キリスト教の歴史（キリストきょうのれきし）では、キリスト教の歴史を概説する
キリスト教とは何か、聖典である『聖書』の範囲がどこまでかは、「キリスト教」を名乗る教団の中でも定義は確実に定めることができている。そこで本項では、キリスト教を自称する教派・教団を網羅的に取り扱うものとし、紀元後1世紀前半からはじまるその歴史を概説する。
概略
紀元1世紀中頃、イエスの死後に起こった弟子の運動（初期キリスト教運動）が、キリスト教の直接的な起源である。キリスト教の教義はユダヤ教の律法を基礎としたイエスや使徒の言行から発展した。理論的発展を基礎付けたのはパウロ書簡およびヨハネによる福音書である。
『新約聖書』のほか、ユダヤ教の聖典でもある『旧約聖書』を教典とする。新約聖書の大枠は、4世紀ごろ確立されたが、旧約聖書の範囲は教派により異なる。一般に旧約聖書と新約聖書のみを聖典とする宗教をキリスト教とみなすが、まれにこの両者と同等ないしそれ以上の価値をもつとされる文書を使用し、かつキリスト教を名乗る宗教も存在する。
現在、キリスト教の教派はおもにギリシャなど東地中海沿岸諸国およびロシア、米国に広まる正教会、ローマ教皇を中心とするカトリック教会、カトリック教会に対する宗教改革から発生したプロテスタントの諸教派がある。ほかにも、エチオピア・エジプト・イラク・シリア・アルメニア・インドなどにまたがって信者を有し、その地方では無視できない信徒人口をもつ東方諸教会と呼ばれる教派もある。
諸教派の系統図 thumb|720px|center|キリスト教諸教派の成立の概略を表す樹形図。更に細かい分類方法と経緯があり、この図はあくまで概略である。
古代
初代教会あるいは原始キリスト教
十二使徒はイエス・キリストによって使徒として任命されていたと聖書に書かれてあり、教会の信仰、立場、伝承は、自らの始点の一つをエルサレム教会での「聖霊降臨」におく。これがキリスト教の立場である泉田昭ほか編『新聖書辞典』いのちのことば社、1985年。新装版、2014年。尾山令仁『聖書の概説』羊群社、2017年。ISBN 978-4897020488。ジョン・A.ハードン編著『現代カトリック事典』エンデルレ書店、1982年。。
批判的学者の立場をとれば、「キリスト教」の発生時を決定するのは難しい。今日の学問は、イエス自身ユダヤ教と分離する意識はなかったと想定している。イエスはキリスト教の基盤を用意した人物であり、教会の直接の起源は、イエスの死後、その復活を目撃したとされる使徒の下に集った共同体と推定される。聖書に批評的な立場の学問では、初期の教団がどの時点でユダヤ教と独立な宗教としての「キリスト教」の自覚をもった時点について、多くの者はエルサレム神殿崩壊の後と推定する。当時はイエス自身の活動も含めて、ユダヤ教の一派とみなされていたと推定され、この見地から、当時の教会を「ユダヤ教ナザレ派」と呼ぶこともある。この最初期にすでに複数のキリスト教集団が存在していたことが、パウロ書簡などから確認できる。そこで指導的立場にあったのは、イエスの直接の弟子と親族を指導者として形成されたエルサレム教会であった。
エルサレム教会とアンティオキア教会 批評的な学者は、エルサレム教会とアンティオキア教会が「対立」していたと主張する。エルサレム教会は、禁欲主義の下に財産を共有して生活をする一種の修道的な教団で、布教活動、ましてエルサレムを離れての活動には積極的でなかったと推測される。しかし、ユダヤ教主流派による迫害を契機に各地に離散したヘレニスト（ヘレニスタイ：ギリシア語使用者）が精力的な伝道を展開し、ユダヤ人のみならず異邦人の改宗者が多数加わり、アンティオキア教会が設立されて、一定の力を持ち始めるようになると、エルサレム教会側も黙っては見過ごせず、対外的な活動を余儀なくされたと思われる。批評的な学者は、かならずしもヘレニストではないと思われる新約聖書筆者もギリシア語で著述しているのはこのためであると主張している。
