上杉氏（うえすぎし、うえすぎうじ）は、武家・華族だった日本の氏族。上椙とも。
京都の公家（地下家）だった。上杉重房が、宗尊親王の関東下向に供奉して、武家になった。室町時代には、足利氏との血縁から関東管領を世襲して関東に広く勢力を広げた。
やがて、扇谷・宅間・犬懸・山内の4家に分かれ、扇谷と山内の両上杉氏が栄えたが、後北条氏との戦いで扇谷が滅ぼされ、山内当主の上杉憲政も越後へ逃れ、長尾氏出身の長尾景虎（後の上杉謙信）に家督を譲った。謙信は越後を代表する戦国大名となった。
その養子の上杉景勝は会津120万石を領し、豊臣政権で五大老になったが、関ヶ原の戦いで西軍について敗北し、出羽国米沢藩30万石に減転封された。さらに、江戸時代前期には15万石に減封された。明治維新後は華族の伯爵家に列した。
出自・概略 藤原北家勧修寺流（高藤流）の流れを汲む。鎌倉時代の中頃まで京都の下級貴族地下家の家柄であった。『続群書類従』所載「上杉系図」によれば、建長4年（1252年）に藤原北家勧修寺流支流の地下家の藤原（勧修寺）重房が、宗尊親王の鎌倉幕府将軍（皇族初の将軍）就任に従って京都から鎌倉へ下向して武家化し、丹波国何鹿郡上杉荘（現在の京都府綾部市上杉町周辺）を領して、上杉氏を称した。
重房の孫の上杉清子は、足利尊氏の生母として知られる。尊氏が室町幕府の初代将軍になると、生母の実家として上杉氏は特に重んじられた。上杉清子の兄の上杉憲房は、上野国の守護に任じられ、上杉憲房の子・上杉憲顕は、上野国の他、越後国、武蔵国の守護と関東管領になり、足利氏の姻戚として勢力を伸ばした。関東管領の職を世襲し、一門で上野・越後・武蔵・相模の4か国の守護を占める有力守護大名として栄えた。しかし、従来より鎌倉府に仕え関東に拠点のあった山内上杉氏と、当初は室町幕府に仕えて京都に居住した扇谷上杉氏が、関東の覇権をかけて内紛を起こし、長享の乱以降は次第に勢力を衰退させる。
戦国時代には関東における覇権を新興勢力である後北条氏に押され、山内上杉氏の15代当主上杉憲政は、越後の守護代であった越後長尾氏の長尾景虎（後の上杉謙信）に上杉氏の家督を譲った。景虎は山内上杉氏の家督を継いで上杉政虎（輝虎）と名乗り、関東管領に就任した。これにより再び上杉氏は勢いを取り戻し、謙信晩年には能登・加賀まで勢力を伸ばす。
謙信の家督を継いだ上杉景勝（越後長尾氏の分家・上田長尾氏の出身）は豊臣政権の五大老を務め、会津藩120万石、江戸時代は米沢藩30万石（実高51万石）を領した。
後に無嗣の危機に瀕したこともあり、15万石（実高33万石）に減知されたが、幕末まで大名としての地位を維持した。明治維新後は華族に列し、伯爵（分家の米沢新田藩は子爵）を授けられた。
ほかに江戸幕府の旗本にも上杉氏4家（上条・深谷・加賀爪・宅間）があり、上条上杉は高家となる。加賀爪上杉と深谷上杉からは、江戸南町奉行・大目付・勘定奉行などを務める当主が出ている。
系譜 藤原高藤（勧修寺流）－定方－朝頼－為輔－説孝－頼明－憲輔－盛実－顕憲－盛憲－清房－上杉（藤原）重房
歴史 鎌倉時代 勧修寺流の藤原顕憲・盛憲父子は摂関家の藤原忠実・頼長に家司として仕えるが、盛憲は保元の乱に連座して配流される。その子である藤原清房は、海住山（藤原）長房の養子となって後鳥羽院に仕えるが、承久の乱に巻き込まれた。清房は配流された後鳥羽院・伊賀局に随従して隠岐に渡り、院の没後は引き続き京都に戻った伊賀局に仕えている。
