩壊の兆を見せ始める。しかし千葉潔が教団へ来た翌1932年（昭和7年）春には、教主や幹事らが保釈され、組織の立て直しが図られた。また、神部絹糸のストライキも支援することとなり、一応の立ち直りを見せるが、五・一五事件に教団の信徒であり陸軍士官学校生でもあった植田文麿が参加していたことが発覚。警視庁は教団の閉鎖と、教主と一部・二部幹事全員の逮捕を命じる。そして同日の夜には原因不明の火災が発生し、教団は壊滅した（第二次弾圧）。
一方で教団の下働きをしていた千葉潔は、教主の長女である行徳阿礼の鉛筆を盗んだ疑いをかけられて教団での居場所をなくし、密かに神部を去るが、実は最高顧問である加地基博から、天皇に宛てた「諫書」を託されていたのだった。加地の指示に従い、千葉潔は書生の植田克麿と共に、伊勢神宮への参拝に訪れていた天皇に「諫暁」を実行する。しかし計画は失敗し、逮捕された克麿は発狂、加地は警官隊に包囲されて自害、千葉潔も教団に逃げ戻っていたところを逮捕されて、神部を去った。
第二部
第二部の年代は、1940年（昭和15年）春から、翌1941年（昭和16年）12月8日の開戦の詔勅まで。行徳阿礼を中心に、それぞれの本部員の生活をパノラマ風に描く章である。
非合法化され、信徒が40万にまで減少した教団は、教主の長女である行徳阿礼によって守られていた。逮捕された仁二郎や幹部らは小菅の刑務所に収監され、行徳阿貴は、堀江駒や民江と共に、四国行脚の名目で説法の旅に出ていた。またかつて収容されていた少年院を脱走した千葉潔は、第三高等学校の学生となり、ボート部の主将となっていた。刑期を終えた植田文麿は、素性を隠して九州の炭鉱で働いていた。
1940年（昭和15年）春、「皇国救世軍」の小窪徳忠から、次男である軍平と阿礼の結婚によって、救世軍と救霊会とを合体させることの申し出がなされ、阿礼は悩む。そして千葉潔との再会を経て、翌1941年（昭和16年）4月、結婚を決意して九州へ赴く。しかし、大政翼賛会に参加して戦時体制の中枢に接近しようとした皇国救世軍の計画は挫折し、阿礼が逡巡を重ねて選んだ自己犠牲も、完全な無意味となった。12月8日に開戦の詔勅が宣布されると、神部の教団本部員たちはなぜか、「天皇陛下万歳」を三唱した。
第三部
第三部の年代は、敗戦後の1945年（昭和20年）8月下旬から、翌1946年（昭和21年）3月まで。
1945年（昭和20年）秋、疥癬に冒された仁二郎は敗戦に伴う釈放直前に獄死し、行徳阿貴は幹部の松葉幸太郎と足利正から、正反対の内容である教主の遺書をそれぞれ受け取る。一通は「ただ平静に何ごともなかりしがごとくに進め」という寛恕の語調に溢れたものである一方、もう一通は「いまは審きのとき、逃がれんとする悪魔を許すべからず」という呪詛の内容だった。結局、教団は松葉宛の遺言のみを機関紙に掲載し、足利宛の遺言は口伝えに信徒たちに広めることとした。そして教主は不在のまま、仁二郎の次女である阿貴を「継主」として、再建を進めることとなった。
同年末、南方戦線から復員した千葉潔が神部に現れ、第三高等学校時代の友人である吉田秀夫らと共に、救霊会の参謀組織として企画院を設立。翌1946年（昭和21年）正月から救霊会は、雑誌の発刊・信徒の拡大・教義の整備・本部機構の改革・他宗教や一般団体との連携や闘争など、活発な活動を始め、再生していく。
一方で千葉潔は、教団の本部員には知らせないまま、旧軍隊の残存武器を集積して、武装暴動の準備を進めていた。教団を利用した〈世なおし〉、日本の革命を幻想しての行動だったが、彼自身も、自分の計画が成功するはずはないと知っており、その幻想を本気で信じてはいなかった。彼が望んでいたのは、かつて母の肉を食い、軍隊では捕虜を虐殺した自分を地上から抹殺し、全教団をそのための起爆剤にすることだけだった。
