畠山氏（はたけやまし/はたけやまうじ）は、武家・士族だった日本の氏族。
桓武平氏系と清和源氏系の2家系あり、前者は秩父氏一族で平安時代末から鎌倉時代初期の豪族だが、北条氏に滅ぼされた（こちらについては平姓畠山氏参照）。後者は足利氏一族で室町時代に守護大名、幕府管領家として栄えた。しかし、同家の家督争いが応仁の乱の一因となり、その後も内紛が続いて没落した。
江戸時代には高家として残り、明治維新後「足利」に復姓して士族となる。分家に能登の守護を代々世襲した能登畠山氏もあり、こちらも江戸時代の高家を経て維新後士族となった（こちらは畠山姓のまま）。
歴史 平安時代・鎌倉時代
坂東八平氏の一族・秩父重弘の子である秩父重能が、武蔵国男衾郡畠山郷（はたけやまごう、現在の埼玉県深谷市畠山周辺）に所領を得て、畠山姓を称したことに始まる（平姓畠山氏）。治承・寿永の乱において、息子の畠山重忠は、はじめ平家方についたが、後に源頼朝に従い、一ノ谷の戦いや奥州合戦などで活躍した。重忠はのちに北条時政と対立し、元久2年（1205年）に武蔵国二俣川で北条義時の軍との戦闘で敗死した（畠山重忠の乱）。
その後、重忠の旧領と畠山の名跡は、足利義兼の庶長子・足利義純が重忠の未亡人である北条時政女と婚姻し、継承された。義純はもともと新田義兼（足利義兼と同諱の従兄弟）の娘と婚姻し子も儲（もう）けていたが、その妻子を義絶した上での継承であった。これによって桓武平氏のひとつ秩父平氏の流れをくむ平姓畠山氏は消滅し、清和源氏のひとつ河内源氏の一系・足利家の一門として存続することとなった。
義純の家系（源姓畠山氏）は名門・畠山氏の名跡を継承したことから、後に足利一門の中で別家扱いの足利尾張家（武衛家、いわゆる斯波家）に次いで高い序列に列せられ、細川家など他の家臣筋分家とは異なる待遇を足利宗家から受けることになる。
紀伊および河内・越中の守護をおおむね務め、分家は能登守護を務めた。
室町時代から戦国時代 建武3年（1336年）に足利尊氏が室町幕府を創立すると、畠山氏はこれまでの功績によって越中・河内・紀伊の守護に任じられた。足利家の内紛である観応の擾乱では、庶流の畠山国清は足利直義方に付くも後に尊氏方に鞍替えして家勢を保ち、その一方で畠山氏嫡流の畠山高国・国氏父子は、観応2年（1351年）直義派の吉良貞家に敗れ自害し、国氏の子二本松国詮は二本松に移った（奥州畠山氏）。
本来の嫡流である奥州畠山氏が衰退する中で、畠山国清の家系（金吾家）が畠山氏の惣領格となる。国清は関東管領に任命されて東国で南朝方と戦うが、その後鎌倉公方の足利基氏と対立し、康安元年（1361年）に失脚した。国清はそのまま没落するが、国清の弟の畠山義深がのちに守護に任命され畠山氏を再興させる。義深の子・畠山基国は明徳2年（1391年）の明徳の乱で功績を挙げるなどして足利義満の信任を受け、能登の守護を任されるなど守護大名として力をつける。
応永5年（1398年）には管領に任じられ、同じ足利一門の斯波武衛家や細川京兆家とともに三管領家として名を連ねる家柄となった。基国の子・畠山満家は義満には冷遇されたが、足利義持の代になってから表舞台に復帰して管領に就任する。満家の子・畠山持国（徳本）は、将軍権力の強化を目論む足利義教の干渉に苦しめられるが、畠山氏の内紛を鎮めて細川家や山名家と拮抗（きっこう）する勢力を維持した。