清房の子である上杉氏初代の上杉重房は、鎌倉幕府の6代征夷大将軍に就いた宗尊親王に従って鎌倉へ下向し、有力御家人の足利氏と姻戚関係を結んだ。重房は元々、式乾門院の蔵人であり、その没後は猶子である宗尊に仕えた関係で従ったとされる。
また、重房は四条家の家司であり、その関係は南北朝期まで続き、足利氏と朝廷のパイプの一翼を担ったとされる。 四条隆親の正室が足利氏出身であったことから、宗尊親王の失脚後、重房が足利氏の被官になったのはその縁とみられる。もっとも、被官といっても上杉氏は家柄もあり、足利家当主の外戚であったことから、家中において重んじられた。
南北朝時代 南北朝時代、重房の孫・憲房は、妹の清子が足利尊氏・直義兄弟の母であったことから尊氏を助けて功績を立て、上野の守護に任ぜられて関東で南朝方の新田氏と戦った。また、重房の別の孫には、師の日印の問答対決を「鎌倉殿中問答」にまとめた題目宗の僧の日静がいる。
室町時代 その後、憲房の戦死によって大きな打撃を受けるが、その遺児である憲顕・重能兄弟や甥の朝定は足利尊氏・直義兄弟に重用された。その背景として尊氏兄弟は元々庶子で母方の上杉氏以外に有力な被官が存在しなかったが、先に家督を継いだ足利高義の急逝で異母弟である尊氏が跡を継いだために長年尊氏兄弟を支えた上杉氏が重んじられたことにあった。だが、長年にわたり足利氏の家宰を務め、元々は高義に仕えていたとみられる高氏と対立し、尊氏も高氏を重んじるようになったことから、上杉氏は直義との関係を強め、尊氏・高氏と直義・上杉氏の争いになった観応の擾乱で重能が殺害され、朝定は病死するなど、雌伏の時期を迎える。だが、憲顕が正平18年/貞治2年（1363年）に尊氏の次男で鎌倉公方足利基氏の執事（管領）に任ぜられ、後に初代関東管領として位置づけられ、さらに上野・越後・伊豆の守護を兼ねた。憲顕の活躍で上杉氏は復権し、鎌倉と京都で活躍するが、次第に関東を活動の拠点とするようになる。その結果、憲顕を祖とする山内上杉氏を嫡流とし、一族から犬懸・宅間・扇谷の諸家が出た（この4家の家名はそれぞれの屋敷のあった鎌倉近郊の地名を由来とする）。
宅間上杉氏は早くに衰え、犬懸上杉氏は上杉禅秀の乱により主流派から脱落したので、15世紀半ばからは憲顕の子孫山内上杉氏と、憲顕の従兄弟の朝定の子孫である扇谷上杉氏の両上杉氏が有力となるが、関東管領の職はもっぱら山内上杉氏の当主が独占した。室町時代中頃の山内上杉氏当主であった関東管領上杉憲実は足利学校の再興者として歴史に名を残している。その一方、上杉氏と足利公方家の対立が鮮明となり、享徳3年（1454年）には鎌倉公方足利成氏が関東管領上杉憲忠（憲実の子）を殺害したことに発する内乱（享徳の乱）が発生し、関東は応仁の乱よりも十数年早く事実上の戦国時代に突入することとなった。
戦国時代・前期 享徳の乱の際、扇谷・山内両上杉氏は連合して古河公方足利成氏（鎌倉公方の後身）と敵対していたが、成氏との和睦後は両家で争うようになり（長享の乱）、内紛の末に衰退し、新興の後北条氏に圧迫されるようになる。武蔵に勢力をもっていた扇谷上杉氏は、天文15年（1546年）の河越夜戦で後北条氏に敗れて滅亡、上野を本拠としていた山内上杉氏の上杉憲政も、河越夜戦以降は後北条氏の攻撃を直に受けるようになって勢力を衰退させていった。
