マニラ大虐殺（マニラだいぎゃくさつ）は、マニラの戦い (1945年)において発生した虐殺事件。日本軍が行った虐殺と、アメリカ軍の砲撃による犠牲者が多数発生し、最終的なマニラでの一般市民の犠牲者は10万人を超えている。戦後マニラ軍事裁判において山下奉文が、極東国際軍事裁判において武藤章が責任を問われ有罪となった 。
事件経緯 フィリピン人の抵抗 日本軍軍政の失敗
アメリカは自国の植民地のフィリピンに対してフィリピン独立法を成立させ、表向きの独立を約束していた。1935年11月に独立準備政府が発足、マニュエル・ケソンが大統領に就任したがその後、太平洋戦争が勃発した。アメリカ本国は在フィリピンのアメリカ軍とフィリピン軍を統合しアメリカ極東陸軍が編成すると、フィリピンの軍事顧問であったダグラス・マッカーサーを現役復帰させて司令官に任命した。やがて、フィリピンには本間雅晴中将率いる第14軍が上陸、フィリピンの戦いによってマニラも日本軍に占領され、マッカーサーはオーストラリアに脱出、ケソンはアメリカに亡命した。
フィリピンを占領した日本軍は軍政を開始した。フィリピンでは独立準備のためにフィリピン行政委員会（比島行政府）が組織されており、日本はこの行政府をそのまま利用しようと考えて、ホルヘ・B・ヴァルガスを行政府議長に任命すると、軍司令官の下に置かれた軍政監がヴァルガスを指揮し、そしてフィリピン人で構成された行政府が実際の行政をおこなうという間接統治の形式としたが、実際には、その行政府を“指導”するためとし、行政府と並立して軍政監部という組織も作って、そこに軍からの要請で日本から官僚や経済人が送り込まれた。そのため、形式上は並列で“指導”する立場であった日本人で構成された軍政監部が、実際の行政の指揮を行う直接統治のような形式となり、ヴァルガスは傀儡も同然であった。
日本は開戦の目的通り、フィリピンから資源を確保しようと計画しており、以下の方針で軍政が施行されることとなった。 軍が現地自活するため、兵を養う物資を確保する。 フィリピン国内の軍需物資を確保し、内地に送る。 治安上、民生の安定をはかる。
フィリピンは典型的な植民地経済であって、アメリカはフィリピンの産業を農業を中心とし、主に砂糖やタバコを生産させていた。それらをすべて買い上げる代わりにマッチやロウソクといった消耗品から、熱帯生活に不可欠な冷蔵庫といった電気製品までアメリカが売りつけていた。フィリピンの農民はアメリカが指示する作物を生産すれば確実に儲かるため、主食の米よりはサトウキビなどの生産を優先させていたので、フィリピンは米を自給することができず、仏印から米を輸入してまかなっていた。 サムネイル|虐殺の舞台になったサンチャゴ要塞 軍政監部の閣僚たちは、このようなフィリピンの状況を認識したが、このままでは軍の現地自活どころかフィリピン人を食べさせるだけの米の確保も困難なのは明らかで、米の増産が緊急課題となった。しかし、サトウキビ中心の農業体系のためフィリピンには灌漑施設が少なく、さらに米作技術は遅れており、日本の様な苗代方式ではなく、依然として直播き方式であったうえに田に生えた雑草取りすらしない有様で、軍政監部の農業指導にもかかわらず1反あたりの収穫量は日本の半分にも達していなかった。様々な問題もあって米の収穫量はあがらなかったため、米の流通機構を抑えて配給制とし、不足分はサイゴンからの輸入でどうにか賄おうとしたが、捷号作戦による決戦方針で南方総軍の司令部がマニラに移り、フィリピンに日本軍部隊が続々と増強されると、現地自活方針により軍による米の買い占めや徴発が行われた。この頃には、アメリカ軍による海路遮断作戦で多くの輸送船が沈められて、海上交通が麻痺し海外からの米の輸入は困難となっており、フィリピン人に十分な量の主食を配給することができずに飢餓に陥ることとなったNHK「NHKスペシャル」『ドキュメント太平洋戦争 第5集 踏みにじられた南の島』（1993年8月8日 NHK総合）。フィリピン人は米を食べることができなくなり、サツマイモやトウモロコシで飢えを凌ごうとしたがそれでも足りず、得体のしれないものも食するようになった。フィリピン人のなかには「日本が占領していると、こんなに食うことさえ難しくなるのか」という不満が蔓延していった。