しかし、畠山義就（持国の子）と畠山政長（持国の甥）との間で家督をめぐっての激しい争いが起き、それが後の応仁の乱の一因になった。文明9年（1477年）に応仁の乱の終息後も義就流（総州家）と政長流（尾州家）は内紛を続け、この対立は両細川家の乱と共に畿内を内戦状態とする主因となった。また、畠山政長（畠山尾州家）や畠山義堯（畠山総州家）は管領に就任したが、戦国末期に両家でそれぞれ、木沢長政（畠山総州家）や遊佐長教（畠山尾州家）による下克上が起こった。
越中国は守護代の神保氏に奪われ、河内国も度々守護代の遊佐氏に脅かされたが、尾州家の紀伊だけは最後まで勢力を保った。
その後 江戸時代においては、尾州畠山氏と能登畠山氏が高家として残った。
明治維新後、尾州畠山氏の当主畠山基永は足利に復姓して、士族に編入された。能登畠山氏の方は畠山姓のまま士族となった。
1884年（明治17年）に華族が五爵制になった際に定められた『叙爵内規』の前の案である『華族令』案や『叙爵規則』案では元高家が元交代寄合とともに男爵に含まれており、足利家（尾州畠山氏）と能登畠山氏も男爵を授けられるべき家にあげられているが、最終的な『叙爵内規』では高家も交代寄合も対象外となったため結局両家は士族のままだった。
平姓畠山氏
歴代当主 畠山重能 - (平姓畠山氏の祖) 畠山重忠 畠山重保
平姓畠山氏の系譜 凡例 - 実線は実子、点線は養子
源姓畠山氏 元久2年（1205年）の畠山重忠滅亡後、足利義純が畠山の名跡と跡式（所職）などを相続したことにより始まる。
畠山時国を最後に、畠山高国の系統（高国 - 国氏）と 畠山貞国の系統（貞国 - 家国）に分かれた。高国の系統は畠山氏の嫡流であり、奥州畠山氏になった。その一方で、貞国の系統は庶流であったものの、室町時代には河内畠山氏となり、三管領の一家となった。
歴代当主 畠山義純 - （源姓畠山氏の祖） 畠山泰国 畠山時国
奥州畠山氏
二本松畠山氏、二本松氏とも呼ばれる。奥州二本松城に拠った、かつての奥州四管領の一雄・畠山氏の後裔である。
源姓畠山氏の祖である足利義純の嫡流は本来、この奥州畠山氏であった。だが、畠山高国・国氏は観応の擾乱において、 足利直義方の吉良貞家に敗れ、自害した小川信「畠山氏」『改訂新版 世界大百科事典』。
国氏の子・国詮は二本松に移ったが、劣勢を挽回しきれなかった。そして、戦国時代には、一国人にまで衰退した。
天正13年（1585年）、当時の当主・二本松義継が伊達氏との抗争の中で討死し、まもなく国人領主としての二本松氏も滅亡する。
義継の次男である二本松義孝は蘆名氏や佐竹氏などに仕えた後、徳川氏譜代大名である水野氏に仕えた。水野忠邦の転封運動に反対して諌死した家老・二本松義廉は、その子孫である。
歴代当主（奥州畠山氏） 畠山高国 - （奥州畠山氏の祖） 畠山国氏
（10代略）
二本松義孝 - （水野家家老二本松氏の祖）
河内畠山氏 高国の弟・貞国の系統。代々、衛門督や衛門佐に任じられたため、金吾家（金吾は衛門府の唐名）とも称された。
本来の嫡流である奥州畠山氏が冷遇されたのとは対照的に、庶流である畠山国清（貞国の孫）は知勇に優れていたため重用され、紀伊国および和泉国の守護となり、後に河内国の守護にも任命された。これが河内畠山氏の始まりである。
観応の擾乱において、国清は当初は直義派であったが、嫡流で尊氏派であった高国・国氏父子の敗北した後まもなく尊氏派に鞍替えし、没落した奥州畠山氏に代わって畠山氏の惣領格となる。鎌倉の足利基氏を補佐する関東執事（関東管領）として活躍し、さらに将軍足利義詮の執事細川清氏と共に仁木義長を追放して一時中央の政務を壟断したが、のちに義詮や基氏と対立し失脚し、河内畠山氏は畠山国清の弟・畠山義深の系統によって受け継がれる。