憲政はついに関東を放棄し、もとは家臣筋であり外戚でもあった越後長尾氏を頼った。永禄4年（1561年）、憲政は上杉氏の事実上の嫡流となっていた山内上杉氏の名跡と関東管領の職を越後長尾氏の長尾景虎（後の上杉謙信）に譲り、自身は春日山城に移った。深谷上杉氏の上杉憲盛は武蔵にとどまって北条氏との戦闘を継続した。
戦国時代・後期 上杉謙信は越後を拠点として領国を関東と北陸に拡大したが、北条氏政との抗争によって武蔵など関東地方の領国をほぼ喪失した。2度の上洛で弾正少弼に任じられ、元亀4年（1573年）8月に越中を平定。天正5年（1577年）7月には七尾城と末森城が自落し、能登を平定。同年9月には、加賀国手取川で織田軍を破る。
佐渡の本間氏、越中の椎名氏・神保氏、飛騨の江馬氏・三木（姉小路）氏、上野の斎藤氏（吾妻郡）久保田順一「吾妻斎藤氏と岩下領・嶽山領」『戦国上野国衆辞典』（戎光祥出版、2021年）・沼田氏（利根郡）、信濃の高梨氏、下野の佐野氏、陸奥の大崎氏をゆるやかな従属下に置いた。加賀一向一揆とは同盟し、松任城に守将を派遣した。能登の畠山氏、出羽の大宝寺（武藤）氏からは人質（畠山義春と大宝寺義氏は上杉姓を名乗った時期もあり、謙信の寄騎として従軍した）を取った。越前の朝倉氏滅亡後には朝倉景嘉を保護した。上杉一族である武蔵の深谷氏も一時的に支配下に置いたが、前述のように北条氏政の姻戚・外交政略により傘下から離脱した。
謙信は晩年、かつての不倶戴天の敵ともいえる北条や武田、父祖の仇である越中一向一揆などと和睦や同盟、不戦の方針に転じ、これが奏功して北陸方面への勢力拡大にはなったが、関東や信濃の諸大名の不満も招いた。
謙信の死後、2人の養子の景勝（上田長尾氏出身、謙信の甥）と景虎（北条氏出身、北条氏康の子）の間で家督争い（御館の乱）が起こり、この内乱によって従属下の勢力は独立したり、あるいは織田・北条・武田・伊達の傘下に入るなど、上杉氏の影響力は著しく低下した。この争いは景勝が勝利して上杉氏の名跡を継承するが、謙信・景勝以降の米沢藩上杉氏では、謙信を初代、景勝を2代と称している。なお、景勝自身は母方から越後守護系の上条上杉氏の血も引いており前嶋敏、福原圭一、片桐昭彦、森田真一、阿部哲人、竹下多美、今福匡、村石正行、田嶋悠佑、簗瀬大輔、萩原大輔、矢部健太郎著「上杉謙信」（2017年、高志書院刊行）P31-41,52-53渡邊大門『戦国・織豊期の諸問題』P30-59「越後長尾氏と上杉謙信の閨閥 -「越後長尾殿之次第」の検討を通して - （今福匡著）」（歴史と文化の研究所、2017年）、上杉氏本来の血統が断絶したわけではない。
安土桃山時代 thumb|400px|戦国時代から江戸時代初期にかけての上杉氏系図。米沢藩の初代藩主・上杉景勝から第3代藩主・上杉綱勝まで。 thumb|400px|江戸時代中期から平成時代までの上杉氏系図。4代藩主・上杉綱憲から現当主まで。 上杉景勝は織田信長の横死後、信濃・越中に侵攻、天正12年（1584年）には、富山の役に先立ち越中衆が佐々成政に奪われた複数の城も奪還した。翌年に成政が秀吉の大軍の前に降伏し、大坂に留めおかれると、前田利長とともに越中内に城将を置き、佐々遺臣の蜂起に備えた。天正14年（1586年）6月、上洛して秀吉と会見し、養子の畠山義真（当時は上杉姓）を人質として差し出して臣従する。その際、越後5郡（岩船・蒲原2郡は新発田ら揚北衆が自立）・越中半郡（富山城は破却されており、天神山・宮崎など数城のみ）・信濃4郡（小県と上野の吾妻・利根2郡は真田が豊臣大名として独立）を安堵され、左近衛権少将に任じられる。