敗戦により失脚した小窪を見捨てて教団に戻ってきた阿礼は、千葉潔の凶暴な夢想を即座に看破する。阿礼もまた、全教団を犠牲にしてでも、子持ちの出戻り女に過ぎない自身の人生に、華やかな瞬間を取り戻すことを願っていた。そして、供出拒否の責任を問われて勾留されている継主の阿貴が、教主に千葉潔を指名したとの偽書を作成することにより、妹から教主の座を簒奪し、破壊衝動を抱く千葉潔を三代目教主に仕立て上げた。
また元青年部部長の足利正も、獄中から出てきてのち、明日の食糧を求めるのみの世の人々と、自身が夢想する義の回復との落差に絶望していた。仁二郎亡き後、教団の最重要人物となった足利は、敗戦を「六終局」到来の時と考え、今こそ〈世なおし〉を成し遂げて〈神の国〉を築かねばならぬ、と考える。教宣に赴いた東京で、教団の意向を無視して支配者・抑圧者に対する宗教裁判を断行するも、失敗に終わった足利は、陰謀によって千葉潔が教主となったことを悟りながら、千葉潔と阿礼の計画する、無謀な反乱に身を投じることとなる。
武装暴動の引金は、隠匿米の摘発に来た警官と米兵が、強盗に間違われて惨殺されるという、偶発的な事件によって引かれた。教団は小作制度の破壊と、労働者による工場の自主的生産管理を実現するため、武装蜂起によって神部地区から国権側の武力を排除し、「解放区」を樹立する。一時は成功したかのように思われた反乱だったが、この動きは、神部地区と近畿の一部にしか波及せず、数日後には神部は、戦車をはじめとする進駐軍の大部隊によって、完全に包囲される。進駐軍の圧倒的な武力による、一方的な殺戮にも等しい戦闘が二昼夜に渡って行われた末に、教団本部とその周辺は原形を留めないまでに破壊され、反乱は徹底的に鎮圧され、教団は壊滅する（第三次弾圧）。足利正は戦死し、千葉潔に身体を与えた阿礼は、米軍戦車の砲撃により信徒の家々が燃える中、充足感と勝利感に満たされながら自殺した。
蜂起が失敗してのち、千葉潔をはじめ数人の残党は、行者姿で大阪の釜ヶ崎の貧民窟へと落ち延び、自らの意志で一切の食と水とを絶って餓死する。今際の際で何かを口にしようとした千葉潔は、少女時代から彼を愛し続けた堀江民江の腕の中で死に、民江も舌を噛み切ってその後を追った。
一方で、警察で勾留されていた阿貴は、教団が蜂起したとの報を聞いても、なす術を持たずにいた。更に、治っていたはずの小児麻痺が拘置所生活で再発して身動きもできなくなり、京都警察病院で横になったまま、教団が壊滅したことを聞かされる。しかし、全身麻痺による死の危機に晒され、看護婦に虐げられながらも阿貴は、私は死なない、継主の地位は聖主の次女という理由で与えられたに過ぎなかったものだが、この病を克服して自身の信仰により人々の邪慳さを和らげることができれば、そのときこそ自分は、ひのもと救霊会の真の継主になれるのだから、と、新たな未来を見据えつつ思うのだった。
ひのもと救霊会
ひのもと救霊会は、1897年（明治30年）頃を開基とする新興宗教団体である。本部は京都府下の、「神部」という町に位置する。神部は古くから絹織物の産地として栄え、明治期には絹糸工場が建設されて、唯一の近代産業となった。本部は、かつての城址に建てられている。また、全国各地に分教会があり、地区司祭によって管理されている。
