『ペルソナ3』（ペルソナスリー、PERSONA3）は、アトラスにより制作・リリースされたロールプレイングゲーム。2006年7月13日にPlayStation 2用ゲームソフトとしてリリースされ、ファミ通ゲームアワード2006にて優秀賞（RPG部門）を受賞した。
のちに、後の世代のゲーム機などへアレンジ要素などを加えた移植版が発売されている。
また、本作を原作とした小説、漫画、ドラマCDなどのメディアミックス展開も行われている。本項では、これらについても記述する。
概要 ペルソナシリーズのナンバリング第3作目。略称は「P3」、ほかの派生・リメイク作品と区別をするため「オリジナル」、「無印版」と呼ばれることもしばしばある。
学園都市を舞台に「ペルソナ」という特殊能力を使う少年少女たちが主人公（チーム）となって様々な活動を行うのが「ペルソナシリーズ」の基本だが、本作の場合、昼は学園生活を送りながら色々な人物と交流を深め、夜は「影時間」に出現する「シャドウ」と呼ばれる謎の怪物と「ペルソナ」を駆使して戦っていく。
ペルソナシリーズ全体を通して見ると、本作から画面のデザインがポップな感じになったり、BGMの多くに英語のボーカル曲が採用されていたりと、グラフィックやサウンド面において転換点となっており、「中興の祖」的な存在となっている。なおナンバリングされたシリーズとしての次作『ペルソナ4』と本作は一部サブキャラクターの後の姿がゲスト的に登場したり、一部の設定などで緩やかな繋がりがある。
前述のとおり「ペルソナ」は歴代シリーズ作品から引き継がれたコアシステムだが、前作までは一度作ったペルソナは成長させるだけだった。本作ではペルソナ同士を合体させることで、新たなペルソナを作ることが可能になった。これは関連する作品群「真・女神転生シリーズ」の『真・女神転生III-NOCTURNE』の『NOCTURNE』チームが制作を担当しており、同作のスキルの継承やスキルチェンジなどの要素も導入し、ペルソナの育成を更に奥の深いものにした事による。
そのほか戦闘システムに『NOCTURNE』のプレスターンバトルをアレンジして搭載したり、ベルベットルーム（本作における「合体」の施設）にペルソナ全書（『NOCTURNE』の「悪魔全書」に相当）が搭載されていたりと、「真メガテンシリーズ」で好評だった要素が導入されている。
ちなみにメインキャラクターのペルソナ名（オルフェウス、イオ、ヘルメス、ヒュプノス等）やダンジョンの名前（タルタロス）はギリシア神話をモチーフにしている。生きる目的が希薄で黒い思惑を持つ企業の子や復讐を目的とするキャラなど、個々のキャラクターの背景は過去のペルソナシリーズに登場したキャラを彷彿とさせるものが多い。
ディレクターは『NOCTURNE』の橋野桂。キャラクターデザインおよび新たな専用ペルソナのデザインは副島成記が担当し、それ以外のペルソナは金子一馬のイラストを使用している。
オリジナル以降のゲーム版リリース略記 本作の他機種移植は単純な移植では無く、何らかのパワーアップ・アレンジ要素が加わることが多い。より詳しい内容はリンク先を参照。下記のリリース日は『リロード』以外は初版のもの。
2007年4月19日 - 『ペルソナ3 フェス』リリース。オリジナルと同じPS2ソフトということもあり、追加要素はシステム回りが中心。 2009年11月1日 - 『ペルソナ3 ポータブル』リリース。携帯機・PSPへの初移植だが、以降『リロード』まではコチラをベースとして据え置きゲーム機にも移植された 2024年2月2日 - 『ペルソナ3 リロード』 -PS2版をベースに、現行世代のゲーム機におけるグラフィックレベルに合わせリメイクした作品。
他メディアへの展開略記 2008年には本作ゲーム版を原案としたテレビアニメ『ペルソナ 〜トリニティ・ソウル〜』が放送された。2013年から2016年に渡って原作のストーリーを忠実に再現した劇場アニメが公開された。
