有機農業（ゆうきのうぎょう、）は、化学肥料・化学合成農薬や遺伝子組換え技術を用いずに健全な農業生態系を促進・強化する農業。有機農法、有機栽培、オーガニック農業、オーガニック農法、オーガニック栽培などとも呼ばれる。
定義 国際機関等 IFOAM（国際有機農業運動連盟）による「有機農業の原則」は、予防的管理、伝統的知識、社会的・生態学的公正など幅広い内容を含んでいる。同連盟によると、有機農業の役割は、生産、加工、流通、消費のいずれにおいても、生態系および、土壌の最も小さい生物から人間に至る有機体の、健全性を持続し強化することである。多くの国では、特例を除いて家畜への投薬を禁じている。また、有機農業は、フェアトレードや環境管理（environmental stewardship）といった文化的実践の上にある原理への賛同とも関係があるこれは全ての有機農場・有機農業者に当てはまるわけではない。。
一方、国際連合食糧農業機関（FAO）と世界保健機関（WHO）が定めた『有機的に生産される食品の生産、加工、表示及び販売に係るガイドライン』（通称「コーデックスガイドライン」）も、世界的に共通して採用されている。日本のガイドライン（有機農産物の日本農林規格）はコーデックスガイドラインを基に作成されたため、基本的に有機農業の定義を同じくしている。ただし、有機農産物の認定は日本では農家の申請によるのに対し、海外では生産時だけでなく収穫時や輸送中も含めて化学肥料、農薬、遺伝子組換え品種の非混入の客観的な証明を要する。
アメリカ合衆国、ブルガリア、アイスランド、ノルウェイ、ルーマニア、スイス、トルコ、オーストラリア、インド、日本、フィリピン、韓国、台湾、タイ、アルゼンチン、コスタリカ、チュニジア、そして欧州連合（EU）など、多くの国々・地域では、有機農業は法律によっても定義されているので、農業や食品製造における「有機」という単語の商用利用は、政府によって統制されている。法律が存在する場合、有機であるという認定は有料で行われる。無認可の農場にとって、自分自身あるいは自分の生産物を有機であると称することは違法ということになる。カナダにおいては、法律は整備されていないが、任意の認定が可能である。 アメリカ合衆国農務省（USDA）等による有機農業の基準は、遺伝子組換え品種を禁じていない。
日本 「有機農業の推進に関する法律」（平成18年法律第112号）の第二条において、有機農業は「化学的に合成された肥料及び農薬を使用しないこと並びに遺伝子組換え技術を利用しないことを基本として、農業生産に由来する環境への負荷をできる限り低減した農業生産の方法を用いて行われる農業」と定義されている。
農林水産省の「有機農産物の日本農林規格」 では、有機農業で生産された農産物（有機農産物）は次のように定義されている。 有機農産物 有機農産物：農薬と化学肥料を3年以上使用しない田畑で、栽培したもの。 転換期中有機農産物：同6ヶ月以上、栽培したもの。 特別栽培農産物 無農薬栽培農産物：農薬を使用せずに栽培したもの。 無化学肥料栽培農産物：化学肥料を使用せずに栽培したもの 減農薬栽培農産物：その地域での使用回数の5割以下しか農薬を使わずに栽培したもの。 減化学肥料農産物：同化学肥料を使わずに栽培したもの。
有機JAS規格では有機農産物を「生産から消費までの過程を通じて化学肥料・農薬などの合成化学物質や生物薬剤、放射性物質、遺伝子組換え種子及び生産物等をまったく使用せず、その地域の資源をできるだけ活用し、自然が本来有する生産力を尊重した方法で生産されたもの」と定めている。
世界各地での展開 欧米 イギリスの植物学者が、1905年から1931年までインドで東洋の自然観に基づく農業を研究して、インドール方式と呼ばれる堆肥のつくり方を発表する。『農業聖典』アルバート・ハワード『農業聖典』保田茂監訳、日本有機農業研究会、2003年3月 ISBN 978-4-906640-95-9。原題 An agricultural testament（1940年）。 などの著作がある。