天正15年（1587年）に下越の新発田重家らを攻略して越後をほぼ再統一（津川城のみ1595年まで伊達のち蒲生領および豊臣直轄）。同年、秀吉から惣無事令にかかわらず、佐渡・出羽両国は上杉氏の切り取り勝手とされる。天正17年（1589年）には本間氏を降し、佐渡を平定。豊臣秀吉政権の後期には中納言に昇進して大老の一人となり、小早川隆景の死後、景勝を含む5人の大老は豊臣家五大老と呼ばれるようになる。
文禄4年（1595年）には蒲生騒動が起こり長期化する。景勝は秀吉の命により、東蒲原の津川城に城将を派遣、代わりに新川が前田利長に与えられる。青山吉次が上杉氏の越中衆（土肥氏・柿崎氏・舟見氏など）から新川郡内の諸城を受け取る。ここに上杉景勝は越後、佐渡の2か国、信濃川中島、出羽庄内など（他には上方に在京領あり）の領地が確定し、領内に多くの金山を抱える。ただし、津川城代の藤田氏はのちに出奔し、関ケ原で東軍に付くことになる。
慶長3年（1598年）、景勝は隣国の会津に移封され、陸奥国の会津・白河・田村・安達・信夫・伊達・刈田と出羽国庄内（田川郡・飽海郡）・置賜、越後国東蒲原および佐渡などに120万石余を領有した。
関ヶ原から江戸時代前期 秀吉の死後、慶長5年（1600年）、上杉景勝は関ヶ原の戦いに際して徳川家康に敵対し、義兄・上杉入庵は東軍に属した（小山軍議で福島・山内の前に発言説あり）伊佐早謙『畠山入庵考』（写本：東大史料編纂所蔵）。戦後、西軍の景勝は米沢藩30万石（出羽置賜、陸奥伊達、信夫2郡）に減封され、置賜の米沢城を本拠と定めた。入庵の次男・上杉長員は、父とは別に1490石を与えられ高家上杉家の祖となる。
景勝は信達（しんたつ）の両郡には郡代や奉行として佐藤氏や小笠原（古川）氏を置き、信夫郡の福島城、伊達郡の梁川城など両郡内の支城には、本庄氏や春日（香坂）氏、芋川氏などを城主（城代）として統治させた。
上杉定勝は彼らを肝煎として、福島盆地に西根堰（にしねぜき）水路を完成させ、耕地面積を飛躍的に拡大した。
寛文4年（1664年）、定勝の子（景勝の孫）の綱勝が、子供の無いまま急死して廃藩御家断絶の危機を迎えたが、綱勝の正室の父の保科正之（3代将軍徳川家光の庶弟）の尽力により、綱勝の甥で妹婿の吉良義央（上野介、扇谷上杉氏の女系子孫）の子の綱憲が綱勝に養子入りした結果、半知15万石で家名存続することを許された。
上杉綱憲は教学振興や歴史編纂といった文治政治に力を入れた。米沢藩学館の始めとなる聖堂・学問所を建設し、聖堂の扁額を「感麟殿」とする。
上杉氏は相次ぐ減封により規模を縮小させたが、越後春日山から持ち込んだ上杉謙信の遺骸を漆で密封した甕を米沢城の本丸内に安置し、謙信崇拝に基づいた誇り高い士風を守った。寛文の半知以後も、中山城・鮎貝城・荒砥城・小国城（館山城については諸説あり）を支城として保持し続ける。一国一城令からも15万石減封からも相当の年数が経ってから、支城を「役屋」、城主（城代）を「役屋将」と改称している。
上杉宗房は、元文3年（1738年）に藩政改革の開巻劈頭となる、年貢分延納を許可する政策などを打ち出す。寛保2年（1742年）には幕府から善政を評価され、旧領であった置賜郡の屋代および村山郡の5万2千石が米沢藩預かり領となり、高畠城と漆山陣屋に城代と役屋将を派遣する。延享3年（1746年）に改革半ばで早世、次々代の治憲（鷹山）まで改革はいったん頓挫することとなった。