本部組織としては、教主に直結する議決機関として長老会・正幹事会・拡大幹事会、事務機構として庶務・組織・宣教・財務・企画部、実務分掌として農部・工部・礼部がある。そのほか、出版局・新聞編集局、青年部・婦人部、顧問団（最高顧問・法律顧問・教学顧問）がある。本部には附属施設として、農場・紡績工場・窯場・植物園・病院があり、これらの幾つかは各地方にも散在する。教団旗は、弓の上に留まった金色の鳩が、光を発する図柄を描いたものである。
開祖は行徳まさという、薄幸の寡婦である。間引きを免れた貧農の三女として生まれ、尽くし抜いた2人の横暴苛酷な夫と死別し、6人の子供のうち4人に先立たれ、残った2人にも背かれた彼女が、突如として神がかりの状態となり、生の意味を根源的に追求しながら山野を放浪し、特異な神霊能力を身に付けて、祈禱による秘儀奇蹟を行い、初期の教団を形成した。小作農、女工などの貧しい人々を中心に広まっていき、のちには、救霊会の組織化に貢献のあった教派神道系の宣教師・亀川俊成の次男である仁二郎（のちの二代目教主）が、不思議な人間的魅力と政治力で教団や教義の合理化・体系化を推進。全国に200万人の信徒を擁する大宗教団体へと発展した。
一方で政府権力からの弾圧は激しくなり、1930年（昭和5年）の第一次弾圧では治安維持法違反で教主ら6名が逮捕され、本殿を破壊されている。翌々年の1932年（昭和7年）には幹部121名が逮捕され、火災によって多くの施設を失った影響もあり、信徒の多くは日本各地や南方の島、満洲にまで離散していき、本部には隠れ宗教として活動を持続する少数の信徒だけが残った。
教義
教団で最も重んじられる最高教典は、まさが僧侶に文字を習って書いた『お筆先』で、仁二郎はその唯一の解説者と位置づけられる。作中ではその内容はあまり語られないが、中には「大元帥も人の子、馬喰もまた人の子」という一節があり、「大○○も人の子」と伏字にすることで、ようやく刊行を許された。
教義の根本要諦は、「三行、四先師、五問、六終局、七戒、八誓願」であり、加えて聖師の二つの遺書である「二訓」、奥義書がある。門外不出の奥義書は、開祖と二代目教主との問答録で、「信仰とは何ぞや、救済なり／救済とは何ぞや、死なり／死とは何ぞや、安楽なり」といった、虚無的な内容のものである。
根本要諦のうち「三行」は、開祖まさの開眼に至るまでの遍歴を追体験する3段階の苦行「歩行・誦行・水行」を指し、布教に功あって地区司祭の地位につこうとする者だけに課せられる。「歩行」は一日二飯、一筒の水だけで開祖の辿った樵夫道を20日間、沈黙して歩き続けること、「誦行」は1週間、蝋燭1本だけの石の祠にこもって、開祖の『お筆先』を暗誦すること、「水行」は3日間、小さな滝壺で水に打たれて身を清めることを指す。これらの行開けの日には、教主から門外不出の鎮魂帰心、窮地における捨身の護身術、身替りの法が伝授される。
「四先師」は、開祖が気狂い女と蔑まれていた、神がかりの状態から悟りを開くまでの間、外道でありながらも開祖の世話をした、無名の4人の人物を指す。開祖の問いには答え得ないが、字を教えて考えることを諭した浄土宗の僧侶（智慧の菩薩）・山で修行中の開祖に食を与え続けた樵夫（恵みの菩薩）・まさに授乳して餓死から救った白痴の女性・娼婦に売られたまさの子を庇った娼婦、の4人である。
「五問」は、半狂乱になった開祖が発した「なぜ長男は戦死したのか。なぜ長女は娼婦になり病毒におかされて死んだのか。なぜ次男は行方しれずになったのか。なぜ次女は地主の納屋で首をくくったのか。なぜ三女は末子を餓死させたのか」という、五つの問いかけを指す。
「六終局」は、〈世なおし〉の前にこの世が経験せねばならぬ試練として開祖が示した、「最後の一人に到る最後の殉難／最後の愛による最後の石弾戦／最後の悲哀を産む最後の舞踏／最後の快楽に滅びる最後の飲酒／最後の廃墟となる最後の火の玉／宇宙一切を許す最後の始祖」というカタストロフィの予言である。