このほか序文に書いたとおり、小説・舞台演劇、パチンコ、いわゆる「謎解きイベント」など各種媒体において本作を題材としたものが作られている。くわしくはそれぞれの副節を参照されたい。
システム ペルソナ 『ペルソナ2』で無くなった合体が復活した。ただし、『女神異聞録ペルソナ』のスペルカード合体とは違い、ペルソナ同士を合体させるものであり、女神転生シリーズの合体システムに近い。前作までは熟練度によってペルソナが成長していたが、今作ではパーティキャラクターと同様、ペルソナも戦闘で経験値を獲得しレベルアップする。ペルソナ合体後、稀に「受胎」と呼ばれる現象が発生することがあり、習得スキルを全て覚えた際既に覚えていた場合は次回レベルアップ時となる。 に装備品を入手できる。 これまでのシリーズのペルソナ使いは複数のペルソナを付け替えることができたが、今作ではペルソナの複数所持、交換は主人公のみが有する特殊能力となっている。主人公以外のペルソナ使いは専用ペルソナしか行使できないため、敵の属性に合わせてパーティ編成をするという戦略も求められている。主人公が所持するペルソナの組み合わせによっては、特殊スキル「ミックスレイド」を発動させることもできる。 ワンモアプレス 前作までの敵は「悪魔」と呼ばれる存在だったが、今作では「シャドウ」と呼ばれる怪物になっている。戦闘で攻撃対象をダウンさせると連続で行動できるようになる。ダウンさせるには敵の弱点を突く攻撃をするか、物理攻撃でクリティカルを出せばよいただし、すでにダウンしているキャラクターを攻撃すると起き上がる。。ゆえに敵味方ともに弱点を突くことが戦闘を有利に運ぶための重要な戦術となっている。敵全員をダウンさせると総攻撃を仕掛けることができ、敵全体に無条件で大ダメージを与えることができる（条件によってはできない場合もある）。シャドウがプレイヤー側に総攻撃を仕掛けてくることはない。主人公が瀕死（HPが0）になった時点でゲームオーバーとなる。 本作では交渉システムが廃止され、代わりにシャッフルタイムが設けられた。戦闘終了後にシャッフルタイムが発生すると、画面に表示されたカードの中から1枚を引くことができる。ペルソナのカードであればそれを入手できる。ワンド（棍棒）のカードは経験値増加あるいはペルソナの能力値上昇、カップ（杯）はHP回復、ソード（剣）は武器入手、ペンタクル（金貨）はお金入手（今作では敵を倒しただけでは入手できない）、などになっている。ダブルアップの可能性もあり、入手できるものがさらに増える。しかし、今まで引いたカードを没収されるブランクカードや、死神シャドウの登場を早めるデスが含まれたカードなど、悪い効果もある。 ダンジョン 今作に登場するダンジョンは（小規模なものを除けば）「タルタロス」と呼ばれる巨大な塔のみである。タルタロスは入る度に構造が変わるランダム生成ダンジョンとなっている。内部は幾つかのエリアに分かれており、途中で階段が封鎖されていて進めなくなるが、日付の経過によって封鎖が解かれるという仕組みになっている。 日付 今作では日付の概念が取り入れられた。平日は通学し、放課後や休日の昼間は街を自由に移動することができる。これにより日常生活がリアルに表されている。そのため1日の間にとれる行動が限られ、通常のRPGのようにダンジョン（タルタロス）と街を自由に行き来することはできない。放課後・昼間・夜は店に行ったり後述のコミュ育成を行うことができ、影時間（ストーリーの項を参照）にはタルタロスに行くことができる。大型シャドウとの戦闘や学校行事などのイベント発生日は固定されている。 学校では定期テストがあり、期末・中間がある。クラスメイトなどのコミュなどは行えない。また、テストで良い成績を収めると美鶴がアイテムをくれる。 授業やテストは一般常識や豆知識などの問題で、クイズ形式になっている。 コミュ育成 学校や街の人々と仲良くなると「コミュ」（コミュニティの略称。