当初エルサレム教会の最高指導者であったペトロは、他の使徒とともに逮捕された。代わりに指導者になったのが、イエスの兄弟または親戚と考えられている「主の兄弟」ヤコブである。
イエスの兄弟ヤコブの仲介と管区の分割 批評的な学者の主張によれば、イエスの兄弟ヤコブはキリスト教共同体の最長老格として、エルサレムで使徒会議を主宰し、異邦人への文化適合を重視するアンティオキア教会と、律法の厳格な遵守を重視するエルサレム教会の間の激しい対立を仲介し、妥協案を提示して解決を図った。その内容は、異邦人改宗者は「しめ殺した動物、血、偶像礼拝、不品行」を忌避すれば、割礼を含む他の律法の遵守は免除されるというものである。
この妥協案成立以降、エルサレム教会とアンティオキア教会はそれぞれ別個に管区を設置し、相手の管区に対しては干渉や越権行為を行わないこととした。パウロの用語で「自分の割り当てられた範囲内で誇る」と言われる管区の独立性と自治性は、その後設置されたアレクサンドリア、コンスタンティノープル、ローマの各管区の在り方を基礎付ける原則となり、さらに、古代教会における教区裁治権の前提となった。正教会では今もこの主教区の自治と独立を互いに尊重保持している。
ユダヤ教からのキリスト教の自立 紀元60年代のヤコブの処刑、続くペトロやパウロの刑死、さらに第一次ユダヤ戦争（66-70年）の結果としてエルサレム神殿が崩壊した後で、（現在のユダヤ教主流派に近い）ファリサイ派がヤムニア会議で、ヘブライ語にルーツを持つもののみを聖典とすることが決定され、ギリシア語の七十人訳聖書はキリスト教徒にとってはこれも（旧約）聖書正典の一つとされるのに対し、ユダヤ教では「外典」となり後にキリスト教では宗派ごとに外典の範囲が何度も見直されている。詳細は外典を参照。、完全に袂をわかつことになった。ここにおいてユダヤ教とキリスト教の信条の相違は決定的となる。これ以降「キリスト教」としての歴史が始まったといえる。
エルサレム教会の没落と福音書の出現 ユダヤ戦争以前に、すでにキリスト教は「ヘレニスト」によってユダヤに隣接するサマリアを初めとする地中海沿岸の諸地方へも布教され、各地で教会が設置されていた。これら各地での信仰はエルサレム教会側からみれば逸脱に当たるものもあり、一部はパウロによって軌道修正されたようである。
ユダヤ戦争以後は、キリスト教内のユダヤ教徒は多くが離脱し、またエルサレム教会の権威が失墜する中で、ギリシア語圏のユダヤ人や非ユダヤ人が新たな担い手となった。それがどのような過程を経て、4世紀頃に見られる古代教会組織に至るかの詳細は史料不足のため不明である。現在の教会組織と役職および称号が固定するのは6世紀である。
新約聖書学者の多くは共観福音書、ヨハネによる福音書、ヨハネの黙示録、公同書簡の成立をユダヤ戦争以降に見ているが、これには異論もある。
帝国内部への信仰拡散と迫害殉教 さらにキリスト教がディアスポラを通じてローマ帝国内に広まっていくと、ローマ帝国政府当局により迫害を受け、多くの殉教者を出した。これにはローマ帝国が元々多神教国家であった事や東方の影響によって発生した皇帝崇拝にキリスト教徒が従わなかったことなどいくつかの理由がある。特にネロ、ドミティアヌス、デキウス、ディオクレティアヌスといった皇帝のもとで迫害が行われたとされるが、ディオクレティアヌスによる迫害を除いてあまり大規模なものではなく、そのディオクレティアヌスによる迫害でさえそれほど大規模であったかは疑問とされる。迫害事例の地理的広がりから、2世紀末には、ローマ帝国全域に教会は組織を広げていたと推測される。また3世紀にはエジプトから砂漠での隠修修道が広まり、独居あるいは集団で荒野で修道生活を行う者（修道者）が多数出た。