義深の子の畠山基国は当初は鎌倉公方に仕えていたが、足利義満の側近として京の室町幕府を中心に活動するようになり、管領家の細川京兆家と斯波武衛家が対立する中で第三勢力として台頭、能登国の守護職を獲得し、のちに畠山氏の人物として初めての管領職に任命される。これ以降、河内畠山氏は代々管領を輩出する家柄となった。ちなみに現在の京都市上京区畠山町は、この付近一帯に管領畠山氏の邸宅があったことに由来する地名である。
畠山満家・畠山持国は管領として幕政において重きをなしたが、持国の後継を巡り畠山政長と畠山義就の子孫が互いに争い、応仁の乱後も両家が分裂し、内紛を続けた。西軍であった義就流畠山氏は官途の上総介から総州家、東軍であった政長流畠山氏は官途の尾張守から尾州家をそれぞれ称された。
歴代当主（河内畠山氏） 畠山国清 - 関東管領。河内国守護、和泉国守護。紀伊国守護、伊豆国守護、武蔵国守護 畠山義深 - 国清の弟。伊豆国守護、越前国守護。 畠山基国 - 管領、紀伊国守護、能登国守護、越中国守護、河内国守護。 畠山満慶 - 河内国守護などの守護、後、能登畠山氏初代。基国の次男。 畠山満家 - 管領、紀伊国守護、河内国守護、越中国守護。基国の長男。 畠山持国 - 管領、紀伊国守護、河内国守護、越中国守護。満家の長男。 畠山持永 - 河内国守護。満家の次男。持国の弟。 畠山義就 - 持国の子、河内国守護、紀伊国守護、越中国守護。 畠山政長 - 持富（満家の三男）の子、管領、紀伊国守護、河内国守護、越中国守護、山城国守護。
家臣団 応仁の乱前後に、畠山氏の家臣団はそれぞれ政長方、義就方に分かれるなど混沌とした。戦国時代になり畠山氏の当主の権力が弱くなるにつれて、在地勢力でもあった「国人衆」・「大和衆」が力を有するようになったが、守護代として権力を掌握した遊佐氏・神保氏は「鎌倉衆」「鎌倉以来」の家柄であった。畠山氏の家臣団は大きく分けて、出身により「武蔵衆」、「足利衆」、「鎌倉衆」、「国人衆」、「大和衆」の五系統に分かれる。
武蔵衆 「武蔵衆」 - 畠山重忠以前から仕えていた家柄で、重忠の死後、足利氏から入嗣した足利義純に仕えた家臣。 代表的な氏：豊島氏、榛沢氏、半沢氏、本田氏。 多くは早くに没落した。豊島氏は武蔵国の豊島氏と同族。本田氏は戦国時代には島津氏の家臣となっていた。
足利衆 「足利衆」 - 足利義純の畠山氏入嗣の際に従った家臣。 代表的な氏：稲沢氏、斎藤氏、高階氏、伴氏、平（ひら）氏。 斎藤氏、平氏は重臣、稲沢氏、伴氏は馬廻衆として残存。高階氏は没落した。高階氏は高氏と同系。足利衆は戦国時代になると当主側近として活躍した。斎藤氏や平氏は奉行職や祐筆として文書を発給し、畠山氏の行政官僚的存在となった。また、稲沢氏、伴氏は当主側近の平時の警護を職務とし、戦陣では馬廻衆となり、伝令や作戦参謀的な位置についたが、軍権が守護代に移ると実権を失い没落した。 稲沢氏 - 足利氏の祖足利義康の父、源義国の弟源義忠の家系。子孫は豊臣氏重臣速水守久に客将として仕え、大坂夏の陣で陣没。 斎藤氏 - 斎藤実盛の末裔と伝えられた名門。美濃国の斎藤氏などは有名。畠山氏に仕えた斎藤氏は室町幕府の奉公衆であった斎藤氏と近い一族であったと考えられている。