江戸時代後期から幕末 上杉重定は「乱舞（能）に励むべし」と領内にお触れを出し、藩士や領民にも芸術を奨励した。仕掛けを凝らした豪華な能舞台を作るなど、万事が奢侈に流れた米沢市上杉博物館・復元「動く能舞台」。
秋月家より養子に入った上杉鷹山（治憲）が藩の殖産興業を行って財政を立て直した。天明7年（1787年）には善政を幕府から表彰される。一旦売却した京都の上杉家藩邸を買戻し、高度な工芸品などの技術を収集する拠点とし、米沢織に応用している。
次代の上杉治広も蘭学医術など学問を奨励するなど、文化7年（1810年）に「政治向き格別に行届き、領内治め方よろし」などとして表彰される。続く上杉斉定も天保7年（1836年）に表彰されている「上杉家御年譜」（米沢温故会）。
幕末の藩主上杉斉憲の代にも幕府から表彰され、18万7千石に加増された。国学・蘭学の影響で藩風は勤皇開国に流れ、東国外様としては唯一、藩主が西国雄藩と共に朝儀に召集された。文久3年（1863年）には徳川家茂の京都上洛に御供して二条城警護にあたる。斉憲は米沢藩の京屋敷で西国雄藩とも交わり、尊王志士に倣い月代を剃るのも止め総髪にしている。八月十八日の政変では池田茂政（備前藩主）・池田慶徳（鳥取藩主）・浅野長勲（芸州藩主）らと共に朝議に列し、長州藩を擁護し事態収拾を図るも七卿落ちを招く。慶応2年9月（1866年10月）に屋代郷3万7248石を幕府より与えられ、米沢藩の表高は新田1万石を含め20万石余まで増加した。
戊辰戦争では、開明派で西国雄藩とも近い軍事奉行の千坂高雅が、慶応4年（1868年）正月には薩長に従い3,000人を率いて上洛、弾薬の海上運搬もおこなった。その後、会津藩と新政府軍の間に立って仲介に努めたが、米沢藩は藩が改易される窮地を救った会津藩主保科正之への恩義もあることから奥羽越列藩同盟に加わり新政府軍に対峙するという好ましからぬ状況にはまってしまった。一時は新潟港も支配下に置くも北越戦争において新政府軍に敗退し大里峠まで撤退。同年8月18日、新政府軍方から米沢藩に恭順を薦める内容の書状が送付され、これを受けて米沢藩は24日までに藩論をまとめて恭順した。その後は新政府軍のために勤皇し（松本誠蔵、堀尾啓助らが官軍として戦死）、庄内藩攻撃のために兵を出し、会津藩に対してもその非を説き恭順することを諭した。明治元年8月に斉憲は蟄居・官位褫奪となり、12月に息子の茂憲に屋代4万石を減封した14万7248石の相続が許された。
明治 明治維新後、明治2年（1869年）6月の版籍奉還により茂憲は米沢藩知事に就任するとともに華族に列した。明治4年（1871年）の廃藩置県まで藩知事を務めた。明治2年中に米沢新田藩1万石は米沢藩に併合されているが、米沢新田上杉家の勝道にも華族の地位が認められている。
同年、版籍奉還により上杉茂憲は、米沢藩知事となり、版籍奉還の際に定められた茂憲の個人財産たる家禄は、現米で6019石。新田家の勝道の方の家禄は、現米で292石。
明治9年の金禄公債証書発行条例に基づき家禄の代わりに支給された金禄公債の額は、茂憲が10万985円31銭4厘（華族受給者中66位）、新田家の上杉亨（後の勝賢）が、1万3255円4銭3厘（華族受給者中306位）である。茂憲の当時の住居は東京市本郷区本郷元町にあり、当時の家扶は原三左衛門。亨の当時の住居は東京市麻布区麻布鳥居坂町にあった。
廃藩置県後、茂憲は英国留学し、帰国後の1881年（明治14年）5月には沖縄県令となり、その後、元老院議官や貴族院議員を務めた。
