第35回日米大学野球選手権大会日本代表（だい35かいにちべいだいがくやきゅうせんしゅけんたいかいにほんだいひょう）は、2006年7月に行われた日米大学野球選手権大会第35回大会、および同年8月に開催された第3回世界大学野球選手権大会に出場した日本選手団である。チームは7月下旬にアメリカで日米大学野球を戦った後、メキシコ経由でキューバ入りし、8月の世界大学野球選手権に出場した。
日本チーム 役員・監督・コーチ等 （所属は選出当時） 監督：岩井美樹（国際武道大学監督） コーチ：金光興二（法政大学監督） コーチ：榎本保（近畿大学監督）…都合により日米野球不参加、世界選手権から合流 コーチ：伊藤栄治（東海大学監督）
選手 No.は背番号。所属や学年は選出当時。 位置No.氏名所属学年投手11上園啓史武蔵大学4年14宮本賢早稲田大学4年16岸孝之東北学院大学4年17永井怜東洋大学4年18清水昭信名城大学4年19金刃憲人立命館大学4年20大隣憲司近畿大学4年21長谷部康平愛知工業大学3年捕手22田中大輔東洋大学4年27髙谷裕亮白鷗大学4年内野手1円谷英俊青山学院大学4年2山崎憲晴横浜商科大学2年3西川明法政大学4年4上本博紀早稲田大学2年6仲澤広基国際武道大学2年10大引啓次法政大学4年外野手5長野久義日本大学4年7小瀬浩之近畿大学3年8野本圭駒澤大学4年23荒波翔東海大学3年24横川史学青山学院大学4年25川端崇義国際武道大学4年
試合結果 第35回日米大学野球選手権大会 第1戦（7月25日（現地時間）；ノースカロライナ州・ダーラム） 日本 4-2 アメリカ 第2戦（26日；サウスカロライナ州・グリーンビル） 日本 0-5 アメリカ 第3戦（27日；ノースカロライナ州・カナポリス） 日本 3-4 アメリカ 第4戦（28日；ノースカロライナ州・グリーンズボロ） 日本 5-6 アメリカ 第5戦（29日；ノースカロライナ州・シャーロット） 日本 2-2 アメリカ （延長12回） 通算3勝1敗1分でアメリカが3年ぶり21度目の優勝。
第3回世界大学野球選手権大会 予選リーグ（Aグループ） 第1戦（8月7日（現地時間）） 日本 10-0 ニカラグア （7回コールド） 第2戦（8日） 日本 15-2 イタリア （7回コールド） 第3戦（9日） 日本 3-4 キューバ 第4戦（10日） 日本 15-0 バハマ （7回コールド） 予選通算3勝1敗でグループ2位通過、決勝トーナメント進出。 決勝トーナメント 準々決勝（13日） 日本 12-4 プエルトリコ 準決勝（14日） 日本 1-5 アメリカ 3位決定戦（15日） 日本 3-9 キューバ 4位に終わり、3大会連続のメダルを逃す。
備考 選出されたメンバーは、全員のちにプロ入りしている。
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