多くの発給文書が残存しており、その勢力が室町時代には強かったことが読み取れる。 平氏 - 読みは「ひら」であるが、平「たいら」氏の末裔。系統は不詳だが、鎌倉時代に内管領であった平氏の分流とする説が有力。室町時代から戦国時代中期まで畠山氏のなかで奉行などとして文書を発給し権勢があった。平盛知などが著名。 伴氏 - その祖は大伴氏（伴氏）といわれ古代の軍事貴族の末裔。大伴氏（伴氏）の末葉の伴助兼が源義家の家人となり、その一族が足利氏、畠山氏と歴代に仕えてきたものと考えられる。
鎌倉衆 「鎌倉衆」-「鎌倉以来」と称された畠山義純以降、畠山家国時代までに召抱えられた家臣。 代表的な氏：佐原氏、庄氏、神保氏、中原氏、遊佐氏。 遊佐氏、神保氏がそれぞれ河内、越中の守護代などとして重きを成した。 遊佐氏 - 出羽国遊佐庄の出身。河内国の守護代として権勢を振るい、実質的には河内国の国主であった。長直、就盛、順盛、長教らの名が有名。 神保氏 - 越中守護代の神保氏の本家筋。大坂夏の陣で徳川方についたが味方の伊達政宗に攻撃された神保相茂はこの末裔。 中原氏 - 検非違使尉を世襲した中原氏の分流で紀伊国に土着した家柄で子孫は山林王と称された。 佐原氏 - 相模国の三浦氏の分流で蘆名氏と同族の名族。早くに没落したのか戦国時代の史料にはすでに見えない。 庄氏 - 武蔵七党児玉氏の分流。備中国の庄氏と同族。江戸時代の大名、本庄氏も同族。
国人衆 「国人衆」 - 室町時代になって伊豆国、紀伊国、河内国の国人から家臣団に編入された家臣で、多くは南朝方で畠山氏に降伏した者たちである。 代表的な氏：安宅氏、色川氏、太田氏、恩智氏、甲斐庄氏、萱振氏、小山氏、誉田氏、周参見氏、鈴木氏、隅田氏、玉置氏、丹下氏、淡輪氏、野長瀬氏、堀内氏、水走氏、湊氏、三宅氏、保田氏、安見氏、湯浅氏、湯川氏、和田氏など。 在地の勢力で実戦部隊を擁した。政権中央では湯川氏（湯川直光、湯川直春）が活躍した程度であったが、彼らの帰趨が畠山氏の没落を決定づけた。堀内氏は源行家の末裔ともいい、半独立した勢力で戦国大名としても数えられる。 安宅氏 - 淡路国の安宅氏（安宅冬康など）の本家筋で同じく水軍を率い、畠山氏の水軍の中核であった。甲斐国の武田氏の末葉といわれる。 色川氏 - 元・南朝方。紀伊国の有力国人のひとつ。畠山氏が没落し豊臣秀長が領主となるとそれに仕えた。子孫は紀州藩の水野氏に仕えた。 太田氏 - 雑賀衆ともいわれた一族で、太田吉正が有名。 恩智氏 - 元・南朝方。鎌倉時代末期に活躍した恩智大栄の末裔。 甲斐庄氏 - 元・南朝方。楠木正成の弟、楠木正季の末裔。子孫は徳川氏に仕え旗本。 萱振氏 - 元・南朝方。萱振賢継が有名。大阪府八尾市に現在も萱振の地名が残る。賢継は遊佐長教を暗殺したとされ、安見宗房（直政）の報復を受けて族滅した。河内国一の富豪と称された。 小山氏 - 元南朝方。関東の雄族、小山氏の分流と称するが現在は否定されている。紀伊国の有力国人で平安時代後期から活動した古豪。 誉田氏 - 武蔵衆の本田氏と同族ともいうが詳細は不明。河内国の国人。誉田八幡宮ともゆかりが深い一族で、畠山氏の内部では国人衆ではあるが奉行職なども務めた家柄。応仁の乱などで畠山義就方であったため、戦国時代には勢力は弱体化した。 周参見氏 - 現在も和歌山県にその地名がある。その地域の有力国人であった。 鈴木氏…雑賀衆の中核。