明治17年（1884年）7月7日に華族令が公布されて華族が五爵制になると、同日中に宗家の茂憲は旧中藩知事として伯爵に叙せられた。同年7月8日に旧米沢新田藩主家の勝賢も旧小藩知事として子爵に叙せられた。
大正から昭和 茂憲の長男の上杉憲章は、英国のケンブリッジ大学に留学した「日本の名家・米沢藩」（週刊読売編集部、1987年）。帰国後、宮内省御用掛となる。長男の定憲は大正8年（1919年）11月6日に8歳で、次男の資憲は大正4年（1915年）6月27日に生後9か月で早世したため、三男の隆憲が父の跡を継ぎ米沢上杉家の当主となった。五男の昭雄は憲章の実弟の米沢新田藩上杉家当主の上杉勝憲の養嗣子となり勝昭と改名した。旧米沢藩士の留学費用も提供したといわれ、その中の一人である中條精一郎は、山形県庁および山形県会議事堂の設計を行なっている。
上杉隆憲は、学習院で初等科から高等科まで学び、東京帝国大学仏文科を卒業。昭和15年（1940年）、徳川家正の次女の敏子と結婚した。昭和19年（1944年）には米沢に移り、山形師範学校助教授となった。戦後、東京に戻り、東京都児童会館長、東京文化会館長などを務めた。昭和25年（1950年）、鶴鳴館（かくめいかん）と呼ばれた旧伯爵邸が上杉家から米沢市に譲渡された。
平成から21世紀 宇宙工学者で宇宙航空研究開発機構宇宙科学研究本部教授の上杉邦憲（東京大学大学院・工学博士）は、米沢藩上杉家の16代当主にあたる（謙信から数えて17代目）。平成2年（1990年）に月衛星「ひてん」の打ち上げ、さらに 平成19年（2007年）、惑星探査機「はやぶさ」プロジェクトに従事した。「はやぶさ」の名称は、邦憲と川口淳一郎によって旧陸軍の「一式戦闘機 隼」を由来として提案されたという。
また、平成25年（2013年）に駐日大使として赴任したキャロライン・ケネディは「父ジョン・F・ケネディが上杉鷹山を尊敬し、就任演説に代表される考え方に影響を与えた」とスピーチで述べている日経BizGate(2016/05/10)など。
邦憲の長男・上杉裕憲は米沢上杉文化振興財団の理事として、国宝「上杉本洛中洛外図屏風」などを有する上杉博物館の管理運営などに携わっている公益財団法人米沢上杉文化振興財団・役員名簿（平成28年 6月11日現在）。令和3年（2021年）10月に裕憲の長男・上杉紀憲（としのり）が誕生している（母は上杉氏の越前衆（足羽郡北ノ庄）だった矢尾板氏の出自）米沢日報「上杉家第17当主上杉邦憲様の孫、紀憲様誕生記念植樹」（置賜日報社）2022年11月8日。
家臣 『上杉家家中苗字尽』天正5年（1577年）には、越後以外でも「一手役」（軍役賦課）を務める武将が列記されている黒田基樹『国衆』（平凡社、2022年）116～119ページ。
上野衆 那波顕宗（今村城）、倉賀野尚行（山上城）、毛利（北条）高広（厩橋城）
越中衆 小島職鎮、神保氏張、遊佐左衛門尉、石黒成綱、寺崎盛永、小島国綱、寺島盛徳（神保氏旧臣）
能登衆 長沢光国、長景連、遊佐続光、三宅長盛、温井景隆、畠山将監（能登畠山氏旧臣）
加賀衆 下間頼純、七里頼周、坪坂伯耆、藤丸勝俊（加賀一向一揆）
主な一族 長尾上杉氏以外の系統も江戸時代まで血統が続いた。深谷家嫡流の上杉氏憲の嫡男・憲俊は氏憲と共に久保田氏に改め、氏憲の弟・吉次の子孫は旗本として存続し、幕末ペリー来航時に80代の高齢にもかかわらず、大目付・海岸防禦御用掛を兼務した上杉盛房を子孫から出した。宅間上杉氏も旗本になったといわれる。