ゲーム内ではこの略称で表記されることがほとんど）と呼ばれる絆を結ぶことができる。コミュはアルカナごとに分かれており、コミュに入っていると、そのアルカナに属するペルソナを作成した際に、ボーナスとして経験値が追加される。相手と共に過ごす、または適切な対応をすることによってコミュランクが上がるようになっている。ランクが上がるほど、合体時に追加される経験値は増加し、最高ランクに達すると、そのコミュが属するアルカナの最高位ペルソナが作成できるようになる。コミュ育成は一部の例外を除いて平日の放課後や休日の昼間などに行われる。 初回プレイで全アルカナの最高ランクを狙うことが、ファンの間では3以降のペルソナシリーズにおけるやり込み要素の一つとされている。本作のデザイナーやプロデューサーを担当した和田和久曰く「（オリジナル版では）そもそも1周で全コミュMAXできるような設計じゃなかった」ため、これを達成したプレイヤーの存在について「『えっ？ どうやったんだろう』と，本当に驚きました。」とのこと。 仲間の指示 本作ではキャラクターの能力値はレベル・HP・SPのみであり、力・耐力・運などといった能力値は全てペルソナに依存している。装備品などによる能力値上昇を除けば、装着しているペルソナの値がそのまま反映される。ただし、主人公には学力・魅力・勇気というステータスがあり、それらを鍛えることでコミュ育成や学校・街での行動が有利になる。 本作では、主人公以外のキャラクターは戦闘で直接操作することはできず、間接的な指示を与えるのみである。学校や街には同行せず、ステータスの確認や装備変更は影時間などに限られる。派生作品である『ポータブル』では直接操作が可能となり、ステータス確認や装備変更もメニュー画面から可能となっている。 ステータス 日常やゲーム進行での会話での選択や授業で上がる主人公のステータスである「学力」「魅力」「勇気」の三種類が存在する。ランクは五段階あり、低いとコミュが起こらなかったり、選べない会話が出現したりなどストーリーの進行に少なからず関わってくる要素である。 コンディション コンディションはキャラクターの体調であり、4段階に分かれている。主人公だけでなく仲間にも設定されるステータスであり、タルタロスの探索の際に効果が変化する。 トイレや就寝などで回復する。
派生タイトル・リメイク版 ペルソナ3 フェス 『ペルソナ3 フェス』（ペルソナスリー フェス、PERSONA3 FES）は『ペルソナ3』に追加要素を加えたPlayStation 2用ソフト。略称は「P3F」。「フェス」はフェスティバルの略で、お祭りソフト的な位置づけとされている。『ペルソナ3』のエンディング後を描く新シナリオ「Episode Aegis」が収録されている他、本編シナリオ「Episode Yourself」にもユーザーから寄せられた要望を踏まえた様々な追加要素・改良が施されている。『ペルソナ3』からセーブデータの一部継承も可能。
『ペルソナ3』所持者向けの「アペンドディスク版」と『ペルソナ3』を持っていない新規ユーザー向けの「単体起動版」（通常版）の2種類が発売された。パッケージイラストはそれぞれ異なっているが、ゲーム内容は本編追加要素を含めどちらも同じペルソナ3 製品情報、よくあるお問い合わせとその答え。「アペンド版」は初回起動時のみ『ペルソナ3』のディスクの認証が必要になる代わりに価格が安く抑えられている。
2006年10月20日発売の『週刊ファミ通』に「私を手放さなければ、きっとまた会える」というキャッチコピーを表したアイギスの広告が掲載されたり、『ペルソナ3』公式サイトで「ペルソナ3のディスクを手放さないでいただければ きっといいことがあると思います」と意味ありげな予告がされていたが、2006年12月8日にようやく正式発表された。
