留萌本線（るもいほんせん）は、かつて北海道（空知管内）深川市の深川駅から増毛郡増毛町の増毛駅を結んでいた北海道旅客鉄道（JR北海道）の鉄道路線（地方交通線）である。利用者の減少により、2016年（平成28年）から一部区間の廃止が段階的に始まり、2026年（令和8年）4月1日に全線が廃止された。「本線」を名乗るJR線では名寄本線に次ぐ全線廃止である。
歴史 日本海北部に面する天塩地方随一の良港として栄えた留萌港への石炭や木材、海産物等の輸送のため、北海道鉄道敷設法に規定する予定線として建設された路線である。1910年（明治43年）11月23日に深川駅 - 留萠駅（後の留萌駅）間が、1921年（大正10年）11月5日に留萠駅 - 増毛駅間が開業した。また改正鉄道敷設法の別表では、日本海沿いに札幌駅から終点の増毛駅までの路線の計画があった。
その後、1927年（昭和2年）10月25日には留萠駅 - 大椴駅間、1928年（昭和3年）10月10日には大椴駅 - 鬼鹿駅間、1931年（昭和6年）8月15日には鬼鹿駅 - 古丹別駅間が留萠線として延伸開業したが、これらの区間は同年10月10日に留萠線から分離し羽幌線に編入された。なお、1927年（昭和2年）10月25日の羽幌線開業当初、羽幌線の列車は留萠駅を発車した後、深川方面の東留萠信号場まで1.3 km走行し、同信号場でスイッチバックして羽幌方面に北上していた。これを解消するため、1941年（昭和16年）12月9日に羽幌線の留萠駅 - 三泊駅間が新線に付け替えられ、留萠駅に羽幌線用の4・5番ホームを新設した。なお東留萠信号場 - 留萠駅間は留萠本線・羽幌線の重複区間だったが、新線敷設と共に解消され、東留萠信号場も廃止された。
開業以来、線名・駅名の表記は「留萠」、地名などは「留萌」だったが、1997年（平成9年）4月1日に留萠から留萌に変更している。
国鉄時代までは鉄道貨物輸送が盛んだったため多くの駅に交換設備が設置されていたが、貨物列車削減による閉塞合理化に伴い、1984年（昭和59年）2月1日に北一已駅と藤山駅で、1986年（昭和61年）11月1日に秩父別駅、恵比島駅、幌糠駅、大和田駅で、1994年（平成6年）12月に石狩沼田駅で交換設備がそれぞれ撤去された。2023年（令和5年）3月時点では峠下駅と留萌駅に交換設備が存在したが、同年4月1日の石狩沼田駅 - 留萌駅間廃止後は線内に交換設備が存在せず、全線1閉塞となっていた。
2007年（平成19年）5月9日、秩父別駅で単行（1両編成）列車の乗客の積み残しが発生したが（年表の「#民営化後」節を参照）、車両の増結や交換設備復活による増発は行わなかった。2018年度には、函館本線で新たに設定された深川駅発岩見沢駅行き普通列車への接続を図るためより正確には、従来から運転されていた江部乙駅始発（休日は滝川駅始発に変更）だった同列車を、深川駅・妹背牛駅からの通勤・通学利用者の便宜を図る目的で深川駅始発（休日も深川駅始発で運転）に変更した。、通勤・通学定期券利用者限定の代行バスを片道1本（石狩沼田駅前発→深川行き）運転し、増発の代わりとした木下健児「JR北海道、石狩沼田駅から深川駅へ函館本線に接続するバスを運行」マイナビニュース（2018年6月18日）「石狩沼田駅と深川駅を結ぶ期間限定バス、1月15日以降も継続運行」レイルラボ（2019年1月14日）。代行バスは当初は2018年12月25日までの運行予定であったが、翌年1月15日以降も引き続き運行されている。