1世紀後半から2世紀までの教会内文献（使徒的教父文書）などからの推測によると、この頃、エルサレムのヘブライスト（ユダヤ系）教会と、シリアやエジプトのヘレニスト（ギリシア系）教会とで異なる文化圏の教会が形成されていたが、使徒たちがそれぞれの文化圏を認めていた。カトリック教会によれば、ヘブライスト教会は使徒（司教）と長老（司祭）、ヘレニスト教会は監督（司教）と執事（助祭）と、組織体型（ヒエラルキ）が異なった特徴を持っており、やがて全土の教会において司教、司祭、助祭というヒエラルキが普及するようになる。
ミラノ勅令による公認 数次にわたる迫害にもかかわらずキリスト教の広まりは衰えることなく、4世紀にはキリスト教を公認する国が現れるようになった。アルメニアではによって国王がキリスト教に改宗し、アルメニア王国は303年頃に世界で初めて国家としてキリスト教を受容した。350年にはアクスム王国（現在のエチオピア）が国教化された。
ローマ帝国ではディオクレティアヌス帝によるを継続したガレリウス帝が死を前にして311年に寛容令を出し、313年コンスタンティヌス1世とリキニウス帝によるいわゆるミラノ勅令によって、他の全ての宗教と共に公認された。その後もユリアヌス帝などの抑圧を受けたが、テオドシウス帝は380年にキリスト教をローマ帝国の国教と宣言した。さらに392年に帝国内でのキリスト教以外の宗教およびキリスト教の異端の信仰が禁止され、ローマ帝国唯一の国教としてのキリスト教の地位が確立したしかしローマ帝国の上流階層の古典信仰はその後も生き残った。例えば415年になってキリスト教司教の煽動によるキリスト教徒の暴徒がアレクサンドリアのムセイオン（アレクサンドリア図書館）を略奪破壊し、ヒュパティアのような優れた学者を虐殺するという非道をおかしている。。
コンスタンティヌス帝はキリスト教公認後の321年に日曜日休業令を出した初期キリスト教徒たちはユダヤ教徒のように土曜日を安息日としていたが、ユダヤ教との対立の中で、徐々にキリストの復活した日とされる日曜日を祝日とするようになっていた。このとき反対者への弾圧により死者が出たともいわれている。。これによってキリストの復活を記念して祝う日曜日がローマ帝国の定める休日となった日曜日の安息日化は364年のラオディキア教会会議により正式に決定され、現在に至っている。。
非公認の宗教としてローマ帝国や民衆から間歇的に迫害されて来たキリスト教は、こうしてその立場が逆転し、国家に保護される側になった。
神学論争勃発と頻繁な公会議開催 古代の神学の中心は主に東方のギリシア教父によるものであった。アレクサンドリアのオリゲネス、アタナシウス、カッパドキアの三教父のバシリウス、ナジアンゾスのグレゴリオス、ニュッサのグレゴリオスなどである。西方では、ラテン教父のテルトゥリアヌス、キプリアヌス、ヒラリウス、アンブロシウス、アウグスティヌスなどが影響を与えている。
こういった神学の発展にともない教理論争が激しくなる。そのため、しばしば地方教会会議や普遍公会議が行われるようになった。
2世紀以後、マニ教の流入や、モンタノス派やアリウス派が起こり、教会内での意見の統一が難しくなった。とくに4世紀以降、キリストの位置付けをめぐる一連の神学論争が教会の分裂を招くまでになった。キリストの位置付けをめぐるアリウス派とアタナシウス派の論争は、暴力を伴う争いを招くまでに過激化していった。
皇帝の介入と正統信仰の誕生 キリスト教の教派間の暴力抗争を解決するため、ローマ皇帝コンスタンティヌスはニカイア公会議（325年）を開いた。なお、ローマ皇帝がキリスト教に介入したのはこのときが最初である。コンスタンティヌスは公会議の時点はキリスト教徒ではなかった（洗礼を受けたのは死の直前）。あくまでもローマ帝国の求心力低下の課題解決に図るためキリスト教の勢力を利用することがコンスタンティヌスの意図であった。