また、円とペソの為替レートを円に有利に設定したため、フィリピンでは日本より物価水準が約半分となってしまい、日本人による買い占めが起こった。特に戦前にアメリカから輸入されてストックされていた生活物資を日本人が買いあさったため、ストックが尽きかけると物資不足によるインフレが発生した。それでも軍政監部の官僚は、自らの給与を大幅カットするなどの歳出を削減する緊縮財政でインフレを抑え込もうとしたが、フィリピン決戦方針で日本軍増援が続々と到着すると、軍票で大量の物資の買い占めを行ったため、一気にインフレが進行してハイパーインフレとなってしまった。主食の米は1943年から1年間の間に価格が1,000倍以上となってしまい、フィリピン人の手には届かなくなってしまっている。
しかし、経済に素人の軍人はこのハイパーインフレの原因すら理解できておらず、第14方面軍参謀長武藤章中将が、軍政監部政財務部の官僚を呼びつけて「財務部がルーズだからインフレになったんだろ」と叱りつけたが、財務部の官僚からは「元々、内地からも、どこからも品物を運んでこないで消費するだけ、しかも物資不足に拍車して、みんな買いだめをやっていたのでは、インフレになるに決まってる」「軍がばらまいた軍票が何十倍になっているか確認すれば、だれが（インフレの）犯人かはっきりする」と反論されている。
1944年末頃になると、アメリカ資本により繁栄しアジア内でのトップクラスの生活水準を誇り「東洋の真珠」とも呼ばれたマニラですら、ハイパーインフレの進行とアメリカ軍の空爆の激化ですっかりと活気を失っており、大量の失業者が出て街には乞食が溢れていた。既に貨幣経済は崩壊し、フィリピン人は日本人に対してサービスの対価として「ライス・OK」と貨幣ではなく米を求めるようになった。そして、空腹に苦しむフィリピン人は、食事時になるとレストランや食堂の前に大量に集まって、客が食事を終えるのをじっと見ており、客がフォークとナイフを置いた瞬間にテーブルに向けて殺到して喰い残しを漁った。カフェで日本人がコーヒーを飲んでいるときには、次から次へと金や物をせびりに来た。いくら追い払おうが、フィリピン人たちは臆することなく汚れ切った手で客にすがってせびり続けていたという。
日本軍は多くの官僚や経済人などの民間人を軍政のためにフィリピンに呼び寄せたが、主要な仕事は経済にも民生にも素人の軍の参謀が指揮をとったのでうまくいくことはなかった。軍の参謀は当時の軍人万能の風潮で自分の能力を過信し、専門家の的を射た助言を聞くこともなく、また官僚らも軍の威光に遠慮したため、軍による独りよがりな軍政となってしまった。第14方面軍の中でも専門家の意見を軍政に反映させるため、軍参謀部のなかに「軍政参謀」という肩書を作って官僚を登用したといった動きもあったが、軍組織に文官が入るということを嫌った大本営から「軍令系統を乱すものだから、直ちに解体しろ」という横やりが入ってしまい、折角の画期的な試みも挫折してしまった。
また、日本人とフィリピン人の民族性の違いも大きな障壁となった。フィリピン人はアメリカの統治によってアメリカナイズされており、いわば“茶色いアメリカ人”となっていた。日本軍はそのようなフィリピン人を見て、「個人主義にて愛国心なし」「怠惰にて労働を蔑視する」「400年も虐げられて何一つ精神文化を持たない被圧迫民族」などと見下していた。特にフィリピン人を激怒させたのが平手打ちであった。日本軍兵士が満州や中国でもやってきたようにフィリピン人に対しても気に食わないと平手打ちをしたが、アメリカナイズされたフィリピン人の多くは自分たちを紳士と考えており、頬を叩かれることが最大の侮辱であった。フィリピン人を研究した軍政監部の閣僚たちはそのことを理解しており、軍にフィリピン人に平手打ちをしないよう要請したが、それは徹底されず、なかにはある部落で尊敬されていた部落長を日本兵が平手打ちしたため、その部落から復讐されて分遣隊の日本兵が皆殺しにされるという事件も発生した。また、他の東南アジア占領地でも行ってきた、大東亜共栄圏の理想の元の日本語の教育強制など行き過ぎた皇民化教育もフィリピン人の反感を買った。結局、日本人の多くはフィリピン人の特性を理解することはなかった。