上杉満定の男系子孫である加々爪家は江戸幕府譜代大名となった。上条政繁（上杉入庵）の次男・上杉長員の子孫は、旗本（高家）上杉家として存続し、領地は下総国印旛郡・千葉郡などである。長男・景広の子孫は能登畠山氏として上杉家に仕え、三男・義真の子孫も旗本（のち高家）畠山家、元禄赤穂事件で上杉綱憲の挙兵を止めたのがその末裔である畠山義寧（千坂や色部だというのは俗説）である。
また米沢藩士としても山本寺家など上杉氏の庶流が存続した。上杉氏には数多くの分家があり、上杉頼重、上杉憲房の子の代で分かれた以下の系統が著名である。室町時代は隆盛したが、戦国時代以降の混乱によりいずれも没落しており、その末裔は前記のように旗本や諸藩士になる者が多く、江戸時代に大名として存続したのは長尾氏から上杉謙信を養子に迎えた山内上杉宗家のみである。また、庶流の加賀爪上杉氏は一時的に大名となったが改易された。
宅間上杉氏
詫間上杉家とも。憲房の養子・上杉重能の系統。重能が高師直との政争に破れ死去し、山内上杉氏から養子を迎え存続したが、嫡流は次第に山内上杉氏に吸収されていった。庶流としては、憲房の一子、上杉重兼の一族がおり、足利持氏の側近を務めた上杉憲直を出している。戦国期には北条氏綱に降り、後北条氏滅亡後は宅間氏を名乗り、徳川家康の旗本となった。
犬懸上杉氏
憲房の子・上杉憲藤の系統。四条上杉氏とも。憲藤は足利尊氏の子の千寿王の執事となり犬懸に在住し、犬懸家の祖となったとされる。憲藤の孫の上杉氏憲（禅秀）の代に上杉禅秀の乱により衰退し、関東の政治の主流派からは遠ざかったが、氏憲の子の多くは幕府に仕え血統は存続し、一部は堀越公方の関東執事となるなど、禅秀以降も関東の政治に足跡を残した。しかし、戦国時代を境にその動静は確認できなくなる。
山内上杉氏
憲房の子・上杉憲顕の系統。鎌倉移住以前は椙谷上杉氏ともいった。戦国時代に上杉憲政が長尾氏出身の上杉謙信（長尾景虎）に家督を譲った。それ以降を特に長尾上杉氏とも呼ぶ。山内上杉氏の分家として庁鼻和上杉氏（後の深谷上杉氏）が存在する。また、室町期の佐竹氏本家当主・佐竹義人は山内上杉氏の出身である。
扇谷上杉氏
憲房の兄・上杉重顕の子の上杉朝定の養子上杉顕定が、鎌倉の扇谷の地に在住したのが始まりである。
八条上杉氏
二橋上杉氏の上杉朝定の子孫が在京し室町幕府に仕え、京都上杉氏（八条上杉氏）とよばれた。
深谷上杉氏
山内上杉氏の上杉憲顕の実子である上杉憲英が「庁鼻和上杉（こばなわうえすぎ）」を名乗り、憲英の曾孫の房憲より深谷上杉と称した。
深谷上杉氏7代当主の上杉憲盛は、永禄12年（1569年）の越相同盟の締結によって深谷城が上杉氏の勢力下に入ると謙信に属す。憲盛の嫡男・氏憲は、父の死後は後北条氏に付き、天正6年（1578年）には北条氏政の養女を正室に迎え、氏政の猶子となる。小田原征伐で後北条氏が敗れた後は、重臣の秋元長朝らが深谷城を開城して豊臣軍に降伏、氏憲は上杉景勝の所領である信濃国更級郡（現・長野市）にて隠居した。氏憲の嫡男・深谷憲俊は景勝から仕官の誘いがあったとも云われるが、1617年に播磨平福藩主の池田輝興に仕えた。
憲盛の次男・吉次の子孫は、徳川家に出仕して500石の旗本となり、上杉盛房は、天保8年（1837年）に70歳で勘定奉行、弘化元年（1844年）に77歳で大目付（役高3000石）に昇進して「寛政重修諸家譜」、安政元年（1854年）に87歳になるまで勤めた 山本英貴著「江戸幕府大目付の研究」。