「フェス」の追加要素 『ペルソナ3』の本編に様々な新要素や改良が加えられた、言わば増補版本編。『ペルソナ3』未体験のユーザーはこちらを先にプレイすることが推奨されている。無印版を既にプレイしたことのあるユーザーは、ニューゲーム開始時に『ペルソナ3』のセーブデータをロードすることで、ペルソナ全書（ペルソナ名のみ。パラメータは初期のものになる）・ミックスレイド・主人公のパラメーター・コミュランクMAX時に入手したアイテムを継承することができる。
新規イベント追加 特別課外活動部の知られざるエピソードやコロマルの散歩など、学園生活やコミュにからんだイベントが多数追加されている。 ハードモードの追加 戦闘難易度の選択に『ペルソナ3』にあった初心者用のEASY、中級者向けのNORMALに加え、上級者用のHARDが追加されている。 新たなペルソナが追加 新たに23体のペルソナが追加されており、ペルソナのレベル調整も実施されている。 武器合体システムを導入 骨董屋で武器とペルソナを合体させることで、新たな武器を作成できるようになった。また、特別な武器も追加されている。その際、武器合体には数日の日数の経過を要する。 コスチュームの外観 『ペルソナ3』では武器のグラフィックは変化したが、防具のグラフィックは変化しなかった。『ペルソナ3フェス』では特定の防具によってもキャラクターグラフィックが変更されるようになっている。 コミュニティの追加 アイギスのコミュニティが追加されている。また、各キャラクターについてもコミュニティMAX時のイベントが追加されている。 「永劫」のアルカナが追加 上記のアイギスのコミュニティがこのアルカナに当てはまる（トート・タロット参照）。これに伴い、いくつかのペルソナのカテゴリが変更となっている。なお、永劫のカード番号はXXで、「審判」の番号と重複している。これはトート・タロットの作者によって、アルカナの解釈から「審判」の名称を「永劫」へと改めたためである。「世界」と「宇宙」も同義である。 長鳴神社 ポートアイランドにある施設の一つである長鳴神社のお稲荷さんにお参りができるようになっている。 その他 依頼の追加や疲労度のバランス見直しなどが行われている。
ペルソナ3 ポータブル 『ペルソナ3 ポータブル』（ペルソナスリー ポータブル、PERSONA3 PORTABLE）は、PlayStation Portable用に開発されたバージョン。PlayStation 2版より一部の要素を追加および削除しており、略称は「P3P」。『ペルソナ3フェス』で追加要素を加えた本編「Episode Yourself」をベースにしているが、後日談として追加された「Episode Aegis」は収録されていない。
ポータブルと銘打たれているが、2023年1月にはXbox Series X/SやXbox One、PlayStation 4、PC（Microsoft Store、Steam）にも「リマスター版」として移植リリースされている。同日には据え置きゲーム機と携帯機の要素を併せ持つNintendo Switchへも前4機種用と同内容でリリースされている。（いずれもダウンロード専売ソフト）
ポータブルの追加要素 主人公の性別選択 ゲーム開始時に、主人公の性別を選択出来るようになった。ストーリーの本筋は同じだが、それぞれのルートで発生するコミュニティや仲間との関係などが変化するため、2周目以降も異なる視点で遊ぶことができるようになった。
難易度の追加 『ペルソナ3フェス』で採用された「EASY」「NORMAL」「HARD」に加え、初心者向けの「BEGINNER」、最高難易度の「MANIACS」が追加されている。「BEGINNER」では復活アイテム「黄昏の羽根」の個数が「EASY」より増やされている。また、「MANIACS」では周回プレイでも、引継ぎ要素が一切なくなる仕様となっている。
