『ファイナルファンタジーIX』（ファイナルファンタジーナイン、FINAL FANTASY IX、略称：FFIX、FF9）は、スクウェア（現スクウェア・エニックス）が発売したコンピュータRPG。日本国内では2000年7月7日にPlayStation（PS）専用ソフトとして発売した。アメリカでは同年12月14日に発売。ファイナルファンタジーシリーズのナンバリングタイトル第9作目にあたる。
スピンオフ的な内容だが、シリーズで初めて『テトラマスターFrom FINALFANTASY IX』というナンバリングの続編が登場した（『FFXI』の同梱ソフト）。なお、シリーズの後作である『FFX』、『FFXI』と共に本作が発表されたイベント「スクウェア・ミレニアム」についても本項で詳述する（後節参照）。
概要 PlayStation（PS）における最後の新作ファイナルファンタジーシリーズ（FFシリーズ）となった本作は、数々の賞を受けている。第5回日本ゲーム大賞において優秀賞、グラフィック賞、サウンド賞を、PlayStation Awardsにおいてユーザー大賞、グラフィック賞、サウンド賞、シナリオ賞、キャラクター賞を受賞した。また、2000年「ザ・プレイステーション・オブ・ザ・イヤー」において第1位になった。
一時は『FFVII』、『FFVIII』と共にPlayStation 2（PS2）にリメイクするという話もあったが、中止されたとされている。しかし、多くのユーザーからの要望を受ける形でPlayStation 3（PS3）・PlayStation Portable（PSP）のゲームアーカイブスで提供することを和田社長自らビデオレターおよびTwitterで発表スクエニ、「ファイナルファンタジーIX」、「ゲームアーカイブス」で配信決定！ 和田社長がTwitterでつぶやく,GAME Watch,2010年4月2日、2010年5月20日より配信を開始した。
テーマ 本作におけるテーマは「原点回帰」。タイトルロゴには「クリスタル」が描かれている。本作ではキャラクターの頭身が『FFVI』までのSDサイズに戻り、世界の根幹をなすクリスタルという概念の復活、『FFVI』、『FFVII』、『FFVIII』と続いたSF要素の強い世界観から、かつてのファンタジー要素や児童文学のような世界観への転換のほか、メディアに対する情報においても大きな影響をもたらした。しかし、シナリオに関しては児童文学のような世界観とは裏腹に死生観など哲学的でやや難解な内容となっている。
過去のFFシリーズに登場したキャラクター、地名、音楽のメロディーが登場する。また『FFII』のエピソードが語られるシーンがある。バトル時のミュージックも『FFVI』以前まであった、イントロ部分（エンカウント→戦闘突入時）が復活し、勝利時のファンファーレも『FFVI』以前と同じように後半部分（イントロ以降）のメロディーも復活した。
イメージアートに天野喜孝がフィーチャーされ、CGイラストや関連商品が総て劇中ムービーのスクリーンショットか設定画のコラージュで、専用の描き下ろしCGイラストは一切存在しない。
各機種への移植略歴 2012年12月18日にネット限定販売で、『FFI』から『FFXIII』までのナンバリングソフト（『FFI』・『FFII』・『FFIV』〜『FFIX』はPS、『FFIII』はPSP、『FFX』〜『FFXII』はPS2、『FFXIII』はPS3）、およびFF25周年記念CDやレプリカなどの限定アイテムをセットにした特別パッケージ『ファイナルファンタジー 25th アニバーサリー アルティメットボックス』（FINAL FANTASY 25th ANNIVERSARY ULTIMATE BOX）が発売された。