留萌駅 - 増毛駅間の廃止 「増毛線」とも呼ばれていたこの区間は、2015年（平成27年）6月26日、JR北海道が発生させた一連の事故・不祥事を受け設置されたJR北海道再生推進会議が「経営安定基金運用益が会社発足時の半分以下になり、収支を合わせるため無理な経費節減を行ったことが安全を低下させる一因となった」「全方位に対してよい顔をする経営と決別しなくてはならない」「鉄道だけで交通手段の確保を論じるのではなくバスなどの交通機関と連携して総合交通体系の一翼を担う必要がある」との認識を示す『JR北海道再生のための提言書』を島田修社長に提出した。なお北海道知事の高橋はるみはJR北海道再生推進会議のメンバーの一人である。 翌6月27日、JR北海道幹部が留萌本線沿線自治体と非公式に接触し、留萌本線の全線廃止を打診していたことが『北海道新聞』などにより報道された。JR北海道は特に利用客の少ない留萌駅 - 増毛駅間を、2018年度（平成30年度）までに廃止したい意向を示しており、秩父別町の神薮武町長や増毛町の堀雅志町長は廃止を容認、沼田町の金平嘉則町長は存続を求めていた。
2015年（平成27年）8月10日、JR北海道は留萌市および増毛町に、特に利用者が少ない留萌駅 - 増毛駅間16.7 kmを2016年度（平成28年度）中に廃止することを留萌市長と増毛町長に伝達した。また、JR北海道はホームページで同区間の鉄道事業廃止についてのプレスリリース内で留萌駅 - 増毛駅間の輸送密度と収支を公表。1987年（昭和62年）の480人/日から、2014年（平成26年）には39人/日に大幅に利用客が減少していることや、700万円の収入に対し、年間1億6,000万円の赤字が出ていることなどを挙げている。
2015年（平成27年）8月11日、留萌市議会が留萌線検討対策会議を設置した。
2015年（平成27年）9月7日、留萌市議の鵜城雪子が留萌市議会本会議で留萌－増毛間路線廃止を市が受け入れた経緯について高橋定敏市長に質疑留萌市議会 平成27年9月定例会(第3回)-09月07日-02号 「◎ 市長（高橋定敏君） 将来にわたる安全確保のための防災工事費に数十億円が必要となる見込みであることをお聞きし、留萌・増毛間の鉄道事業廃止の申し入れに至ったことについて、私としては、ある意味ではやむを得ないと判断したものでございます。」。高橋は「ある意味ではやむを得ないと判断した」と答弁した。
2015年（平成27年）11月7日、JR北海道再生推進会議による「JR北海道再生のための提言書」発表を受け、北海道知事が学者3人（公共政策、公共交通学、会計学）、交通事業者4人（鉄道1、非鉄道3）、首長4人（中核都市1、路線廃止町2、廃止想定路線町1）を構成員とする地域公共交通検討会議を設置した。
2015年（平成27年）12月9日、留萌市議会留萌線検討対策会議が市長に「留萌本線の存続に向けてスピード感を持って力強く取り組む」ことを内容とする要望書を提出。同日、同会議が「安心して住み続けられる地域の公共交通としての鉄道交通網の確立を求める」ことを内容とする要望者を、JR北海道常務山口力に提出した。
2016年（平成28年）2月17日、会計検査院は「経営安定基金運用収益への依存度が高いJR北海道およびJR四国では、景気の後退等の外部的な要因の影響を受けている状況が見受けられた」と指摘した上で、「輸送密度が低迷している線区等の経営状況を提示できるように整理しておくこと」「多額な経営安定基金資産の時価評価差額については、修繕や設備投資を計画的に行うための財源とする」など、廃止路線議論環境の整備と基金取り崩しを財源とする設備投資を求める「北海道、四国、九州各旅客鉄道株式会社の経営状況等についての報告書（会計検査院法第30条の2に基づく国会及び内閣への随時報告）を公表した。
2016年（平成28年） 4月8日、JR北海道は留萌駅 - 増毛駅間の最終運行日を「2016年12月4日」とする意向を増毛町に提案し、増毛町は「生徒はすべてバス通学となり、まちの過疎化で利用者は激減し、鉄道は地域の足としての機能を失った」「観光には大きな痛手だが受けざるを得ない」としてそれを受け入れた。同月18日には留萌市も「極度に利用の少ない路線で安全性を保つのは厳しい」として廃止に同意した。同月28日、JR北海道は留萌駅 - 増毛駅間の鉄道事業廃止届を国土交通省に提出した。この届け出では、廃止予定日は届出書提出日の1年後に当たる「2017年4月29日」とされたが、同年6月9日に行った北海道運輸局による聴取の結果、廃止予定日の繰り上げが認められたため、同年6月28日に改めて廃止予定日繰上げの届け出が行われ、予定通り2016年（平成28年） 12月4日が最終運行日となり、翌5日が廃止日となることが決定した。