戦闘関連 仲間に直接指示を出すことが可能となった。 愚者コミュの上昇に伴い、仲間が「合体攻撃（ワンモアを起こした際に、主人公と共に敵に攻撃する）」「かばう（主人公への即死するダメージの攻撃を代わりに受ける）」「食いしばる（即死ダメージを1度だけHP1で踏みとどまる）」といったペルソナ4の仲間キャラクターと似た行動をとるようになった。 「待機」が「ガード（ダメージを軽減し、弱点攻撃を受けてもダウンしない）」に変更された。 主人公の使用可能装備は固定となった（男性主人公：片手剣 / 女性主人公：薙刀）。また、美鶴の使用可能装備が片手剣から突剣に変更された。
ハードのスペック低下による変更 アニメーションシーンは一枚絵による表現に差し替えられ、全てカットされた。 ポリゴンもPSPの性能に合わせて縮小方向に作りなおされている。 ポリゴンによるイベントや日常パートの演出はカットされ、すべてオリジナル版にあった2Dキャラの立ち絵によるセリフのみで進行する形式に変更された。（戦闘シーンを除く） 3D空間で主人公を操作して移動し、キャラクターに話しかけるという形式から、簡易2Dマップでカーソルを移動させ、目的の人物のポインタに合わせて会話する形式に変更された。また、□ボタンで目的の場所へのショートカット移動ができるようになった。 これらの変更によりPSPにおいてもスピーディなゲームプレイが可能となった。
ペルソナ関連 一部のペルソナは容姿が変更されている。ペルソナがある程度に育つと「スキルカード」が手に入り、使用することで新たなスキルを覚えさせることができる。 ミックスレイドはペルソナに依存するスキルではなくアイテムに変更となった。骨董屋で宝石との交換で手に入る。
その他 お稲荷さんへのお参りの効果が「スキルカード複製（要5日）」に変更された。 交番での装備品の購入が夜でも出来るようになった。また、アクセサリーの販売も行うようになった。 『ペルソナ3フェス』までは仲間が疲労になるとその場で帰ってしまう仕様となっていたが、『ポータブル』では疲労のタイミングが探索を切り上げた後に変更され、仲間が帰ってしまう仕様は削除された。
ペルソナ3 リロード 『ペルソナ3 リロード』（ペルソナスリー リロード、PERSONA3 RELOAD）は、2024年2月2日に下記機種用ソフトとしてリリースされたマルチプラットフォームソフト（記載は発表順）。
※ 下記の出典 → 『ペルソナ3 リロード』日本メディア最速インタビュー。 ファミ通.com 2023年6月12日
Xbox Series X/S Xbox One Xbox Game Pass Xbox Game Passは上記3機種とWindowsでの動作を前提とした、いわゆる「ゲームのサブスクサービス」。スマートフォンやタブレットでもUltimateプランに同梱されているXbox Cloud Gaming (Beta)を通じてプレイ可能（タッチ操作対応）。Ultimate会員であれば『フェス』に相当するDLCも含めサブスクで導入可能。これはゲームパスとしては初となる。 Windows 『ポータブル』リマスター版と同様、Microsoft Store（Xboxアプリ）を通してのリリース。メーカーが指定した一定レベルのパーツ（CPU・GPUなど）を搭載しているPCでなければ動作しても快適なプレイは難しい。
本作は初発表時、上記4プラットフォームへの展開のみが明かされた（日本では、上記版はダウンロード専売となる）。その数日後に、下記プラットフォームでもリリースされる事が発表された。 Nintendo Switch 2 PlayStation 5 PlayStation 4 Switch2/PS5/PS4版ではパッケージソフトとしてもリリースされた。 Steam SteamはWindowsでクライアントソフトを導入する事がプレイする際の基本となるサービスだが、独自のOSを導入した携帯機「Steam Deck」なども展開している。より詳しい対応状況は今後発表予定。