2016年にスマートフォン&PCで販売することを発表【速報】ジタンやビビにまた会える！ 『FFIX』がスマホ＆PC版向けで近日配信決定、同年2月10日よりiOS版とAndroid版の配信を開始した【速報】スクエニ、スマホ版『ファイナルファンタジーIX』を配信開始!! 2月21日まで20%オフの2,000円で販売 名作RPGの第9作目を体験しよう,Social Game Info,2016年2月10日。追加要素としてゲームの達成状況に応じたアチーブメント機能、高速モードやエンカウント無しなどの設定が可能な7種類のブースト機能、オートセーブ機能を搭載、キャラクターやムービーの高解像度化が行われている。
2016年4月14日からはSteamでMicrosoft Windows 7/8/8.1/10（32bit/64bit）向けにリリース開始。スマートフォン版をベースに、実績やSteamトレーディングカードにも対応している。標準で英語・フランス語・イタリア語・ドイツ語・スペイン語に対応している他、日本国内からSteamストアで購入した場合に限り日本語対応となる（他国からの購入時は非対応となる）。
2017年9月19日からはWindows版をベースにしたクラウド版、PlayStation 4（PS4）版が配信開始。2019年2月14日からはNintendo Switch版、Xbox One版の配信も開始しているNintendo Switch版「FFIX」が本日配信＆「FFVII」は3月26日に発売。さらに「チョコボの不思議なダンジョン エブリバディ！」のあらかじめDLもスタート,4Gamer.net,2019年2月14日。
ストーリー
Disc1 盗賊団兼劇団、2つの顔を持つ集団タンタラス。その一員である主人公ジタンは、タンタラスのメンバーと共に、劇上演に乗じて、ブラネ女王が統治するアレクサンドリア王国の王女ガーネットの誘拐を計画し、劇場艇プリマビスタで王国に乗り込む。劇の最中、ガーネットは自らをさらって欲しいと願い、ジタンはその依頼を受ける。劇場艇プリマビスタに乗り込み逃亡を試みるなか、女王の命令でガーネットを追ってきた男兵隊「プルート隊」隊長スタイナーと、三角帽子の少年ビビも成り行きで劇場艇に乗り込んでしまう。そこに女王による攻撃を受け、劇場艇は魔の森に墜落してしまった。
魔の森の奥に棲むモンスターによってガーネットが連れ去られ、彼女を助けるためにジタンたちは森の奥でモンスターを倒す。しかし、石化を始めた森から脱出する際、タンタラスの一員ブランクがジタンをかばって石化してしまう。
ガーネットの希望によって隣国リンドブルムへ行くことになった一行だったが、ガーネットは庶民のふりをするため、ダガーと名乗ることとした。彼女を奪還するために差し向けられた魔道士「黒のワルツ」の姿は、奇妙なことにビビに酷似しており、それがブラネ女王によって作られた人造黒魔道士であることが判明し、ビビは思い悩むようになる。
リンドブルム城に到着したジタンたちは、国王シド大公と面会し、ダガーの誘拐計画が彼の命令によるものであったことを知る。シド大公はブラネ女王の様子がおかしいことに気付き、タンタラスのボスである旧友バクーに頼み、誘拐の名目で密かにダガーを保護しようとしていた。城下町へ繰り出したジタンは、そこで旧友の女竜騎士フライヤと再会するが、彼女の故郷ブルメシアが黒魔道士兵団に襲われ、壊滅的打撃を受け、ジタン・ビビ・フライヤはブルメシアへ向かう。一方、ダガーは皆の食事に眠り薬を盛り、母ブラネを説得するためスタイナーと共に一路アレクサンドリアを目指す。
ジタンたちは道中、大食漢のク族の若者クイナを仲間に加える。到着したブルメシアの王都は無残に破壊され廃墟と化していた。王宮に進むと、ブラネとともに、アレクサンドリアの常勝女将軍ベアトリクス、そして銀髪の謎の男クジャの姿があった。3人に詰め寄る一行だったが、大陸一の剣の使い手と言われるベアトリクスの圧倒的な実力を前に完敗を喫してしまう。