鈴木重秀や鈴木重朝が有名だが、畠山氏に仕えたのはそれらの父やその兄弟。久米田の戦いで三好実休を撃ったのも鈴木氏の軍勢といわれる。 隅田氏…隅田党ともいわれた武士団の末裔。隅田八幡宮にゆかりの武士団。鎌倉時代には隅田忠長が出て活躍したが、北条氏の被官であったために、建武の新政の際に多くの一族が戦死した。後に南朝方となったが、南朝滅亡後は、紀伊国守護の大内氏、続いて畠山氏に仕えた。子孫は紀州徳川氏に仕えた。 玉置氏…玉置庄司。鎌倉時代中期ころから台頭した紀伊国の武士団で十津川郷士。十津川玉置社の神主の末裔。子孫は尾張藩に仕えて続いた。 淡輪氏…元・南朝方。鎌倉時代中期ころから活動していた和泉国の国人。元は、和泉国守護の細川氏の配下。細川常有が滅ぶと、畠山氏に仕えた。淡輪水軍の中核。畠山氏の水軍の一翼を担った家柄。淡輪有重、淡輪重政らが有名で、畠山氏が没落すると豊臣秀吉、豊臣秀次に仕えたが、改易。後に、浅野氏や豊臣秀頼に仕えた。 野長瀬氏…元・南朝方。足利衆の稲沢氏の支流。南朝時代は勢力があったが、室町時代以降は振るわなかった。畠山氏の被官として命脈を残した名族。 堀内氏…元・南朝方歟？。源行家の末葉。堀内氏虎の時代に勢力を拡大し、守護の畠山氏が衰えると自立した。堀内氏善は羽柴秀吉に早くから仕えて領土を保全したが、関ヶ原の戦いで西軍に味方し没落した。大坂夏の陣で千姫の救出で有名な堀内氏久はこの一族で後に徳川氏に旗本として仕えた。 水走氏 - 平安時代後期に成立した武士団。河内国一ノ宮枚岡神社の神主出身の武士で、その祖は枚岡連という名族。平安時代後期から鎌倉時代には大きな勢力を誇ったが、南朝方であったことから畠山氏に仕えたころは勢力は衰えていたが、その本拠地は交通の要衝にあり、重要視された。 湊氏 - 淡輪水軍の淡輪氏の一族ともいわれ、湊高秀が有名。 三宅氏 - 摂津三宅氏とは別族。現在の大阪府松原市三宅にあった豪族で、松原市三宅にある屯倉神社は三宅氏居城跡ともいわれ、古代の屯倉に由来する古代からの有力豪族の末裔。 保田氏 - 源義光の末裔の安田氏と同族とされているが、湯浅氏の分流と見るのが妥当。紀伊国の有力国人で、保田知宗、保田繁宗、保田則宗らが有名。繁宗以降は徳川氏に仕えて旗本。 安見氏 - 元・南朝方。若狭国保見庄の荘官の出身。戦国時代後期に守護代となった安見直政（宗房）や安見信国、安見勝之の名が知られる。勝之は伊予国で大名となるが関ヶ原の戦いで西軍に味方し没落。加賀前田氏に仕えて、大坂冬の陣では敗色濃厚な中で善戦し一万四千石を与えられた。 湯浅氏 … 元・南朝方。紀伊国湯浅庄発祥の名族。平清盛の配下として勢力を拡大し、鎌倉幕府が成立すると巧みにその御家人となった。南北朝時代には楠木氏らとともに南朝を支えたが、衰退した。戦国時代にも衰退したとはいえ、もともと紀伊国最大とも言われた雄族だけに勢力を保持していた。 湯川氏 - 紀伊国の国人。戦国時代後期には湯川直光が河内守護代にもなった。熊野八庄司のひとつ。武田氏を祖とするというが異説がある。戦国時代後期に湯川氏は最盛期を迎え、実質的に畠山氏の軍事力の中核であった。畠山高政時代には、久米田や教興寺で三好長慶方と畠山氏が決戦しているが、その時点での軍勢の半数近くは湯川直光の軍勢であったといわれており、その軍事力の強大さがわかる。後、畠山氏が没落すると、湯川氏は反・豊臣的な行動があったが、後に豊臣秀長に降り、その臣下となり、浅野氏に仕えるなどし、浅野氏が広島へ転封になると、それに従い広島へ移った。 和田氏 - 祖は大中臣朝臣といわれる。鎌倉時代は御家人。読みは「にぎた」「にきた」「みぎた」などがある。元・南朝方で畠山氏にも仕えた。