このニカイア公会議とその後の第1コンスタンティノポリス公会議（381年）の結果、アリウス派は異端とされ追放された。さらに皇帝テオドシウス2世により開かれたエフェソス公会議（431年）では、ネストリウス派も異端とされ追放された。
また、単性論と両性論の争いでは、一時は単性論が有利な様相を呈したが、最終的に皇帝マルキアヌスが開いたカルケドン公会議（451年）にて単性論が異端とされた。しかし、アルメニア、シリアやエジプトを中心に合性論（単性論の一種と見なされたが、自らは単性論ではないと主張）を支持する教会（非カルケドン派正教会）が多くあったため、各教会で対立主教が立つほどの分裂が生じた。
このように異端説を排除することにより、正統派のキリスト教は自らの教義を洗練させ確立していった。言い換えると異端との対比として、この時代に主流派の「正統」信仰が誕生したといえよう。
古代異教由来の事物の取り込みと一神教の変容 使徒パウロの活動拠点のアンティオキア教会では異邦人への柔軟な文化適合を重視していた。その影響で、その後のローマ帝国と辺境各地への布教でも、現地の異教の風習や祭礼がキリスト教的再解釈されて積極的に利用された。有名な例では、ローマ教会ではじめられたミトラ教由来の冬至の祭礼クリスマスがある。
さらに多神教世界に布教する際、キリスト教は他の宗教の神殿の場所に教会を建立することを奨励した。この結果、多く女神の神殿が聖母マリアに捧げられる教会に変えられた。そのような女神の例としてミネルウァ・イシスなどがある。時には異教の神像をそのまま流用することもあった。その例として、イシスとオシリスの像をマリアとイエスの聖母子像へ転用したことなどが指摘される。
禁令解除以後は弾圧の際の殉教者を積極的に称揚することが行われ、諸聖人の記念日や聖像（イコン）が使用されるようになった。
異教の多神教的世界観に慣れた古代人にはキリスト教の一神教的世界観を理解することが困難であるが、これらの一種多神教的な事物を内部に取り込むことは彼らへの布教を推進させる力となった。
また東ローマ帝国において、キリスト教の布教は帝国に親和的な環境を作ることにつながるため、東ローマ帝国皇帝は積極的に他民族への布教を後援した。
東方諸教会の成立
公会議による教義の確認は正統教義の確立を促したが、その一方で異端とされた教説の保持者が教会から分離することにもつながった。
異端とされた説には、消えていったものも多かったが、正統派の勢力が及んでいない地域で活路を見出したものや、自派の勢力の強いところで独自の発展を遂げたものもある。アリウス派は、最終的には消滅したものの、一時はゲルマニアを中心に布教し、それなりの期間にわたり勢力を保った。
現在残っているそのような教派に東方諸教会がある。431年のエフェソス公会議で異端宣告されたネストリウス派はペルシアを経て中央アジアへと勢力を広げた。更には唐代の中国にも三夷教の一つ景教として伝来した。景教は大秦寺が建立されるなど、唐代では栄えており、仏教の浄土信仰等に与えた影響も指摘されている。現代でも、イラクのアッシリア東方教会（ネストリウス派）およびその分枝であるインドのトマス派教会（マラバル派）に継承されている。また451年のカルケドン公会議で異端宣告されたキリスト単性論（自らは合性論であるとする）は、シリア・エジプト・アルメニアでは多数派として残り、イスラム教化する以前の東方では、数において他を圧していた。現在も合性論教会はシリア・エジプト・アルメニアに相当数の信者を持っており、またカトリック教会や正教会とも一定の交流を保っている。合性論教会とされる教派には、エジプトのコプト正教会や、その姉妹教会エチオピア正教会、シリアのシリア正教会（ヤコブ派）や、元小アジア（現在はコーカサス地方）のアルメニア使徒教会などがある。但し、これらの合性論教会は自らの教説を単性論と見なされることを拒否しており、特に正教会（ギリシャ正教）とこれらの教会の和解が急速に進展している。より中立的な呼び名としては「非カルケドン派正教会」がある。