PlayStation 2版を直近のシリーズ最新作である『ペルソナ5』など比べても見劣りしないレベルにグラフィック（各キャラクターの3DCGモデルなど）をグレードアップさせる事に主眼が置かれており、『ペルソナ3フェス』で追加された本編の後日談や『ポータブル』の女性主人公などといったシステム・ストーリーへの大きな変更要素は含まれない事が事前に公表されている。ただし、「『ペルソナ3フェス』で追加された本編内の要素が全く無いというわけでは無い」とも制作サイドよりコメントされている。
フェスに相当する部分はDLCとして2024年9月10日にリリースされた。前述の通りXbox Game Pass Ultimateに加入していれば全てのDLCを購入する必要はない。
「リロード」での追加要素 『ペルソナ3フェス』からの要素としては、「コロマルの散歩」「学生寮の監視カメラ」「アイギスの永劫コミュ」などが実装されている。
ストーリー Episode Yourself プロローグ 2009年4月。10年前に両親を事故で亡くし親戚に育てられた主人公は、家庭の事情で小中高一貫校である「月光館学園」の高等部に編入することになり、学園のアイドル的な存在の岳羽 ゆかりや、お調子者の伊織 順平らと一緒のクラスになる。 しかし、学生寮に入寮して間もなく、彼は異形の怪物・シャドウに襲われ、秘められていた「ワイルド」のペルソナ能力を覚醒させてしまう。それがきっかけで主人公は、この世界には1日と1日の挟間にある隠された時間「影時間」があり、街は動きを止め、人々はオブジェへと姿を変えることを知らされる。そこにはびこる異形の怪物「シャドウ」に対抗できるのは、ペルソナという特殊な力を持つ者だけだった。 1学期 潜在能力を認められた主人公は、理事長の幾月 修司の勧誘を受けて、同じペルソナ使いたちで構成された、桐条 美鶴が率いる「特別課外活動部」へと引き入れられる。彼らはそれぞれの目的のため、影時間を消滅させるべくダンジョン「タルタロス」へと潜り、影時間の真相を追っていく。 主人公は昼は学園生活を送り、学校や街でさまざまな「コミュ能力」を持つ人々と交友を深めていくことで、ペルソナ能力をレベルアップさせていく。その一方で「特別課外活動部」には、ボクシング部の主将である真田明彦、同級生に虐められていた山岸風花らが合流。満月ごとに街に現れるという、12体の大型シャドウを次々と撃破していく。 やがて、ペルソナを操る謎の新興宗教グループ『ストレガ』のメンバー達が暗躍するようになり、彼らは「主人公たちが大型シャドウを消す」ことを止めようとしていた。 2学期 (前半) 10才の小学生 天田乾や、かつて特別課外活動部に所属していた不良の荒垣真次郎、長鳴神社にいた野良犬コロマル、少女型戦闘用ロボット アイギスらが仲間になる。天田は、自分の母親を殺してしまった荒垣に復讐心を抱いていたが、ストレガの襲撃から天田を守って荒垣は亡くなってしまう女性主人公の場合には、荒垣生存ルートが存在する。。 街で絵を描いている少女チドリと知り合った順平は交友を重ねていくが、彼女がストレガの情報収集担当であることが判明。順平は病院に拘束される彼女と会話を重ねて、心を交わしていく。そんな中、ストレガの首領であるタカヤとジンとの対決に勝利するも、彼らは橋から飛び降りて逃走する。 その後、最後の大型シャドウ討伐した「特別課外活動部」は、事件解決に喜びあう。だが、12体の大型シャドウを倒すことで世界を滅ぼそうと画策していた、理事長の幾月によって騙されていたことが判明。幾月によって美鶴の父・桐条武治は撃たれて亡くなるが、同時に武治によって撃たれた幾月は、タルタロスから落下して亡くなってしまう。 2学期 (後半) 11月の修学旅行後、チドリの病室に『ストレガ』のタカヤ達が現れ、チドリを仲間に引き戻そうとする。その後、タカヤの銃によって順平が撃たれるが、チドリは順平に愛の告白をし、自らのペルソナ能力と生命力を使って順平を治癒して亡くなる選択肢によっては、チドリ生存ルートが存在する。