2006年のJリーグカップは3月29日に開幕、11月3日に国立霞ヶ丘競技場陸上競技場で決勝戦が行われた。
優勝はジェフユナイテッド市原・千葉で、2連覇達成（通算2度目の優勝）。
大会名称 ヤマザキナビスコを冠スポンサーとしてJリーグヤマザキナビスコカップとして開催された。
レギュレーション 「AFCチャンピオンズリーグ (ACL) 出場チーム以外のJ1チームでグループリーグ→グループリーグ上位+ACL出場チームで決勝トーナメント」という基本的なレギュレーションは前回大会を踏襲しているが、ACLに伴うシード枠の関係で、グループリーグの開催方式がやや特殊な形式となっている。
また、決勝トーナメントではアウェーゴールルールが初採用となった。
2006年度J1リーグ参加18クラブが出場。 18クラブのうち、ガンバ大阪はAFCチャンピオンズリーグ2006出場のため、グループリーグは免除され、決勝トーナメントからの出場。 ACL2006に出場する東京ヴェルディ1969はJ2所属のため大会参加資格がなく、ACLに伴うシード枠は1チームのみ。 グループリーグは3月29日から開始し、ガンバ大阪以外の17チームを4チーム×3グループと5チーム×1グループの4グループに分けて、各クラブ6試合（ホーム3試合・アウェー3試合）のリーグ戦を戦う。 各グループの組み合わせは、前シーズンのリーグ戦順位をもとに決定。 4チームによる3つのグループはホーム・アンド・アウェーの2回戦総当りを行う。 5チームのグループ（グループD）は、クラブごとの試合数を6試合にそろえるため、本来であれば8試合となるホーム・アンド・アウェーの2回戦総当たりのうちホーム1試合、アウェー1試合を最初から行わない（従って、ホームのみで対戦するカード、アウェーのみで対戦するカードが発生する）。 勝ち点の多い順にグループ内の順位を決定する（勝ち点で並んだ場合には「得失点差」「総得点数」「抽選」の順により優劣を決定）。各グループリーグの最上位チーム（4チーム）と、各リーグの2位のうち成績上位の3チーム、計7チームが決勝トーナメントに進出する。 決勝トーナメントはグループリーグを勝ち抜いた7チームにガンバ大阪を加えた8チームによって行われる。 組み合わせは準々決勝・準決勝ごとにオープンドローで決定する。 準々決勝・準決勝 ホーム・アンド・アウェーでの2試合制。以下の方法で優劣を決定する。 2試合における合計得点数（＝得失点差） アウェーでの得点数（アウェーゴールルール） 並んだ場合は第2戦の後半終了後、引き続き15分ハーフの延長戦（アウェーゴールルールは採用せず） それでも決しない場合はPK戦（双方5人ずつ。決着しない場合は6人目以降サドンデス方式） 決勝 中立地（国立霞ヶ丘競技場陸上競技場）での1試合勝負。90分で同点の場合は延長戦→PK戦で決着する。
グループリーグ グループA
グループB
グループC
グループD
各グループ2位の比較
決勝トーナメント
準々決勝
準々決勝第1戦
準々決勝第2戦
1勝1敗（2試合合計5-5）、アウェーゴール3-1により川崎が準決勝進出。
横浜の2勝（2戦合計4-1）で横浜が準決勝進出。
千葉の2勝（2戦合計8-4）で千葉が準決勝進出。
鹿島の1勝1分け（2戦合計0-2）で鹿島が準決勝進出。
準決勝
準決勝第1戦
準決勝第2戦
1勝1敗（2戦合計2-2）、アウェーゴール1-0により鹿島が決勝進出。
2分け（2戦合計4-4）につき延長戦実施、延長戦1-0（合計5-4）で千葉が決勝進出。
決勝 決勝は2003年以来3年ぶりの登場となる鹿島アントラーズと、前年のカップウィナーで2年連続の決勝進出となるジェフユナイテッド市原・千葉の対戦となった。両チームは決勝の対戦カード決定した後にリーグ戦で対戦しており、千葉がアウェーゲームを4-0の大差で制した。その試合では千葉のボランチ・阿部勇樹にハットトリックを決められた鹿島が、この決勝ではどのように修正してくるのかが一つの見所になった。また鹿島としては長らく遠ざかっている10個目のメジャータイトルがかかった試合となった。
試合は双方の守備陣が集中を切らすことなく守り抜き、終盤まで得点を許さず緊迫した雰囲気が続いた。こうした中で試合終了直前の80分、鹿島のディフェンスラインの隙を付いて右サイドから切れ込んだ千葉の水野が先制ゴールを挙げた。千葉は攻撃の手を休めず2分後の82分にセットプレーから阿部がゴールを決め突き放し、この連続ゴールによって試合は完全に決した。MVPは決勝点となる先制ゴールを決めた水野晃樹に与えられた。
千葉は前年に続き2年連続でリーグカップのタイトルを獲得した。なお、リーグカップの連覇は1992-94シーズンに3連覇したヴェルディ川崎以来2チーム目であった。
<div style="margin: 0 auto; width: 100%;"> 鹿島アントラーズGK 21 曽ヶ端準 18px|キャプテンDF 7 新井場徹DF 3 岩政大樹DF 4 大岩剛 DF 18 ファビオ・サントスMF 24 青木剛MF 26 増田誓志MF 25 野沢拓也MF 11 深井正樹 FW 16 柳沢敦FW 9 アレックス・ミネイロ 控え:GK 1 小澤英明DF 14 羽田憲司MF 22 中後雅喜MF 10 本山雅志 MF 23 興梠慎三 MF 18 ダ・シルバFW 19 田代有三 監督 パウロ・アウトゥオリジェフユナイテッド千葉GK 30 岡本昌弘DF 4 水本裕貴DF 15 中島浩司DF 3 斎藤大輔MF 8 水野晃樹MF 6 阿部勇樹 18px|キャプテンMF 7 佐藤勇人MF 16 山岸智MF 22 羽生直剛 FW 10 ハース FW 18 巻誠一郎控え:GK 1 立石智紀DF 14 田中淳也MF 2 坂本將貴 MF 19 伊藤淳嗣MF 20 工藤浩平 MF 23 楽山孝志FW 11 要田勇一 監督 アマル・オシム
2006 Jリーグカップ 優勝ジェフユナイテッド千葉2年連続2回目 テレビ中継 フジテレビジョン系列
表彰 ニューヒーロー賞 谷口博之 （川崎フロンターレ） 大会MVP 水野晃樹 （ジェフユナイテッド市原・千葉） 大会得点王 ワシントン （浦和レッドダイヤモンズ・9得点）
関連項目 2006年のサッカー 2006年のJリーグ 第86回天皇杯全日本サッカー選手権大会