留萌駅 - 増毛駅間の廃止に向けて、2016年（平成28年）6月10日からは留萌駅 - 増毛駅間の記念入場券（硬券）と記念乗車券（常備券）が深川駅・留萌駅で発売されたほか、同年11月3日 - 11月20日の土曜・日曜・祝日（2両編成）と11月23日 - 12月4日の毎日（3両編成）、旭川駅 - 増毛駅間と留萌駅 - 増毛駅間にそれぞれ1往復ずつ臨時列車が設定された（停車駅は旭川駅、深川駅、留萌駅、増毛駅）。
留萌駅 - 増毛駅間の廃止方針が打ち出される直前の2015年（平成27年）10月から、同区間の無人駅で「駅名標広告」や「きっぷ運賃表」複数が盗まれるなどの被害が発生。さらに2016年（平成28年）5月17日には留萌駅構内に停車中の回送列車から運賃表示を行う系統設定器、車内放送を記録している音声合成装置、それを流すための自動放送装置操作盤が盗まれた。これを受けて、留萌警察署は同年11月11日から同署の管轄区域である峠下駅 - 留萌駅 - 増毛駅間の各駅に啓発ポスターを設置した。
廃線後、増毛駅舎などが増毛町に無償譲渡され、旧増毛駅は観光施設として活用されている。それ以外の区間では駅舎やプラットホームの撤去などが進められた。また、留萌駅から信砂川（ノブシャ川）橋りょう（増毛町）までの区間は2021年度（令和3年度）中に留萌市へ無償譲渡された。JR北海道及びJR貨物が施設の撤去費用相当額を負担し、瀬越駅舎や礼受駅舎などの設備が撤去された。なお、廃止区間にあるトンネル内において、2019年（令和元年）にJR北海道が点検用ドローンを飛ばす実験を行ったことがある「ドローンで点検 JRの実験進む」NHK 北海道のニュース（日本放送協会、2019年10月20日）. オリジナルの2019年10月20日時点によるアーカイブ。 2019年12月27日閲覧。。
深川駅 - 石狩沼田駅 - 留萌駅間の廃止
留萌駅 - 増毛駅間の廃止に向けて検討が進められる中、深川駅 - 留萌駅間について留萌市は2016年（平成28年）4月18日時点で「（存続する）留萌 - 深川間の沿線自治体と意見交換し、JRの利用頻度を高めたい」とし、存続に向け努力する考えを強調していたが、半年後の2016年（平成28年）10月25日にJR北海道が廃止およびバス転換を検討していることが『北海道新聞』で報道された。これについてはJR北海道が同年11月16日の記者会見で正式に認めた。
2016年7月29日、JR北海道が駅廃止や列車見直しによる経費節減、運賃値上げによる応分負担、上下分離方式の導入などを検討内容とする『「持続可能な交通体系のあり方」について』を公表し、地方路線の整理廃止を加速させる意向を表明した。
同日、北海道知事高橋はるみはJR北海道の記者会見を受け「見込まれる巨額の経常赤字を線区の見直しだけで解消しようとすれば、本道の公共交通ネットワークにあまりにも大きな影響を及ぼす」「自助努力のみで経営の再生を図っていくことは困難で、国に対し早急に必要な要請を行うとともに、地域公共交通検討会議において本道の交通ネットワークのあり方について検討を加速する」などとコメントしたが、路線名を示す形で「路線廃止に反対」の言葉を発することは無かった。
2016年8月2日、民進党北海道総支部連合会は「民進党北海道JR北海道路線維持対策本部」（本部長荒井聰）を8月3日に設置することを決定。同日、道議会民進党は「道議会民進党JR北海道路線維持対策プロジェクトチーム（三津丈夫座長）」を設置した。
2016年9月21日、留萌市議会が「税制特例措置の適用延長は必須」との意見を付した『JR北海道・JR四国・JR貨物に係る税制特例の恒久化等を求める意見書』を可決。