ドイツでは、ハワードと同時代に、神秘思想家のルドルフ・シュタイナーがバイオダイナミック農法の講演を行っていたルドルフ・シュタイナー『農業講座-農業を豊かにするための精神科学的な基礎』イザラ書房、2000年5月 ISBN 978-4-7565-0087-8。原題 Geisteswissenschaftliche Grundlagen zum Gedeihen der Landwirtschaft 1924年の講座。。
DDTの合成が1874年に初めて報告された後、1939年にスイスの化学者パウル・ヘルマン・ミュラーが殺虫作用を発見。マラリアやチフスの拡大防止に貢献したため、1948年、ミュラーはノーベル化学賞を獲得した。しかし、アメリカ合衆国では「安価な農薬（殺虫剤・除草剤）」として、農地や森林に大量空中散布が行われるようになっていた。そのため、1962年にアメリカ人女性の海洋生物学者レイチェル・カーソンが、DDTなどの毒性と人体へ残留性の強い有機化合物（残留性有機汚染物質）を大量空中散布することによる危険性を訴えた『沈黙の春』レイチェル・カーソン『沈黙の春』新潮文庫、1974年2月 ISBN 978-4-10-207401-5。原題 Silent Spring, 1962。 を出版して反響を呼ぶ。大量空中散布には、野鳥や魚介類などが被害を受けるだけでなく、「農薬」として空中散布された残留性有機汚染物質が農作物や魚介類に残留し、食物連鎖で人体に取り込まれた際に悪影響を及ぼす可能性を提起した。1972年にはアメリカ合衆国でDDTの「農薬としての使用」が禁止された。2001年に採択された残留性有機汚染物質に関するストックホルム条約でもDDTの使用が規制された。カーソンの主張に対して、当初から反対意見があり、「DDT使用規制のせいで開発途上国でのマラリア流行を防げず、数百万人が命を落とした」として非難の声もる。先にDDTの新しい結晶多形についてAngewandte Chemie International Edition（ACIE）で報告したニューヨーク大学のMichael Ward、Bart Kahr両教授らはDDTの功罪を再評価し、双方の主張の是非を検討したエッセイを発表している。WHOはDDTについて、「保健衛生の目的」に限定し、耐性を持つ害虫発生を防止するために他の殺虫剤と交互での使用を推奨している。
1972年、国際有機農業運動連盟（IFOAM、アイフォーム、International Federation of Organic Agriculture Movements）が設立される。
1989年1月7日、チャールズ3世（当時皇太子）は、自分の領地では有機農業を行うと宣言し、また自ら所有する家庭菜園でも有機農法を実践している津野志摩子『恐るべき食品添加物と問題児 イギリスのホールフード運動』バーディ出版、1989年11月、9頁。ISBN 978-4-7918-0466-5。
1990年には突然変異原性の検出法エームズ試験の開発で有名なエームズ博士らによって、無農薬や低農薬農法を用いた農作物では病害虫防除が不十分なために病害虫に抵抗するため、植物自体が作る天然化学物質の方が残留農薬などよりも遙かに毒性が強いという報告が出されている。
2007年に『ニューヨーク・タイムズ』は、「虫は害虫か、人間なのか？（Organic Lawns Take Hold?）」という記事にて、有機園芸の技術が特定の法律や管理計画によっても要求されるとし、芝生を有機的に維持するためにも使用されると主張した。20世紀後半から、アメリカ合衆国の一部の大規模な不動産や自治体では、公共および民間の公園や敷地の維持管理に有機芝生管理や有機園芸を要求していると報道している。