日本は、ホセ・ラウレルを大統領とするフィリピン第二共和国を成立させて形ばかりの独立を認めたが、軍政の失敗もあって大半のフィリピン人は日本による支配を受け入れてはいなかった。対日感情は悪化する一方であり、この頃のフィリピン人が異口同音に言っていた皮肉は以下のようなものであったという。
ゲリラ活動の激化 thumb|フィリピンゲリラにルイス軽機関銃の操作法を指導するアメリカ兵 フィリピン奪還を目指していたマッカーサーは、この日本軍に対するフィリピン人の反感を巧みに利用することとした。日本軍の捕虜にはならずミンダナオ島に潜伏していた大佐など、フィリピンに潜伏していたアメリカ兵たちに指示して、潜水艦で大量の武器を送り込むとゲリラとして組織化した。アメリカ統治時代からフィリピンには多数のゲリラ組織があったが、国家意識が希薄で全部が祖国愛で活動していたというわけではなく、マッカーサーが帰ってきたときの自分たちの立場を考えて、ゲリラ活動をやっていれば得するだろうという打算で活動している組織も多かった。なかには、アメリカに反感を持っているが打算で抗日活動を行っている組織もあった。
フィリピンの対日武装勢力は二つに大別できる組織からなり、ともに大きな団体となっていた。ひとつは、かつてのアメリカ極東陸軍の将兵ら（通称をアメリカ極東陸軍の頭字語USAFFEからユサッフェ・ゲリラという）であり、他方は、フクバラハプと呼ばれるフィリピン国内の農民革命運動や労働運動者たちであった。この2組織は必ずしも協力関係にあったわけではなく、あるときフクバラハプ側がユサッフェに対して同盟を組もうと迫ったが、逆にユサッフェはこれを拒絶してフクバラハプに攻撃を仕掛けたりもしていた。ユサッフェは、アメリカ極東陸軍の正式区分だった全10管区を引き継ぐ形で軍管区司令部を設置し、総兵力約22000名によるゲリラ戦を展開した。ユサッフェ・フクバラハプの2集団とは別に中小のゲリラ集団が各地に点在しており1943年に大本営陸軍部がまとめた「最近ニ於ける比島事情」には100以上の組織と27万人のゲリラが報告されている。ゲリラ以外でもミンダナオ島に居住するモロ族は、スペインやアメリカの支配に対しても激しく抵抗しており、日本軍も鎮圧のために派遣した1個中隊が壊滅的な損害を被るなど、実質的には統治できなかった種族もあった。
アメリカ軍がレイテ島に侵攻してくる前には30万人以上の武装ゲリラが存在して日本軍と戦闘をしており、日本軍が掌握できていたのはフィリピンのわずか30%に過ぎなかった。前年の1943年の時点でも、連日のように道路・橋や電話線の破壊、移動中の部隊への襲撃が相次ぎ「昼間ですら歩けない」とさえ言われた。そして、ゲリラ支配地域に入ってしまった日本兵や日本人住民は多くが殺害されて、頭部や性器など重要器官を切断された遺体となって発見された。明治時代から日本人の入植が進み、太平洋戦争前から日本人学校まであったパナイ島では、2,000人の日本軍守備隊と日本人住民に対して、ゲリラの人数は最大で20,000人に達しており、日本が支配している地域は、島最大の都市イロイロ市付近だけで、他は全てゲリラの支配圏となっていた。パナイ島の日本人漁民十数名がゲリラの支配地域であるギマラス島に向けて漁に出たことがあったが、一人も帰ってくることはなく、のちに日本軍が漁民の遺体を発見したときには見るも無残な状態であった。パナイ島のゲリラは全員がマチェットを持っており、日本人を殺害するとバラバラに切り刻んでいたというNHK「NHKスペシャル」『証言記録 市民たちの戦争 漁師は戦場に消えた ～静岡県・焼津港～』（2010年8月10日 NHK総合）。その後、パナイ島にもアメリカ軍が上陸してきたが、大量のゲリラに圧倒されていた日本軍と多くの婦女子を含んだ日本人住民は山に逃げ込み、追い詰められた日本軍と日本人住民は集団自決をはかって多くの死者を出している。