2016年10月24日、民進党北海道の「JR北海道路線維持対策本部」が、JR北海道・北海道運輸局・北海道に対し要請行動を実施し、要請書を手渡した。
2016年10月28日、北海道知事が定例記者会見で地域公共交通検討会議の下に鉄道ネットワークワーキングチーム (WT) を設置すると発表。知事がJR北海道に対して「一連の報道で地域に不安が広がっていることは大変遺憾、地域の不信を招かないよう慎重に対応していただきたい」との申し入れを行ったと説明した。しかし「JR北海道の事業範囲の見直しということについては、そういうこともあり得るかなという思いもある」とも発言し、路線廃止に一定の理解を示した。また知事は、「ワーキングチームは個別の路線の話などにまで踏み込んだものを想定しているのか」との日本経済新聞記者の質問に、知事は「性格上難しいと思う」と述べ、鉄道ネットワークワーキングチームが路線名を示して路線廃止反対を求めることは困難との認識を示した。
2016年11月18日、JR北海道は『当社では維持することが困難な線区について』など路線廃止関連文書を発表、深川 - 留萌間は「極端にご利用が少ない線区」との認識を示した。JR北海道が2018年に出した試算によれば、深川駅 - 留萌駅間を存続させる場合、沿線4市町の負担額は年間約9億円に上るとされたほか、深川駅 - 石狩沼田駅間を存続させる場合でも年間約3億円の損失が見込まれている。
同日、高橋はるみ知事はJR北海道の記者会見を受け「バス等への転換を前提として相談を行う考えが示された3線区については、これまで沿線自治体の方々から寄せられているご意見などを十分踏まえながら、慎重かつ真摯な対話を行うことが不可欠です」とコメントし、留萌本線廃止容認に含みをもたせる認識を示した。
2019年11月26日、留萌市が国や北海道からの助成がなければ、深川駅 - 留萌駅間を存続させるのは難しいとの認識を示した。また、同区間を存続させる場合、留萌市の負担額が年間6億円が見込まれるとの試算を示した。
2020年8月18日、沿線4市町が沼田町 - 留萌市間の廃止・バス転換を行うことを容認し、通学などの利用が多い深川市 - 沼田町間は存続を目指すことを決めた。これに対してJR北海道は、「全線廃止が最適な公共交通のまちづくりの姿」と述べ、部分存続に対して慎重な姿勢を示した。その後、同年10月2日にも沿線4市町による会議が開かれ、JR北海道が、深川駅 - 石狩沼田駅間を存続させる場合、前述した年間約3億円の損失のほか、折り返し設備の整備費として約4000万円が見込まれるとした。また、この会議では、沼田町が留萌駅寄りの恵比島駅まで存続したい意向を示した。なお、2021年2月14日付『北海道新聞』では、一部区間を存続させる場合の沿線自治体の負担額として、深川駅 - 石狩沼田駅間は年間3億4500万円、深川駅 - 恵比島駅間は年間3億8800万円であるほか、それらに加えてどちらの区間においても初期費用として4000万円が見込まれると報道している。
住民側では任意団体「留萌線まだ乗り隊?」を2020年に結成し、存廃について問うアンケート調査などの活動を行った留萌線存廃問う団体「まだ乗り隊？」結成 市民にアンケ『読売新聞』朝刊2020年9月18日（北海道面）※ネット閲覧は要会員登録 。
2021年2月2日、JR北海道と沿線4町が、秩父別町で会議を開催し、JR北海道は沿線4市町に対して、深川市 - 沼田町間の部分存続については難しいとの意向を正式に通達した。またこの会議の後、留萌市が存続協議から一時的に離脱する事態となった（後に復帰）。
2022年7月21日にJR北海道は、石狩沼田駅 - 留萌駅間を2023年3月末で廃止し、深川駅 - 石狩沼田駅間をその後地元負担なしで3年間存続させた上で、2026年3月末に廃止する案を沿線4市町に提案。同年8月30日に沿線4市町がこの案を受け入れることで合意し、2段階での廃止が事実上決定した。