Disc2 リンドブルムを抜け出したダガーとスタイナーはアレクサンドリアを目指していた。その道中、ダガーたちはタンタラスの一員マーカスとの再会を果たした。直後、ダガーを追ってきた黒のワルツ3号と対決。正気を失い、執念だけで立ち向かってくる彼を見て「どうしてそこまで……」とショックを受けるダガー。黒のワルツ3号を倒した一行はブランクの石化を直すため、トレノへと向かう。トレノで石化を直すための道具を手に入れた一行は、ダガーのかつての家庭教師であったトットと再会する。一行はトットに導かれ、ガルガントという生物を利用した乗り物に乗り込み、アレクサンドリアへと急ぐ。しかし、アレクサンドリアにたどり着いた直後、一行は罠に掛かり、スタイナーとマーカスは幽閉され、ダガーはブラネに仕える双子の道化師ゾーンとソーンに捕らえられ、魔法をかけられて目を覚まさなくなってしまった。
壊滅したと思われたブルメシアだが、ブルメシアの王たちはブラネたちが着くよりも早く聖地クレイラへと落ちのびていた。ジタンたちはクジャの言葉を聞き、聖地クレイラに先回りすることができた。しかし、程なく黒魔道士の襲撃にあってしまう。一行は再度現れたベアトリクスにまたも敗れてしまう。間一髪、敵の黒魔道士のテレポート魔法に便乗しクレイラを脱出したジタンたちは、騒動の中でクイナとはぐれてしまったものの、アレクサンドリアの軍艦レッドローズに忍び込む。上空からクレイラに向けブラネが宝玉をかざすと、空から召喚獣・オーディンが現れ、グングニルの一撃でクレイラを壊滅させてしまった。さらにブラネによれば、召喚獣の力はダガーから抽出したものであるという。ジタンたちは、さらなる力を抽出するために娘を手にかけようとするブラネから、ダガーを救うべくアレクサンドリアへ急ぐ。
レッドローズに乗ってやってきたジタンたちと、檻から抜け出したスタイナーたちは合流し、ゾーンとソーンによって召喚獣を抽出されているダガーを助けに向かう。ゾーンとソーンを退けた一行はベアトリクスと遭遇。3度目の戦いも彼女に追い詰められてしまうが、ジタンの言葉によりベアトリクスは目を覚まさないダガーに気づく。そして今まで自分のしてきたことの間違いに気づき、ダガーにかけられた魔法を打ち消した。ベアトリクスはジタンたちを逃がすためブラネに反旗を翻し、フライヤがベアトリクスに加勢。スタイナーもまた、ジタンにダガーのことを頼むと頭を下げ2人に加勢する。石化から回復したブランクたちの援護を受けアレクサンドリアを脱出したジタン・ダガー・ビビは、ガルガントに乗り込みトレノへ向かおうとするが、モンスターに追いかけられてガルガントが暴走してしまい、トレノを通り過ぎてリンドブルムの東にあるピナックルロックスへ投げ出されてしまう。ピナックルロックスで召喚獣ラムウの試練を受け、ダガーは召喚獣の力を使いこなせるようになった。だがその直後に一行が見たものは、ブラネに召喚されたアトモスによって壊滅状態に陥ったリンドブルムであった。
リンドブルムでシド大公と面会した一行は、クジャは外側にある大陸へ消えていったこと、ク族の沼が外側の大陸に通じているかもしれないことを聞き、ク族の沼へ急ぐ。ク族の沼でクイナと再会した一行は抜け道フォッシル・ルーを発見し、進んでいく。道中、ブラネに雇われた殺し屋ラニの襲撃を受けるも、一行はフォッシル・ルーを抜ける。そこに広がっていたのは、霧のない赤土の大地「外側の大陸」だった。
ドワーフの住む里コンデヤ・パタで「クロマ族」の噂を聞いた一行は、森林地帯の深い森の中にある、枯れた森にたどり着く。そこは自我に目覚めた黒魔道士が集まってつくった黒魔道士の村であった。黒魔道士の村でクジャの居所を聞いたジタンたちは、ドワーフたちに聖地と呼ばれている場所に行くため、しきたりとなっている神前の儀を終え聖地を目指す。道中出会った召喚士の少女エーコに誘われ、一行は廃墟となった召喚士の村マダイン・サリを訪れる。エーコは友達のモーグリたちと暮らしていた。マダイン・サリを出発し、クジャの手がかりを探してイーファの樹を訪れた一行は、イーファの樹の奥深くで霧を作り出していたザ・ソウルケージを倒し、霧を消滅させることに成功する。だが、イーファの樹の出口にて、マダイン・サリの宝が盗まれたという知らせが入る。急いで戻ったのも束の間、エーコが宝を盗んだ泥棒に捕まってしまう。泥棒の正体はラニであった。しかし突如現れた「焔色の髪の男」の手により撤退。彼の正体はブラネに雇われた2人目の殺し屋であった。焔色の髪の男はジタンとの一騎打ちの末に敗れた。男はサラマンダーと名乗り、ジタンとの決着をつけるため旅に同行することを決める。また、エーコも村を出てともに旅をする決意をする。