ゲリラといっても、アメリカ軍の指揮・命令を受けていたユサッフェはフィリピン人のアメリカ陸軍正規兵であると同じ扱いであって、アメリカ本国から階級の昇進や任免まで行われていた。兵器についても、自動小銃や短機関銃を大量に供給され、火器装備は90%を超えており、支配者である日本軍より火力に優れているといった有様になっていた。特にゲリラ勢力が強いセブ島では、ゲリラは、開戦前から石油技師として在住していたためフィリピンに土地勘のあったアメリカ軍将校中佐に指揮されており、組織的な軍事作戦を展開し、市街地にも迫撃砲で砲撃してくるので、陸軍の守備隊が海軍航空隊にゲリラ勢力への空爆を要請するなど、戦争をしているのと何ら変わらない状況となっていた。クッシングのゲリラ部隊に対して日本軍は懸命の掃討作戦を行い、クッシングを脱出不能にまで追い込んだが、その時に海軍乙事件が発生し、連合艦隊参謀長福留繁中将らがクッシングのゲリラ部隊に捕えられた。ゲリラ側は福留らの引き渡しの条件としてクッシングの解放を求め、日本軍討伐隊は止む無く取引に応じて福留らを引き取った。その際にクッシングは福留らの持っていた機密書類を手に入れ、それをアメリカ本国に送って後の戦いを有利に進めることができた。
アメリカ正規兵扱いのユサッフェゲリラであったが、全員が軍服を着用しているのではなく、むしろ一般市民に溶け込むような活動を行っていた。また、これらゲリラの戦闘部隊を多くのフィリピン人が食料や情報を提供して支援していたが、日本軍にはゲリラや協力者と一般市民を見分ける手段はなかった。また、日本軍に友好的と思われていた部落が日本軍の部隊を宴会に招き、饗宴の途中で突然ゲリラが襲撃してきて、油断していた日本軍がだまし討ちされたという事例も発生しており、多くの戦友や一般の邦人をゲリラに殺害されて、その報復として日本軍のゲリラ討伐が激しくなっていったという指摘もある。ゲリラ活動が激しかったバタンガス州でゲリラ討伐を行った兵士によれば、多くの戦友がゲリラに殺害されており、自らもフィリピン人に殺される夢を見るほどに追い詰められていたという。そのため、連日ゲリラ討伐としてフィリピン人を殺害しており、その兵士にとって戦争はアメリカ軍との戦闘ではなく「ゲリラ討伐」というフィリピン人殺害であった。
ゲリラとの戦闘が激化するにつれて、ゲリラ捜索が強化され、マニラ市内でも憲兵がゲリラの疑いがあるといって多くのフィリピン人を逮捕拘束した。ゲリラの容疑者とされたフィリピン人の多くは身に覚えがなかったが、憲兵隊の捜査は強引で杜撰なものであった。1944年9月にマニラでゲリラ容疑者として逮捕されたフィリピン人ホセ・ポルカピリオは、他に逮捕された多くのフィリピン人と一緒に、目のところに2つの穴が開いている黒い袋を頭から被っているフィリピン人協力者の前に立たされたが、その協力者が1人1人首実検し、ゲリラであると指さされると問答無用にゲリラとみなされて、ポルカピリオもゲリラと指さされてそのまま拘束されたという。ポルカピリオはマニラの都心イントラムロスのにあった地下牢に連れていかれ、連日水責め、棍棒での殴打、柔道技での暴行、生爪をはがして120ボルトの電流を流すなどの激しい拷問を受けてゲリラであるとの自供を強要された。そこで自供をすると裁判もなく憲兵に斬首されたが、ポルカピリオは拷問に耐え抜いて釈放された。しかし、地下牢から解放された容疑者は10人のうち1人に過ぎず、また、この地下牢に拘束されていたゲリラ容疑者は、マニラで市街戦が始まると放置されてそのまま餓死することとなってしまい600人が犠牲になった。