キューバ キューバではアメリカによる経済制裁により燃料や化学肥料の輸入が難しくなったことから、これらはプランテーションで得られる砂糖と引き換えにソ連から得ていた。しかしソ連の崩壊とアメリカの制裁強化により入手が困難となったため、オルガノポニコと呼ばれる農業機械を使わない有機農法による都市農業のシステムを推進した。規模の大きい農園でも燃料が必要なトラクターに代わり牛が鋤を引いている例もある。
中国 中国における有機農業は1990年代に始まったとされる。2013年の中国の有機栽培面積は128.7万平方キロメートルとなっている。しかし、2016年の中国の有機食品の総生産量は、国内生産農作物全体の僅か0.2%である。ただし、中国国内の有機食品販売額が食品販売額総額に占める割合は、2007年の0.36%から2013年には1.34%にまで伸びている。
2016年の中国における有機農業の生産面積は中国国内の耕地面積の0.9%に過ぎなかった。それでも中国は耕地面積自体が世界的に広い国であるため、0.9%でも272万ヘクタールあり、世界第4位となっている。また、有機製品の国内取引額は約800億元、年間輸出額は約4億ドルである。2016年時点の中国の有機製品の認証機構数は24である。
生産モデル 中国における有機農業は1990年代に始まり、各地域の資源的優位や技術的条件から4つの主要なモデルが形成されている。 政府主導型 政府が農地の区域の設定、土地の移動、ブランド開拓、科学技術的サポート、研究開発、品質管理等で大規模な援助を行うモデル。 リーディングカンパニー牽引型 農産物の加工企業やマーケティング企業が主導して生産、加工、販売など一体化経営を行う経済共同体を形成するモデル。 特徴的産業グレードアップ型 伝統的で特徴的な農産物の生産で、有機農業によって経済効果と生態保護を相互補完するモデル。 環境保護推進型 生態環境の保護や環境汚染問題の解決のために始まったもので、有機農業による余暇観光農業などで、農民生産や生活方式の転換を行うモデル。
北京・上海地域では野菜類の農作物栽培が主に発展し、有機肥料を用いた栽培で政府から補助金を得ながら旅行業と伝統農業が結合するなど、都市農業の新たなモデルになっている。
日本 1930年代に福岡正信や宗教家の岡田茂吉が、農作業の大部分を自然に任せる自然農法を開始した。また、マクロビオティック（陰陽論を交えた食事法・思想）の創始者である桜沢如一が1941年に農薬や化学肥料を使った農法に対する問題提起を行った桜沢如一『我が生命線爆破さる:「農業の秩序」の序編』無双原理構究所、1941年8月。
1961年に農業基本法が制定され、化学肥料や化学合成農薬の使用が大きく推進されることとなった。これは、農地の単位面積あたりの収量を大幅に増大させるためである。しかし、後述する理由により化学合成基質の使用が問題視する者も現れ、化学合成基質を使用しない有機農業が生じる背景となった。
「有機農業」という言葉自体は、1971年に農協役員の一楽照雄（1906年 - 1994年）が考案したものである。既にこの時、日本の農業政策は、狭い土地でも多くの生産量が可能となる化学肥料や化学合成農薬の使用を前提とした慣行農業による食糧増産路線を進み、日本の農村から有機農業への関心は失われていた。一楽は、経済合理主義によって推進されていた農業の近代化に対して疑問を持ち、近代農業は農薬や化学肥料の毒性の問題だけでなく、農民の生活基盤を破壊する思想そのものが人間社会や自然生態系の存続を危機に陥れかねないと考えた。経済の領域を超えたあるべき姿の農業、「豊かな地力と多様な生態系に支えられた土壌から生み出された健康的で食味の良い食べ物を通して、自立した生産者と消費者が密接に結び付き、それにより地域の社会や文化の発展と、安定した永続的で幸福な生活の実現を図る」ことを目指し、こうした社会全体の大きな変革の基礎となる農業のあり方を「有機農業」と名付けた。