「七戒」に関しては明瞭な記述がなく、作中では「汝殺すなかれ、姦淫するなかれ、盗偸するなかれ、偽言をなすなかれ」の四戒しか示されていない。また地域共産社会建設の過程で、「不所有」が言及されているが、明記されてはいない。
「八誓願」は、「たとえ蓮の花ひらき、無量光かがやく天国の眼前にあろうとも、此岸に一人の不幸に涙するものあり、一人の餓鬼畜生道の徒あるかぎり、我らは昇天せじ」から始まる、長文の八つの誓願である。
教姉教弟
教団内には「教姉教弟」（あねおとうと）という制度があり、やむを得ない事情で男性との縁を失った女性が、年下の独身男性信徒を選び、法律外の男女関係を結ぶことができる、というものである。しかし長じた教弟が他の女性を結婚相手に選んだ際は、教姉は黙って彼から離れなくてはならない。
また他に、四季の祭典のあとの無礼講というものもあり、詳細な言及はないが、伊達（1991）は「祭りの夜の自由恋愛とされているから、おおよその見当はつく」としている。
登場人物
いずれも「ひのもと救霊会」の信徒。1946年（昭和21年）4月までに、そのほとんどが死亡している。
千葉 潔 - 三代目教主。少年時代に東北の大飢饉の中、餓死した母の肉を食べて生き延びた。「諫暁」事件で感化院へ送られるも脱走し、放浪生活を経て苦学ののち、第三高等学校へ入学。熱心に農民運動史や宗教史を研究した。三高卒業後に関しては詳しく描かれていないが、出征した際に上官の命令で捕虜を殺害したという経験を持っている。復員後、しばらくの放浪生活を経て、再び神部へ帰還した。 行徳 まさ - 開祖。作中年代では既に故人。1855年（安政2年）生まれ、1915年（大正4年）没。丹波盆地の貧農に、間引きを免れた子として生まれ、明治中期、大工の夫と死別し、再婚させられた高利貸の夫に家を追われた上、6人の子供にも背かれ、或いは先立たれた。その結果、突如として神がかりの状態となり、半狂乱で神部の宗教家や知識人を訪ね廻り、自身と子供たちの不幸の意味を訪ね歩いた。そして、唯一真面目に向き合ってくれた浄土宗の僧侶に文字を学び、末法意識を身に付けた。のち、祈禱師として信徒を集め、初期の教団を形成した。 行徳 仁二郎 - 二代目教主、聖師。気さくで包容力に富み、才気煥発で抜群のユーモアの精神を持つ。旧姓は亀川。1882年（明治15年）生まれ、1945年（昭和20年）没。神部盆地に住む禅宗の僧侶を父に持つが、父は破戒して商売や鉱山開発に手を出して失敗、教派神道の宣教師に鞍替えしてのち、強引に勢力拡大を図った。仁二郎は小学校卒業後に禅宗寺院に預けられたが、俗気の多い父への反発、職業的宗教人への嫌悪から放浪の旅に出る。10年間の放浪期については謎に包まれており、様々な伝説によって語られている。1907年（明治40年）に故郷へ戻ってきた際にまさと出会い、能力を買われて教団の参謀役となる。まさとはしばしば対立したものの信頼され、やがて養子に迎えられ、教団の運営を委ねられた。 行徳 八重 - 仁二郎の妻。没落士族の娘で、神部絹糸工場の事務員だったが、工場で布教していた救霊会に怒りを覚えて本部へ抗議に赴いたところ、仁二郎の不思議な人格に乗せられ、反対に救霊会が煽動していた争議の指導に回り、その後信徒となった。夫の逮捕後は教団を支え、教勢の維持に貢献した。仁二郎からは教主の座を譲る意思を明かされていたが、結局実現はしなかった。 行徳 阿礼 - 仁二郎の長女。派手やかな美貌を持つ一方、気性が激しく、驕慢で誇り高い性格を持つ。