憲兵隊の暴虐はフィリピン人の心に深く刻まれ、戦後しばらくの間は「KENPEITAI」という言葉が、日本軍に対する恐怖と暴虐の象徴として広く認知されていた程であった。ポルカピリオは当時の多くのフィリピン人の想いとして「アメリカから独立し、東洋の力で東洋の文化を育てたいという強い哲学があった。西洋の力で制圧されたくなかった。そのリーダーシップを日本がとって欲しかった」「もし日本が残虐行為をしなかったら、アメリカはフィリピンに戻ってこれなかった」と語っており、強引なゲリラ捜索は却ってフィリピン人の反日感情を高めてしまった。
レイテ島の戦いなどで日本軍が敗北すると、フィリピンゲリラの活動はさらに活発化し、日本軍部隊への攻撃や破壊工作が激化していた。日本軍はゲリラ討伐に明け暮れることとなったが、マニラ近郊でもサン・パブロでは、アメリカ軍が侵攻してくる前の1月中旬に日本軍が武装ゲリラの攻撃を受けて約20数名の死傷者を出していた。そこで振武集団は命令ではなく戦訓として、「米軍迎撃の際は、軍背後及び周辺を無人地帯化すべし」と通知した。この通知によって、ルソン島南部のバタンガス州に配置されていた歩兵第17連隊においてはより具体的に「対米戦に先立ちゲリラを粛清する」という命令が出されていた。その趣旨としては、「現状をもって推移すれば対米戦を待たずに自滅に至る」との説明があり、「住民にしてゲリラに協力するものはゲリラとみなし粛清せよ。責は兵団長が負う」とも徹底された。
粛清の対象は男性の成人だけにはとどまらなかった。ゲリラ討伐命令を出した第17連隊長の藤重正従大佐は、戦後のBC級軍事裁判にて責任逃れすることなくその事実を認めたが、「小銃を持つ女が自分の部隊にかなりの損害を加えた例が少なくなかった」「自分が車に乗ってる時、子供が自分に手榴弾を投げた。自分は部隊に、もし、武器を所持した女子供から攻撃されたときは、もちろん彼等をやっつけなければならないと命令した」と供述しており、女性や子供もゲリラの疑いがあれば殺害するように命じたことを認めている。女性も討伐対象となる中で、憲兵地区の分遣隊長が部下の士気高揚のために「敵が上陸するまで女は我慢しろ。上陸したら強姦してもかまわん。ただし済んだ女は必ず殺せ」と訓示するなど、一部で非行行為を煽る者まで現れた。それでも、軍律が保たれている間は、実際に暴行に出るものはごく一部に限られていたが、リパ地区でもアメリカ軍の侵攻で守備隊が敗北すると、日本軍の組織が崩壊して、死を意識した敗残兵による性的暴行が横行することとなった。
ルソン島にアメリカ軍が迫る頃には、日本軍はフィリピン人に対して疑心暗鬼に陥っており、戦後に虐殺の罪を裁くために開廷されたマニラ軍事裁判にて、第14方面軍司令官山下奉文大将のアメリカ軍人の弁護人が「事実上、地方のすべての住民が、彼等(日本人)に対して銃をとり、昼間、彼等に微笑を送るおだやかなフィリピン人が、夜になると、彼等を裏切って彼等に危害を加えるように思ったのは不思議ではない」と述べた程であった。
虐殺に至るまで マニラ防衛方針の混乱
太平洋戦争末期の1945年1月、マニラが在るルソン島に連合国軍が上陸、陸軍の第14方面軍司令官山下奉文大将と参謀長の武藤章中将はレイテ島の戦いなどで戦力を消耗していた第14方面軍では、アメリカ軍との4つに組んでの決戦は困難と判断しており、山地に呼び込んでの持久戦を考えていた。そして、山下は以下の理由によってマニラの防衛戦を行わないことを決めた。
マニラの人口は約100万人であり、住民を飢えさせずに戦闘することは不可能である。 都心のイントラムロス以外は木造建築物が多く燃えやすい。 マニラは平地であり、防衛するためには大兵力の投入が必要である。
また地下水脈が多く地下陣地の構築も困難なことから防衛には適さないと判断していた。無防備都市の宣言も検討したが、その権限は山下にはない上に、宣言するにもすべての軍事施設を撤去して、膨大な軍需物資を運び出さなければならなかったが、その時間的な余裕もなかった。