同時にこうした社会運動の母体とし、同年に「日本有機農業研究会」を設立し、同研究会を農業者、消費者、研究者や行政が同じテーブルについて対話する核として位置づけた。以降、有機農業という言葉は徐々には広まったが、農薬や化学肥料を支持する人が大多数を占める状況の中で、当初に有機農業を志す農業者は奇人・変人扱いされ、集落の共同体から排除されることもしばしばあったとされる。有機農業家によると、経済優先主義による環境破壊が顕著になってきたため、1980年代に入ると、先駆的な有機農業者と消費者たちの努力が徐々に認められるようになっていったと語っている。1987年に有機米の公認（特別栽培米）、1991年に有機栽培のガイドラインが制定された。
なお、自然科学の術語としての「有機」は、一般に有機化合物に帰着する。農業の展開を吟味すべき時代に盛んだった化学肥料が無機的だったこととは幾分異なり、古典的な肥料は堆肥などだったことから象徴的に「有機」という単語が用いられた。したがって有機農業を省略して「有機」としてしまうと意味が通じないとの見方もある。たとえば、有機食品という語は「有機農業で栽培された食品」を指して使われているが、食品の大部分は有機質であるため不適切との考え方もある。
1990年代から有機農業と減農薬農業の研究が本格的に始まった。有機農業に関する研究は、ここまでの時期には、(農薬の未使用なども含めた）有機農業の効果よりも、有機資材の施用の効果、すなわち無機肥料の施用との比較や、無機肥料の施用により生じた土壌浸食の防止、土壌物性の改善等が中心であった。この頃、米国でLISA（Low lnput Sustainable Agriculture）が提唱された。日本でも、1992年に農林水産省が『新しい食料・農業・農村政策の方向（新政策）』の中で、生態系と調和した持続可能な「環境保全型農業」を提唱した。
特定非営利活動法人日本有機農業研究会は、「有機農業に関する基礎基準2000年」において「有機農業のめざすもの」として、下記の項目を挙げている。 安全で質のよい食べ物の生産 環境を守る 自然との共生 地域自給と循環 地力の維持培養 生物の多様性を守る 健全な飼養環境の保障 人権と公正な労働の保障 生産者と消費者の提携 農の価値を広め、生命尊重の社会を築く
2000年1月、日本農林規格（JAS規格）に、コーデックス委員会に準拠した「有機JAS」の規格ができた。認証されるのは、遺伝子組み換えされておらず、基本的に化学合成された農薬や肥料を避けられた食品である。2002年12月には、農薬取締法に特定農薬指定制度ができた。特定農薬は、安全性の明らかなものと定義されており、通称「特定防除資材」と呼ばれる。しかし、定義が安全性の明らかなものとされているのに農薬という呼称をつけるのはどうかとの批判がある「農薬定義:アイガモ、アヒル、牛乳も？ 農水省と農家、珍論争」『毎日新聞』2003年1月30日。とはいえ、有機JASにおいては、緊急の際に特定農薬や、許可された天然に存在する物質に由来する農薬が使用されることがある。また、2009年（平成21年）8月27日の改正により、遺伝子組み換え作物に由来する堆肥の使用は当分の間、許可されることとなった。
有機JAS規格で使用が認められている物質 有機JAS規格では、以下のような天然に存在する物質の使用が許可されている。
有機肥料の他に、様々な無機肥料が認められる。それらは、草木灰、炭酸カルシウム（苦土炭酸カルシウムを含む。）、塩化加里、硫酸加里、硫酸加里苦土、天然りん鉱石、硫酸苦土、水酸化苦土、石こう、硫黄、生石灰（苦土生石灰を含む。）、消石灰、微量要素（マンガン、ほう素、鉄、銅、亜鉛、モリブデン及び塩素）、岩石を粉砕したもの、塩基性スラグ、鉱さいけい酸質肥料、よう成りん肥、塩化ナトリウム、リン酸アルミニウムカルシウム、塩化カルシウムなどであり、有機肥料しか有機農業に用いられていないということは誤解である。