生まれたときからその主人である教主殿では、小女王のように振る舞っている。 行徳 阿貴 - 仁二郎の次女。小児麻痺で足が悪く、不具者への奇蹟を謳う教団には都合が悪かったため、堀江家に預けられていた。千葉潔の優しさと努力によって足萎えをほぼ克服し、教主補、のちに継主として、教団の最高責任者を務めた。 堀江 駒 - 古参信徒の老婆。開祖の側近を務めていた。 堀江 菊乃 - 駒の義娘。千葉潔が駒に救われた当時、夫の真輔は教主と共に投獄されていた。 堀江 民江 - 駒の孫。少女時代から千葉潔に心を寄せていたが、思いを口にすることなく見知らぬ青年と結婚し、夫の戦死後に一児を産んだ。 有坂 卑美子 - 教主殿の下女で、千葉潔の教姉（あね）だった女性。阿礼の嫉妬によって左遷されたカロリン諸島ポネペ島で布教活動に従事し、島の青年との間に2人の子をもうけた。 小窪 徳忠 - 元九州地方大司祭。子の軍平と共に教団からの分離独立を宣言し、ファシズム的団体「皇国救世軍」を設立する。敗戦後、大日本帝国の崩壊に殉じて自刃した。 安達 景暉 - 元東京地区司祭。小窪同様、救霊会から分裂した「観相宗」を立ち上げたが、国家権力の弾圧に屈して〈世なおし〉を捨象し、個人の内面性や心の持ちようの変化、精神的な内省のみにその働きを限ってしまった。 山辺 潤一 - 出版局長。富山県の富農出身で、かつてはマルクス主義者だった。 植田 文麿 - 士官学校生。教団の〈世なおし〉思想と、若手軍人の間に広まった「昭和維新」思想に感化され、幾つかの疑問を抱きながらも五・一五事件の実行部隊に参加し、犬養毅暗殺の実行犯となる。懲役後は九州の炭鉱に流れ着き、「吉野」の偽名で坑内労働に従事したが、のちに阿礼の婚約者である小窪軍兵を襲撃して負傷させた。 植田 克麿 - 文麿の弟。諫書上書によって逮捕され、発狂した。 吉田 秀夫 - 第三高等学校時代からの千葉潔の友人。企画院では千葉潔に、地方選挙などを通じた穏健な手段で理想社会を徐々に建設してゆくことを提案していたが、受け入れられなかった。 足利 正 - 教団幹部。仁二郎と共に敗戦まで、十数年間収監されていた。最も思想が堅固で活動的な、仁二郎の信任の厚い信徒でもあった。敗戦後、教団の意向を無視して東京で宗教裁判を実行するが、失敗に終わった。 赤木 かず子 - 婦人部部長。満洲国開拓団に参加し、「ひのもと村」で足利との間に生まれた子を育てた。 加地 基博 - 教団の最高顧問。天皇に宛てた諫書を記し、最後には自裁した。 中村 鉄男 - 教団の機関紙『ひのもと新聞』の主幹。帝国大学の教授職をなげうち、教主との信頼関係のもと、大正期の教団発展のために尽力した。 佐伯 市定 - 教団の附属施設である「愛善病院」の院長。教団のシンパサイザー。第二次弾圧後、大阪の貧民窟へ戻って診療所を開いた。 西本 和臣 - 教団の附属施設である植物園長。佐伯と同じく顧問格の人物。 貝原 洋一 - 教団の長老である貝原七兵衛の息子。中国で戦傷して捕虜となり、反戦同盟員として、中国の抗日運動に加わった。 松葉 幸太郎 - 長老。人徳があり、〈世なおし〉の一環として水平運動も行っている。被差別部落の出身。 難波 重治 - 元企画部幹事。第二次弾圧時、肺疾患により病床にあったため逮捕を免れ、のちに前職の工場労働者に復帰し、尼崎××製鋼所の組合を組織した。職場では労働者の信頼を勝ち取っている。 丹羽 辰子 - 背教の信者。教主に思いをかける余り、嫉妬により警察に密告をし、その後娼婦にまで身を落とすが、なおも信仰を捨てなかった。
執筆動機・背景 執筆開始以前