中世
ローマ帝国の分裂後、東ローマ帝国領域内と西ローマ帝国領域内で、キリスト教はそれぞれ違った展開をみせる。この相違は政治的なものにとどまらず、両地域がそれぞれギリシア語圏とラテン語圏に分かれ、元来異なる文化圏に属したことに由来すると考えられよう。やがてコンスタンティノポリス総主教庁とローマ教皇庁は決定的に対立することとなり、1054年に正教会とローマ・カトリック教会に分裂する。一方、古代末期に成立した東方諸教会は、イスラム教勢力の拡張とともに、シリア・パレスチナ・エジプトでの勢力を失い、この地方でのキリスト教は少数派となってゆく。
教会組織の発達
東ローマ帝国において宗教上の最高決定権は皇帝の手に握られるようになったとされ、これは「皇帝教皇主義」であると解釈されてきたが、事実はそう単純ではない。確かに後代の西方教会の神聖ローマ皇帝よりも教会に対して東ローマ皇帝が強い影響力を発揮し得たのは事実であるが、法的には皇帝と教会の立場は同格であり、教義は第2ニカイア公会議（第七全地公会議、787年）までの公会議を尊重することが皇帝と教会に求められ、教義に手を触れる事は皇帝といえども許されなかった。
東西教会が教理上の問題で分裂したのちは、首都コンスタンティノポリスの総主教は「全地総主教」としての格式を持つようになり、他の東方三管区を指導することとなった。
西方ではフランク王国のピピン3世による土地の寄進以降、ローマ教皇庁が北イタリアに徐々に自前の領土と勢力圏を持つにいたった。こうして成立したのが教皇領である。また11世紀のグレゴリウス7世など一連の有能な教皇たちが現れ、弛緩していた教会の規律を正し、世俗領主たちに握られていた聖職叙任権を取り戻していくことで、カトリック教会の影響力を宗教面のみならず、世俗政治の世界においても強めることになった。王権を超える権威として西欧に影響力を強めるカトリック教会と、聖職叙任権や教会財産の問題をめぐって各地の権力者たちとの対立が起こるようになった。これが叙任権闘争である。
修道院の誕生と発達
修道制度の歴史は古代にまでさかのぼる。古代には洞窟や砂漠で1人修行し、隠者の生活を送るキリスト教徒たちがいたとされ、伝承では聖アントニウスがその始祖であるという。このような人々は独居し、他人と最低限の接触しか持たなかった。しかし、完全に一人で生きていくことには多くの困難が伴ったため、このような修道士たちが集団で暮らす制度が生まれた。これが修道制度の起源である。
ローマ帝国による迫害が終わり、信仰の自由が保障されると、キリスト教徒として、より禁欲的な生活を求めた人々もこの砂漠や人里はなれたところで求道的な生活を行うという運動に加わった。このような生活スタイルはやがてアイルランドにも伝わり、同地で盛んになった。アイルランドの修道者たちはイングランドやヨーロッパ本土に渡って、キリスト教の布教につとめた。
その後、ヨーロッパの東西で修道制度は異なった展開を示す。東方では、個人での信仰を重んじる修道士は時に対立し、組織化されない民衆のいわば代弁者として機能した。聖像破壊運動に対する聖像擁護などはその一例である。修道士はだんだんに発言権を増していき、高位聖職位を独占するに至る。帝国もまた修道士を保護し、アトス・メテオラなどの山岳地には大規模な修道院が発達した。
西欧的修道制度はヌルシアのベネディクトゥスが創始することになった。彼の生み出した修道制度の最大の特徴は、同じグループに属するすべての修道者たちが会憲・会則という形で同じ精神を共有することにある。こうして生まれたのがベネディクト会である。ベネディクトゥスにならい、同じ精神と生活スタイルを持った女性たちも集まり、女子修道院が生まれた。「祈り、働け」をモットーにしたベネディクト会は、信仰生活だけでなく労働を重視、荒れた土地を開墾し、農業技術やそれに伴う醸造・製造技術を発展させた。