使用可能な農薬は、使用条件付きもあるが、除虫菊乳剤及びピレトリン乳剤、なたね油乳剤、マシン油エアゾル、マシン油乳剤、大豆レシチン・マシン油乳デンプン水和剤、脂肪酸グリセリド乳剤、メタアルデヒド粒剤、硫黄くん煙剤、硫黄粉剤、硫黄・銅水和剤、水和硫黄剤、硫黄・大豆レシチン水和剤、石灰硫黄合剤、シイタケ菌糸体抽出物液剤、炭酸水素ナトリウム水溶剤及び重曹、炭酸水素ナトリウム・銅水和剤、銅水和剤、銅粉剤、硫酸銅、生石灰、天敵等生物農薬、性フェロモン剤、クロレラ抽出物液剤、混合生薬抽出物液剤、ワックス水和剤、展着剤、二酸化炭素剤、ケイソウ土粉剤、食酢の30種類である。
その他、有機JAS規格によれば、本来は種苗や防除資材や肥料などに組換えDNA技術を用いたものを利用できない。しかし、附則（平成18年10月27日農林水産省告示第1463号）により、特例として遺伝子組換え作物に由来する有機質肥料である堆肥を有機栽培に用いることが許可された（「遺伝子組み換え作物#遺伝子組換え作物と有機栽培」参照）。
有機農産物の品質
下表は、有機資材投入・無農薬栽培および有機資材投入と慣行農法との比較を農作物の品質について行った研究とその結果を作物別に示す。 + 慣行農法と比較した、有機資材投入・無農薬栽培および有機資材投入による農産物の品質変化の比較 農産品 栽培方法 品質変化 米 有機資材投入・無農薬栽培 デンプンの粘り、Mg/K比、食味が向上した。 無化学肥料・無農薬栽培 収量が10%程度減少した。 有機資材投入 食味、アミロース含量、Mg/K比に差がなかった。 減化学肥料・減農薬栽培 食味と収量に差がなかった。 ニンジン 有機資材投入・無農薬栽培 香気成分パターンに差はなかった。 カロチノイド含量に差はなかった。 微弱振動電磁波による評価に差がなかった。 葉中の硫黄とナトリウムが高かった。収量、ビタミンCとビタミンE、αおよびβ-カロチン、N（窒素）、P（リン）、K（カリウム）、Na（ナトリウム）、Ca（カルシウム）、Mg（マグネシウム）、S（硫黄）、Fe（鉄）、B（ホウ素）、Mn（マンガン）、Zn（亜鉛）、Cu（銅）で差がなかった。 官能試験に差があった。ビタミンC、還元糖、アミノ酸含量とその組み合わせに差がなかった。 有機資材投入 カロチン含量と日持ち性が向上した。上物収量に差はなかった。 減化学肥料・減農薬栽培 糖度、ビタミンC、β-カロチン含量に差はなかった。 大根 有機資材投入・無農薬栽培 日持ち性、香味で差があった。 香気成分パターンに差はなかった。 近赤外スペクトルで識別可能。 微弱振動電磁波による評価に差がなかった。 有機資材投入 辛み成分が低かった。上物収量に差がなかった。 有機資材（油粕）投入 外観、肉質、歩留まりが向上した。 有機資材（バーク）投入 す入りになった。 収量および土壌の陽イオン交換能が増加した。 減化学肥料・減農薬栽培 グリコシレート含量が低かった。 トマト 有機資材投入・無農薬栽培 N、P、K、Ca、ビタミンC含量および官能評価に差がなかった。 官能試験で慣行農法の評価がより高かった。 官能試験で、表面の赤みと旨みとの評価がより高かった。糖度とビタミンC含量がより高かった。リコピン含量とアミノ酸含量に差はなかった。 有機資材投入 外観、肉質、歩留まりが向上した。 食味が良く、貯蔵性が高かった。 栽培年と着果位置による調査成分の変動が大きかった。 果色、糖、酸度、ビタミンCに差がなかった。 ホウレンソウ 有機資材投入・無農薬栽培 葉色と硝酸含量に差があった。ビタミンC、シュウ酸、日持ち性、無機成分含量に差がなかった。 官能試験と日持ち性に差があった。 水分、ビタミンC、糖分、硝酸、シュウ酸含量、日持ち性に差がなかった。 有機資材投入 食味に差がなかった。 還元糖含量は高く、硝酸態窒素含量は低かった。 キャベツ 有機資材投入・無農薬栽培 収量、ビタミンCとE、αおよびβ-カロチン、N、P、K、Na、Ca、Mg、S、Fe、B、Mn、Zn、Cuで差がなかった。 