越後守護上杉氏
越後では山内上杉氏と犬懸上杉氏が国衙領を2分割して支配しており、この半分を基盤として犬懸上杉氏系の越後上杉氏が成立したが、守護職は山内上杉氏が継承していた。ところが、越後守護職を継承する山内上杉氏系の上杉房方が養子として犬懸上杉氏系越後上杉氏を継承することで、越後守護を世襲する越後上杉氏が成立した（系統的には犬懸上杉氏・血統的には山内上杉氏に属する。なお、山内上杉氏の国衙領は引き続き同宗家が継承する）植田真平「山内上杉氏と越後上杉氏」（黒田基樹 編著『シリーズ・中世関東武士の研究 第一一巻 関東管領上杉氏』（戒光祥出版、2013年）ISBN 978-4-86403-084-7）。
この越後上杉氏から、越後国内に山本寺氏、山浦氏、上条氏を分家した。また、上杉憲実・顕定の2代の山内上杉氏当主（関東管領）は越後守護家からの養子である。このため、享徳の乱後は越後上杉氏の方が山内上杉氏よりも格上とする見方も生じた/所収:。
やがて、守護代の長尾氏と対立するようになり、上杉房定の代には長尾氏を抑え優勢となり、全盛期を築き上げた。房定の死後は、上杉定実を擁する長尾為景によって上杉房能が自害に追い込まれるなど下克上をされた。定実は為景の死後、伊達氏の支援により復権を図るものの、天文の乱により挫折した。
天文19年（1550年）、定実が後継のないまま死去したため、越後上杉氏は断絶した。没後、長尾景虎（上杉謙信）が足利義輝の命により、越後守護を代行した。
千秋上杉氏（小山田上杉氏） 憲房の庶兄上杉頼成の系統。上杉氏では庶流筋であるが、子孫としては上杉定頼がおり、彼は扇谷上杉氏の家督代行を一時務め、足利持氏に重用され安房国の守護となっている。長尾氏の養子となった上杉藤景の系統でもある。
米沢上杉家（米沢藩主家）
上田長尾氏出身の長尾顕景は、同じく長尾氏出身の上杉謙信の養子となり、名を上杉景勝と改めた。謙信死後、御館の乱を制し、上杉氏の惣領となり、豊臣秀吉に仕え、陸奥会津120万石（会津藩）を領した。秀吉の死後、関ヶ原の戦いでは石田三成ら西軍に付いて敗北。しかし、戦後に家康から罪を許されて出羽米沢（米沢藩）30万石減封となり、1664年（寛文4年）に継嗣問題でさらに15万石（屋代・漆山・岩船に預かり地が7万石あり）に減封されたが、家格は国主とされた。減封されたにもかかわらず家臣を減らさなかったため、財政難に陥り、一時は領地を返上することまで検討されたが、第9代藩主上杉治憲（鷹山）による改革などによって藩政を建て直し、明治に至り伯爵。
江戸藩邸は文政年間当時、外桜田御堀通り（現在の千代田区霞が関1丁目 法務省敷地内）に上屋敷、麻布（現在の港区六本木1丁目および麻布台1丁目）に中屋敷、芝白金（現在の港区芝白金2丁目 目黒通り）に下屋敷があった。また京都藩邸は柳馬場通三条下ル西側に構えていた。ほかに三田（現在の港区三田二丁目、慶應義塾大学グラウンド付近）と芝（現在の港区芝一丁目）に抱屋敷と蔵屋敷。麻布藩邸は上杉綱憲により新築された。
米沢新田藩主家（麻布上杉家）
享保4年（1719年）、第4代米沢藩主綱憲の四男・上杉勝周は、兄の吉憲から1万石を分与されて米沢新田藩を立藩した。米沢新田藩の上藩邸が麻布にあったので「麻布上杉家」とも呼ばれた。家老に本間家、城使に山田家など『明治元年武鑑』より「巻二（拾萬石未満大名） 上杉家」、『上杉家御年譜』米沢温故会（原書房 1977年）。明治に至り子爵。