その頃、クジャがイーファの樹に現れたことを知り、一行はイーファの樹へと向かう。そしてブラネ率いる艦隊も姿を現す。もはやクジャを用済みと判断したブラネはクジャを抹殺し、そして外側の大陸の支配をも目論んでいた。バハムートを召喚し、ブラネ艦隊はクジャに攻撃を仕掛けるが、上空から現れた巨大な赤い目によって洗脳されたバハムートに攻撃を受け、返り討ちにあってしまう。今まで他国を滅ぼしたように艦隊もまた召喚獣によって滅ぼされ、クジャはまたもや姿を消した。近くの海岸に打ち上げられたブラネはダガーに「おまえの思うように生きよ」と言い残して息を引き取った。
Disc3 ブラネの死により、ダガーはアレクサンドリア女王に即位した。彼女が手の届かない存在になってしまったことを受け入れられないジタンは苦悶するが、ビビを始めとする仲間たちに励まされ立ち直る。一行は情報収集も兼ねトレノを訪れる。しかし、即位の混乱も収まらないまま、クジャが召喚獣バハムートを使ってアレクサンドリアを襲撃する。スタイナーとベアトリクスが霧の魔獣から国を守るべく奮戦する中、ダガーとエーコは不思議な音楽に引き寄せられて魔力を解放し、聖なる召喚獣アレクサンダーを召喚する。そこに突如として飛空艇インビンシブルが現れ、巨大な赤い目から放たれた赤い光によってアレクサンドリアに壊滅的なダメージを与える。その衝撃をまともに受けたジタンは数日にわたり意識を失ってしまう。
リンドブルムでジタンが目覚めたとき、ダガーは自責の念とショックのあまり、完全に心を閉ざし言葉を発することができなくなってしまった。巡洋艦ブルーナルシスに乗り、再び訪れた黒魔道士の村で、クジャの本拠地デザートエンプレスの情報を得た一行は、本拠地があるという蟻地獄に乗り込む。しかし、クジャの仕掛けた罠にはまり捕えられてしまう。
ジタンたちは捕虜をとられ、クジャの要求するグルグストーンを手に入れるため、「忘れ去られた大陸」にある禁断の地ウイユヴェールへ向かう。魔法が使えず苦労するジタンたちだったがグルグストーンを手にいれ、デザートエンプレスへと戻る。一方捕虜となった仲間たちは、デザートエンプレスから脱出を図り、戻ってきたジタンたちと合流したものの、またしてもクジャの謀略にはまり、エーコとグルグストーンを奪われてしまう。クジャを追った一行は「閉ざされた大陸」のグルグ火山に突入し、激しい戦いの末エーコを救出する。また、シド大公の妻であるヒルダを発見し、彼女を保護して一路リンドブルムへ向かう。
アレクサンドリアに戻ったダガーは、母の墓前で決意を新たにし、長い髪をばっさりと切り、閉ざされた心を解き放ち、仲間たちに合流した。ヒルダの情報により、クジャの陰謀の実体が、この世界ガイアと異世界テラをつなぐことにあると判明。クジャの陰謀を阻止するため、飛空艇ヒルダガルデ3号を駆りイプセンの古城へと向かう。城内で鍵となる4つの鏡を手に入れた一行は、2人ずつ4手に別れ、それぞれの祠を守るガーディアンを倒して鏡を祠に収めた。ついに氷に閉ざされた輝く島に、異世界テラへと続く門が現れ、一行は門へと飛び込んだ。
ジタンがテラで目にしたものは、自分とそっくりの外見を持つ人造人間ジェノムだった。そして、テラこそがジタンの記憶にあった「青い光」の場所であった。街を散策するジタンの前に、自分とそっくりの姿をした少女ミコトが現れる。彼女の案内を得て甲冑をまとった老人ガーランドと接触し、ガーランドの本拠地であるパンデモニウムに単身向かった。