当時、マニラには日本陸軍のマニラ市内防衛を任務とするマニラ防衛隊（司令官小林隆少将）と第4航空軍（司令官冨永恭次中将）、日本海軍のマニラ湾の防備とマニラ市内の海軍施設の警備を任務とする第31特別根拠地隊（司令官岩淵三次少将）が配置されていた。そのなかで第4航空軍は、司令官の冨永が、クラーク飛行場中心とするマニラ近郊の飛行場を易々とアメリカ軍に渡すことによる戦略的な悪影響と、さらに自分が万朶隊を皮切りに多数の特別攻撃隊を見送ってきており、「決戦というからには、国家の興亡がかかっているから体当りをやらせた。それなのに今度はルソンで持久戦をやるという。これでは今まで何のために特攻隊を犠牲にしたのかわからなくなる」「富永はマニラを動かんぞ。マニラで死んで、特攻隊にお詫びするんだ」という富永自身の強い拘りもあって、山下の方針に反してマニラからの撤退を拒否していた。第4航空軍の参謀ら司令部要員も軍属に至るまで、富永の「マニラ軍司令部を最後まで死守する」という覚悟を礼賛し、富永と運命を共にする覚悟で司令部外郭の防備強化に奔走していた。
山下は、富永と陸軍幼年学校からの同期で個人的にも親しかった第14方面軍参謀長武藤を説得に差し向けた。撤退を促す武藤に対して富永が｢航空隊が山に入ってなにをするのだ? ｣と不満を明かしたところ、武藤も理解を示して｢燃料も航空機もない山中に航空司令部が固着しても意味はない。司令部に来て山下閣下と相談し、台湾に下がって作戦の自由を得た方がよい｣と第4航空軍を台湾に移動させて戦力の再編成を勧めるような提案をした。さらに、南方軍司令官の寺内寿一元帥も「老元帥は貴官を信頼しあり」という富永にマニラ撤退を頼み込むような電報を何度も送り付けている。それでも富永は頑なに撤退を拒否していたが、多くの特攻隊を送り出してきた富永の心身的疲労は極限状態に達していたうえ、デング熱による高熱で病気で床に伏せるようになり、精神的にも肉体的にも疲労困憊して限界に達していると考えた武藤が、1945年1月4日に再度富永と面談し、第14方面軍の司令部はバギオに転移するので、富永も体調が許す限り速やかに北方に移動するように勧めると、今回は素直にエチアゲへの撤退を承諾した。
第4航空軍をマニラから撤退させた武藤は、軍需物資を運びだすまでの間に最低限の戦力をマニラに置いてアメリカ軍の足止めをし、軍需物資の搬出が完了次第にマニラを撤退するという作戦方針とした。そこでマニラ防衛隊司令官の小林に最低限の兵力を残してマニラを撤退するように命じ、小林はマニラ防衛隊から野口勝三大佐が指揮する3個大隊を残すとマニラを撤退した。野口の部隊の任務は、当面の間、最低限の重要な建物と橋を確保することであって戦力も僅かであり、3個大隊と言っても実際の兵力は2個大隊にも満たない2,000人弱の兵力と山砲2門のみで、兵員も将校に至るまで殆どがフィリピンで急遽召集された兵士であった。
また、マニラ在住の日本人住民にも、現地召集される成年男子以外の強制疎開が命じられた。まずは老人と婦女子約8,000人がヌエヴァ・ヴィスカヤ州に退去することとなったが、既にマニラでも「3人に一人はスパイ」と言われていた程、ゲリラのスパイが暗躍しており、日本人が列をなしてマニラを後にしているという情報がアメリカ側に知られないよう、夜間に疎開用トラックの車両番号を外して、会社や営業所ごとに分散してマニラを離れるなどの対策を取らざるを得ず、疎開は捗らなかった。また日本人のなかには、危機的状況にある戦局をあまり理解できずに、マニラでの文化的生活を棄てて山中に籠もる必要性を理解していなかった者もいた。そのため、正確な人数は不明であるが、数千人の日本人がアメリカ軍侵攻の際にまだマニラにとどまっていたという。