廃止合意後の2022年9月9日、JR北海道が国土交通大臣宛てに石狩沼田駅 - 留萌駅間の鉄道事業廃止届を提出した。この届け出では、石狩沼田駅 - 留萌駅間の廃止予定日は届出書提出日の1年後に当たる「2023年9月30日」とされていたが、北海道運輸局の聴取が同年11月11日に行われ、意見聴取後の同年12月1日に繰り上げが認められたため、同年12月9日に廃止日を合意通り「2023年4月1日」へ繰り上げる届け出が行われた。最終運行日の2023年3月31日は全列車4両編成で運行、恵比島駅・留萌駅ではお別れセレモニーが開催され、翌日の2023年（令和5年）4月1日に石狩沼田駅 - 留萌駅間が廃止された。この時点で留萌振興局管内から鉄道路線が消滅したほか旧・留萌支庁管内では幌延町を宗谷本線が通るが、振興局への改組時に同町は宗谷総合振興局へ移管されている。、「本線」を名乗るJR線としては最も距離の短い路線（14.4km）となった。
2025年3月28日、JR北海道は2022年の沿線自治体との合意に基づき、国土交通大臣宛てに深川駅 - 石狩沼田駅間の鉄道事業廃止届を提出した。2026年（令和8年）4月1日付で、深川駅 - 石狩沼田駅間も廃止され、「本線」を名乗るJR線では名寄本線に次ぐ全線廃止、JR線全体でも三江線以来の全線廃止となった。
年表 民営化以前 1910年（明治43年）11月23日：官設鉄道留萠線として、深川駅 - 留萠駅間（31.1 M≒50.1 km）が開業。同区間に筑紫駅・、沼田駅、恵比島駅、峠下駅、幌糠駅、藤山駅、大和田駅、留萠駅を新設。 1921年（大正10年）11月5日：留萠駅 - 増毛駅間（10.4 M≒16.7 km）が延伸開業。同区間に礼受駅、舎熊駅、増毛駅を新設。 1924年（大正13年）4月25日：沼田駅が石狩沼田駅に改称。 1926年（大正15年）7月1日：瀬越仮乗降場を新設。 1927年（昭和2年）10月25日：留萠駅 - 東留萠信号場 - 大椴駅間 (19.6 km) が延伸開業（のちに羽幌線に編入）。同区間に東留萠信号場、三泊駅、小平駅、大椴駅を新設。東留萠信号場 - 留萠駅間 (1.3 km) が留萠本線・羽幌線の重複区間となる。 1928年（昭和3年）10月10日：大椴駅 - 鬼鹿駅間 (8.9 km) が延伸開業（のちに羽幌線に編入）。同区間に鬼鹿駅を新設。 1931年（昭和6年） 8月15日：鬼鹿駅 - 古丹別駅間 (15.6 km) が延伸開業（のちに羽幌線に編入）。同区間に力昼駅、古丹別駅を新設。 10月10日：留萠駅 - 東留萠信号場 - 古丹別駅間 (44.1 km) が留萠線から分離され、羽幌線に改称。深川駅 - 留萠駅 - 増毛駅間 (66.8 km) を留萠本線に改称。 1941年（昭和16年）12月9日：羽幌線の新線付け替えに伴い、留萠駅の構内配線を変更。東留萠信号場を廃止し、東留萠信号場 - 留萠駅間 (1.3 km) の重複区間が解消される。 1946年（昭和21年）3月14日：礼受駅 - 舎熊駅間の信砂川橋梁で、下り列車最後尾の客車が雪害により脱線して河川中に転落。死者17名、負傷者67名。 1949年（昭和24年）6月1日：日本国有鉄道法施行に伴い、日本国有鉄道（国鉄）に移管。 1954年（昭和29年）11月10日：筑紫駅が秩父別駅に改称。 1955年（昭和30年）7月20日：北一己駅を新設。 1956年（昭和31年） 7月1日：北秩父別仮乗降場、真布仮乗降場を新設。 11月19日：気動車による運行を開始 1961年（昭和36年） 1月15日：小樽駅・札幌駅 - 留萠駅 - 築別駅間（函館本線・留萠本線・羽幌線経由）の準急「るもい」が1往復運行開始（下りは小樽発、上りは札幌行き）。 10月1日：準急「るもい」が、往復とも小樽駅発着になる。 