ジェノムはガーランドが作り出したテラの仮の住人であり、黒魔道士のように自我が存在する個体はごくわずかであった。彼らはガイアから運び込まれた魂を注入するための器であり、やがてテラを繁栄させるための存在になるのだという。クジャとジタンも意志を持ったジェノムであり、二人は兄弟というべき関係であることが明かされる。クジャの正体はガイアに死を振りまく死神であり、テラへ魂を運び込むための使者だった。ジタンはクジャの後任を担うために生み出されたが、クジャの手でガイアへと捨てられ、更なる後継者としてミコトが作り出されたのだという。自分たちの世界に死をもたらすために生み出された存在という事実を知ったジタンは激昂し、無謀にも単独でガーランドを倒そうとするが敗北し、洗脳装置にかけられてしまう。脱け殻となったジタンをビビたちが発見するも、仲間たちの制止を振り切り気力だけで前に進もうとする。そしてついにダガーの願いが心に届き、本来の自分を取り戻した。
パンデモニウム最深部で、ガーランドと雌雄を決したジタンたちの前にクジャが立ちはだかる。クジャはジタンたちとの戦闘の過程で「トランス」に成功し絶大な力を手に入れる。それもただのトランスではなく、ブラネを始めとする無数の魂を利用したものだった。究極魔法アルテマを放ちジタンたちを圧倒するも、ガーランドは無駄だと一蹴し、怒りに駆られたクジャによってガーランドは肉体を滅ぼされた。しかし精神のみの存在となったガーランドは言葉を続け、クジャ自身も知らなかった残酷な事実を告げる。クジャは旧型のジェノムであり、裏切ることがわかりきっていたため、黒魔道士のように寿命を短くされていた。自らの寿命が近いことを知ったクジャは猛烈な恐怖心から自暴自棄になり暴走を始める。クジャの魔法乱射により崩壊するテラからジタンたちは間一髪脱出した。しかしジタンたちが目にしたのは、全世界が霧に飲み込まれ変わり果てたガイアの姿であった。
Disc4 ジタンたちは、助け出したジェノムたちを黒魔道士の村に預け、イーファの樹上空に生じた時空間のひずみから最終決戦の地「記憶の場所」を目指すが、無数の銀竜が現れジタンたちは進路を阻まれる。そこに、ジタンたちの援護をするべく、シド大公・タンタラス・ベアトリクスの飛空艇団が飛来し、銀竜を砲撃で撃ち落として進路を開く。ジタンたちは銀竜の統括者である神竜を倒し記憶の場所へ突入する。
クジャの手によりカオスとして復活した4体のガーディアンを倒し、深部へと進んでいくジタンたち。精神のみの存在となったガーランドから、道中ガイアとテラにまつわる様々な真実を聞かされる。この星を護りたいという思いは同じというガーランドの真意を聞き和解。最後に残った思念で星の未来をジタンたちに託して、ついにガーランドは完全に消滅した。
記憶の場所の最深部、宇宙から生命まですべてが生まれたはじまりの場所「クリスタルワールド」にて、ついにクジャと対峙するジタンたち。自身の破滅の道連れに強大な力を見せて戦うクジャだったが、「生きる」ために戦うジタンたちを前についに敗北を喫する。最後の力を振り絞ったクジャは自身をも巻き込み究極魔法アルテマを放ち、ジタンたちを道連れにしようとする。崩壊する足場から落下したジタンたちは「絶望の丘」にて、永遠の闇なる存在と対峙する。
永遠の闇は、創造のクリスタルが生まれたその時からずっと世界を見ており、生きとし生けるものすべてを「生きるという病に蝕まれた者」と考えていた。破滅や死こそが安息であり、「死の恐怖」が世界を脅かすと考え、誰かがその答えを出すのを待っていたという。その答えを出したクジャを見て行動を開始。彼に代わってクリスタルを破壊することで万物の消滅をはかろうとする。しかし、すべての力を結集したジタンたちの「生きる」思いの前に敗北。永遠の闇は「この世界に死の恐怖がある限り、私はいつでも復活する」と言い残し、消えて行った。