さらに修道院では写本製作によってギリシア・ローマ以来の古典がわずかながらも保存され、旅行者や病人への世話をおこない、ラテン語教育を施すことで中世を通じて文化的・社会的拠点となり、古代の優れた文化をわずかながらも保存し、後世に伝えた。ただし古代の優れた文化の保存と伝承は主としてイスラム世界によりなされた。またビザンティン世界がこれを補完したのであって、西方の修道会の活動はあってもわずかであり、むしろ西方の修道会はより多く古代文化の破壊者であったことも事実である。その後、ベネディクト会の確立したスタイルにならって多くの男女修道会が生まれていった。
イスラムの台頭と聖像破壊運動
東地中海世界のキリスト教は新約聖書の頃にその起源を有するギリシア語典礼を保持するとともに、聖像崇敬を独自の仕方で発展させていった（この反動が聖像破壊運動となる）。当初は腰ほどの高さであった聖職者と一般信徒の間の区切り、イコノスタシスは、やがて教会の床から天井までをさえぎる壮麗な聖画の集まりへと発展し、その配列についての神学また聖像の描き方についての神学および技法上の進展がみられた。
一方、7世紀にイスラム教がアラビア半島で生まれ、急速に拡大してイスラム帝国を築いた。これは単性論論争で分裂していた東方教会にとって大きな痛手となった。7世紀前半にはシリア地方、パレスチナ、エジプトがイスラム帝国の版図となる。これらの地域の非カルケドン派正教会信者はコンスタンティノポリス中心とする東方教会の正統から抑圧されていたので、むしろイスラム帝国を解放者として歓迎した。イスラム帝国治下のキリスト教徒は、一定の人権を保障され、異端とされた諸派に関してはビザンティン帝国治下よりも安全な生活と信仰をも保障されたのである。
しかし同時に彼らはイスラーム世界における異教徒の隷属民（ズィンミー）としてムスリムの下位に置かれ、ハラージュ（地租）・ジズヤ（非改宗者に課せられる税）を徴収されるなど一定の差別と抑圧の元に置かれた。また、支配者によってはとりわけ厳しい迫害を行い、強制改宗を行ったこともあった。このためこの地方ではキリスト教徒が徐々にではあるがイスラム教に改宗していった。しかしこれはダマスカスのウマイヤモスクの建設時期に見られるように数世紀をかけたゆっくりとした変化であって、同じ土地にかつて存在した古典古代の神殿がキリスト教徒の破壊を受けたり、アレクサンドリアのムセイオンがキリスト教徒による略奪・虐殺にあったのに比べれば、比較的平和的であったとされる。
638年にはムスリムによりエルサレムが征服された。ウマル1世は征服後エルサレムに入り、エルサレムがイスラム共同体の管理に入ったことを宣言するとともに、エルサレム総主教ソフロニオスと会談して、聖地におけるキリスト教徒がイスラームに屈服しその優越性を認める限りに於いて、ズィンミーとして一定程度の人権を保障することを約束するウマル憲章を発布した。
この段落の主要参考文献：。
イスラム教徒からはキリスト教の聖像使用に対して批判があり、これに影響された東ローマ帝国の知識人の間に8世紀には聖像破壊主義がおこった。これは帝国を二分する争いとなり、さらに東ローマ皇帝が聖像破壊主義を支持したことにより、東ローマ帝国とローマ教皇の間に疎遠を生ずることにつながった。この時、東ローマ帝国で皇帝による聖像破壊に対して民衆・修道士達から猛烈な反対運動が起こり、致命者も出た。聖像擁護の論陣を張ったダマスコのヨハンネス（イオアン）は正教会に於いて現代も篤い崇敬の対象となっている。最終的に、第3コンスタンティノポリス公会議（680-681年）において聖像崇敬が教義として確立され、聖像破壊論争は終結した。
教会の東西分裂 この項の主要参考文献：高橋保行『東方の光と影』春秋社、1991年。ISBN 978-4-393-26103-3。。