腫瘍壊死因子(TNF-α)産生誘導とキノンレダクターゼ(肝解毒酵素)活性と関連は認められなかった。 有機資材投入 収量と土壌の陽イオン濃度が増加。 還元糖含量は高く、硝酸態窒素含量は低かった。 外観、肉質、歩留まりが向上した。 レタス 有機資材投入・無農薬栽培 N、P、K、Ca、ビタミンC含量と官能的評価に差がなかった。 有機資材投入 糖含量と貯蔵性が高かった。 外観、肉質、歩留まりが向上。 還元糖含量は高く、硝酸態窒素含量は低かった。 ジャガイモ 有機資材投入・無農薬栽培 N、P、K、Ca、ビタミンC含量と官能的評価に差がなかった。 有機資材投入 内部品質(ビタミンC・タンパク質・遊離アミノ酸含量、デンプン価、乾物率)に差がなかった。 白菜 有機資材投入・無農薬栽培 香気成分パターンに差はなかった。 近赤外スペクトルで識別可能。 微弱振動電磁波による評価に差がなかった。 紫外線の蛍光写真で差がなかった。 葉ネギ 有機資材投入・無農薬栽培 葉色と硝酸含量に差があった。ビタミンC、シュウ酸、日持ち性、無機成分含量に差がなかった。 タマネギ 有機資材投入・無農薬栽培 フラボノイド含量に差がなかった。 N、P、K、Ca、ビタミンCの含量と官能評価に差がなかった。 微弱振動電磁波による評価に差がなかった サツマイモ 有機資材投入・無農薬栽培 香気成分パターンに差はなかった。 クロロゲン含量に差はなかった。 微弱振動電磁波による評価に差がなかった。 近赤外スペクトルで識別可能。 メイズ 有機資材投入・無農薬栽培 収量が10%減少したが、タンパク質含量が低下し、アミノ酸組成は変化しなかった。 タイム 有機資材投入・無農薬栽培 活性成分含量は作物ごとのばらつきが大きかった。乾燥重量は慣行農法のほうが高かった。 カモミール 有機資材投入・無農薬栽培 活性成分含量は作物ごとのばらつきが大きかった。乾燥重量は慣行農法のほうが高かった。 エンドウ 有機資材投入・無農薬栽培 N、P、K、Ca、ビタミンCの含量と官能評価に差がなかった。 ペッパー 有機資材投入・無農薬栽培 N、P、K、Ca、ビタミンCの含量と官能評価に差がなかった。 イチゴ 有機資材投入・無農薬栽培 日持ち性と香味で差があった。 ブロッコリー 有機資材投入・無農薬栽培 微弱振動電磁波による評価に差がなかった。 ナス 有機資材投入 外観、肉質、歩留まりが向上。 チンゲンサイ 有機資材投入 還元糖含量は高く、硝酸態窒素含量は低かった。 温州みかん 有機資材投入 収量と糖度が高かった。ただし、病害虫により品質が低下した。酸度、果実重、果実比重、果皮色に差はなかった。土壌物性の改善効果は認められなかった。 茶 有機資材投入 官能評価、収量、全窒素含量に差がなかった。 小麦 有機資材投入 タンパク質含量が低かった。 収量と土壌物性が向上した。 大豆 有機資材投入 収量と土壌物性が向上した。 ネットメロン 有機資材投入 遊離アミノ酸含量が低かった。 キュウリ 有機資材(油粕)投入 外観、肉質、歩留まりが向上。 有機資材（バーク堆肥）投入 形状不良。
2006年12月、「有機農業の推進に関する法律」 が制定・施行された。またそれを受け、2007年4月には「有機農業の推進に関する基本的な方針」が公表された。これにより、日本の法制度のもとでは規制の対象としか見られてこなかった有機農業が、法律によって推進されることとなった。
有機農産物認定事業者の数は、2002年（平成14年）6月時点で3639戸、平成15年5月時点で4273戸、平成16年3月時点で4453戸、平成17年3月で4664戸、平成18年3月時点で4611戸、平成18年9月時点で5104戸と、増加傾向にあるといえる。