1月になり、死亡したはずのチドリは生死の境から蘇り、ペルソナ能力と記憶をなくしたものの、生きようとする意欲をもつようになる。。 主人公のクラスに、社交的な男子生徒 望月綾時が転校してくる。実は綾時は、10年前に現れてアイギスによって封印されたシャドウ「デス」が進化した存在であり、それを見抜いたアイギスとの戦闘により、全ての記憶を思い出す。かつて、幼い子供だった主人公に封印された「デス」は、運命の悪戯によって再びこの地に転入生として戻って来たのだと言う。12の大型シャドウを倒したことから、綾時は主人公から解き放たれたのだという。 綾時によると、太古この星に死なるものを授けたシャドウの母たる存在「ニュクス」が目覚めれば、地球の全ての生命は「影人間」となり死滅するという。綾時は「宣告者」であり存在そのものが「滅亡の確約」であり、ニュクス復活は避けられず倒すこともできないのだと告げる。 綾時は、「シャドウ関連のことを全て忘れて、滅びの時まで普通の生活を送れる」ように、自身を殺すことを選ぶよう主人公に選択を迫るここでの選択肢によって、1月とラスボス戦のないバッドエンディングルートと、1月とラスボス戦のあるトゥルーエンディングルートに分岐する。。綾時によると、タルタロスの頂上に「ニュクス」が現れて世界が終わる日は、1月31日であるという。 3学期 『ストレガ』のタカヤ達は、「ニュクス教」の教祖としてカリスマ扱いされるようになっていた。彼らは、桐条グループの研究員(幾月ら)によって人工的に生み出されたペルソナ使いであり、長く生きられないタカヤたちは世界の終焉を望み、主人公たちの前に立ちふさがる。 ストレガの2人を倒した「特別課外活動部」の前に、ニュクスによって取り込まれた綾時こと「ニュクス・アバター」が現れる。あらゆるアルカナの力を使う「ニュクス・アバター」を倒したものの、巨大な月「ニュクス」は下降してきて、一般人にもタルタロスやニュクスを視認できるようになり、地上は「世界の破滅」を前にして阿鼻叫喚となる。 次々と「特別課外活動部」のメンバー達が倒れていく中、主人公はベルベットルームで目を覚ます。これまで関わってきたコミュニティーの仲間たちの想いが「絆の力」となって、宇宙の力「ユニバース」を手にした主人公は、一人でニュクスの下へと向かう。 圧倒的なニュクスの攻撃に歯を食いしばり戦う主人公に、仲間たちは声援と力を送り続けた結果、「大いなる封印」によってニュクスを永遠の眠りにつかせることに成功する。タルタロスが崩れて空に消えていき、主人公は仲間たちの下へと戻ってくる。シャドウを巡る戦いは、全て終わったのだ。 エピローグ ニュクスとの戦いから2か月が経過し、人々はタルタロスの記憶をなくしていた。「特別課外活動部」のメンバー達も、ペルソナやシャドウに関する記憶を忘れてしまっており、記憶の齟齬を感じながらも平和でおだやかな日常を過ごしていた……。 しかし、最後の戦い前にみんなで再会することを約束していた、美鶴と真田たち3年生の卒業式の日、「特別課外活動部」のメンバー達はこれまでの記憶を取り戻し、主人公の下へと走り出す。主人公がアイギスと話している校舎の屋上に、仲間たちが駆けつけて来たところで物語は終わりを告げる。
Episode Aegis 月光館学園の特別課外活動部に所属するペルソナ使い達は、1年間に渡る幾多の苦難を制し、ようやくこの街にも平和が訪れたかに思われた。2010年3月31日。特別課外活動部の面々は、寮の閉鎖を前に、ささやかな最後のお別れパーティを開く。迫る午前0時を穏やかな気持ちで迎え、召喚器も2度と使われることはないかに思われた。 しかし0時になった瞬間、ペルソナ使い達は違和感を覚える。翌日になったはずなのにニュースや携帯・時計の日付がいずれも「2010年3月31日」のままだったのだ。そして、「アイギスの妹」と名乗る謎の少女型機械・メティスが特別課外活動部の面々を襲撃してきたことがきっかけとなり、アイギスは主人公と同じ“ワイルド”の力に覚醒する。