崩壊する絶望の丘から脱出したジタンたちは、暴走するイーファの樹の惨状を目の当たりにする。何者かの声に導かれたミコトの案内により、シド大公の飛空艇に助けられる。しかし、「ジタン、生きるんだ！」というクジャの声を聞き、彼がまだ生きていることを知る。助けられる命を見捨てることはできず、ジタンは仲間たちを説得。ダガーに見送られた後、ただ一人クジャの救出に向かう。イーファの樹内部にて、うずくまっているクジャを発見、なぜ来たのかと問うクジャに対し、ジタンは一言。「誰かを助けるのに理由がいるかい？」ジタンたちの「生きる」ために戦う力の前に敗北し、「すべてを失った時に、生きることの意味が少しだけわかった」と本心を明かすクジャ。崩壊する絶望の丘からジタンたちを助けたのも、ミコトを案内したのもクジャだった。その時、暴走したイーファの樹の根が2人に襲い掛かる。ジタンはクジャをかばうように覆いかぶさり、2人は無数の根に押し潰されてしまった。
エンディング そして月日が流れた。
復興したアレクサンドリアを歩くビビ。そこにぶつかったのはブルメシアの王子パックだった。しかし当のビビは、まるで初めて会ったような反応をパックに見せていた。実はビビではなく彼の子供たちの一人だった。後からゾロゾロとビビそっくりの子供たちが現れ、パックは驚いて逃げてしまった。
ブルメシアにてフラットレイに寄り添うフライヤ。記憶がなくなったとしても生きてさえいればまたやり直せると信じ、恋人とのひと時を過ごしていた。
アレクサンドリアへ向かうサラマンダーの前に現れるラニ。どういう風の吹き回しなのかと問う彼女に「お前は行かないのか？」と言い、立ち去るサラマンダー。ラニは慌ててその背中を追うのだった。
アレクサンドリアの厨房へ戻ったクイナは、料理人たちに「心を込めて作ること」の大切さを説く。大切なトモダチならなおさら心を込めないといけない、と。
シド大公とヒルダに引き取られたエーコは、新たな父と母の三人でアレクサンドリアへ向かっていた。そこにはエーコから「おとうさん」と言われ、本当の親のように見てもらえたことに感動するシド大公とヒルダの姿があった。
愛剣セイブザクイーンを置き、一人アレクサンドリアを去ろうとするベアトリクス。その背中に呼びかけたのはスタイナーだった。「もう二度とお前を失いたくない」「これからも一緒に女王を守ってほしい」と告げられ、ベアトリクスは最愛の男性のもとへ駆け出した。
盗賊団兼劇団タンタラスは再び劇団員としてアレクサンドリアへ向かっていた。今度は誘拐のためではなく、仲間のために。
劇の始まる直前、ガーネット女王はかつての仲間たちとまた会えることに懐かしさを感じていた。過ぎ去った日々はもう戻ってこないと、涙をこらえて自分に言い聞かせながら。
そして、タンタラスが演じる「君の小鳥になりたい」が始まった。物語はコーネリア姫が黒衣をまとう主人公マーカスと駆け落ちを約束する場面から始まる。しかし船出の時間になってもコーネリア姫は現れない。それでも諦めずにマーカスは黒衣を脱ぎ捨てると共に言い放つ。
「会わせてくれ！ 愛しのダガーに！」
そこにはマーカスに扮していたジタンの姿があった。彼の姿を認めるなり駆け出すガーネットの前にスタイナーとベアトリクスが立ちはだかる。二人は扉を開いて会いに行くように促してくれたのだ。こうして想い人と再会したジタンとガーネットは抱きしめ合い、大勢の人たちがその姿を祝福するのだった。
システム ATE アクティブタイムイベントシステムを略してATEと称する。「一方その頃…」といった形で操作中キャラクター以外の行動をイベントで見ることができる。複数のイベントが存在し、選択したイベントしか見られないものもある。
ATB 戦闘シーンでは各キャラクターに固有のコマンドが設定されているほか、ATBゲージの下にトランスゲージと呼ばれるゲージがある。トランスゲージは敵から攻撃を受けることで蓄積され、満タンになると一定ターンの間与えるダメージの量が1.5倍になり（スタイナーは3倍だが、ブラッドソード装備時は1.5倍）、キャラクター毎に異なる形のパワーアップが発生する（この状態をトランスと呼ぶ）。例えばビビであれば黒魔法を2回連続で使う、サラマンダーであれば奥義の効果が全体に及ぶ、など。