イスラム帝国は、西方にも影響を及ぼした。ウマイヤ朝カリフのもとに大征服戦争を進め、北アフリカを経てイベリア半島を占領し、ピレネー山脈を越えて西ヨーロッパに迫った。このとき、既にアリウス派からアタナシウス派へと改宗し、西ヨーロッパの覇権と中央集権化を進めていたフランク王国の宮宰カール・マルテルが、トゥール・ポワティエ間の戦いにおいてイスラム教徒軍を撃退した（732年）。
その結果、西欧キリスト教世界という地政学的・宗教的な共通認識が強化された。東ローマ帝国で皇位の簒奪があり、皇帝の血統による継承が途絶えたことを機に、ローマ教皇レオ3世は西暦800年のクリスマスに、カール・マルテルの孫のフランク王カール1世を「ローマ皇帝」として戴冠した。このことと、その後のオットー1世の戴冠による神聖ローマ帝国の成立により、ローマ教皇は、東ローマ帝国の行政上の代理人としての立場から解放され、聖俗が緊密な関係で統治を分かち合うという、西ヨーロッパ独特の政治宗教体制が出現した。
一方、東ローマ帝国では皇帝による聖俗両方の支配が完成し、教会は「キリストに忠実なる支配者」「神の代理人」として統治する皇帝の下で国家宗教として発展を続けたとされる事があるが、法律上では皇帝と総主教は並立して一致協力するものと規程されており（これを正教会ではビザンティン・ハーモニーと称する）、総主教が皇帝権力の側に逆に介入するケースもあった事に見られる通り、様相はそう単純ではない。皇帝と言えど教義を決定する事は出来ず、教義決定は公会議に全てが由来していた。但し、ドイツにおける名目上の存在に留まった神聖ローマ皇帝に比べて、実質的な権力を維持し続けた東ローマ帝国皇帝が相対的に大きな影響力を教会に対して発揮するケースが多かったのは事実である。
9世紀以降、キュリロス・メトディオス兄弟などによって東ヨーロッパのスラヴ人への布教が進められ、10世紀には皇帝ニケフォロス2世フォカスの後援でアトス山の修道院共同体が成立した。なおアトス山のヒランダリウ修道院は14世紀を中心としたセルビアの後援に多くを負っており、アトス山は東ローマ帝国にとどまらない東方の正教会世界全体の修道の聖地として成長を続けた。
古代からローマ司教は自らの権威をペトロとパウロに由来するものとして、全教会における首位性を主張していた（『クレメンスの書簡』など）が、ローマ帝国が東西に分裂することで帝国西方の中心地としてローマの地位も高まっていった。西方ではラテン教父と呼ばれる一群の神学者たちがあらわれ、ギリシア語で生み出された神学を継承し、ラテン語によって高度な神学を展開したが、一方で後代になるほどにギリシア語を解さない西方神学者も増えていった。
こうしてギリシア語を使う東方との相違は政治・宗教の両面で深まっていった。ローマ教皇の教皇首位権を巡る解釈にも、東西教会の見解の相違は増すばかりであった。
こうして互いに独自の発展を遂げたローマの聖座とコンスタンティノポリス総主教座は、フィリオクェ問題やフォティオス問題など何度かの対立を経て、決定的に対立することとなり、1054年にはローマ教皇とコンスタンティノポリス総主教は互いを破門するに至った（大シスマ）。
この相互破門によって「聖なる一つの公の使徒の教会」はカトリック教会と正教会とに分裂することになったとされるが、これが本当に分裂を決定付けた事件であったかには疑問符も付く。第4回十字軍（1202-1204年）までは東西教会の分裂は確定してはいなかったというのが正教会側の解釈である。その後も西方では東方教会との再統合を求める声は根強く残り、公会議などで幾度か統合の道が模索されることになるが、第4回十字軍以降決定的に悪化した正教会側の反ローマカトリック感情により成功しなかった。
なお1054年の相互破門は、東方正教会とカトリック教会が1965年にその解除を宣言した。それにもかかわらず東西教会の合同が未だに成立していない事実は、東西両教会の分裂が1054年の事件だけで起きたものでは無い事を証明するものである。
十字軍と東方教会 この項の主要参考文献：。