大和衆 「大和衆」…上記以外に、主に応仁の乱以降に家臣となった大和国の国人衆出身の家臣。 代表的な氏：秋山氏、飯田氏、岡氏、奥田氏、越智氏、片岡氏、沢氏、龍田氏、筒井氏、十市氏、豊田氏、箸尾氏、布施氏、芳野氏。 大和国は元来、興福寺が君臨していたが、応仁の乱以降、畠山氏が有力国人を家臣団化していった。しかし、畠山氏が衰えると、国人の中でも有力であった筒井氏、越智氏の両氏が他氏を家臣団化して二頭体制になった。越智氏、筒井氏は戦国大名としても数えられ、特に筒井氏は筒井順慶の時代に飛躍したが、江戸時代初期に改易された。 秋山氏 - 宇陀三将の一人。 越智氏 - 大和源氏の末葉といわれる。越智家栄の時代に台頭した。筒井氏と攻防を繰り返したが、筒井順慶の時代に滅ぼされた。高取城主。 片岡氏 - 利盛、道春が知られる。畠山氏の家督争いに巻き込まれた。越智氏と筒井氏の間を揺れ動いた小豪族。 沢氏 - 宇陀三将の一人。沢源六郎が有名。沢城城主。 龍田氏 - 龍田入道為定が有名。 筒井氏 - 筒井順慶が有名。 十市氏 - 元・南朝方。十市遠忠などが有名。後、筒井氏家臣。 箸尾氏 - 鎌倉時代前期からの豪族。箸尾為英らの活動が記録されている。為妙、為量は南朝方で北朝方の筒井氏と戦った記録がある。宗信（為隆）の時代に筒井氏と和睦し、南朝方から北朝方に転身した。1546年に箸尾為政が筒井氏によって自害に追い込まれ、一度滅亡の憂き目をみたが、1558年に箸尾為綱が復帰した。筒井氏が大和国主になると、箸尾氏も従属した。また、畠山氏直参になった箸尾高春もこの一族で、高春は関ヶ原の戦いで西軍。後、大坂の陣で大坂方で戦没した。 芳野氏 - 宇陀三将の一人。
畠山総州家 総州家は金吾家から別れ、主に大和国と河内国に勢力を有した。上総介の官途を名乗る者が多かったため、総州家と称された。
応仁の乱の最中に山名宗全と細川勝元が死去したのち、東・西両軍の和睦が進められる中、畠山義就は講和に反対し、文明9年（1477年）9月21日に畠山尾州家の政長討伐のために河内国へ下り諸城を攻略、政長派の守護代遊佐長直を若江城から追い河内を制圧した（若江城の戦い）。また、義就派の越智家栄と古市澄胤らも大和国を制圧、政長派の筒井順尊・箸尾為国・十市遠清は没落し、義就は河内と大和の事実上の支配者となった。一方、京では義就が河内方面に下向後の11月11日、東西両軍の間で講和が成立し、西軍は解散した。文明14年（1482年）に幕府の命を受けた管領の畠山政長と細川政元連合軍が義就追討に出陣したが、義就はこれを撃退している。
義就の跡を継いだ畠山義豊は、明応2年（1493年）に10代将軍足利義材と畠山政長を主力とした幕府軍の追討を受けるが、管領細川政元によるクーデター（明応の政変）が勃発し、細川政元と同盟した義豊は、逆に畠山政長を自刃に追い込んだ。政長の子・畠山尚順は紀伊に逃れた。しかし、明応6年（1497年）、義豊の家臣の遊佐氏と誉田氏が内紛を起こし、これに乗じた畠山尚順が紀伊で挙兵、居城の河内高屋城を尚順に落とされ、義豊は山城へ逃亡、明応8年（1499年）に河内で戦死した。