1962年（昭和37年） 5月1日：札幌駅 - 留萠駅 - 幌延駅間（函館本線・留萠本線・羽幌線経由）の急行「はぼろ」が1往復運行開始。また、準急「るもい」の運行区間を小樽駅 - 留萠駅 - 増毛駅間（函館本線・留萠本線経由）に変更し、羽幌線への乗り入れがなくなる。 1963年（昭和38年） 12月1日：東幌糠仮乗降場、桜庭仮乗降場、阿分仮乗降場、信砂仮乗降場、朱文別仮乗降場、箸別仮乗降場を新設。客貨混合列車を廃止し、客貨分離を達成。全ての列車が気動車による運行となる。 また、準急「るもい」の運行区間を旭川駅 - 留萠駅 - 幌延駅間（函館本線・留萠本線・羽幌線経由）に変更し、2往復（下り2号と上り列車は幌延駅発着、下り1号は築別駅発着）とする。いずれも函館本線・留萠本線内（旭川駅 - 留萠駅間）のみ準急、羽幌線内（留萠駅 - 築別駅・幌延駅間）は普通列車として運行する。札幌駅直通準急の名称を「かむい」に変更。 1965年（昭和40年）10月1日：準急「かむい」の当線直通列車の名称が「ましけ」に変更。 1966年（昭和41年）3月5日：準急行列車制度変更に伴い、「るもい」「ましけ」が急行列車に変更。「るもい」は築別発着と幌延発着が1往復ずつの2往復体制となる。 1967年（昭和42年）10月1日：急行「るもい」のうち、下り1号を留萠止まりとし、羽幌線直通は下り2号と上り1・2号とする。 1968年（昭和43年）10月1日：急行「ましけ」の留萠駅 - 増毛駅間を普通列車化。また、下り列車始発駅を手稲駅に変更。急行「るもい」の羽幌線直通が2往復に戻る。 1969年（昭和44年）10月1日：瀬越仮乗降場が瀬越臨時乗降場となる。 1970年（昭和45年）10月1日：急行「ましけ」の上り終着駅を手稲駅に変更。 1971年（昭和46年）7月1日：急行「ましけ」の札幌駅→小樽駅間が快速列車化され、下り列車の始発駅が手稲駅から札幌駅に変更。 1972年（昭和47年）3月15日：急行「るもい」のうち、下り1号を再び留萠駅止まりに戻し、羽幌線直通は下り2号と上り1・2号となる。 1978年（昭和53年）10月2日：留萠駅 - 増毛駅間の貨物営業が廃止。 1980年（昭和55年）10月1日：急行「ましけ」が廃止。 1984年（昭和59年）2月1日： 上り急行「るもい」が廃止。「るもい」は下り（旭川駅発留萠駅行き）のみの運転となり、羽幌線への乗り入れがなくなる。 1986年（昭和61年）11月1日：急行「るもい」「はぼろ」の廃止に伴い、優等列車の設定がなくなる。
民営化後 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、北海道旅客鉄道（JR北海道）が第一種鉄道事業者として全線を承継。日本貨物鉄道（JR貨物）が深川駅 - 留萠駅間の第二種鉄道事業者となり、JR貨物の留萠駅（貨物駅）を新設。北秩父別仮乗降場が北秩父別駅、真布仮乗降場が真布駅、東幌糠仮乗降場が東幌糠駅、桜庭仮乗降場が桜庭駅、瀬越臨時乗降場が瀬越駅、阿分仮乗降場が阿分駅、信砂仮乗降場が信砂駅、朱文別仮乗降場が朱文別駅、箸別仮乗降場が箸別駅となる。 1989年（平成元年）7月23日：（臨）浜中海水浴場駅を開設。おおむね7月下旬から8月上旬までの期間限定で営業。 1990年（平成2年） 3月10日：北秩父別駅・真布駅、東幌糠駅、桜庭駅、瀬越駅、阿分駅、信砂駅、朱文別駅、箸別駅に営業キロを設定。快速「るもい」が下り旭川駅 - 増毛駅間、上り留萠駅 - 深川駅間に1往復で運転開始。 10月1日：桜庭駅を廃止 1991年（平成3年）3月16日：全列車ワンマン運転化。 1993年（平成5年）2月：信砂駅を増毛方に42 m 移設。 1995年（平成7年） 4月1日：快速「るもい」が廃止。 8月8日：浜中海水浴場駅を廃止。 1997年（平成9年） 3月：深川駅 - 峠下駅間がタブレット閉塞式から特殊自動閉塞式に変更。 4月1日：路線名を留萌本線に改称。留萠駅の漢字表記を留萌駅に変更。