一方で海軍は、レイテ沖海戦などで沈没した艦艇の生存者約3,000人が居場所もなく、マニラ・スタジアムなどにたむろしていたので岩淵の指揮下に編入し、さらにマニラ市内にいた海軍の軍需部や経理部といった後方部隊要員も岩淵の指揮下に入れてマニラ海軍防衛隊（マ海防）を編成していた。この再編成によって岩淵は6,794人の根拠地隊指揮官から、一気に師団規模の軍人軍属23,664人を指揮することとなった。しかし、このマ海防は編成目的も任務もはっきりと明示されていなかったうえ、本来であれば、マ海防を指揮するはずの海軍南西方面艦隊がマニラを撤退した為、マ海防はルソン南部防衛の責任者振武集団司令官横山静雄中将の指揮下となったにもかかわらず、陸海軍の作戦連携は不十分で、陸軍の撤退方針が岩淵には伝わっていなかった。岩淵は南西方面艦隊が撤退前に受領していた、マニラの港湾設備や海軍施設を破壊せよという命令を実行するためにマニラに踏みとどまることとなり、マニラに作戦指導のため残っていた第14方面軍参謀の小林修治大佐に「マニラは海軍に守備させてくれ」と申し出て拒否されている。
1月27日に振武集団の司令部から指揮下の部隊に作戦指導要領が示達されたが、岩淵に対しては「マ海防は既設陣地に於いて敵戦力を撃砕すべし」との指示に加えて、司令官の横山からは陸海軍間の遠慮からか「上司（南西方面艦隊）の命令に依る海軍固有の任務に関しては干渉しない」とも言い渡された。この横山の示達はマニラを死守せよとの命令ではなく、マニラからの撤退の意味も含んでいたが、“海軍固有の任務”のマニラ港湾施設破壊などを完遂する間のマニラへの駐屯は認められるという一見矛盾した命令となっているため、岩淵は当惑することとなった。結局、曖昧な命令に対して、マニラ防衛は岩淵の判断に委ねられるような形となってしまい、2月1日岩淵は海軍大臣、連合艦隊、南西方面艦隊向けに「マニラ海軍防衛隊戦備概ネ成リ、全員之レ特攻隊トナリ、来攻ノ会敵茲ニ邀撃シ、必死必殺之ヲ粉砕シ、以テ戦局ノ転機ヲ画サンコトヲ期ス」とするマニラ防衛の決意を打電している。しかし、マ海防の戦力は厳しいものがあり、軍艦の水兵であっても陸戦訓練は殆ど行っていおらず、また、陸軍の小林部隊も現地召集兵が殆どで戦力として計算できないうえに、軍隊としての統制も不十分であった。岩淵も部隊の状況を見て「このままでは、戦うにせよ、退くにせよ、士気の混乱はまぬがれない」と嘆いている。これがのちの残虐事件の発生に少なからず影響することとなった。
後に悲劇を招いた岩淵のマニラ防衛の決断であるが、この決断に至った理由については資料に乏しく正確にはわかっていない。岩淵は、戦艦「霧島」の艦長として戦った第三次ソロモン海戦で「霧島」を沈められて面目を失っていたため、その汚名返上のためにマニラを道連れにしたと推察されることもあるが、しかし「霧島」の沈没については、軍艦旗降納、万歳三唱、御真影移奉の退艦の礼は手落ちなく済ませて、生存者1,127人と共に退艦しており、海軍内でも問題視はされていなかった。そのため連合艦隊山本五十六大将からは岩淵の敢闘を称えて、銘刀1ふりが贈られている。戦記作家児島襄は、マ海防の生還者や他軍関係者、また岩淵の妻女など多くの関係者に取材をして、岩淵がマニラ防衛を決断したのは、曖昧な上部組織司令部の命令に対し、生来の几帳面な性格もあって与えられた使命をより厳格に捉えて、マ海防の任務はマニラでアメリカ軍をできうる限り足止めし、振武集団主力の防衛態勢強化の支援をしなければならないと考えたからではないかと推察している。
作家の山岡荘八によれば、マ海防の主力であった第31特別根拠地隊は、第二次上海事変で活躍した上海海軍特別陸戦隊の陸戦隊員で構成されており、上海の活躍経験から市街戦に絶対の自信を持っていたため、第14方面軍の山地への撤退方針を聞くと、「海軍を港から引き離し、山の中に連れ込んで何をさせようとしているのだ」「山の中に逃れて飢えるより、市街地の花と散ろう」という声が兵士の中から出て、部隊のなかで「マニラで死のう」という意見が強くなり、司令官の岩淵もマニラ死守の決意を固めたと推察している。
アメリカ軍マニラ進撃