高橋は、母親が天理教の信者であったほか、祖父が生長の家の教典に親しんでおり、祖父の茶飲み友達にもひとのみち教団（現・パーフェクト リバティー教団）の信徒がいたなどし、幼少時代から新興宗教に関する知識が存在していた。またのちにも、疎開先で弾圧されているひとのみち教団の信徒を目撃したり、自らも布教師になるべく、天理教の教義を勉強していたことがあった。こうした宗教体験が、『邪宗門』に結実する素材となったと考えられている。
そのほか、川西（1981）は、第三部で描かれたダムの決壊について、高橋が戦時中に疎開した母の郷里、香川県三豊郡大野原村（現・観音寺市大野原町）での出来事が基になっているとしている。1946年（昭和21年）5月9日午前7時頃、大谷池の蓄水ダムが決壊し、下流の福田原地区が濁流に呑まれて、死者6名・流失家屋54棟・倒壊家屋24棟・水没田畑450反の被害を出した。14歳であった高橋はこの際、一面の泥濘となった農地を整備する作業に動員され、田畑の泥を一すくいずつ取り除く作業に従事している。
執筆・発表経過
日本近代文学館の「高橋和巳文庫」には、400字詰め原稿用紙4枚の『邪宗門』梗概が所蔵されている。題名はまだ付けられておらず、「先日、東京で申しておりました書きかけの長篇の予定梗概をお送りします」「私としては、『憂鬱なる党派』にもっとも執着があり、またもっとも早く完成可能と存じます」「完成の前後はあっても、ともに数年来の構想であり、いづれは書かないではおれないわけです」とも記されており、メモが書かれたのは1964年（昭和39年）頃と推測される。
この梗概ではヒロインの行徳阿礼が登場しないほか、主人公がかつての飢饉の際に、母の死肉を食べて生き延びたという過去は、「全篇を注意深く読んだとき」に初めてわかる仕組み、ということになっていた。また最後には、「神よ、我を罰せよ。世界よ滅びよ」と呟きつつ餓死するということになっているが、この台詞も実際の作品では書かれなかった。
『朝日ジャーナル』へ連載小説を書くことが決まったのは1964年（昭和39年）8月のことで、編集者の坂本一亀や友人らからは時期尚早であるとの声があったが、決意したという。この連載の話は、小説の連載を始めたばかりの高見順が病気になったため、その代打として浮上したもので、副編集長も周囲の反対を押し切って起用を決め、高橋には「思う存分やれ」と伝えている。12月27日号の「作者の言葉」で、高橋は次のように述べている。
『邪宗門』は、完結した井上光晴『他国の死』の後を受けて、1965年（昭和40年）1月3日号より、1966年（昭和41年）5月29日号にかけて、全74回に渡り連載された。当初の連載期限は1年間であったが、それを超える期間の連載となり、高橋の作品の中で最も長い、2,000枚に及ぶ分量となった。連載開始後の9月には、完全な作家生活に入るため、大阪府吹田市のアパートを退去して神奈川県鎌倉市二階堂理智光寺谷748に転居している。
本作の原稿は、妻である高橋たか子が全て清書している。たか子によれば、高橋は毎週の締切の前日にならなければ書き出さず、前日の晩に1回分の23枚を一気に書き上げたという。それを手渡されたたか子が、担当者が取りに来る正午過ぎまでに、必死に原稿を清書した。一方で高橋は、再び翌週の締切前日まで「陶然とした妄想状態」に入り、たか子が話しかけても上の空で部屋の中を歩き回る、といった状況だった。高橋自身も、本作執筆時の自身の状況について、「その作品を書いている間、私は確かに誇大妄想的邪宗の教祖であり、同時に孤独なる信徒である、一種狂的な状態のもとにいた」と述懐している。