義豊の子の畠山義英は細川政元の後援の元、畠山尾州家との戦いを優勢に進めたが、義英は畠山尾州家と和睦し細川政元と対立した。更に、永正4年（1507年）に起きた永正の錯乱直後に、高屋城を奪い返した。その後の両細川の乱において、義英は阿波国の細川澄元の娘を子の畠山義堯の妻に迎えて同盟し、足利義材を擁する細川高国、大内義興、畠山稙長ら幕府軍に対して抵抗を続けた。
畠山義堯は重臣の木沢長政の補佐を受け、大永7年（1527年）、細川高国が桂川原の戦いに敗れて高国政権が崩壊すると、阿波国の細川晴元が擁していた足利義維が和泉国堺に上陸し堺公方が成立した。義堯は管領に就任し、阿波細川家の重臣の三好元長と共に細川高国派の朝倉宗滴と戦っている（川勝寺口の戦い）。さらに、享禄5年（1532年）三好元長と共に、離反した木沢長政の居城・飯盛山城を攻囲し、戦局を優位に進めていたが、木沢長政の支援に現れた一向一揆に敗れて、義堯は自刃した（飯盛城の戦い）。
家督は義堯の子の畠山在氏が継いだ。しかし実権は木沢長政が掌握しており、天文11年（1542年）の太平寺の戦いにおいて木沢長政が三好長慶と遊佐長教により敗死すると、木沢長政の勢力の中核はかつての総州家の被官だった国人衆であったため、長政と共に総州家も実質的に滅亡した。なお、在氏の子、畠山尚誠は足利義昭の上洛を助け、義昭による足利将軍家継承を実現させた。これには、尾州家も協力した。その後の消息は不明である。
歴代当主（畠山総州家） 畠山義就 - 河内国守護、紀伊国守護、越中国守護。伊予守 畠山義豊 - 河内国守護 畠山義英 - 河内国半国守護。上総介 畠山義堯 - 河内国半国守護、管領。上総介 畠山在氏 - 河内国半国守護。上総介 畠山尚誠
総州家家臣 遊佐国助 遊佐就盛 遊佐家盛 誉田久康 誉田遠江守 越智家栄
畠山尾州家 尾州家は金吾家から別れ、主に紀伊国と越中国に勢力を有した。家祖の官途である尾張守から、尾州家と称された。
持国の弟である畠山持富（満家の三男）は、兄に実子の義就が誕生したことで、後継者の座を失った。畠山氏家臣団の一部はこれに納得せず、持国の子である畠山政久（弥三郎）を擁立し、持国・義就父子に対抗した。政久の死後、弟の畠山政長が新たに擁立され、義就と争い、応仁の乱の一因となった。
文明9年（1477年）に応仁の乱が終結すると、山城守護となった政長は管領となったが、文明17年（1485年）に山城国一揆が起こり失脚、山城守護の任を解かれた。その後、細川政元と対立する10代将軍足利義材に政長は重用され、明応2年（1493年）には、遂に将軍自らによる畠山総州家討伐が実行された。しかし、その遠征中に細川政元、日野富子によりクーデターが起こされる。政長は子の畠山尚順を逃して討ち死にし、足利義材は将軍の座を失った（明応の政変）。
紀伊に逃れた畠山尚順は、足利義材に与して、周防国から上洛した大内義興や細川高国と結んで船岡山合戦に参戦し、総州家の畠山義英を破った。しかし、管領には細川高国、山城の守護職は大内義興が任命された。尚順は領国運営の為、嫡子の畠山稙長と二元政治を行なった。その後、管領・細川高国と将軍・足利義材が対立すると稙長は細川高国、尚順は足利義材に味方し、永正17年（1520年）に尚順は堺に追放された。しかし、畠山稙長も天文3年（1534年）に遊佐長教により追放され、その後はも畠山長経、畠山晴熙、畠山弥九郎と尾州家の当主が短期間に交代し、太平寺の戦いに乗じて稙長が再度復帰、稙長没後は畠山政国が名代となる。