また弱点属性を突いた攻撃およびジャンプでのダメージ倍率が、それまでの2倍から1.5倍に軽減された。ディレクターの伊藤によるとバトルの難易度はやや高めに設定されているとのこと。
アビリティシステム 本作でのアビリティシステムは、魔法やアビリティなどはアイテムから抽出される物となっており、アイテムを装備することによって使用できる。アイテムを装備した状態で戦闘を重ねアビリティポイント（Ability Point,AP）をためることで、そのアイテムを外しても引き続き使えるようになる。
基本的にキャラクターの個性ともいえる「コマンドアビリティ」は固定になっており『FFVIII』にあった「エンカウントなし」のアビリティも存在しないが、戦術や能力をカスタマイズできる「サポートアビリティ」を大量にセットできるので、プレイヤーによってキャラクターの戦い方は大きく異なり、戦術自由度の高い設計になっている。
一例としてジタンをあげると、
「ぬすむ」+「盗賊の極意」+「ぶんどる」＝ぬすむの成功率アップ+ぬすむの成功時（自LV×敵LV÷2）にダメージを与える 「たたかう」+「追加効果発動」+「与一の心」＝短刀の追加効果をランダムで発動+命中率アップ（盗賊刀では不可） 「カウンター」+「目には目を」+「かばう」＝反撃の発動確率アップ+味方への攻撃をかばい反撃回数を増やせる 「MP消費攻撃」+「○○キラー」+「いつでもヘイスト」＝MP消費による攻撃力アップ+対応する敵種族へのダメージ増加+行動回数アップ 「忍者の教え」+「○○の術」+「いつでもリジェネ」＝後列でもペナルティなし+対応する状態異常回避+一定時間毎に回復
といった相乗効果がある。
上記のサポートアビリティは攻守バランス良くセットするのも、一点集中で性能を追求するのもプレイヤーの自由だが、レベルに比例する上限が設定されており、レベルを上げても全てをセットすることは不可能である。なおこのアビリティセットシステムは『キングダム ハーツ』に継承された。またアイテムからのアビリティ摘出システムは『ファイナルファンタジータクティクスアドバンス』に継承された。
ミニゲーム 数多くのミニゲームや現時点での上述のアクティブタイムイベント(ATE)など、物語の本筋以外の部分も充実している。
チョコボ チョコボに関しては“ここ掘れチョコボ!”というミニゲームが存在し、チョコボの森などでアイテムを掘りながらチョコボのクチバシを成長させることができる。また発掘したチョコグラフの地図を頼りにフィールド上の宝を探し当てると、レアアイテムやチョコボの新たな移動能力を得ることができる。全体的に一本道のシナリオが進む本作において、DISC3以降の自由度を大幅に上げる要となる。 モグネット モーグリの間での手紙システム、「モグネット（MogNet）」を復活させるまでのイベントなどもサブイベントとして楽しむことができる。モグネットの手紙は届けた枚数がカウントされるが、それによる報酬やペナルティは存在しない（手紙を渡したあと、クポの実を所持していなければクポの実が貰える。クポの実はギザマルークの洞窟のモーグリにあげると代わりにアイテムがもらえる）。 カエル取り ガイアに無数に存在する、かつてク族が生息していた沼で行えるミニゲーム。パーティーメンバーにクイナがいる状態でのみ挑戦でき、沼のカエルを捕まえてクエール師匠に褒められるのが目的。隠しデータに生態系が記録されていて、生存するオスとメスのカエルの数や、突然変異の黄金カエルの存在が繁殖に大きく影響する。捕まえたカエルの数が一定に達すると報酬がもらえ、捕まえたカエルの数はクイナの青魔法「カエルおとし」のダメージに影響する。101匹捕まえてレベル99ならば、必ず9999ダメージを与えられることになる。99匹捕まえると、クエールと戦闘、倒したあとクイナ最強武器、ガストロフォークが貰える。 ブラックジャック