たか子は、『邪宗門』を主人の最高傑作と評した上で、本作や『捨子物語』などの良いものを書いているときには、書きながら始終、短調のメロディで口笛を吹いたり鼻唄を歌ったりしていた、ともしている。高橋は、終盤に差し掛かった1966年（昭和41年）1月からは、並行して『文藝』に『日本の悪霊』の連載も始めている。
単行本は、大幅な加筆修正を施した上で、1966年（昭和41年）10月と11月に、河出書房新社より上下巻で刊行された。初出では第二部が全18章・第三部が全26章であったが、加筆の結果として単行本版の構成は、序章が3章・第一部が全28章・第二部が全20章・第三部が全31章となっている。ただし増補はなされていても、初出から削除された部分は少ない。第三部が加筆によって第一部を上回る章数となっていることについて、林（1972）は、「たたみかけるように結んでいく第三部後半の性急な終わり方に読者・高橋和巳もまた不満であったことが分かるのである」と分析している。
作品完成後の虚脱
『邪宗門』を書き上げたあと、高橋は激しい虚脱状態に陥った。村井（1991）は、「この長篇にすべての思考と想像力をつぎこんだ結果だろう」としている。妻のたか子によれば、連載が終わってしばらくしてから「ひどく自信をうしない、ばたばたと荒れだし、内側に妄想されていた「憂鬱」が外にむけて溢れだすようになった」といい、何か嫌なことがあれば酒の力を借りなければ持ちこたえられない、という以前からの状態がより顕著になったという。
高橋は、随筆『孤独なる邪宗』（『週刊読書人』1967年1月30日号）にて、自身のこの虚脱状態について「それはおそらく想像の実をむさぼり食った者に下される当然の天罰であって、私は容易には現実にもどれず、しかも〈呪われた作業〉としての表現の毒気が、まず自らに帰ってきてしまったためである。長いあいだ、一種の自家中毒の症状がつづいた。その自家中毒から脱けだすためには、作中で一たび滅ぼした〈邪宗〉をこの世に現存せしめるより方法はないのではないかと思われたほどである」と、その深刻さを語っている。また一方で、こうも記している。
伊藤（2002）は、本作を完成させてのち、わずかに5年で作者の高橋自身が死去していることから、「……破滅するのは、物語の登場人物たちだけではなかった。ほかならぬ作者自身も、外圧によって突き崩されるその理想とともに滅び去る。『邪宗門』は、「土俗の理想郷」を架空の教団の宗教性のなかに見いだした高橋和巳が、「土俗の理想郷」の崩壊と時を同じくして、宗教的に自滅する軌跡を克明に描く物語だといってもよいであろう」と述べている。
評価・分析 ひのもと救霊会について
作中の「ひのもと救霊会」は、現実の宗教から素材を収集して構築された架空の宗教団体である。中でも、大きなヒントになったのが大本である。
ひのもと救霊会の本部が所在する町には「神部」という、大本が「神都」とする京都府綾部市を連想させる名が付けられており、郡是製絲（現・グンゼ）を中心とする製糸の町という性格も、綾部から継承されている。一方でかつての城址に本部が建てられているという設定について、永岡（2020）は、亀山城址に建設された大本本部を踏まえていることは明らかだ、としている。「神部」は、二つの聖地を統合、または圧縮させたことにより設定されていると考えられる。また永岡は、「俗気」を持つとされる仁二郎の父親について、マンガン鉱の採掘や牛乳製造業などの、近代的新事業の試みを繰り返した、出口王仁三郎の青年時代と類似しているとし、王仁三郎の人格はそのような父と、そんな父のやり方に嫌悪を抱く仁二郎という、二つに分裂させられていると指摘している。