日本政府は2021年5月にまとめている「みどりの食料システム戦略において、有機農業を営む農地を2050年までに全体の25%に拡大する目標を掲げた。2020年4月時点の有機JAS圃場は全耕地の0.27%にとどまる。農薬などを使う慣行栽培への信頼度が高いこと、見た目の不揃いが出やすいことへの消費者の理解などが課題として指摘されている「有機農産物国内シェア1%未満／消費者の理解不可欠－流通網どう築く」『日本農業新聞』2021年6月4日14面。 2014年の有機食品の市場規模は、日本が約1,300億円、欧州が約3.7兆円、米国が約3.8兆円である。また、2014年の各国の農地面積に占める有機農業の面積の割合は、日本が0.3%（有機JAS）、イタリアが10.8%、ドイツが6.3%、フランスが4.1%となっている。
2022年に人工知能による病原菌発生の予測や検査キットを活用し、病気が広がる前に早期発見することで、最小限の農薬で対処する試みもある。 害虫駆除 「Powered By The People」は、害虫駆除のアプローチの違いに対して、注目すべき点があると主張している。化学園芸や慣行農業では、特定の害虫を素早く退治するために、特定の殺虫剤を適用することがある。化学的防除は短期的には害虫の個体数を劇的に減らすことができる。しかし、自然の防除昆虫や動物をやむを得ず殺してしまう、あるいは飢えさせてしまうと主張する人々からは、長期的には害虫の個体数を増加させ、問題を増大させ続けるとの意見がある。彼らは、殺虫剤や除草剤を繰り返し使用することで、抵抗力のある昆虫や植物などの自然淘汰が急速に進み、使用量を増やしたり、より強力な新しい防除剤を必要となると述べている。そのため、WHOは交互に別の農薬を使うことを推奨している。
これに対し、有機栽培は、ある程度の害虫の発生を農薬を用いないのだから仕方ないと許容する傾向がある。有機農業で害虫駆除には、害虫のライフサイクルと相互作用を十分に理解する必要があるとされ、以下のような方法が有機農業の害虫駆除と主張されているOrganic Pest and Disease Management Guide, Cornell Univ. 2009-3-8。 よい土づくり農薬や化学肥料を使っている土は、昆虫や微生物の数も少なく、農薬を使うことにより害虫を食べてくれる益虫であるテントウムシなどから数を減らしていく。一方、土壌微生物が多い土では、病害虫に負けない強い作物が育つ。有機栽培初期では病害虫の被害にも遭いやすいが、5年以上掛けてよい土づくりをすると、病害虫に負けない作物が育つようになると主張されている。 丈夫な苗の育成有機栽培では、腐葉土を使って病害虫に負けない丈夫な苗を育成することが重要となる。種まきから育苗まで用土や環境管理に気を配り、特に害虫が多い時期は、畑に直まきするよりもポットで育苗して定植するほうが、雑草や害虫に負けにくい。 マルチング株元や畝全体に紙やビニールフィルムの資材をかけて、土の表面を覆うマルチングは、さまざまな効果がある。第一には雑草の発生を抑制し、そのほかに地温を上げる、土壌の乾燥を防ぐ効果があるほか、雨天時の泥はねによる土壌からの病気を防ぐ効果があると主張されている。 栽培環境作物が丈夫に育つかどうかは栽培環境によって大きく左右される。多くの作物は日照条件がよいことが必須条件であるが、一部では半日陰の方が適している作物もある。風通しも重要で、葉が茂りすぎて風通しが悪くなると、病虫害も発生しやすくなる。適正な株間をとり、生長に合わせて間引きや整枝することが肝要である。 トンネル掛け寒冷紗や不織布などの資材で、作物を覆うようにトンネルを掛ければ、飛来してくる害虫を物理的に防ぐことができる。特に葉の食害を受けやすい作物は、苗を定植したらすぐにトンネル掛けをする。またフレームなしで直接、寒冷紗や不織布を畝に覆う「ベタ掛け」も同様の効果があると主張されている。 害虫捕殺天敵がいないウリハムシやテントウムシダマシなどの害虫が発生したら、直接手で取り除く「テデトール」（手で取ることを表現した園芸用語）が基本となる。捕殺は、虫の動きが鈍くなる早朝や夕方に行う。