北一己（きたいちゃん）駅が北一已（きたいちやん）駅に変更もともとは「北一已」が正当な表記だが、基本計画では「北一己」と表記されていた。。 1998年（平成10年） 3月：峠下駅 - 留萌駅間がタブレット閉塞式から特殊自動閉塞式に変更。 1999年（平成11年）4月1日：JR貨物が深川駅 - 留萌駅間の第二種鉄道事業を廃止。JR貨物の留萌駅を廃止。 2005年（平成17年）3月22日：箸別駅 - 増毛駅間で、線路脇の斜面で発生した雪崩に列車が乗り上げ脱線する事故が発生、死傷者なし。 2006年（平成18年）3月18日：東幌糠駅を廃止。 2007年（平成19年） 5月9日：秩父別駅で通学の高校生ら26人が満員状態の列車に乗車できず、タクシーで代行輸送された（詳細は「秩父別駅#その他」参照）。 10月1日：深川駅に駅番号を設定。 2010年（平成22年） 8月22日：深川駅 - 留萌駅間の開業100周年を記念して、深川駅 - 増毛駅間に団体臨時列車「留萌本線開業100周年記念号」を運行。使用車両は14系客車による3両編成。 11月3日：深川駅 - 留萌駅間の開業100周年を記念して、深川駅 - 増毛駅間に団体臨時列車「お座敷特急・留萌本線100年号」を運行。使用車両はキハ183系6000番台による3両編成。 2012年（平成24年）3月7日：箸別駅 - 増毛駅間で、線路脇の斜面から崩れ落ちた雪と土砂に列車が乗り上げ脱線する事故が発生、死傷者なし。 2013年（平成25年）1月3日：記録的な大雪により全面運休。深川駅 - 留萌駅間は8日に復旧。留萌駅 - 増毛駅間は17日に復旧。雪による運休としては異例の15日間に及ぶ運休となった。 2014年（平成26年）3月12日：留萌駅 - 増毛駅間の9駅に海抜表示板を設置。 2015年（平成27年） 2月23日：この日以降、留萌駅 - 増毛駅間で、雪崩および斜面崩壊の危険があることから終日運転見合わせ。この時点では代行輸送は行われなかった。 3月25日：2月23日からの留萌駅 - 増毛駅間の運転見合わせが長期化したため、並行道路の路線バスが運行されていない時間帯に下り1本・上り2本のタクシー代行を開始。 4月29日：留萌駅 - 増毛駅間が運転再開。 8月10日：留萌駅 - 増毛駅間を2016年（平成28年）度までに廃止することを留萌市長と増毛町長に正式に伝達。 2016年（平成28年） 2月12日：留萌駅 - 増毛駅間が気温上昇により雪崩の恐れがあるため、同日の始発列車から当面の間終日運休。並行道路の路線バスが運行されていない時間帯に下り1本・上り2本のバス・タクシー代行を実施。 2月28日：留萌駅 - 増毛駅間の代行バス・タクシーの時刻・乗降場所を一部変更。 4月28日：留萌駅 - 増毛駅間が運転再開。JR北海道が国土交通大臣宛てに留萌駅 - 増毛駅間の鉄道事業廃止届を提出。 6月28日：6月9日に行った北海道運輸局による聴取の結果、留萌駅 - 増毛駅間の廃止予定日繰り上げが認められたことから、JR北海道が留萌駅 - 増毛駅間の廃止予定日繰上げの届け出を国土交通省に提出。 11月3日 - 12月4日：旭川駅 - 増毛駅間と留萌駅 - 増毛駅間にそれぞれ1往復ずつ臨時列車を運転。11月3日 - 11月20日は2両編成で土曜・日曜・祝日運転、11月23日 - 12月4日は3両編成で毎日運転。停車駅は旭川駅・深川駅・留萌駅・増毛駅のみ。 11月18日：JR北海道が『「当社単独では維持することが困難な線区」について』を公表し、留萌本線を「輸送密度200人未満（片道100人未満）の線区」に分類。 12月5日：留萌駅 - 増毛駅間 (16.7 km) の運輸営業を廃止。同区間の瀬越駅、礼受駅、阿分駅、信砂駅、舎熊駅、朱文別駅、箸別駅、増毛駅が廃止。 2018年（平成30年） 6月17日：JR北海道が『JR北海道グループの「経営再生の見通し」(案)』を発表。深川駅 - 留萌駅間（全線）を2020年度を目処に廃止する方針を示す。