天文20年（1551年）に遊佐長教が刺客により暗殺されると、政国の子の畠山高政が実権を復した。高政は、三好長慶、三好実休、三好三人衆と争い、足利義昭や織田信長と結んだ。その後、高政は隠居したが、天正元年（1573年）に信長派だった弟の畠山秋高が義昭派の遊佐信教に殺され河内守護家は滅亡する。高政は河内奪還を図るも果たせず、天正4年（1576年）死去した。
その後、高政の弟・政尚の子である畠山貞政は紀伊に拠点を移し勢力を盛り返した。貞政は徳川家康と連携するなど、羽柴秀吉に対抗した。しかし後に豊臣政権により放逐され尾州家は全領地没収という形でついに完全に滅亡した(紀州征伐）。
貞政の子である畠山政信は大和で放浪中豊臣家重臣の片桐且元に出会い、片桐家に仕官することとなった。人柄を認められ且元の娘婿となり片桐家重臣となる。政信は能書家としても極めて有能であり豊臣秀頼の祐筆として且元に推薦されることによって豊臣家の直臣となった。しかしやがて片桐且元が豊臣家から徳川家へと主人を変えると、且元の近親であった政信も豊臣家にいづらくなり豊臣家を退散。その後、徳川家光の代に徳川家へ仕えた。
政信の子孫は江戸幕府の高家の内の一家となって、その後も幕末まで家系は続いた。明治維新後の当主畠山基永は足利に復姓して士族となった。
歴代当主（畠山尾州家） 畠山政長 - 尾州家初代。管領、紀伊国守護、河内国守護、越中国守護、山城国守護。尾張守。 畠山尚順 - 政長の子。紀伊国守護、河内国守護、越中国守護、越中国守護。尾張守。 畠山稙長 - 尚順の長男。紀伊国守護、河内国半国守護、越中国守護。 畠山長経 - 尚順の次男。紀伊国守護、河内国半国守護、越中国守護。 畠山晴熙 - 尚順の四男?。紀伊国守護、河内国半国守護。 畠山弥九郎 - 系譜不明。紀伊国守護、河内国半国守護。 畠山政国 - 尚順の三男?。紀伊国守護、河内国半国守護。惣領名代とされる。 畠山高政 - 政国の長男、紀伊国守護、河内国半国守護。 畠山秋高 - 政国の三男、河内国半国守護。 畠山政尚 - 政国の次男、当主ではない。 畠山貞政 - 政尚の長男。紀伊国の戦国大名。 畠山政信 - 豊臣秀頼の祐筆。江戸幕府旗本。 畠山基玄 - 江戸幕府高家。
尾州家家臣 神保長誠（鎌倉衆） 成身院光宣（大和国人衆） 安宅重俊（紀州国人衆） 色川盛直（紀州国人衆） 色川秀足（紀州国人衆） 太田吉正（紀州国人衆） 甲斐庄正治（河内国人衆） - 元・南朝、楠木氏一族。甲斐庄氏を参照。 萱振賢継（河内国人衆） 小山隆重（紀州国人衆） 沢親満（大和衆） - ＜宇陀三将＞ 神保春茂（鎌倉衆） 周参見氏長（紀州国人衆） 丹下盛賢（河内国人衆） 丹下盛知（大和国人衆）丹下氏を継承 平三郎左衛門尉（大和国人衆） 野長瀬盛次（紀州国人衆）- 元・南朝。野長瀬氏を参照。 箸尾高春（大和衆） 布施左京亮（大和衆） 堀内氏虎（紀州国人衆） 松浦肥前守（泉州国人衆） 安見宗房（直政というのは誤り）（河内国人衆） 湯川直春（紀州国人衆） 遊佐高清（鎌倉衆） 遊佐長直（鎌倉衆）- 遊佐氏を参照。 遊佐順盛（鎌倉衆） 遊佐長教（鎌倉衆） 遊佐信教（鎌倉衆） 芳野民部（大和衆） - ＜宇陀三将＞
能登畠山氏 出自 初代・畠山満慶が修理大夫を官途としたため、その唐名の「」より、匠作家と称された。修理大夫は畠山国清の官途であり、二代・義忠やその子である義有の称したとされる阿波守も同様に国清の称したものであることから、没落した畠山国清系統の再興を意図したのではないかとの指摘がある。七尾畠山氏ともいわれる。